L'avant-projet élaboré suite au dépôt de l'initiative parlementaire relative au rôle de la Commission fédérale pour la protection de la nature et du paysage a été approuvé par la CEATE-CE par 7 voix contre 5. Une dérogation à la règle selon laquelle un objet inscrit dans un inventaire fédéral d'objets d'importance nationale doit être conservé intact serait possible si des intérêts équivalents ou supérieurs de la Confédération ou des cantons s’opposent à l’intérêt de protection d’importance nationale. Les intérêts des cantons seraient ainsi davantage considérés lors de la pesée des intérêts entre la protection des objets d'importance nationale et l'utilité des projets proposés. La valeur de l'expertise de la Commission fédérale de la protection de la nature et du paysage (CFNP) et de son homologue des monuments historiques (CFMH) est précisée en droit procédural. Une minorité, par crainte d'atteinte aux objets inscrits à l'inventaire, refuse que les intérêts des cantons soient intégrés dans la pesée des intérêts.
Lors de la procédure de consultation, 13 cantons (ZH, UR, SZ, OW, GL, ZG, SO, SH, AI, GR, TG, VS, NE), la droite, le PDC et les milieux de l'énergie se sont déclarés favorables au projet de modification de la loi sur la protection de la nature et du paysage (LPN). Neuf cantons (BE, NW, FR, BS, BL, AG, VD, GE, JU), la gauche, les Vert'libéraux et les organisations de protection de la nature et du patrimoine rejettent et souhaitent l'abandon de la révision. Selon eux, le projet met en danger les sites historiques et l'environnement. La loi sur l'énergie (LEne) révisée permettrait déjà l'équilibre des intérêts. Pour les cantons réfractaires, la formulation imprécise de la disposition pour tenir compte des intérêts des cantons dans la pesée des intérêts risquait de conduire à une insécurité juridique et à une insécurité au niveau de la planification. La révision de la loi sur l'énergie permet déjà l'équilibre des intérêts.
Après un examen approfondi des résultats de la procédure de consultation, la CEATE-CE a approuvé par 8 voix contre 2 et 2 abstentions, le projet de révision de la LPN. Elle a supprimé la disposition donnant plus de poids aux intérêts des cantons lors de la pesée des intérêts. Elle a maintenu la modification qui précise que les expertises de la CFNP et de la CFMH ne constituent que l’une des bases dont dispose l’autorité de décision pour la pesée de tous les intérêts en présence.

Die Stiftung Landschaftsschutz Schweiz und Pro Natura beschlossen, an ihrer Volksinitiative „Raum für Mensch und Natur (Landschaftsinitiative)“ festzuhalten, da das E-REG als indirekter Gegenvorschlag der Zersiedlung zu wenig Einhalt bieten könne. Dies entsprach der allgemeinen Haltung der Vernehmlassungsteilnehmer. Um die Zersiedlung zu stoppen, verlangt das Initiativkomitee ein Bauzonenmoratorium für die nächsten zwanzig Jahre. Ein von einer knappen Mehrheit aller Ständeräte unterzeichnetes Postulat Luginbühl (bdp, BE) ersuchte den Bundesrat, die Möglichkeit zu prüfen, dem Parlament einen direkten Gegenvorschlag zur Landschaftsinitiative vorzulegen. Aufgrund der kontroversen Vernehmlassungsergebnisse teilte der Bundesrat diese Ansicht und beantragte die Annahme des Postulats; er hielt aber fest, dass die Zeit zur Ausarbeitung einer Verfassungsänderung knapp bemessen sei. Zum Zeitpunkt der Behandlung im Ständerat zeichnete sich bereits ab, dass der Bundesrat beabsichtigte, erneut einen indirekten Gegenvorschlag vorzulegen; dieses Mal jedoch in Form einer blossen Teilrevision des RPG. Der Ständerat zeigte sich mit diesem Vorgehen einverstanden und nahm das Postulat an. Der Bundesrat entschloss sich somit, auf eine Totalrevision zu verzichten und das RPG etappenweise zu revidieren.

Die Natur- und Umweltschutzverbände sowie einzelne Kantone hatten in ihren Vernehmlassungen insbesondere die Zulassung bodenunabhängiger Landwirtschaftsbetriebe kritisiert. Dass der Bundesrat daran festhielt, stiess auf erneute massive Kritik der Naturschützer; sie drohten mit dem Referendum. Der Schweizerische Bund für Naturschutz (SBN) bezeichnete die Revision als unnötig, nicht praktikabel und nicht verfassungskonform. Die kontrollierte Öffnung der Landwirtschaftszone für zusätzliche Bauten verletze den Verfassungsgrundsatz der Trennung von Baugebiet und Nichtbaugebiet. In der Landwirtschaft finde mit der Revision ein Wechsel von der Flächenbewirtschaftung zur Gebäudenutzung als Produktionsbasis statt. Ferner entspreche der Vorschlag nicht der am 9. Juni von Volk und Ständen getroffenen Weichenstellung, mit der man sich für eine ökologie- und marktorientierte Landwirtschaft entschied. Die Intensivierung der Produktion konkurrenziere die naturnah produzierenden Bauern. Die Schweizerische Stiftung für Landschaftsschutz und Landschaftspflege (SL) warnte vor einem „Zersiedlungs-Boom“ und einer markanten Zunahme der Bautätigkeit im Nichtbaugebiet. Es drohten hangarähnliche, charakterlose Bauten als Masthallen oder Gewächshäuser auf der grünen Wiese. Weiter warnte der SL vor zusätzlichen Infrastrukturkosten durch eine weitere Dezentralisierung des Wohnens. Der Schweizer Heimatschutz schliesslich sah mit der Revision die Bemühungen des Heimatschutzes im ländlichen Raum in Frage gestellt.