Da der AIDS-Forschung kurzfristig der finanzielle Kollaps drohte, sprach der Bundesrat einen Zusatzkredit von CHF 5 Mio. und beschloss, für 1991 das Forschungsbudget ebenfalls um CHF 5 Mio. auf CHF 8 Mio. zu erhöhen und die AIDS-Forschung analog der Krebsforschung in seine Botschaft über die Förderung der wissenschaftlichen Forschung 1992 bis 1995 zu integrieren. Mit dem Argument der wissenschaftlichen Relevanz begründete Bundesrat Cotti auch die Teilnahme der Schweiz an der Internationalen AIDS-Konferenz in San Francisco. Das BAG hatte vorgehabt, die Konferenz – gleich wie die EG-Länder – zu boykottieren, um so gegen die restriktive Einreisepolitik der USA gegenüber AIDS-Kranken zu protestieren. Diesen Entscheid hatte das BAG allerdings ohne Rücksprache mit dem Departementsvorsteher getroffen; dieser zeigte sich erstaunt ob dem Vorgehen des BAG und betonte vor dem Nationalrat, dass in derartigen Fällen nur ihm allein die Entscheidungskompetenz zustehe. Wie weit dieser Vorfall zum Rücktritt von BAG-Direktor Beat Roos beitrug, wurde nicht publik.

Finanzierung der AIDS-Forschung (1989–1990)