Der Ständerat hatte einen Beschluss im Sinne der Kantone gefasst, jedoch war die Differenzbereinigung in Sachen Restfinanzierung von Pflegeleistungen damit noch nicht abgeschlossen. Von Beginn weg war klar, dass der Nationalrat wieder Differenzen offen lassen würde; zur Debatte standen ein Antrag der SGK-NR, den man als «Festhalten, aber..» bezeichnen könnte, sowie ein Minderheitsantrag Heim (sp, SO) auf Festhalten am ursprünglichen Beschluss des Nationalrates.
Die Kommissionsmehrheit wollte den umstrittenen Passus um einen neuen Satz ergänzen. Demnach soll der Standortkanton der Leistungserbringenden nach wie vor die Rahmenbedingungen für die Restfinanzierung festlegen; neu war jedoch, dass gegebenenfalls anderslautende Bedingungen in interkantonalen Vereinbarungen definiert werden können. Damit liege das finanzielle Risiko zwar noch immer bei den Wohnsitzkantonen, jedoch könnten bilaterale Verträge den Unsicherheiten Abhilfe schaffen, erklärte die Kommission. Die Version des Ständerats sei hingegen nicht tragbar, weil damit Patientinnen und Patienten möglicherweise umziehen müssten, falls in ihrem Heimatkanton wieder Plätze in Pflegeheimen frei würden. Barbara Schmid-Federer (cvp, ZH) sah im neuen Vorschlag eine neue Kompromisslösung und verkaufte ihn als Schritt auf den Ständerat zu.
Bea Heim eröffnete die Debatte im Nationalrat in der Sommersession 2017 und unterstrich dabei die Bedeutung des Geschäftes. Man müsse sich um die Interessen der Pflegebedürftigen kümmern und nicht um jene der Kantone. Sie erinnerte an die Abstimmung nach der ersten nationalrätlichen Debatte, die mit 165 Stimmen einstimmig eine Lösung hervorgebracht hatte, in der eine freie Wahl des Pflegeheims festgelegt wurde. Dies sei einer freien Wohnsitzwahl auch im pflegebedürftigen Alter gleichzusetzen, erklärte sie. Faktisch, so Heim weiter, bliebe es mit dem ständerätlichen Vorschlag bei der Situation, dass nur wohlhabende Personen die Möglichkeit hätten, in ein ausserkantonales Pflegeheim zu ziehen, beispielsweise um in der Nähe ihrer Angehörigen zu sein. Das Finanzierungsrisiko bliebe so bei den Patientinnen und Patienten. Gesundheitsminister Berset gab in der Debatte zu Protokoll, dass die Regierung die Variante des Ständerats bevorzuge. Für die Kommission äusserte sich abschliessend Ruth Humbel (cvp, AG), die verdeutlichte, dass die ständerätliche Lösung analog jener bei den Ergänzungsleistungen im Sinne einer freien Wahl des Pflegeheims durch die Pflegebedürftigen nicht zielführend sei. In der Folge zog das Plenum den Vorschlag der SGK-NR dem Minderheitsantrag Heim auf Festhalten an der ursprünglichen Version des Nationalrats mit 132 zu 51 Stimmen (bei einer Enthaltung) vor.

In einem im Februar 2014 vorgelegten Kommissionsbericht beantragte die nationalrätliche UREK ihrem Rat mit 10 zu 9 Stimmen bei 4 Enthaltungen, die parlamentarische Initiative von Siebenthal (svp, BE), der 2012 Folge geleistet worden war, und mit der die gesetzlichen Bestimmungen zur Verbrennung von unbehandeltem Holz gelockert werden sollen, abzuschreiben. Grund dafür waren die überwiegend negativen Anhörungsergebnisse zur vorgeschlagenen Änderung der Luftreinhalteverordnung (LRV). Eine der Änderungen bestand darin, dass neben naturbelassenem auch bereits mechanisch bearbeitetes Holz in kleinen Holzfeuerungen verbrannt werden darf, sofern letzteres nicht mit holzfremden Stoffen verunreinigt wurde. Neben den Umwelt- und Gesundheitsorganisationen, die sich einhellig gegen eine derart ausgestaltete Bestimmung gestemmt hatten, war dieser Vorschlag auch bei sieben von zehn Kantonen sowie bei fast der Hälfte der angehörten Wirtschafts- und Fachverbänden auf Ablehnung gestossen. Daraufhin hatte die UREK-SR 2013 grossmehrheitlich empfohlen, die Vorlage nicht weiterzuverfolgen. Die Hauptbedenken, welche neben dem BAFU und der UREK-SR nun auch von der UREK-NR mehrheitlich geteilt wurden, betrafen die Schwierigkeit, unbehandeltes von behandeltem Holz in jedem Fall eindeutig unterscheiden zu können. Im Irrtumsfall könnten möglicherweise gesundheitsbeeinträchtigende Schwermetalle oder Dioxine freigesetzt werden. Eine starke bürgerliche Kommissionsminderheit wollte dem Bundesrat den Verordnungsentwurf dennoch unterbreiten und empfahl der grossen Kammer aus diesem Grund die Verlängerung der Behandlungsfrist um zwei Jahre. Der Nationalrat folgte seiner Minderheit diskussionslos und überaus deutlich mit 107 zu 56 Stimmen. Zu den unterlegenen Fraktionen der Grünen und der SP gesellten sich sechs Mitglieder der FDP-Fraktion sowie ein GLP-Vertreter.

Im Januar bzw. April 2014 gaben die Kommissionen für soziale Sicherheit und Gesundheit des Nationalrats und Ständerats einer parlamentarischen Initiative Kessler (glp, SG) Folge, welche die Risikoselektion von Patienten mit teuren Medikamenten durch die Krankenkassen unterbinden will. Der Vorstoss will bei der Abrechnung von Leistungen das System des Tiers payant, das bereits für stationäre Behandlungen gilt, auf den Bezug von Medikamenten ausweiten. Gemäss diesem System schulden die Versicherungsunternehmen den Leistungserbringenden die Vergütung direkt. Im Gegensatz dazu schulden beim System des Tiers garant, das grundsätzlich bei allen übrigen Leistungen gilt, die Patientinnen und Patienten den Leistungserbringern die Vergütung, die sie anschliessend von den Versicherern zurückfordern können. Derzeit sind für Medikamente beide Systeme erlaubt; eine Minderheit der Kassen macht vom Recht auf das System des Tiers garant Gebrauch. Gerade bei teuren Präparaten wie Krebsmedikamenten, welche monatlich vierstellige Summen kosten können, sei es den Versicherten oft jedoch nicht möglich, die hohen Beträge vorzuschiessen. Um nicht auf das Entgegenkommen der Apotheken angewiesen zu sein, die die Medikamente teils auf Kredit abgeben, würden viele chronisch Kranke zu einer Kasse mit dem Abrechnungssystem des Tiers payant wechseln, so die Begründung des Anliegens. Die Kassen erreichten dadurch mit dem System des Tiers garant eine für sie positive Risikoselektion, weil teure Patientinnen und Patienten freiwillig abwanderten. Ohne gesetzliche Massnahmen sei eine weitere Ausbreitung des System des Tiers garant für Medikamente in der Kassenlandschaft zu befürchten. Apothekenvertreter äusserten sich kritisch zum Anliegen: Zwar halte man den Tiers payant für das patientenfreundlichere System, man habe aber ein Interesse daran, diesen auf Verhandlungsbasis mit den Versicherern zu vereinbaren. Vertreter der Ärzteschaft betonten, bei ambulanten Leistungen solle am derzeit üblichen System des Tiers garant festgehalten werden.

Nach verschiedenen Verhandlungen mit Bundesrat Berset verzichteten die Ärzteverbände, der Spitalverband H+ sowie der Verband Patienten.ch auf das im Vorjahr angekündigte Referendum gegen die Revision des KVG bezüglich der subsidiären Kompetenz des Bundesrates beim Tarmed und der Übermittlung von Patientendaten.

Au mois de mars, l’association des hôpitaux, H+, la FMH ainsi que quatorze organisations professionnelles et syndicales ont lancé un appel soutenu par la Conférence des directeurs cantonaux de la santé afin que l’introduction du système de montants forfaitaires en fonction du diagnostic (DRG) mettant les hôpitaux en concurrence ne nuise pas aux conditions de travail et à la formation du personnel soignant. Ils craignent que cette concurrence porte préjudice à la qualité des soins en poussant les hôpitaux à dispenser des prestations moins complètes. Certaines organisations ont demandé un moratoire sur la mise en œuvre de la loi. Par ailleurs, Santésuisse et la Conférence des directeurs cantonaux de la santé ont évalué le surcroît de charge global pour la mise en place du nouveau système à 1 milliard de francs pour les cantons et à 400 millions de francs pour les caisses. Ils ont également estimé que ce dernier entraîne une augmentation de 1,6 à 2% des primes de l’assurance de base. En mai, la CSSSP-CE a déposé une initiative parlementaire visant à interdire en urgence les augmentations de primes durant trois ans. Cette dernière a rencontré l’opposition des cantons et a finalement été rejetée par les chambres, seules l’UDC et une partie du groupe PDC l’ayant clairement soutenue. En juillet, H+ et Santésuisse ont conclu une convention permettant la transmission aux assureurs des données relatives aux diagnostics afin de contrôler les coûts. Certains acteurs comme Privatim, l’association des commissaires suisses à la protection des données, ont fortement protesté tandis que les hôpitaux, en contradiction avec leur faîtière, et de nombreux prestataires de soins ont refusé cette pratique l’estimant inacceptable au vu du secret médical et inutile. Au mois de novembre, de nombreuses manifestations ont eu lieu dans l’ensemble du pays afin de protester contre le nouveau financement hospitalier. Les professionnels de la santé ont estimé que le nouveau système aggrave des conditions de travail déjà difficiles, notamment en raison de sous-dotation en personnel, tandis que le syndicat des services publics a estimé que les décisions sont prises sans consultation du personnel.