In seiner Botschaft zur Volksinitiative „Für den öffentlichen Verkehr“ und zum direkten Gegenentwurf (Bundesbeschluss über Finanzierung und Ausbau der Eisenbahninfrastruktur FABI) vom Januar 2012 beantragte der Bundesrat dem Parlament, die Volksinitiative Volk und Ständen zur Ablehnung und den direkten Gegenentwurf zur Annahme zu empfehlen. Der Bundesrat wies in der Botschaft auf die Finanzierungslücke von bis zu CHF 500 Mio. pro Jahr hin, welche durch den notwendigen Ausbau, die Inbetriebnahme von neuen Projekten (Durchmesserlinie Zürich, NEAT Gotthard und Ceneri, CEVA (Cornavin-Eaux-Vives-Annemasse) Genf) sowie durch den Unterhalt der immer stärker belasteten Infrastruktur anfalle. Neue Ausbauvorhaben wurden auf weitere CHF 500 Mio. pro Jahr geschätzt und der mittelfristige finanzielle Bedarf auf rund CHF eine Milliarde pro Jahr veranschlagt. Zudem verursachten Verzinsung und Rückzahlung des FinöV-Fonds ab 2019 jährlich Kosten von CHF 600-700 Mio. Der befristete FinöV-Fonds solle in den neuen, unbefristeten Bahninfrastrukturfonds BIF überführt werden. Der BIF solle künftig Betrieb, Unterhalt und Ausbau des Bahn- und Agglomerationsverkehrs finanziell tragen. Zu den Finanzierungsinstrumenten des BIF gehören die Quellen des FinöV (zwei Drittel der LSVA-Erträge, ein Mehrwertsteuerpromille sowie befristete Mittel aus der Mineralölsteuer), die ordentlichen Mittel des Bundeshaushalts für Betrieb und Erhaltung der Bahninfrastruktur sowie drei neue Instrumente: Mehreinnahmen aus der direkten Bundessteuer (aus dem verkleinerten Fahrkostenabzug), Mittel aus der Erhöhung der Trassenpreise und eine Neuregelung der Zuständigkeiten zwischen Bund und Kantonen, welche die Kantone zur Finanzierung der Publikumsanlagen der Bahn verpflichtet. Auch das strategische Entwicklungsprogramm Bahninfrastruktur „STEP“ war Teil der bundesrätlichen Botschaft. Akzente in der Langfristperspektive setzte der Bundesrat mit der Kapazitätssteigerung bei Schiene, Zügen und Bahnhöfen. Im Personenverkehr soll auf Strecken mit grosser Nachfrage der Viertelstundentakt eingeführt und der Güterverkehr gestärkt werden. STEP soll in mehreren Ausbauschritten erfolgen, wobei der Bundesrat diese dem Parlament alle vier oder acht Jahre unterbreiten will. Der Ausbauschritt 2025 beinhaltet die Einführung des Halbstundentaktes auf den Strecken Locarno–Lugano, Zürich–Chur, Zürich–Lugano und Bern–Luzern, den Ausbau der letzten eingleisigen Strecke für den Güterverkehr (Ligerz-Twann), sowie Massnahmen und Investitionen in betriebsnotwendige Anlagen bei Privatbahnen und auf dem gesamten Eisenbahnnetz. Die Diskussion der Vorlage wurde im November des Berichtjahres im Ständerat aufgenommen. Anfang Dezember 2012 fasste der Ständerat sowohl im Entwurf 2 (direkter Gegenentwurf zur Volksinitiative „Für den öffentlichen Verkehr“) als auch in den Entwürfen 3 (FABI) und 4 (Ausbauschritt 2025 der Eisenbahninfrastruktur) vom Entwurf des Bundesrates abweichende Beschlüsse. Der Ständerat folgte geschlossen seiner Kommission, welche aus taktischen Gründen so viele weitere Projekte aufnahm, dass das Investitionsvolumen mit CHF 6,4 Mrd. fast doppelt so hoch ausfiel, wie vom Bundesrat vorgesehen (CHF 3,5 Mrd.). Eingang in das Ausbaupaket fand im Ständerat die erste Etappe des sogenannten Bahn-Y (Bodensee-Rheintal-Verbindung bis Chur), was die Verbindung St. Gallen-Chur verbessern soll. Das Bahn-Y war von den St. Galler Standesvertretern Rechsteiner (sp) und Keller-Sutter (fdp) lanciert und mit geschicktem Lobbying in die Vorlage eingebracht worden. Da das Programm des Bundesrates den überwiegenden Teil der Investitionen in der Westschweiz bzw. im westlichen Mittelland vorsah, verbündeten sich die Ostschweizer Kantone, um mit dem Bahn-Y auch vom Ausbauprogramm zu profitieren. Folgende weiteren Projekte wurden vom Ständerat aufgenommen: Ein drittes Gleis zwischen Gümligen und Münsingen, der Ausbau des Bahnhofs Genf Cornavin, eine Überwerfung im Knotenpunkt Pratteln, Massnahmen zur Reisezeitverkürzung zwischen Bern und Lausanne sowie Ausbauten in Aarau. Um die Nordwestschweiz, Zürich und Luzern ins Boot zu holen, sah der Ständerat CHF 300 Mio. für Projektierungsarbeiten für den Brüttenertunnel (Zürich), den dritten Jura-Durchstich (Nordwestschweiz) und den Luzerner Tiefbahnhof vor. Nach dem Entscheid des Ständerates kommentierten kritische Stimmen in den Medien, das Paket sei überladen und bringe langfristig untragbare Unterhaltskosten mit sich. Der Nationalrat wird die Vorlage 2013 behandeln. Beide Räte verlängerten zudem die Behandlungsfrist der VCS-Initiative um ein Jahr (bis März 2014).

Suite à la procédure de consultation débutée l’année précédente, le Conseil fédéral a adopté le message relatif à l’arrêté fédéral sur la libération des crédits du programme en faveur du trafic d’agglomération à partir de 2011. Il y confirme sa décision d’investir CHF 1,51 milliards pour la réalisation des programmes d’agglomération urgents entre 2011 et 2014 et CHF 1,23 milliards de 2015 à 2018. Un montant résiduel de CHF 699 millions est ainsi prévu pour les agglomérations qui n’ont pas bénéficié d’une aide lors des étapes précédentes. Avec ces CHF 3,4 milliards, le soutien de la Confédération couvre environ 40% du coût total des programmes retenus. Par ce projet d’arrêté, le gouvernement demande au parlement son aval pour dépenser la première tranche de CHF 1,51 milliard afin de soutenir les programmes des agglomérations présentant les plus graves problèmes de trafic (Zurich, Bâle, Genève, Berne et Lausanne-Morges). Il a toutefois précisé que les dépenses effectives pourraient être moindres, dans la mesure où le programme de consolidation des finances fédérales pourrait pénaliser l’alimentation du fonds d’infrastructure. Il en résulterait par conséquent le report de certains projets.

En fin d’année, le DETEC a mis en consultation le projet de financement des programmes d’agglomération. Au total, CHF 6 milliards prélevés sur le fonds d’infrastructure seront investis sur vingt ans. L’Assemblée fédérale a déjà attribué CHF 2,6 milliards à vingt-trois projets urgents. D’ici à fin 2009, le Conseil fédéral doit proposer au parlement une répartition des CHF 3,4 milliards restants, dont CHF 1,5 milliard dès la période 2011-2014 et CHF 1,16 milliard pour 2015-2018. Les CHF 780 millions restants constitueront une réserve pour les agglomérations n’ayant pas reçu d’aide. Les trente projets déposés à l’ARE représentent un coût total de CHF 17 milliards. La Confédération ne pouvant y pourvoir qu’à hauteur de CHF 3,4 milliards, le Conseil fédéral entend soutenir seulement vingt-six projets sélectionnés en fonction de leur rapport coût/utilité. Pour la première tranche (CHF 1,5 milliard), le Conseil fédéral propose de soutenir prioritairement les grandes agglomérations, confrontées aux plus graves problèmes de transports et d’environnement, soit Zurich, Bâle, Genève, Berne et Lausanne-Morges.

En Suisse romande, les péages urbains suscitent plutôt le doute, voire l’hostilité. Si la ville de Genève n’a pas encore pris position, le conseiller d’Etat écologiste Robert Cramer en rejette le principe, le jugeant antisocial et privilégiant le développement des transports publics pour désengorger la capitale cantonale. Le syndic de Lausanne et conseiller national écologiste Daniel Brélaz s’est quant à lui montré sceptique au sujet des chances du projet de franchir à la fois les obstacles parlementaire et référendaire au niveau fédéral. Il a en outre émis des doutes sur la faisabilité et les coûts de l’introduction d’un tel système.

Dans de nombreuses villes, l'état des finances publiques et la réduction des subventions ont conduit les communes à revoir leur politique de transport. Ainsi, à Bâle, Saint-Gall, Bienne, Neuchâtel, Genève, Berne et Lugano, les tarifs devraient être augmentés, les prestations réduites et des postes de travail supprimés.