Lors de la session d’été, le Conseil des Etats s’est saisi du message relatif à l’arrêté fédéral sur la libération des crédits du programme en faveur du trafic d’agglomération, par lequel le Conseil fédéral a proposé d’investir CHF 1,51 milliards pour la réalisation des programmes d’agglomération urgents entre 2011 et 2014. Les sénateurs ont salué le projet présenté, tout en soulignant le problème du financement pour lequel la commission des transports (CTT-CE) a proposé une solution par voie d’initiative parlementaire. Si l’entrée en matière n’a suscité aucune opposition, des propositions de minorité visant à augmenter les moyens alloués aux projets de Zurich et de Bâle ont été présentées. Leurs auteurs les ont toutefois retirées, après que le président de la CTT-CE a rappelé que le succès de toute l’entreprise dépendait de l’équilibre d’ensemble que le gouvernement était parvenu à trouver, réussissant ainsi à concilier les intérêts de toutes les agglomérations présentant des problèmes urgents de trafic. Sur proposition de sa commission, la chambre haute a amendé le texte afin de préciser les conditions de préfinancement par les agglomérations. Au vote sur l’ensemble, les sénateurs ont approuvé à l’unanimité le projet d’arrêté ainsi modifié.
Au Conseil national, l’entrée en matière a également été décidée sans la moindre opposition. Lors de la discussion par article, des propositions de minorité en faveur d’un soutien accrû aux projets d’agglomération de Berne et de Bâle ont été présentées par des députés issus des cantons concernés. Elles ont été rejetées, respectivement par 145 voix contre 22 et par 142 voix contre 20. Aucun autre point n’ayant prêté à discussion, les députés ont suivi le Conseil des Etats et adopté le projet d’arrêté à l’unanimité.

Suite à la procédure de consultation débutée l’année précédente, le Conseil fédéral a adopté le message relatif à l’arrêté fédéral sur la libération des crédits du programme en faveur du trafic d’agglomération à partir de 2011. Il y confirme sa décision d’investir CHF 1,51 milliards pour la réalisation des programmes d’agglomération urgents entre 2011 et 2014 et CHF 1,23 milliards de 2015 à 2018. Un montant résiduel de CHF 699 millions est ainsi prévu pour les agglomérations qui n’ont pas bénéficié d’une aide lors des étapes précédentes. Avec ces CHF 3,4 milliards, le soutien de la Confédération couvre environ 40% du coût total des programmes retenus. Par ce projet d’arrêté, le gouvernement demande au parlement son aval pour dépenser la première tranche de CHF 1,51 milliard afin de soutenir les programmes des agglomérations présentant les plus graves problèmes de trafic (Zurich, Bâle, Genève, Berne et Lausanne-Morges). Il a toutefois précisé que les dépenses effectives pourraient être moindres, dans la mesure où le programme de consolidation des finances fédérales pourrait pénaliser l’alimentation du fonds d’infrastructure. Il en résulterait par conséquent le report de certains projets.

En fin d’année, le DETEC a mis en consultation le projet de financement des programmes d’agglomération. Au total, CHF 6 milliards prélevés sur le fonds d’infrastructure seront investis sur vingt ans. L’Assemblée fédérale a déjà attribué CHF 2,6 milliards à vingt-trois projets urgents. D’ici à fin 2009, le Conseil fédéral doit proposer au parlement une répartition des CHF 3,4 milliards restants, dont CHF 1,5 milliard dès la période 2011-2014 et CHF 1,16 milliard pour 2015-2018. Les CHF 780 millions restants constitueront une réserve pour les agglomérations n’ayant pas reçu d’aide. Les trente projets déposés à l’ARE représentent un coût total de CHF 17 milliards. La Confédération ne pouvant y pourvoir qu’à hauteur de CHF 3,4 milliards, le Conseil fédéral entend soutenir seulement vingt-six projets sélectionnés en fonction de leur rapport coût/utilité. Pour la première tranche (CHF 1,5 milliard), le Conseil fédéral propose de soutenir prioritairement les grandes agglomérations, confrontées aux plus graves problèmes de transports et d’environnement, soit Zurich, Bâle, Genève, Berne et Lausanne-Morges.

Le parlement cantonal zurichois n’a pas attendu le feu vert des autorités fédérales pour inscrire dans son plan directeur des transports le principe de l’introduction à moyen terme d’un tel système de taxe (Road Pricing) pour la ville de Zurich, voire son agglomération. Principaux promoteurs de cette innovation, les députés écologistes et socialistes ont souligné qu’il s’agissait d’une taxe environnementale, selon le principe du pollueur-payeur, dont le produit devrait servir au développement des transports publics, et non à la construction de nouvelles routes. À l’opposé, UDC et PRD ont dénoncé le caractère antisocial de cette taxe qui empêcherait les personnes de conditions modestes de se déplacer en automobile en ville de Zurich. Suite à la décision du Conseil fédéral, les autorités de la ville de Berne ont pour leur part communiqué qu’elles privilégiaient une solution au niveau de l’agglomération bernoise, et non uniquement de la capitale, en concertation avec le canton. Le PS bernois a déposé des propositions en faveur du Road Pricing au Grand conseil et au législatif de la capitale.

Dans de nombreuses villes, l'état des finances publiques et la réduction des subventions ont conduit les communes à revoir leur politique de transport. Ainsi, à Bâle, Saint-Gall, Bienne, Neuchâtel, Genève, Berne et Lugano, les tarifs devraient être augmentés, les prestations réduites et des postes de travail supprimés.