Noch bevor der Nachtrag IIa vom Parlament behandelt worden war, reichte der Bundesrat Mitte September 2021 den Nachtrag II zum Voranschlag 2021 in der Höhe von CHF 79.4 Mio. nach. Damit sollten insbesondere wie bereits im Vorjahr coronabedingte Einnahmenausfälle im Schienengüterverkehr (CHF 25 Mio.) abgegolten und das verstärkte Engagement in Afghanistan nach der Machtübernahme der Taliban (CHF 23 Mio.) finanziert werden. Zudem wurden Leistungen des Bundes an die ALV (16.7 Mio.) nötig, da der veranschlagte Bundesbetrag für das laufende Jahr sowie der ausbezahlte Bundesbetrag des Vorjahres zu tief waren. Auch die Zulagen an die Milchwirtschaft (CHF 10 Mio.) mussten im Jahr 2021 aufgrund eines grösseren Milchkuhbestands erhöht werden. CHF 20 Mio. waren schliesslich als Verpflichtungskredit zur Deckung von Kursschwankungen beim «Aufklärungsdrohnensystem 15» vorgesehen, CHF 7 Mio. für die Behebung von Unwetterschäden vom Juli 2021 bei der Bahninfrastruktur und CHF 8.5 Mio. stellten Kreditübertragungen aus dem Voranschlag 2020 dar.

Dans sa réponse à une question du conseiller national Josef Lang (pe, ZG) relative à l’exportation de chars Piranha par la société Mowag à destination de la Roumanie, et l’utilisation prévue de ceux-ci par ce dernier pays en Irak et en Afghanistan, le Conseil fédéral a précisé que l'engagement des troupes roumaines et de leur matériel de guerre n'intervenait pas dans le cadre d'une guerre contre l'Irak ou l'Afghanistan, mais suite à des résolutions adoptées par le Conseil de sécurité de l'ONU. Il a ajouté que l’utilisation de ces chars en Irak et en Afghanistan n’entrait pas dans le cadre de conflits entre Etats, mais d’opérations visant au rétablissement et au maintien de l'ordre social et étatique. Le gouvernement à donc estimé que ces exportations ne posaient pas problème.

Bereits die parlamentarische Debatte über die Regierungsrichtlinien führte zu einer Profilierung sowohl bürgerlicher als auch linker Positionen und damit zu einer Akzentuierung der freisinnig-sozialdemokratischen Polarisierung in der sicherheitspolitischen Lagebeurteilung. Zusätzlich aufgeladen wurden diese Reaktionen durch aktuelle weltpolitische Entwicklungen, hauptsächlich die sowjetische Invasion Afghanistans. So kritisierten bürgerliche Votanten, dass der Bundesrat aus finanzpolitischen Gründen den vom EMD angemeldeten Investitionsbedarf für die Jahre 1980-83 von CHF 8'800 auf 7'600 Mio. herabsetzen will. Der Zürcher Freisinnige Friedrich, zugleich Präsident der nationalrätlichen Militärkommission, forderte jährlich CHF 300 Mio. Mehrausgaben zur Verwirklichung des Armeeleitbildes 80. Angesichts der veränderten internationalen Lage komme der Sicherheitspolitik die höchste Priorität zu, wobei allenfalls auch ein verspäteter Budgetausgleich in Kauf zu nehmen sei. SP-Präsident Hubacher (BS) dagegen betonte, erfolgreiche Sicherheitspolitik sei nicht nur eine Frage der Rüstung, sondern auch der sozialen Reformpolitik. Es gehe nicht an, auf dem zivilen Sektor zu sparen, aber bei der militärischen Sicherheit ein Wachstum zu fordern. Zusätzliche Ausgaben dürften auch nicht über Wehranleihen oder sonstige Sondermassnahmen finanziert werden, da eine Reprivatisierung der Armee nicht akzeptierbar wäre.