Noch bevor der Nachtrag IIa vom Parlament behandelt worden war, reichte der Bundesrat Mitte September 2021 den Nachtrag II zum Voranschlag 2021 in der Höhe von CHF 79.4 Mio. nach. Damit sollten insbesondere wie bereits im Vorjahr coronabedingte Einnahmenausfälle im Schienengüterverkehr (CHF 25 Mio.) abgegolten und das verstärkte Engagement in Afghanistan nach der Machtübernahme der Taliban (CHF 23 Mio.) finanziert werden. Zudem wurden Leistungen des Bundes an die ALV (16.7 Mio.) nötig, da der veranschlagte Bundesbetrag für das laufende Jahr sowie der ausbezahlte Bundesbetrag des Vorjahres zu tief waren. Auch die Zulagen an die Milchwirtschaft (CHF 10 Mio.) mussten im Jahr 2021 aufgrund eines grösseren Milchkuhbestands erhöht werden. CHF 20 Mio. waren schliesslich als Verpflichtungskredit zur Deckung von Kursschwankungen beim «Aufklärungsdrohnensystem 15» vorgesehen, CHF 7 Mio. für die Behebung von Unwetterschäden vom Juli 2021 bei der Bahninfrastruktur und CHF 8.5 Mio. stellten Kreditübertragungen aus dem Voranschlag 2020 dar.

Im September 2021 nahm Bundesrat Cassis an der Afghanistan Konferenz der UNO teil, an der die Situation in Afghanistan nach der Machtübernahme durch die Taliban besprochen wurde. Das Ziel der Konferenz bestand darin, auf die grosse humanitäre Krise aufmerksam zu machen und die finanzielle Soforthilfe zu sichern. Bundesrat Cassis kündigte eine Erhöhung der Mittel für humanitäre Hilfe um CHF 33 Mio. an, womit sich die Schweizer Hilfe bis Ende 2022 auf rund CHF 60 Mio. belaufen werde. Cassis erinnerte aber auch daran, dass finanzielle Hilfe alleine nicht ausreiche, und forderte die Taliban auf, internationalen Organisationen und NGOs uneingeschränkten Zugang zur Bevölkerung zu ermöglichen. Auch die Achtung der Menschenrechte und der Minderheitenschutz müssten garantiert werden. Aussenminister Cassis traf sich im Rahmen der Konferenz unter anderem mit UNO-Generalsekretär António Guterres, um sich über die humanitäre Soforthilfe und die zukünftige internationale Entwicklungskooperation in Afghanistan zu unterhalten.

Nach der Machtübernahme der Taliban in Afghanistan Anfang August 2021 und dem gleichzeitigen Beschluss der USA und weiterer Staaten, ihre Truppen aus Afghanistan abzuziehen und ihre Botschaften zu evakuieren, leitete auch das EDA am 14. August die Evakuation des DEZA-Kooperationsbüros in Kabul ein und schloss dieses vorübergehend. Nebst drei Schweizer Staatsangehörigen beschäftigte das Kooperationsbüro 38 lokale Mitarbeitende, die nach Einschätzung des Bundesrats von den Taliban als «westliche Kollarobateure» betrachtet werden könnten und daher an Leib und Leben gefährdet seien, berichtete die NZZ. Das EDA gab am 16. August in einer Medienmitteilung bekannt, dass man den Mitarbeitenden und ihren engsten Familienangehörigen – insgesamt 230 Personen – ein humanitäres Visum für die Schweiz gewähre und sie dem Resettlement-Kontingent anrechenen werde. Seit 2019 wird jährlich ein Kontingent von 1'500-2'000 Personen für Resettlement-Flüchtlinge definiert. Unter Resettlement versteht man in Zusammenarbeit mit dem UNHCR die dauerhafte Neuansiedlung besonders schutzbedürftiger Flüchtline unter vollem Flüchtlingsschutz.
Tags darauf schickte das VBS 10 Soldaten nach Kabul, um die Bemühungen vor Ort zu unterstützen.
Auch die Schweizer Parteien meldeten sich diesbezüglich zu Wort. Wie La Liberté am 18. August berichtete, hatte die SP innert kürzester Zeit eine Online-Petition gestartet, welche die bürokratielose Aufnahme von mindestens 5'000 afghanischen Flüchtlingen verlangte. Kurz darauf drängten die SP, die Grünen sowie zahlreiche Hilfsorganisationen gar zur Aufnahme von 10'000 Flüchtlingen, wie die NZZ festhielt. Am anderen Ende des politischen Spektrums wehrte sich die SVP gegen jegliche Art von Kontingenten.
Am 19. August schob der Bundesrat derartigen Bestrebungen jedoch einen Riegel: Bundesrätin Karin Keller-Sutter äusserte zwar Verständnis für die Forderungen, doch die Aufnahme ganzer Gruppen sei nicht möglich, wie sie vor den Medien zu Verstehen gab. Sie führte aus, dass die Lage zu instabil sei, viele Menschen zurzeit nicht aus Afghanistan ausreisen könnten und man nicht wisse, ob überhaupt Bedarf bestehe. Sobald das UNHCR überprüft habe, ob und wie viele Menschen langfristig Schutz bräuchten, müsse die Staatengemeinschaft als Ganzes und damit auch die Schweiz über eine mögliche Aufnahme entscheiden.
Dies sorgte für Kritik aus den Reihen der besagten Parteien. So kritisierte Grünen-Präsident Balthasar Glättli (gp, ZH) in der NZZ, dass der Bundesrat «ein kaltes Herz» zeige. Er müsse sich vielmehr im Sinne der humanitären Tradition der Schweiz aktiv für die Aufnahme von Flüchtlingen einsetzen. Am 23. August vermeldete das EDA, dass ein Charterflug mit medizinischem Personal und Covid-Schutzmaterial nach Usbekistan gestartet sei, um die Evakuierungsanstrengungen sämtlicher westlicher Länder zu unterstützen. In der Medienmitteilung teilte das EDA zudem mit, dass sich weiterhin 35 Schweizer Staatsangehörige in Afghanistan befänden und man deren Repatriierung vorbereite. Die Repatriierung wurde schliesslich am 27. August vom EDA für beendet erklärt, nachdem insgesamt 385 Personen aus Afghanistan in die Schweiz geflogen worden waren.
Weiterhin offen blieb die Frage, wie die Schweizer Entwicklungshilfe ihre Arbeit in Afghanistan fortzusetzen gedenke. Die Weltwoche erklärte, dass die DEZA die bestehenden Projekte anpassen und fortführen wolle und sie schon in der Vergangenheit in den von den Taliban kontrollierten Gebieten tätig gewesen sei. Anfang September beschloss der Bundesrat, das humanitäre Engagement in Afghanistan zu verstärken, indem zusätzliche CHF 33 Mio. für Hilfe vor Ort freigegeben wurden. Insgesamt würde die Schweiz über die kommenden 16 Monate CHF 60 Mio. in Afghanistan und die umliegenden Staaten investieren, erklärte der Bundesrat.

Angesichts der Krise in Afghanistan forderte die APK-NR Ende August 2021 mittels einer Motion einen Beitrag der Schweiz zu Stabilität und Frieden in der Region. Die Schweiz solle auch aufgrund ihrer humanitären Tradition ihre Bemühungen in Zusammenarbeit mit allen beteiligten Parteien verstärken und dem Parlament, wenn nötig, einen Nachtragskredit für die humanitäre Hilfe in Afghanistan vorlegen, der grössentechnisch mit den Hilfszahlungen für Syrien vergleichbar sei. In seiner Stellungnahme im November zeigte sich der Bundesrat besorgt über die sich verschlechternde Sicherheits- und Menschenrechtslage in Afghanistan. Die Schweiz habe Mitte September an der Afghanistan-Konferenz der UNO teilgenommen und sei bereit, ihre Guten Dienste anzubieten, sofern eine Nachfrage danach bestehe. Man habe Anfang September zudem das Budget des DEZA-Kooperationsprogramms in Afghanistan für das Jahr 2021 um CHF 33 Mio. aufgestockt, von denen CHF 23 Mio. über einen Nachtragskredit finanziert werden sollen. Auch im Jahr 2022 sei ein ausgeweitetes Budget in der Höhe von CHF 27 Mio. vorgesehen, womit sich die Schweizer Hilfe bis Ende 2022 auf CHF 60 Mio. belaufen werde. Da er die Anliegen der Motion als erfüllt ansah, beantragte der Bundesrat deren Ablehnung.

Suite à la guerre civile et aux attaques aériennes américaines et anglaises sur le territoire afghan, la Confédération a déployé un programme humanitaire afin de venir en aide aux populations civiles. Un mini pont aérien a été mis en place entre Zurich et Turkménabad, alors qu’un convoi de sept camions a suivi le même trajet, acheminant des tentes, des couvertures, des sacs de couchage et des ustensiles de cuisine. L’aide suisse s’est effectuée en collaboration avec le Haut-Commissariat aux réfugiés (HCR). De plus, le Conseil fédéral a augmenté son soutien financier à l’Afghanistan pour l’année 2001 de 5 millions de francs, soit un total de 17,5 millions de francs. Enfin, la DDC a annoncé son intention de rétablir une présence helvétique à Kaboul: l’antenne humanitaire suisse à Islamabad devrait être déplacée dans la capitale afghane en 2002, après qu’une mission d’évaluation aura donné son feu vert. En revanche, l’éventualité du retour d’un corps diplomatique à Kaboul, retiré depuis 1979, n’a pas été discutée.