Im Anschluss an seine Beratungen dieser Vorlagen lehnte der Nationalrat auf Antrag des Bundesrates gegen die Stimmen der Linken eine Motion seiner Rechtskommission für vermehrte Kontroll- und Einflussmöglichkeiten des Parlaments beim Entscheid über Informationssysteme des Bundes und bei der Ausarbeitung von ihre Anwendung regelnden Verordnungen ab. Bundesrat Koller verwies dabei neben der Gewaltentrennung auch auf die Einflussmöglichkeiten des Parlaments beim Erlass der Gesetzesgrundlagen, welche gemäss Datenschutzgesetz für jedes Informationssystem erforderlich sind.

In der Differenzbereinigung schloss sich die kleine Kammer namentlich in der Regelung des Datenschutzes im Medienbereich dem Nationalrat an. Ein Streichungsantrag Schmid (cvp, AI), der sich gegen jegliche Ausnahmeregelung für die Medienschaffenden wandte, wurde mit 23:9 Stimmen abgelehnt. Eine Differenz schuf der Ständerat jedoch mit der Streichung der zeitlichen Befristung der Bestimmungen über den Staatsschutz. Die Mehrheit teilte damit die Befürchtungen Bundesrat Kollers, dass es nicht möglich sein werde, innerhalb von fünf Jahren ein Staatsschutzgesetz zu verabschieden.

Die Bestimmungen des neuen Datenschutzgesetzes werden sowohl für den Bund als auch für Private gelten, hingegen aus Gründen der kantonalen Autonomie der Verwaltungsorganisation nicht für die Kantone und Gemeinden. Eine Motion Salvioni (fdp, TI) für die Schaffung einer Verfassungsgrundlage, welche es dem Bund erlauben würde, allgemein gültige Datenschutzregeln aufzustellen, lehnte der Nationalrat auf Antrag des Bundesrates ab. Der Vorsteher des EJPD gab dabei zu bedenken, dass vom neuen Bundesgesetz eine Nachahmungs- und Harmonisierungswirkung auf die Kantone erwartet werde und deshalb eine Verfassungs- und anschliessende Gesetzesrevision nur zu Verzögerungen führen würde. Eine Kommissionsmotion für die Erarbeitung von Datenschutzregeln für den Telekommunikationsbereich wurde hingegen überwiesen (Mo. 91.032).