Ebenfalls noch im Mai 2020 verabschiedete der Bundesrat die Botschaft zur dringlichen Änderung des Epidemiengesetzes betreffend das Proximity-Tracing-System, mit der die Rechtsgrundlage für die Corona-Warn-App geschaffen werden soll. Eine solche hatten die eidgenössichen Räte mit der Annahme zweier Motionen der Staatspolitischen Kommissionen (Mo. 20.3144 und 20.3168) ausdrücklich verlangt. Zweck der SwissCovid-App ist es, das herkömmliche Contact-Tracing der Kantone zu ergänzen. Die Nutzung der App soll ausdrücklich freiwillig sein und aus der Teilnahme oder Nicht-Teilnahme dürften keine Vor- oder Nachteile erwachsen, versicherte der Bundesrat in der entsprechenden Medienmitteilung. Der Datenschutz werde gewahrt, indem die Daten dezentral gespeichert würden und das System keine Standortdaten erfasse. Zudem seien die technischen Details und der Quellcode der App öffentlich zugänglich. Überdies verpflichtete sich der Bundesrat dazu, die App ausser Betrieb zu nehmen, sobald sie für die Bekämpfung des Coronavirus nicht mehr erforderlich ist.
Die SGK-SR, die sich als erste mit der Vorlage auseinandersetzte, nahm die Botschaft positiv auf und zeigte sich erfreut, dass der Bundesrat die Forderungen des Parlaments bezüglich Freiwilligkeit, dezentraler Datenspeicherung, Open Source und Diskriminierungsverbot aufgenommen habe. Sie beantragte ihrem Rat zwei Änderungen am Entwurf: Erstens müsse sichergestellt sein, dass die App nachweislich aus dem veröffentlichen Quellcode erstellt worden sei. Zweitens wollte sie die Ausserbetriebnahme der App nicht nur bei nicht mehr gegebener Notwendigkeit, sondern auch bei erwiesener ungenügender Wirksamkeit vorsehen. Die SGK-NR hiess den Entwurf mit den Änderungen ihrer Schwesterkommission ebenfalls gut und beantragte zusätzlich, dass der Corona-Test für Personen, die von der App über eine mögliche Ansteckung benachrichtigt worden sind, kostenlos sein müsse. Die beiden Kommissionen ersuchten den Bundesrat ausserdem in einem Schreiben, eine Erwerbsausfallentschädigung für Personen zu prüfen, die sich aufgrund einer Benachrichtigung der App freiwillig in Quarantäne begeben. Damit soll ein Anreiz für die breite Nutzung der App geschaffen werden.
Ständerat Damian Müller (fdp, LU) übernahm den Antrag der SGK-NR auf kostenlose Tests und brachte ihn in der Sommersession in der Kantonskammer als Einzelantrag ein, wo er auch mit grosser Mehrheit angenommen wurde. Der Ständerat hoffte, durch diese Vorwegnahme der einzigen inhaltlichen Differenz zwischen den Kommissionen die Beratung des dringlichen Geschäfts zu beschleunigen. In den anderen Punkten stimmte die kleine Kammer stillschweigend den Anträgen ihrer Kommission zu und nahm die Vorlage in der Gesamtabstimmung mit 43 zu 1 Stimmen bei einer Enthaltung an. Anschliessend schrieb sie die Motionen 20.3144 und 20.3168, mit denen die Staatspolitischen Kommissionen beider Räte das nun vorliegende Gesetz verlangt hatten, stillschweigend ab.
Nationalrat Thomas de Courten (svp, BL) äusserte in der grossen Kammer indes Zweifel, ob man «diese Gesetzesgrundlage für ein Informationssystem, staatlich betrieben zur Überwachung der Bürgerinnen und Bürger, einfach so durchwinken» solle, und beantragte Nichteintreten, fand dafür jedoch ausserhalb seiner Fraktion keine Unterstützung. Die Volkskammer trat mit 164 zu 26 Stimmen bei 6 Enthaltungen auf das Geschäft ein und lehnte daraufhin alle von der Kommissionsmehrheit abweichenden Anträge ab. Es handelte sich dabei um diverse Einzelanträge sowohl für eine Verschärfung – wodurch gemäss Mehrheitsmeinung jedoch die Funktionalität der App beeinträchtigt würde – als auch für eine Lockerung des Datenschutzes – zur Vereinfachung der Interoperabilität mit anderen Anwendungen und der wissenschaftlichen Nutzung der Daten – sowie um einen Minderheitsantrag Wasserfallen (sp, BE) zur Garantie von Erwerbsersatz während der freiwilligen Quarantäne, den die Ratsmehrheit aber als nicht ausgereift ansah; der Bundesrat sei aufgefordert, hier eine Regelung zu treffen. In der Gesamtabstimmung stimmte der Nationalrat der somit bereinigten Vorlage mit 156 zu 22 Stimmen bei 13 Enthaltungen zu, wobei sich die Fraktionen der SVP und der Grünen grossteils skeptisch zeigten, und schrieb die beiden Kommissionsmotionen für eine gesetzliche Grundlage für die Corona-Warn-App stillschweigend ab.
Ebenfalls noch in derselben Session nahmen beide Räte die Dringlichkeitsklausel an und verabschiedeten die dringliche Gesetzesänderung sodann mit 154 zu 23 Stimmen bei 18 Enthaltungen im Nationalrat und mit 42 zu 1 Stimmen bei 2 Enthaltungen im Ständerat.

In den Medien wurde die parlamentarische durch eine lebhafte gesellschaftliche Debatte über Sinn und Unsinn beziehungsweise Chancen und Gefahren von Corona-Warn-Apps im Allgemeinen sowie der SwissCovid-App im Speziellen begleitet. Ein Teil der Bevölkerung konnte die offizielle Lancierung der SwissCovid-App, die nach der Genehmigung der Gesetzesgrundlage durch das Parlament erfolgen sollte, kaum erwarten. Wie «Le Temps» Anfang Juni berichtete, verzeichnete die App zu diesem Zeitpunkt schon rund 50'000 Downloads, obwohl sie sich noch in der Testphase befand und für die Öffentlichkeit noch gar nicht freigegeben war. Auch zeigten sich nicht alle Parlamentarierinnen und Parlamentarier über ihr Mitspracherecht bei der Rechtsgrundlage für die App erfreut, vielmehr gehe durch die parlamentarische Beratung wertvolle Zeit verloren, liess sich etwa GLP-Nationalrat Martin Bäumle (glp, ZH) im «Blick» zitieren. Einwände gegen die App betrafen vor allem den Datenschutz und im Spezifischen die Rolle der US-amerikanischen Tech-Konzerne Amazon, Apple und Google bei deren Entwicklung und Betrieb. Während Amazon das sogenannte Content Delivery Network zur Verteilung der anonymen Codes an alle teilnehmenden Smartphones bereitstellt, hatten Apple und Google eigens eine spezielle Bluetooth-Schnittstelle entwickelt, die von der App für das Proximity-Tracing genutzt wird. Dabei schwang aber auch ein wenig Stolz mit, dass das Entwicklerteam der EPFL es geschafft hatte, die Tech-Riesen Apple und Google von ihrer Anwendung zu überzeugen und so den Stein für die gemeinsame Bluetooth-Schnittstelle ins Rollen zu bringen. Gleichzeitig erhielt die Schweizer App – nicht zuletzt im internationalen Vergleich – Lob für ihre vorbildliche, datensparsame und sichere Struktur. Die Datensicherheit wurde, wie die NZZ berichtete, auch von zwei Cybersicherheitsstellen des Bundes, dem Computer Security Incident Response Team am BIT sowie dem Swiss Government Computer Emergency Response Team, bestätigt. Dieselbe Zeitung resümierte jedoch, dass die «höchste Hürde» der SwissCovid-App noch bevorstehe, indem sie in der Bevölkerung tatsächlich Fuss fassen müsse.

In der Sommersession 2020 setzte der Ständerat die Differenzbereinigung bei der Totalrevision des Datenschutzgesetzes fort. In zwei Punkten, die das Auskunftsrecht der von einer Datenbearbeitung betroffenen Person und die Informationspflicht der datenbearbeitenden Stelle betrafen, fügte sich die kleine Kammer stillschweigend und diskussionslos den Beschlüssen des Nationalrates. So muss die betroffene Person nicht zwingend über die Liste ihrer Rechte und die allfällige Absicht, eine Kreditwürdigkeitsprüfung vorzunehmen, informiert werden. Eine angeforderte Auskunft muss zudem «die bearbeiteten Personendaten als solche» beinhalten, wobei die SPK-SR zum Schluss gekommen war, dass die vom Nationalrat eingefügte Ergänzung «als solche» nichts nütze, aber auch nichts schade, wie deren Berichterstatter Daniel Fässler (cvp, AI) vor dem Plenum erläuterte. Stillschweigend hielt der Ständerat hingegen an seinem Entscheid fest, dass alle genetischen Daten als besonders schützenswerte Personendaten gelten sollen, da die einschränkende Definition des Nationalrates gemäss dem Kommissionssprecher wohl nicht EU-konform wäre.
Für eine kurze Debatte sorgte die Frage, welche Daten für eine an sich persönlichkeitsverletzende Kreditwürdigkeitsprüfung verwendet werden dürfen. Eine Minderheit Müller (fdp, LU) schlug vor, den Einbezug von bis zu zehn Jahre alten Daten zu erlauben – dies hatte der Nationalrat so entschieden –, wobei aber Daten aus öffentlich zugänglichen staatlichen Registern von dieser Beschränkung ausdrücklich auszunehmen seien. Mit einer kurzen und starren Frist würden die Interessen der Gläubiger zu wenig berücksichtigt, begründete Damian Müller den Antrag. Der Rat folgte mit 25 zu 17 Stimmen jedoch seiner Kommissionsmehrheit und hielt an seinem letzten Beschluss fest, wonach die verwendeten Daten nicht älter als fünf Jahre sein dürfen, wie es auch der Bundesrat ursprünglich vorgesehen hatte. Kommissionssprecher Fässler argumentierte, dass ältere Daten mitunter ungenau seien und daher nicht als Rechtfertigungsgrund für eine Persönlichkeitsverletzung zugelassen werden sollten.
Gerungen wurde in der Ständekammer indes immer noch um die Definition von «Profiling mit hohem Risiko», nachdem der Nationalrat dem risikobasierten Ansatz zur Regulierung des Profilings zugestimmt, sich aber mit der Abgrenzung der Risikostufen nicht zufrieden gezeigt hatte. Die Kommission schlug ihrem Rat einstimmig eine neue Formulierung vor, die sich am heute geltenden Konzept des Persönlichkeitsprofils orientierte und die die Idee der grossen Kammer aufnahm, das Risiko am Ergebnis der Datenbearbeitung anstatt am Prozess festzumachen. Mit einem Einzelantrag wollte Ständerat Ruedi Noser (fdp, ZH) der Formulierung des Nationalrats den Vorzug geben, weil der Vorschlag der ständerätlichen SPK das Profiling faktisch verbiete und den unklaren und veralteten Begriff «wesentliche Aspekte der Persönlichkeit» verwende. Kommissionssprecher Fässler und Bundesrätin Karin Keller-Sutter widersprachen dieser Darstellung jedoch: Profiling mit hohem Risiko werde nicht verboten, sondern lediglich höheren Anforderungen unterworfen, der kritisierte Begriff sei im geltenden Recht bereits etabliert und der Vorschlag Noser käme einer Nicht-Regulierung des Profilings gleich, wie sie wohl kaum mit dem EU-Datenschutzniveau vereinbar wäre. Zudem hätten der von Noser gewünschten Lösung im Nationalrat nur 65 Mitglieder zugestimmt, während 57 sie abgelehnt und sich 65 der Stimme enthalten hatten, weshalb darin kaum der endgültige Wille der grossen Kammer zum Ausdruck gekommen sei. Der Ständerat folgte mit 39 zu 5 Stimmen (1 Enthaltung) klar seiner Kommission und schrieb die neue Formulierung ins Gesetz, wonach Profiling dann mit hohem Risiko verbunden ist, wenn es «die Beurteilung wesentlicher Aspekte der Persönlichkeit einer natürlichen Person erlaubt». Damit wird das heutige Schutzniveau bei der automatisierten Datenbearbeitung gehalten, aber weder erhöht, wie es im Sinne der Ständeratsmehrheit und der linken Seite des Nationalrats gewesen wäre, noch gesenkt, was dem bürgerlichen Ansinnen entsprochen hätte. Mit noch drei inhaltlichen Differenzen ging die Vorlage wieder an den Nationalrat.