Der Nationalrat befasste sich in der Sommersession als Zweitrat mit dem Datenschutzgesetz. Nachdem sich alle Fraktionen für Eintreten ausgesprochen hatten, waren in der Detailberatung im wesentlichen zwei Fragen umstritten: die Anwendung des Datenschutzes im Medienbereich und die Ausnahmeregelungen für den Staatsschutz.
Die Kommissionsmehrheit des Nationalrats hatte eine für die Medien restriktivere Lösung als der Ständerat beantragt, indem sie das Einsichtsrecht in Datensammlungen von Medienschaffenden in der Regel bereits vor dem Zeitpunkt einer Publikation gewähren wollte. Ausnahmen sollten nur erlaubt werden, wenn "dies zum Schutz der freien Meinungsbildung des Publikums" notwendig sei. Namentlich die Linke, aber auch Nationalräte bürgerlicher Parteien sahen in dieser Bestimmung eine Gefahr für die Pressefreiheit: die Ausnahmeklausel sei derart schwammig, dass sie keine Gewähr gegen die Behinderung von unliebsamen Recherchen bieten könne. Die mit einem Ordnungsantrag zur Überarbeitung aufgeforderte Kommission präsentierte in der Folge eine allseits akzeptierte Lösung. Danach können Medien und Medienschaffende die Einsicht in ihre Datensammlungen einschränken, wenn die Daten Aufschluss über die Informationsquellen oder Einblick in Entwürfe für eine Publikation geben sowie wenn dadurch die freie Meinungsbildung des Publikums gefährdet würde. Medienschaffende sind zudem auch nicht zur vollständigen Offenlegung verpflichtet, wenn die Datei ausschliesslich als persönliches Arbeitsinstrument dient.
In der Frage der Ausnahmeregelung für die Dateien der Staatsschutzorgane wurde ein Streichungsantrag Rechsteiner (sp, SG) abgelehnt. Dieser hatte vergeblich damit argumentiert, dass es nicht angehe, Ausnahmen zu gestatten, bevor überhaupt in einem Staatsschutzgesetz genau geregelt sei, welche Daten erhoben werden dürften. Die Ratsmehrheit entschied sich – im Sinne einer auf fünf Jahre befristeten Übergangslösung bis zum Inkrafttreten eines Staatsschutzgesetzes – für eine Fassung, welche festlegt, dass das Datenschutzgesetz nicht auf personenbezogene Datensammlungen angewendet wird, die zur Bekämpfung des Terrorismus, der Spionage, des gewalttätigen Extremismus und des organisierten Verbrechens dienen.
Im Verfahrensbereich beschloss der Rat auf Antrag seiner Kommissionsmehrheit, die von der Ständekammer gestrichene Klagelegitimation des Datenschutzbeauftragten wieder einzuführen. Das ebenfalls von der Kommission beantragte Verbandsklagerecht lehnte der Rat hingegen ab.