Nachdem der Nationalrat im zweiten Anlauf im Sommer 2020 doch noch auf das Geschäft eingetreten war, widmeten sich die eidgenössischen Räte in der Herbstsession der Differenzbereinigung beim Informationssicherheitsgesetz. Der Ständerat, der als Erstes an der Reihe war, zeigte sich in zwei Punkten nicht bereit, den Beschlüssen des Nationalrats zu folgen. Mit stillschweigender Zustimmung strich er erstens den von der Volkskammer eingefügten Absatz, dass der Bundesrat seine Ziele und die Kosten für die Informationssicherheit zwingend den sicherheitspolitischen Kommissionen zur Konsultation vorlegen muss, wieder aus dem Gesetz. Nach Ansicht der SiK-SR war diese Bestimmung überflüssig, was auch Bundesrätin Viola Amherd bekräftigte: Die Fachkommissionen könnten wie die Finanzkommission und die Finanzdelegation jederzeit verlangen, dass sie zu einem Thema konsultiert würden, und dieser Forderung werde immer nachgekommen. Zweitens hielt die Kantonskammer an ihrem Beschluss fest, dass die AHV-Nummer systematisch zur Personenidentifikation im Rahmen des Informationssicherheitsgesetzes verwendet werden darf. Eine Minderheit Zopfi (gp, GL) hatte beantragt, den Beschluss des Nationalrats zu übernehmen, dass die AHV-Nummer nur vorübergehend zur Erzeugung einer nicht zurückrechenbaren Personennummer verwendet werden darf, unterlag jedoch mit 31 zu 10 Stimmen bei einer Enthaltung klar. VBS-Vorsteherin Viola Amherd hatte dem Rat in Erinnerung gerufen, dass er im Juni der Änderung des AHV-Gesetzes zugestimmt habe, das den Behörden generell die systematische Verwendung der AHV-Nummer erlaube; es mache darum keinen Sinn, hier jetzt eine andere Regelung festzuschreiben. In den übrigen, redaktionellen Differenzen schloss sich der Ständerat stillschweigend dem Nationalrat an.
Die zwei vom Ständerat aufrechterhaltenen Differenzen waren anschliessend im Nationalrat hochumstritten. Während die Mehrheit der SiK-NR sich bereit erklärte, auf die ausdrückliche Erwähnung der Konsultationspflicht des Bundesrates zu verzichten, beantragte eine Minderheit Hurter (svp, SH) deren Beibehaltung. Es handle sich dabei um eine «Notbremse», um zu verhindern, dass die Kosten aus dem Ruder laufen, und er verstehe nicht, so Hurter, «warum Sie sich weigern, Informationen zu erhalten». Abgesehen von der geschlossenen SVP-Fraktion und drei Abweichlern aus der Mitte hielt die grosse Kammer diesen Passus jedoch für unnötig und strich ihn endgültig aus dem Gesetz. Während sich eine Minderheit Riniker (fdp, AG) für die systematische Verwendung der AHV-Nummer und damit die Bereinigung auch dieser Differenz starkmachte, wollte die Kommissionsmehrheit am Beschluss festhalten, dass die AHV-Nummer nur einmalig zur Erzeugung einer nicht zurückrechenbaren Identifikationsnummer verwendet werden darf und aus Gründen des Datenschutzes nachher gelöscht werden muss. Die Grundsatzfrage der systematischen Verwendung der AHV-Nummer durch alle Behörden solle im Rahmen der entsprechenden Revision des AHV-Gesetzes geklärt und nicht bereits hier vorweggenommen werden, argumentierte etwa Grünen-Sprecher Balthasar Glättli (gp, ZH). Äusserst knapp mit 90 zu 87 Stimmen bei 9 Enthaltungen erhielt die grosse Kammer diese Differenz aufrecht, womit sich der Ständerat noch einmal damit befassen muss.