Anders als zuvor der Nationalrat war die SPK-SR mehrheitlich (6 zu 4 Stimmen, 2 Enthaltungen) der Ansicht, das Non-Refoulement-Prinzip sei ein fester Bestandteil der Bundesverfassung und schütze selbst verurteilte Terroristinnen und Terroristen zu Recht vor der Ausschaffung in ein Land, wo ihnen Folter oder die Todesstrafe droht. Demzufolge beantragte sie die Motion Regazzi (cvp, TI), die die Ausweisung von Dschihadistinnen und Dschihadisten in Folterstaaten ermöglichen sollte, ohne Gegenantrag zur Ablehnung. Dem Ständeratsplenum wurde in der Frühjahrssession 2019 dann jedoch ein Einzelantrag Minder (parteilos, SH) auf Annahme der Motion vorgelegt. Der parteilose Antragsteller argumentierte, das zwingende Völkerrecht greife hier nicht, sei gar «für jeden Rechtsstaat absurd und total unbefriedigend», denn «diese Nichtrückkehrer, diese Dschihadisten, diese Gefährder» kosteten den Staat «Millionen von Franken» und verursachten «in den Kantonen, beim Bund und in der Bevölkerung Frust und Unverständnis». Nicht zuletzt nahm er damit Bezug auf die fünf wegen Terrorismus verurteilten Iraker der «Schaffhauser IS-Zelle», die nach verbüsster Strafe nicht in den Irak ausgeschafft werden können, da ihnen dort mutmasslich Folter droht. FDP-Ständerat Andrea Caroni (AR) entgegnete mit einem Plädoyer für den Rechtsstaat, in dem er seine Ratskolleginnen und -kollegen dazu aufrief, sich nicht für Folter herzugeben und nicht das «innere Heiligtum» des Rechtsstaats preiszugeben. Die Schweiz solle ihre «höchsten Werte [...] nicht im blinden Eifer gegen die blinden Eiferer zerstören, damit wir nicht eines Tages werden wie sie». Überdies sei der Fokus der Motion auf Dschihadistinnen und Dschihadisten – «das Feindbild du jour» – unverständlich, denn Massenmord und Terrorismus seien nicht an eine Religion gebunden. Gegen den Vorstoss argumentierte ebenso Justizministerin Karin Keller-Sutter: Das menschenrechtliche Rückschiebungsverbot könne als Teil des zwingenden Völkerrechts nicht einfach umgangen werden. Zusätzlich wies sie auf die laufenden Arbeiten zum Bundesgesetz über polizeiliche Massnahmen zur Bekämpfung von Terrorismus hin und erläuterte, es sei nicht ganz einfach, geforderte Massnahmen wie beispielsweise die geschützte Unterbringung von Gefährderinnen und Gefährdern grundrechtskonform umzusetzen. Doch damit biss sie – wie im Nationalrat schon ihre Vorgängerin – letztlich auf Granit. Mit 22 zu 18 Stimmen bei einer Enthaltung nahm die kleine Kammer die Motion an. Auch wenn man das zwingende Völkerrecht nicht brechen könne, so müsse doch etwas getan werden, war in etwa der Grundtenor des Entscheids.
Das für eine Motion ungewöhnlich grosse Medienecho widerspiegelte ebenfalls die Umstrittenheit des Entscheids. Angesichts der Kritik, die Motion stelle den Rechtsstaat infrage, verteidigten die Befürworter – allen voran Motionär Fabio Regazzi – ihren Standpunkt, verurteilte Terroristen müssten sich nicht auf die Menschenrechte berufen können und «man müsse die Sorgen der Bevölkerung ernst nehmen» (NZZ). Demgegenüber sprach Gegner und FDP-Nationalrat Kurt Fluri (SO) gegenüber der NZZ von «Hysterie» und «Populismus». Die Menschenrechtsorganisation Amnesty International Schweiz bezeichnete den Gesetzgebungsauftrag als «inakzeptabel». Als Element des zwingenden Völkerrechts könne das Non-Refoulement-Prinzip in einem Rechtsstaat keinesfalls, auch nicht unter dem Deckmantel der inneren Sicherheit, derogiert werden. Wie der Bundesrat den verbindlichen Auftrag umsetzen will, war zunächst noch unklar; gemäss NZZ wolle das Justizdepartement «die Sache nun genauer analysieren».

Der Bundesbeschluss über die Erneuerung der Systemplattform Biometriedatenerfassung mit dem darin enthaltenen Verpflichtungskredit von CHF 33 Mio. stand im Frühling 2017 auf der Agenda des Nationalrats. Als einzigen Änderungsantrag brachte seine Staatspolitische Kommission einen zusätzlichen Absatz ein, demnach Offerten im Rahmen des Möglichen vor allem von Schweizer Unternehmen einzuholen sind und die Vergabekriterien so ausgestaltet werden müssen, dass insbesondere Schweizer Unternehmen berücksichtigt werden können. Kommissionssprecher Balthasar Glättli (gp, ZH) betonte, die Ergänzung werde „nicht aus irgendwelchen Gründen des Heimatschutzes wirtschaftlicher Art, sondern aus Gründen der Sicherheit“ gewünscht, da es sich bei biometrischen Daten um besonders schützenswerte Daten handle. Die so abgeänderte Vorlage wurde mit 180 Ja- zu 5 Nein-Stimmen aus der SVP-Fraktion gutgeheissen.

In der Sommersession 2017 behandelte der Ständerat das Geschäft und strich den vom Nationalrat eingefügten Artikel wieder aus dem Entwurf, wie es ihm seine Kommission beantragt hatte. Kommissionssprecher Peter Föhn (svp, SZ) erklärte, das Vorhaben müsse sowieso WTO-konform ausgeschrieben und vergeben werden, weshalb diese Bestimmung nichts bringe. Einstimmig nahm der Ständerat den Bundesbeschluss, der jetzt wieder dem bundesrätlichen Entwurf entsprach, an.

Die Mehrheit der SPK-NR stellte sich weiterhin hinter den Passus, der Schweizer Unternehmen bevorzugen will, und beantragte ihrem Rat Festhalten. Eine Minderheit sah die Datensicherheit jedoch auch bei Berücksichtigung eines fremden Anbieters gewährleistet und wollte sich dem Beschluss des Ständerates anschliessen. Bundesrätin Sommaruga führte aus, dass gemäss einer zwischenzeitlich durchgeführten Risikoanalyse kein Risiko einer nachrichtendienstlichen Ausspähung dieser Daten bestehe, und wies darauf hin, dass eine Bevorzugung schweizerischer Unternehmen vor den WTO-Regeln nur gerechtfertigt werden könnte, wenn diese der Verhinderung oder Minimierung eines solchen Risikos diene. Mit 98 zu 66 Stimmen bei 4 Enthaltungen hielt der Nationalrat an seinem Beschluss fest.

Es war schliesslich der Ständerat, der einlenkte und dem Beschluss des Nationalrates stillschweigend zustimmte. Dies jedoch nicht, weil er von der nationalrätlichen Lösung überzeugt war, sondern weil der Zeitplan keinen weiteren Aufschub dieses Geschäfts duldete. Kommissionssprecher Föhn erläuterte, dass im Falle einer weiteren Behandlung dieses Geschäftes in der nächsten Session die fliessende Ablösung des Systems gefährdet werden könnte, was Kosten in Millionenhöhe verursachen würde. Ausserdem sei es „Hans was Heiri“, ob man diese Bestimmung aufnehme oder nicht, da die Beschaffung ohnehin WTO-konform erfolgen müsse. Andrea Caroni (fdp, AR) gab abschliessend noch zu Protokoll, dass man bei der künftigen Ratsplanung solche Eventualitäten vorsehen möge, damit auf politisch bessere Lösungen nicht verzichtet werden müsse, nur weil der Zeitplan nicht passe. Damit ist der Gesamtkredit von CHF 33 Mio. bewilligt und die erste Etappe von CHF 14,3 Mio. zur Konzeption und Realisierung der Systemplattform freigegeben. Die zweite Etappe von CHF 18,7 Mio. für den Kauf von Geräten, den Rollout und die Einführung wird der Bundesrat zu gegebener Zeit freigeben.