Einstimmig hiess in der Herbstsession 2020 auch der Ständerat die aus der StPO-Revision ausgegliederten Bestimmungen zur Sicherheitshaft gut. Damit werde eine Gesetzeslücke geschlossen, die der Schweiz bereits eine Verurteilung durch den EGMR eingebracht habe, wie Kommissionssprecher Daniel Jositsch (sp, ZH) dem Ratsplenum erklärte. Das Problem sei, so Justizministerin Karin Keller-Sutter, dass zwischen dem Ablauf einer freiheitsentziehenden Massnahme und dem Entscheid über deren Verlängerung oder Ersatz eine gewisse Zeit verstreichen könne, weil dazu ein Gutachten eingeholt werden müsse. Wenn von der betroffenen Person eine Gefahr für Dritte ausgehe, sei es tatsächlich oft nötig, die Person bis zum Entscheid in Gewahrsam zu behalten, wofür die geltende StPO jedoch keine ausdrückliche gesetzliche Grundlage biete. Die Kantone hätten den Bund gebeten, diese Lücke möglichst rasch zu schliessen, weil sie im Nachgang des EGMR-Urteils befürchteten, im schlimmsten Fall eine gefährliche Person in die Freiheit entlassen zu müssen. In den Schlussabstimmungen nahmen beide Räte die Änderung einstimmig an.

In der Sommersession 2020 befasste sich der Nationalrat als Erstrat mit den aus dem Hauptteil der StPO-Revision in einen separaten Entwurf ausgegliederten Bestimmungen in Artikel 364a und 364b zur Sicherheitshaft. Damit sollte eine vom EGMR gerügte Gesetzeslücke zwischen der ordentlichen Haft und einer allfälligen Sicherheitshaft geschlossen werden, damit gefährliche Personen zwischen dem Ende der Freiheitsstrafe und dem Beginn einer anschliessenden stationären Massnahme nicht in die Freiheit entlassen werden müssen.
Eine Kommissionsminderheit hatte Nichteintreten beantragt, weil sie die Auftrennung der Vorlage in zwei Teile nicht guthiess und lieber eine integrale Revision der Strafprozessordnung vorgenommen hätte. Deren Sprecher Christian Lüscher (fdp, GE) erläuterte jedoch, der Antrag sei noch «ante-Covid19» und habe auf dem Glauben basiert, die gesamte Revision könne in der Sommersession beraten werden. Weil eine zeitnahe Behandlung der Gesamtrevision nun nicht mehr möglich sei und die Minderheit die Bestimmungen im vorliegenden Entwurf ausdrücklich begrüsse, wurde der Antrag zurückgezogen.
Nach dem Eintreten hatte sich die grosse Kammer mit einem Rückweisungsantrag einer Minderheit Nidegger (svp, GE) zu befassen, der ausserhalb der SVP-Fraktion jedoch keine Unterstützung fand. Die Antragsteller wollten den Bundesrat beauftragen, mit dem ihrer Ansicht nach übermässigen administrativen Aufwand für die Polizei und der als unzureichend beurteilten Verfahrensrolle der Opfer zwei «ignorierte Kritikpunkte» in die StPO-Revision aufzunehmen. Diese Punkte könnten in der Detailberatung des Hauptteils der Vorlage noch diskutiert werden und seien kein Grund, die Verabschiedung des dringenderen Teils zu verlangsamen, so aber die Mehrheitsmeinung. Die vorgenommene Priorisierung der beiden Artikel 364a und 364b sei «wichtig und im Sinne der öffentlichen Sicherheit», bestätigte auch Bundesrätin Karin Keller-Sutter.
Nachdem die Mitte-Fraktion den einzigen inhaltlichen Minderheitsantrag zurückgezogen hatte, stimmte der Nationalrat dem unveränderten Entwurf einhellig zu.