Ende Januar 2020 legte der Bundesrat seine Botschaft zur Legislaturplanung 2019–2023 vor. Sie umfasste eine Bilanz der vergangenen Legislatur (2015–2019), eine aktuelle Lagebeurteilung und beschrieb insbesondere die drei politischen Leitlinien, denen 18 Ziele zugeordnet waren, die mit insgesamt 53 geplanten Massnahmen die Agenda der Regierungspolitik bestimmen sollen.
Die Bilanz über die 50. Legislaturperiode sei gemischt, so der Bericht. 80 Prozent der prioritären Geschäfte seien verabschiedet worden – darunter die Botschaft zum Stabilisierungsprogramm 2017–2020, die BFI-Botschaft 2017–2020 oder die Botschaft zur Standortförderung 2020–2023. Nicht wie geplant realisiert worden seien hingegen ein FATCA-Abkommen mit den USA oder ein institutionelles Abkommen mit der EU, das bereits seit 2011 als Ziel formuliert worden sei. Zu wenig schnell vorangekommen seien auch Vorhaben zur Reform der AHV oder zur Senkung der Gesundheitskosten. Es könne aber nicht von einer «verlorenen Legislatur» gesprochen werden, da die grossen Leitlinien – Sicherung des Wohlstandes, Förderung des nationalen Zusammenhalts sowie Sicherheit und internationale Zusammenarbeit – erreicht worden seien, wie weiter im Bericht festgehalten wurde.
Bei der Lagebeurteilung wurde im Bericht hervorgehoben, dass die kulturelle und geografische Nähe sowie die starke wirtschaftliche Verflechtung mit der EU einen steten politischen Austausch auf höchster Ebene bedinge. Der Schweizer Forschungsplatz sei stark und habe ein sehr innovationsfreundliches Umfeld. Die Schweiz spiele nach wie vor eine wichtige Rolle als Gaststaat für internationale Organisationen. Auch stellten Terrorismus und internationale Kriminalität nach wie vor eine grosse Herausforderung dar. Weil sie eine grosse Importabhängigkeit hinsichtlich Energieversorgung aufweise, müsse sich die Schweiz um eine Einbettung in den europäischen Strommarkt bemühen. Dabei sei auch die Reduktion der Treibhausgasemissionen zu berücksichtigen, zu der sich die Schweiz verpflichtet habe. Hervorgehoben wurden die Aussenwirtschaftsbeziehungen, die insbesondere mit China und den USA sehr dynamisch seien. Insbesondere die Ausfuhr chemisch-pharmazeutischer Produkte nehme stark zu, wohingegen der Finanzplatz an Bedeutung verliere. Gemessen am Bruttonationaleinkommen gehöre die Schweiz zu den zehn grössten Beitraggebern an die öffentliche Entwicklungshilfe. Hervorgehoben wurden zudem die sinkende und im internationalen Vergleich tiefe Bruttoverschuldung und die positive Wirtschaftsentwicklung, aber auch die stetig ansteigenden Ausgaben für soziale Sicherheit und Gesundheit. Die Schweiz habe mittlerweile einen ökologischen Fussabdruck von 2.8 und die Konsumausgaben seien seit 2000 fast doppelt so stark gestiegen wie die Bevölkerung gewachsen sei. Auch die Mobilität steigere sich laufend, was sich etwa auch in der Zunahme der Verkehrsstaus bemerkbar mache, deren volkswirtschaftliche Kosten von 2010 bis 2017 um 38.5 Prozent zugenommen hätten. Die Bevölkerung sei mit der Lebensqualität allerdings zufrieden, insbesondere auch mit der eigenen Gesundheit. Die abnehmende Biodiversität und das belastete Grundwasser blieben hingegen weiterhin Herausforderungen. Seit 1980 habe sich der Anteil der ausländischen Bevölkerung mehr als verdoppelt, die Zahl der Asylgesuche habe 2018 aber den tiefsten Wert seit 2007 erreicht. Die Erwerbslosenquote bewege sich stabil bei 4.7 Prozent und die Erwerbsquote von Frauen habe zugenommen. Nach wie vor bestehe aber eine Lohndifferenz zwischen Männern und Frauen, so der Bericht.
Auf der Basis dieser Lagebeurteilung schlug der Bundesrat die gleichen Leitlinien wie in der vergangenen Legislatur vor: Wohlstand («[d]ie Schweiz sichert ihren Wohlstand nachhaltig und nutzt die Chancen der Digitalisierung»), Zusammenhalt («[d]ie Schweiz fördert den nationalen Zusammenhalt und leistet einen Beitrag zur Stärkung der internationalen Zusammenarbeit») und Sicherheit («[d]ie Schweiz sorgt für Sicherheit, engagiert sich für den Schutz des Klimas und agiert als verlässliche Partnerin in der Welt»). Mit jeweils sechs Zielen sollen diese Leitlinien eingehalten werden: (1) Ein ausgeglichener Bundeshaushalt und eine stabile Finanzordnung, (2) eine effiziente und möglichst digitale staatliche Leistungserbringung, (3) stabile und innovationsfördernde wirtschaftliche Rahmenbedingungen durch die Förderung des inländischen Arbeitskräftepotenzials, (4) die Sicherung des Zugangs zu internationalen Märkten und zum EU-Binnenmarkt, (5) die Behauptung der Spitzenposition in Bildung, Forschung und Innovation und die Nutzung der Chancen der Digitalisierung sowie (6) zuverlässige und solid finanzierte Verkehrs- und IKT-Infrastrukturen sollen mithelfen, den Wohlstand nachhaltig zu sichern. (7) Die Stärkung des Zusammenhalts der Regionen und die Förderung der Verständigung unter den Sprachgruppen, (8) die Förderung des gesellschaftlichen Zusammenhalts und der Gleichberechtigung zwischen den Geschlechtern, (9) die Reform und nachhaltige Finanzierung der Sozialwerke, (10) die qualitativ hochstehende und finanziell tragbare Gesundheitsversorgung und ein gesundheitsförderndes Umfeld, (11) das Engagement für multilaterale und internationale Zusammenarbeit und die Schaffung optimaler Rahmenbedingungen für internationale Organisationen sowie (12) geregelte Beziehungen mit der EU sind die Ziele, mit denen die Förderung des nationalen Zusammenhalts und eine Stärkung der internationalen Zusammenarbeit angestrebt werden sollen. Schliesslich sollen die (13) Steuerung der Migration, (14) die Vorbeugung und wirksame Bekämpfung von Gewalt, Kriminalität und Terrorismus, (15) die Kenntnis über Bedrohungen der eigenen Sicherheit, (16) die schonende und nachhaltige Nutzung von Ressourcen, die Sicherung einer nachhaltigen und lückenlosen Energieversorgung und die Förderung einer nachhaltigen Land- und Ernährungswirtschaft, (17) der Einsatz für eine national und international wirksame Umweltpolitik, den Klimaschutz und die Biodiversität sowie (18) die Massnahmen gegen Cyberrisiken zum Schutz von Bürgerinnen und Bürgern und der kritischen Infrastruktur mithelfen, dass die Schweiz für Sicherheit sorgt und als verlässliche internationale Partnerin agieren kann.
Im Bericht wurde zudem auch der Legislaturfinanzplan 2021–2023 vorgelegt, der in allen drei Jahren mit strukturellen Überschüssen rechnet. Allerdings sei die Unsicherheit über die Haushaltsentwicklung sehr hoch. Neu lag dem Bericht auch eine mittelfristige Personalplanung bei, weil die eidgenössischen Räte oft moniert hätten, darüber nicht im Klaren zu sein. Hier ging der Bericht von einem jährlichen Ausgabenwachstum von 1.4 Prozent aus.

Auch 2019 trafen sich die Spitzen der vier Regierungsparteien, um im Rahmen der von-Wattenwyl-Gespräche mit dem Bundespräsidenten und einer Delegation des Bundesrats über wichtige anstehende Geschäfte zu diskutieren. Die Regierung nutzt diese vier mal pro Jahr im von-Wattenwyl-Haus in Bern stattfindenden Gespräche, um über zentrale Anliegen zu informieren und mit den Parteien über mögliche Lösungsansätze zu verhandeln.

Mitte Februar, kurz vor der Frühjahrssession, diskutierten Guy Parmelin, Ignazio Cassis, der aktuelle Bundespräsident Ueli Maurer sowie Bundeskanzler Walter Thurnherr mit den Parteien über die Europapolitik und die wirtschaftliche Entwicklung. Aussenminister Ignazio Cassis informierte über den Stand des institutionellen Rahmenabkommens mit der EU und über das Vorgehen beim UNO-Migrationspakt. Diskutiert wurde weiter über die Auswirkungen des Brexit auf die Schweiz. Neo-Wirtschaftsminister Guy Parmelin orientierte über die Konjunkturlage und über die geplanten Gespräche über ein Freihandelsabkommen mit den USA. Im Weiteren kritisierten die Parteien, dass der Bundesrat mit seiner Weigerung, eine unabhängige Behörde einzusetzen, die Regulierungsfolgenabschätzungen bei neuen Gesetzen vornehmen soll, verschiedene Motionen nicht vollständig umsetze.

Um über die Beschaffung der neuen Kampfflugzeuge zu diskutieren, nahm die neue Vorsteherin des VBS, Viola Amherd, erstmals als Bundesrätin an den von-Wattenwyl-Gesprächen teil. Sie führte aus, dass der Kauf der Flugzeuge, nicht aber des ebenfalls zu beschaffenden Systems für eine bodengestützte Luftverteidigung als referendumsfähiger Planungsbeschluss vorgelegt werden soll. Neben Amherd, dem Bundespräsidenten und dem Bundeskanzler war auch Simonetta Sommaruga bei den Gesprächen zugegen. Die Neo-Energieministerin informierte über die Entwicklungen in der Klimapolitik, da das Parlament in der anstehenden Sommersession auch über das CO2-Gesetz debattieren wird. Finanzminister Ueli Maurer berichtete zudem über den Stand der Bundesfinanzen. Man habe ein finanzpolitisches Ausnahmejahrzehnt hinter sich. Die Parteien wünschten schliesslich auch eine Information zur aktuellen Europapolitik.

Das Europadossier war dann auch wieder Gegenstand der Klausur im Vorfeld der Herbstsession Ende August, bei der der Bundesrat in corpore teilnahm. Ignazio Cassis informierte über die innenpolitische Diskussion, die zu den noch offenen Punkten im Rahmenabkommen angestossen worden sei. Guy Parmelin sprach zu den Freihandelsverhandlungen mit den Mercosur-Staaten. Diskutiert wurde zudem über die Probleme mit sogenanntem «Soft Law». Schliesslich legten die einzelnen Departementsvorsteherinnen und -vorsteher ihre strategischen Ziele im Rahmen der Legislaturplanung 2019–2023 dar. Die Parteien betonten dabei die Bedeutung der Digitalisierung.

Mitte November – also nach den eidgenössischen Wahlen und vor der ersten Session der 51. Legislatur – diskutierten die Beteiligten Politikspitzen über die prognostizierte konjunkturelle Abschwächung. Im Rahmen der Diskussionen rund um die Europapolitik kam erneut der Brexit und die so genannte «Mind the gap»-Strategie zur Sprache: Die Schweiz hat sich früh mit Hilfe von bilateralen Abkommen mit Grossbritannien auf mögliche Szenarien vorbereitet. Debattiert wurde zudem auch der Fall «Pilatus» bzw. der Entscheid des EDA, dass die Unterstützung der Regime von Saudi-Arabien und den Vereinigten Arabischen Emiraten durch die Pilatus Werke einzustellen sei.

In einem Interview mit der NZZ Ende April 2018 kündigte Johann Schneider-Ammann seinen Rücktritt an. Der Berner Magistrat nannte das Legislaturende 2019 als klaren Orientierungspunkt. Er sei angetreten, um die Vollbeschäftigung zu sichern, was ihm gelungen sei. Er wolle allerdings in der verbleibenden Zeit «mit den Bauern noch etwas Gutes auf die Beine stellen». Schneider-Ammann spielte hier auf das komplizierte Landwirtschaftsdossier an, bei dem es unter anderem auch darum geht, die Bauern von mehr Freihandel zu überzeugen.
Die Rücktrittserklärung weckte unterschiedliche Reaktionen: Der SVP stiess insbesondere deren Zeitpunkt sauer auf. Es sei eine Unsitte, so früh seinen Rücktritt bekannt zu geben. Damit verkomme man zu einer «lame duck». Man habe sich an die Amtsperiode von vier Jahren zu halten und vorzeitige Rücktritte seien nur aus schwerwiegenden privaten oder gesundheitlichen Gründen tolerierbar. Auch die Grünen kritisierten vorgezogene Rücktritte; diese zementierten die Kräfteverhältnisse, dienten dem Staus Quo und dem Parteimarketing vor Wahlen. In der Tat zeigte eine Studie, dass in den letzten hundert Jahren sieben von zehn Bundesrätinnen und Bundesräten jeweils vor Ende einer Legislatur zurückgetreten waren. Die CVP hingegen lobte die Ankündigung, da jetzt die Chance für eine Doppelvakanz bestehe – CVP-Bundesrätin Doris Leuthard hatte ihren Rücktritt ja bereits im Sommer 2017 angekündigt. Freilich heizte die Aussage des FDP-Magistraten sofort die Spekulationen um seine Nachfolge an.
Mitte September 2018 verdichteten sich die Anzeichen, dass Schneider-Ammann allenfalls vor Ende der Legislatur zurücktreten könnte. Zahlreiche Medien thematisierten seine immer häufiger werdenden Aussetzer; die Aargauer Zeitung wusste gar zu berichten, dass er auch in Bundesrats-Sitzungen ab und zu einnicke. Am 25. September machte der Berner Bundesrat den Spekulationen dann ein Ende und gab seinen Rücktritt auf Ende des laufenden Jahres 2018 bekannt. Damit setzte er – so die einhellige Medienmeinung – Doris Leuthard unter Druck, die dann in der Tat zwei Tage später ebenfalls den definitiven Termin für ihren Rücktritt bekannt gab.
In den Medien wurde Schneider-Ammann als Unternehmer und geschickter Handelspolitiker gewürdigt, der sich für Freihandel und Berufsbildung, vor allem das duale Bildungssystem, eingesetzt habe. Er sei allerdings oft zu gutmütig und friedliebend gewesen und habe um des Konsens willen seine Meinung oft zurückgestellt (BaZ). Die Liberté bezeichnete den Berner als «ministre du table ronde», warf ihm Schwächen in der Landwirtschaftspolitik vor und gab ihm die Schuld für die Probleme mit der Hochseeflotte. Auch nach acht Jahren in der Regierung sei der Patron mit der Politik nie so richtig warm geworden, bilanzierten der Tages-Anzeiger und die Aargauer Zeitung. «Immer Unternehmer, nie Politiker» fasste das St. Galler Tagblatt diese Bilanz zusammen und auch die NZZ titelte: «Ein Patron, der nie Politiker wurde». In den Rückschauen häufig Erwähnung fand die Rede zum Tag der Kranken des damaligen Bundespräsidenten («rire c'est bon pour la santé»). Die WoZ hob hervor, dass Schneider-Ammann zwar als behäbig gegolten habe, in der Sache aber ideologische, wirtschaftsliberale Härte gezeigt habe, die ihn am Schluss immer mehr in Konflikt mit den Bauern, den Gewerkschaften und den Parteien gebracht habe. Ziemlich anders sah dies die Weltwoche, die den Wirtschaftsminister dafür lobte, die Wirtschaft in Ruhe gelassen zu haben.