Die von-Wattenwyl-Gespräche dienen den Parteispitzen als wichtige Möglichkeit des Austausches. In der Regel trifft sich eine Delegation des Bundesrates mit den Partei- und Fraktionspräsidenten der Regierungsparteien, um zentrale Geschäfte und Anliegen im Vorfeld der Sessionen zu diskutieren und zu koordinieren. Im Gegensatz zu 2015 war die BDP nach dem Ausscheiden von Eveline Widmer-Schlumpf nicht mehr an die Gespräche eingeladen.
Die Themen blieben bei den ersten Gesprächen Anfang Februar allerdings dieselben wie schon 2015: Die Legislatur- und Finanzplanung sowie die Umsetzungsarbeiten zum Verfassungsartikel 121a (Steuerung der Zuwanderung) und die Flüchtlingssituation in Europa und der Schweiz.
Zu den zweiten Gesprächen im Mai 2016 traten die Parteien mit drei neuen Präsidien an. Bei der FDP hatte Petra Gössi das Zepter übernommen, die CVP wurde neu von Gerhard Pfister präsidiert und bei der SVP war Albert Rösti neu an die Parteispitze gewählt worden. Gegenstand der Diskussionen war der Sprachenstreit, der durch die Diskussionen um den Frühsprachenunterricht in den Kantonen angeheizt worden war. Im Bereich der internationalen Finanzpolitik wurde die Vermeidung eines möglichen Reputationsschadens für die Schweiz durch die Übernahme internationaler Regulierungen diskutiert. Schliesslich informierte der Bundesrat über die Weiterentwicklung der Armee.
Im August wurde auf Anregung von Bundeskanzler Thurnherr entschieden, die von-Wattenwyl-Gespräche des dritten Quartals künftig in Form einer Klausur durchzuführen. An der nach wie vor freien und informellen Diskussion über wichtige politische Anliegen soll neu der Gesamtbundesrat teilnehmen. Damit soll den Gesprächen ein höherer Stellenwert zugemessen werden. Der früher substanzielle Austausch, der als Zeichen der funktionierenden Konkordanz bewertet wurde – die NZZ sprach von einem eigentlichen Schmiermittel der Konkordanz –, laufe immer mehr Gefahr, ein Leerlauf zu werden oder zu reinen Alibi-Gesprächen zu verkommen. Die einzige Möglichkeit für ein Treffen zwischen Regierung und Bundesratsparteien sei aber wichtig, um Möglichkeiten und Strategien auszuloten. Fix auf der Agenda soll eine Diskussion über die Jahresziele des Folgejahres stehen.
Erstmals trat die Exekutive also am 2. September 2016 in corpore zu den Gesprächen an. Neben den Jahreszielen 2017 des Bundesrates, die Schwerpunkte in der Finanzpolitik, im Infrastrukturbereich, der Bildung und der Europapolitik vorsehen, wurden die Lage im Asylwesen und die durch den Brexit schwieriger gewordenen Verhandlungen mit der EU diskutiert.
Bei den letzten Gesprächen des Jahres Mitte November nahm dann wieder nur eine Delegation des Bundesrates teil. Ueli Maurer informierte über die finanzpolitische Lage und plädierte für eine Annahme des Stabilisierungsprogramms 2017-2019. Im Rahmen der Europapolitik wurde auch über die im Dezember anstehende Entscheidung zur Umsetzung der Masseneinwanderungsinitiative, die Rasa-Initiative und den Brexit diskutiert.

Die Justizaffäre Holenweger erhielt im Berichtjahr neue Nahrung. Der Bankier Oskar Holenweger war 2010 von der Bundesanwaltschaft der Geldwäscherei angeklagt, 2012 aber vom Bundesgericht vollumfänglich frei gesprochen worden. Anfang Juni des Berichtjahres wurde bekannt, dass Holenweger vom Bund Entschädigung fordern will. Er stellte beim Eidgenössischen Finanzdepartement ein Begehren um Staatshaftung, weil er faktisch zum Verkauf seiner Privatbank gezwungen worden sei.

Kein parlamentarisches Nachspiel hatte der so genannte Fall Ramos. Der in den USA verurteilte Jose Manuel Ramos war vom ehemaligen Bundesanwalt Roschacher als Vertrauensperson eingesetzt worden, um Geldwäschereifälle aufzudecken. Die Hinweise von Ramos, die aufwändige Untersuchungen evozierten, führten jedoch alle ins Leere. Zwar hatte die GPK diesen Fall 2007 mit einem Untersuchungsbericht abgeschlossen, Geri Müller (gp, AG) wollte jedoch mit einer parlamentarischen Initiative eine parlamentarische Untersuchungskommission einsetzen, die diesen Fall neu und vor dem Hintergrund neuer Informationen noch einmal untersuchen sollte. Der GPK seien Informationen vorenthalten worden. Im Nationalrat wurde dem Anliegen allerdings nicht Folge gegeben. Müller fand lediglich bei seiner eigenen und in der SVP-Fraktion Unterstützung für sein Anliegen.

2003 hatte die Bundesanwaltschaft ein Verfahren gegen den Bankier Oskar Holenweger wegen Verdachts auf Wäsche von Drogengeldern eingeleitet. 2010 hatte sie dann schliesslich Klage eingereicht. Der Fall sollte zum Verhängnis gleich für zwei Bundesanwälte werden. Der Rücktritt von Valentin Roschacher im Jahr 2006 und insbesondere die Nichtwiederwahl von Erwin Beyeler im Berichtsjahr waren unmittelbar mit dem Fall Holenweger verknüpft. Im April 2011 hatte das Bundesstrafgericht Holenweger frei gesprochen und die Anklagepunkte der Bundesanwaltschaft allesamt demontiert. Der Freispruch wurde in der Presse denn auch als Debakel für Beyeler interpretiert. Der Freispruch war Wasser auf die Mühlen der SVP, die mutmasste, dass die Abwahl Christoph Blochers aus dem Bundesrat 2007 ebenfalls mit dem Fall Holenweger zu tun gehabt haben musste. Blocher war damals vorgeworfen worden, in ein Komplott gegen den damaligen Bundesanwalt Roschacher verwickelt gewesen zu sei. Mit dem Freispruch Holenwegers erwiesen sich diese Vorwürfe jedoch als haltlos. Ende November kam auch die Geschäftsprüfungskommission des Parlaments zum Schluss, dass der ehemalige Bundesrat nicht an einem Komplott gegen den ehemaligen Bundesanwalt beteiligt gewesen war.

Nach siebenjähriger Untersuchung schloss die Bundesanwaltschaft die Ermittlungsakte gegen den Bankier Oskar Holenweger und klagte ihn wegen Geldwäscherei an. Der Fall hatte sich zu einem eigentlichen „Politkrimi“ entwickelt, in dem der Rücktritt von Valentin Roschacher und die mutmasslich damit verbundene Abwahl von Bundesrat Blocher die Höhepunkte darstellten. Der mit diesem Fall beklagte Vertrauens- und Glaubwürdigkeitsverlust löste im Parlament Vorstösse und Interpellationen vor allem seitens der SVP aus, die sich nach dem Fall Roschacher eingehend mit der Institution Bundesanwaltschaft auseinandergesetzt hatte (z.B. die Frage Schlüer (svp, ZH) (10.5200). Allerdings scheiterte die Motion der SVP-Fraktion, die ein Verfahren wegen Amtsgeheimnisverletzung einleiten wollte, im Nationalrat relativ deutlich.