In seinem Evaluationsbericht zur neuen Bundesrechtspflege, den er Ende Oktober vorlegte, zog der Bundesrat insgesamt ein positives Fazit. Der auf ein Postulat Pfisterer (fdp, AG) zurückgehende Bericht kam zum Schluss, dass die 2007 in Kraft getretene Reform der Bundesrechtspflege gelungen sei. Die Reform hatte unter anderem zur Schaffung des Bundesverwaltungs- und des Bundesstrafgerichts als erstinstanzliche eidgenössische Gerichte geführt. Als Problem wurde allerdings die zunehmende und teilweise falsche Belastung des Bundesgerichtes mit unbedeutenden Fällen geortet. Als Massnahme schlug der Bundesrat deshalb vor, den Ausnahmekatalog zu überprüfen. Zudem findet sich im Bericht auch ein Vorschlag für eine Art Verfassungsgerichtsbarkeit: in einem Bestätigungsverfahren müsste das Parlament die Verfassungsmässigkeit eines Gesetzes innerhalb einer bestimmten Frist bejahen, falls das Bundesgericht einen Widerspruch feststellen würde.

Zu einer ersten Klärung der Situation trugen die Parlamentswahlen bei. So zogen die Grünen aufgrund der Niederlage bei den Parlamentswahlen ihren Anspruch auf einen Bundesratssitz zurück und traten nicht bei den Erneuerungswahlen an, obwohl sie noch vor den Wahlen einen Regierungssitz für sich reklamiert hatten. Sie hatten dabei nicht nur mit ihrer Wählerstärke sondern auch mit der wachsenden Bedeutung und Berücksichtigung der Umweltpolitik argumentiert und eine Liste mit möglichen Kandidierenden (darunter die Regierungsräte Bernhard Pulver (BE) und Guy Morin (BS), der Genfer Ständerat Robert Cramer oder die Zürcher Stadträtin Ruth Genner) ins Gespräch gebracht. Die BDP hingegen sah dank ihres Erfolges bei den Wahlen keinen Anlass, ihre Bundesrätin zurückzuziehen. Eveline Widmer-Schlumpf gab Ende Oktober denn auch definitiv bekannt, sich für die Wiederwahl bereitzustellen. Die SVP ihrerseits, die bei den Wahlen Sitze einbüssen musste, schloss vorerst eine Kampfkandidatur gegen die FDP aus.

Die SP brachte mögliche Kandidaten für die Nachfolge von Micheline Calmy-Rey früh in Stellung und nutzte die Auswahlprozedur geschickt für zusätzliche Medienaufmerksamkeit im Wahlkampf. Die Partei bekräftigte, dass nur Kandidierende aus der lateinischen Schweiz in Frage kämen. Als Topfavoriten galten der Waadtländer Staatsrat Pierre-Yves Maillard und der Freiburger Ständerat Alain Berset. Kandidaturen reichten zudem Nationalrat Stéphane Rossini (VS) und die Tessiner Nationalrätin Marina Carobbio ein. Die SP-Fraktion präsentierte Ende November mit Alain Berset und Pierre-Yves Maillard ein Zweierticket. Die Nichtnomination von Marina Carobbio stiess insbesondere in der Südschweiz auf Enttäuschung, bedeutete dies doch, dass das Tessin seit 1996 (Rücktritt von Flavio Cotti) weiter auf eine Vertretung in der Landesregierung warten musste.

Obwohl die SVP sich schon sehr früh als Herausforderin profilierte, tat sie sich mit der Suche nach Kandidierenden schwer. Zwar brachte sich Jean-François Rime (FR) schon früh in Stellung. Die als Favoriten gehandelten Kandidaten sagten aber spätestens nach den Parlamentswahlen alle ab: So verzichteten etwa der nicht in den Ständerat gewählte Caspar Baader (BL) oder der neue Ständerat Roland Eberle (TG). Auch Nationalrat Adrian Amstutz (BE), der im November seine Wiederwahl in den Ständerat nicht geschafft hatte, verzichtete genauso auf eine Kandidatur wie der umworbene Nationalrat Peter Spuhler (TG) und Parteipräsident Toni Brunner (SG). Zum Problem der SVP wurde allgemein die Wählbarkeit der Kandidierenden: Während linientreue Hardliner vom Parlament als nicht wählbar betrachtet wurden, hatten es moderate SVP-Exponenten schwer, die Hürde der Fraktionsnominierung zu überspringen. Bis Ende November meldeten schliesslich Nationalrat Guy Parmelin (VD), Ständerat Hannes Germann (SH), und die Regierungsräte Jakob Stark (TG) und Heinz Tännler (ZG) ihre Ambitionen an. Eher überraschend kam die Kandidatur von Nationalrat und Gewerbeverbandspräsident Bruno Zuppiger (ZH), der als Schwergewicht betrachtet wurde und der angab, auf Bitte von Christoph Blocher (ZH) anzutreten. Zuppiger war jeweils schon bei den Bundesratswahlen 2003, 2007 und 2008 von der SP als valabler SVP-Kandidat ins Spiel gebracht worden. Er galt deshalb weit über das bürgerliche Lager hinaus als wählbar und wurde denn auch prompt neben Rime auf ein Zweierticket gehievt. Allerdings zwang ihn ein von der Weltwoche verbreiteter Vorwurf, bei einer Erbschaft unrechtmässig Geld abgezweigt zu haben, zum Rückzug seiner Kandidatur. Die Presse ging mit der SVP-Spitze, die offenbar von der Sache gewusst hatte und vorerst an Zuppiger festhielt, hart ins Gericht. In einer Nacht- und Nebelaktion stellte die SVP in der Folge nicht etwa einen der von den Kantonalsektionen nominierten Kandidaten, sondern Nationalrat Hansjörg Walter als Ersatzkandidaten auf. Dieser hatte sich im offiziellen Nominationsverfahren nicht zur Verfügung gestellt, weil er das Amt des Nationalratspräsidenten übernehmen wollte. Der Wechsel wurde in der Presse als unprofessionell, unglaubwürdig und peinlich bezeichnet und die Spitze der SVP musste Fehler bei der Beurteilung der Kandidaten einräumen. Walter selber, der noch 2008 aufgrund einer einzigen Stimme nicht zum Bundesrat und im Berichtjahr mit einem glänzenden Resultat zum Nationalratspräsidenten gewählt worden war, machte deutlich, dass er nur gegen den Sitz der BDP antreten würde.

Nach den Hearings gaben sowohl die Grünen als auch die SP bekannt, dass sie ihrer Fraktion die Wiederwahl von Eveline Widmer-Schlumpf empfehlen würden. Die CVP und die BDP diskutierten gleichzeitig über eine stärkere künftige Kooperation. Es zeichnete sich deshalb ab, dass die SVP höchstens auf Kosten der FDP einen zweiten Sitz erhalten würde.

Seit mehreren Jahren befinden sich unter dem Oberbegriff „Justizreform“ sowohl die Organisation als auch der Ablauf der Rechtspflege auf Bundes- und Kantonsebene in einer tiefgreifenden Umgestaltung. Stichwörter dazu sind die neuen Bundesgerichte und die Vereinheitlichung der Prozessordnungen. Der Ständerat verlangte nun vom Bundesrat mit der Überweisung eines Postulats Pfisterer (fdp, AG) kurze Zwischenberichte und einen abschliessenden Bericht über die Wirksamkeit dieser Reformen.

Bei der Ausarbeitung von Gesetzen zur Lösung neuer politischer Probleme kam es in letzter Zeit einige Male vor, dass der Bund in Bereichen legiferierte, die gemäss der Verfassung in die Kompetenz der Kantone fallen. Dies geschah etwa beim Hooligan-Gesetz oder bei der Diskussion um ein Verbot von Kampfhunden. Der Ständerat hiess in der Herbstsession ein auch von der Regierung unterstütztes Postulat Pfisterer (fdp, AG) gut, das den Bundesrat auffordert, zu prüfen, wie die präventive Verfassungskontrolle bei der Ausarbeitung von Gesetzen auf der Stufe der Verwaltung, der Regierung und des Parlamentes verstärkt werden kann. Der Bundesrat solle insbesondere abklären, ob eine Verstärkung des Bundesamts für Justiz sinnvoll wäre und ob bei den Parlamentsdiensten eine entsprechende Abteilung eingerichtet werden oder gar eine besondere unabhängige Kontrollinstanz geschaffen werden soll.

Die Rechtskommission des Ständerates reichte im Februar eine parlamentarische Initiative für die genaue Festlegung der Zahl der Bundesrichter in Lausanne und Luzern (Bundesversicherungsgericht) ein. Das Gesetz spricht von 35-45 Richtern; die Kommission schlug nach eigenen Bedarfsabschätzungen 38 ordentliche und 19 nebenamtliche Richter vor, also eine Reduktion gegenüber den heute je 41 ordentlichen resp. nebenamtlichen Richtern. Da sich die von der Reform der Bundesrechtspflege erwarteten Entlastungen noch nicht genau abschätzen lassen, soll diese Regelung bis zum Jahr 2011 gelten. Die Reduktion soll bei der Neubesetzung der Gerichte im Jahr 2008 erfolgen, wobei bis zu diesem Zeitpunkt frei werdende Stellen nicht mehr ersetzt würden. Der Bundesrat war damit grundsätzlich einverstanden, ging aber von noch stärkeren Entlastungswirkungen der Reformen aus (Schaffung eines Bundesstrafgerichts, organisatorische Zusammenlegung der Gerichte von Lausanne und Luzern, Erschwerung des Zugangs für Kläger) und schlug deshalb nur 36 ordentliche Richterstellen vor. Beim Abbau über die Nichtersetzung von Vakanzen beantragte er eine gewisse Flexibilität. So soll darauf verzichtet werden, wenn die sprachliche oder fachliche Zusammensetzung des Gerichts dadurch so stark verändert würde, dass seine Funktionsfähigkeit nicht mehr garantiert wäre. Das Bundesgericht hingegen sprach sich strikte gegen eine Reduktion der heute 41 ordentlichen Richterstellen aus. Seiner Meinung nach wäre eine qualitativ hochstehende Gerichtstätigkeit bei einem Abbau nicht mehr gewährleistet.

Der Ständerat beriet die Vorschläge bereits in der Märzsession. Er folgte seiner Kommission und entschied sich für 38 Richter; einen Antrag Pfisterer (fdp, AG), die Zahl bis 2014 bei 41 zu belassen, scheiterte deutlich. Auf Antrag seiner Kommission beschloss der Rat zudem, dass das Bundesgericht umfassend und detailliert Rechenschaft über die Art, den Umfang und den zeitlichen Aufwand der Arbeitsaktivitäten jedes seiner Mitglieder abzulegen habe, um eine Grundlage für Optimierungsmöglichkeiten zu erhalten.

Die Rechtskommission des Nationalrats zweifelte an den Annahmen der kleinen Kammer über die zukünftige Geschäftslast, welche die Basis für den Abbauentscheid gebildet hatten. Sie schlug vor, es bis Ende 2011 bei den gegenwärtigen 41 Richtern zu belassen und dann, in Kenntnis der Auswirkungen der Gerichtsreform, allfällige Reduktionen vorzunehmen. In der Abstimmung im Nationalrat unterlag dieser von der Linken und der Hälfte der CVP unterstützte Vorschlag knapp mit 91 zu 87 Stimmen gegenüber der von der SVP und der nahezu geschlossenen FDP befürworteten Lösung des Ständerats (38 Richter). Die Pflicht zur detaillierten Rechenschaftsablage über den Arbeitsaufwand ging dem Nationalrat zu weit. In einer Kompromisslösung einigten sich die beiden Kammern darauf, dass das Gericht dem Parlament zwar Rechenschaft über seinen Aufwand abzulegen hat. Verlangt werde aber nicht eine vollständige und detaillierte Aufwanderfassung, sondern nur Informationen, welche das Parlament für seine Entscheide benötigt.

Der Bundesrat beantragte dem Parlament, die Volksinitiative „Volkssouveränität statt Behördenpropaganda“ ohne Gegenvorschlag zur Ablehnung zu empfehlen. Die von der Initiative verlangten massiven Einschränkungen für den Bundesrat und die Bundesverwaltung würden seiner Meinung nach eine sachliche Information der Stimmenden stark beeinträchtigen, da diese praktisch ausschliesslich auf die von Privaten verbreiteten Informationen und Behauptungen angewiesen wären. Insbesondere verbiete es die Initiative den Behörden, Stellung zu Falschaussagen zu nehmen. Damit wäre nach Ansicht des Bundesrates die freie Meinungsbildung nicht nur beeinträchtigt, sondern sogar gefährdet. Die in letzter Zeit geschaffenen verwaltungsinternen Richtlinien für die Öffentlichkeitsarbeit sowie die Gerichtspraxis habe zudem dafür gesorgt, dass sich das Engagement von Regierung und Verwaltung im Vorfeld von Volksabstimmungen in Grenzen halte und die Bürgerinnen und Bürger nicht von einer behördlichen Propagandawelle überrollt würden. Die Initiative wurde vom rechtskonservativen Verein „Bürger für Bürger“ lanciert, die SVP war daran nicht direkt beteiligt, unterstützte aber die Unterschriftensammlung.

Die SPK des Ständerates folgte diesen Argumenten des Bundesrates und beantragte bei einer Enthaltung (Reimann, svp, AG), die Initiative zur Ablehnung zu empfehlen, was das Plenum in der Herbstsession denn auch mit 34 zu 3 Stimmen tat. Sowohl im Referat der SPK-Sprecher als auch in der Diskussion im Plenum kam allerdings zum Ausdruck, dass bei den Gegnern des Volksbegehrens ebenfalls ein gewisses Unbehagen vorhanden ist über die Rolle, welche die Behörden und dabei insbesondere die Verwaltung seit einigen Jahren in Abstimmungskampagnen spielen. Auf Antrag ihrer SPK überwies die kleine Kammer eine Motion des Nationalrats aus dem Jahre 2003 in Postulatsform (03.3179). Diese verlangt gewisse rechtliche Leitplanken für den Auftritt der Bundesstellen in Abstimmungskämpfen. Eine Mehrheit der SPK der beiden Räten war sich aber einig, dass der Bundesrat bei allen Volksabstimmungen aktiv informieren und dabei „klar und objektiv die Haltung der Bundesbehörden“ vertreten solle. Eine entsprechende parlamentarische Initiative Burkhalter (fdp, NE) (04.463) fand in beiden Kommissionen Unterstützung, wurde im Plenum aber noch nicht behandelt. Die SPK des Nationalrats beschloss zudem, der Volksinitiative einen indirekten Gegenvorschlag gegenüber zu stellen und die Behandlung der Initiative bis zu dessen Vorliegen zu sistieren.

Nach dem Nationalrat stimmte auch der Ständerat, trotz des Einspruchs von Reimann (svp, AG), dem Beitritt der Schweiz zum „International Institut for Democracy and Electoral Assistance“ zu. Diese Stelle will weltweit die Demokratie primär durch Erfahrungs- und Wissensaustausch fördern.

Im Juni lancierte ein aus den Parteipräsidenten von SVP, SD und FP und weiteren prominenten Politikern dieser Parteien (u.a. Blocher) gebildetes Komitee eine Volksinitiative „für Volksabstimmungen über Volksinitiativen innert sechs Monaten unter Ausschluss von Bundesrat und Parlament“. Diese verlangt, dass die Bundeskanzlei unmittelbar nach der Einreichung einer ausformulierten Volksinitiative einen Abstimmungstermin innerhalb der nächsten sechs Monate festlegt. Dabei braucht es nicht nur keine formelle Stellungnahme oder Abstimmungsempfehlung des Bundesrates und der Bundesversammlung mehr, sondern das Parlament darf auch keine Gegenvorschläge ausarbeiten. Ersatzlos gestrichen würde gemäss dem Initiativtext auch die Bestimmung, dass die Bundesversammlung eine Volksinitiative wegen Verletzung des Grundsatzes der Einheit der Materie oder wegen Widerspruchs zu zwingendem Völker- und Menschenrecht für ungültig erklären muss. In ganzseitigen Inseraten in einer Vielzahl von Zeitungen stellten die Initianten ihren Vorstoss unter dem Titel „Wenn in der Schweiz das Volk spricht, haben die Politiker zu schweigen“ vor. Wegen diesem Inseratetitel bezeichnete zuerst die NZZ, später dann auch andere Kritiker das Volksbegehren als „Maulkorb-Inititative“. Die Detailhandelskette Denner AG unterstützte das Begehren finanziell und beteiligte sich an der Unterschriftensammlung. Diese von einigen massgeblichen Politikern der Zürcher SVP mitgetragene Initiative war aber auch in SVP-Kreisen nicht unumstritten. So distanzierte sich der Aargauer Ständerat Reimann anlässlich der Debatte über die Beschleunigungsinitiative ausdrücklich davon. Der Bundesrat selbst sah sich veranlasst, in einer Stellungnahme die Stimmberechtigten vor der Unterzeichnung dieser Initiative, welche die schweizerische Demokratie und deren demokratisch legitimierten Institutionen in Frage stelle, zu warnen.