Zu einer ersten Klärung der Situation trugen die Parlamentswahlen bei. So zogen die Grünen aufgrund der Niederlage bei den Parlamentswahlen ihren Anspruch auf einen Bundesratssitz zurück und traten nicht bei den Erneuerungswahlen an, obwohl sie noch vor den Wahlen einen Regierungssitz für sich reklamiert hatten. Sie hatten dabei nicht nur mit ihrer Wählerstärke sondern auch mit der wachsenden Bedeutung und Berücksichtigung der Umweltpolitik argumentiert und eine Liste mit möglichen Kandidierenden (darunter die Regierungsräte Bernhard Pulver (BE) und Guy Morin (BS), der Genfer Ständerat Robert Cramer oder die Zürcher Stadträtin Ruth Genner) ins Gespräch gebracht. Die BDP hingegen sah dank ihres Erfolges bei den Wahlen keinen Anlass, ihre Bundesrätin zurückzuziehen. Eveline Widmer-Schlumpf gab Ende Oktober denn auch definitiv bekannt, sich für die Wiederwahl bereitzustellen. Die SVP ihrerseits, die bei den Wahlen Sitze einbüssen musste, schloss vorerst eine Kampfkandidatur gegen die FDP aus.

Die SP brachte mögliche Kandidaten für die Nachfolge von Micheline Calmy-Rey früh in Stellung und nutzte die Auswahlprozedur geschickt für zusätzliche Medienaufmerksamkeit im Wahlkampf. Die Partei bekräftigte, dass nur Kandidierende aus der lateinischen Schweiz in Frage kämen. Als Topfavoriten galten der Waadtländer Staatsrat Pierre-Yves Maillard und der Freiburger Ständerat Alain Berset. Kandidaturen reichten zudem Nationalrat Stéphane Rossini (VS) und die Tessiner Nationalrätin Marina Carobbio ein. Die SP-Fraktion präsentierte Ende November mit Alain Berset und Pierre-Yves Maillard ein Zweierticket. Die Nichtnomination von Marina Carobbio stiess insbesondere in der Südschweiz auf Enttäuschung, bedeutete dies doch, dass das Tessin seit 1996 (Rücktritt von Flavio Cotti) weiter auf eine Vertretung in der Landesregierung warten musste.

Obwohl die SVP sich schon sehr früh als Herausforderin profilierte, tat sie sich mit der Suche nach Kandidierenden schwer. Zwar brachte sich Jean-François Rime (FR) schon früh in Stellung. Die als Favoriten gehandelten Kandidaten sagten aber spätestens nach den Parlamentswahlen alle ab: So verzichteten etwa der nicht in den Ständerat gewählte Caspar Baader (BL) oder der neue Ständerat Roland Eberle (TG). Auch Nationalrat Adrian Amstutz (BE), der im November seine Wiederwahl in den Ständerat nicht geschafft hatte, verzichtete genauso auf eine Kandidatur wie der umworbene Nationalrat Peter Spuhler (TG) und Parteipräsident Toni Brunner (SG). Zum Problem der SVP wurde allgemein die Wählbarkeit der Kandidierenden: Während linientreue Hardliner vom Parlament als nicht wählbar betrachtet wurden, hatten es moderate SVP-Exponenten schwer, die Hürde der Fraktionsnominierung zu überspringen. Bis Ende November meldeten schliesslich Nationalrat Guy Parmelin (VD), Ständerat Hannes Germann (SH), und die Regierungsräte Jakob Stark (TG) und Heinz Tännler (ZG) ihre Ambitionen an. Eher überraschend kam die Kandidatur von Nationalrat und Gewerbeverbandspräsident Bruno Zuppiger (ZH), der als Schwergewicht betrachtet wurde und der angab, auf Bitte von Christoph Blocher (ZH) anzutreten. Zuppiger war jeweils schon bei den Bundesratswahlen 2003, 2007 und 2008 von der SP als valabler SVP-Kandidat ins Spiel gebracht worden. Er galt deshalb weit über das bürgerliche Lager hinaus als wählbar und wurde denn auch prompt neben Rime auf ein Zweierticket gehievt. Allerdings zwang ihn ein von der Weltwoche verbreiteter Vorwurf, bei einer Erbschaft unrechtmässig Geld abgezweigt zu haben, zum Rückzug seiner Kandidatur. Die Presse ging mit der SVP-Spitze, die offenbar von der Sache gewusst hatte und vorerst an Zuppiger festhielt, hart ins Gericht. In einer Nacht- und Nebelaktion stellte die SVP in der Folge nicht etwa einen der von den Kantonalsektionen nominierten Kandidaten, sondern Nationalrat Hansjörg Walter als Ersatzkandidaten auf. Dieser hatte sich im offiziellen Nominationsverfahren nicht zur Verfügung gestellt, weil er das Amt des Nationalratspräsidenten übernehmen wollte. Der Wechsel wurde in der Presse als unprofessionell, unglaubwürdig und peinlich bezeichnet und die Spitze der SVP musste Fehler bei der Beurteilung der Kandidaten einräumen. Walter selber, der noch 2008 aufgrund einer einzigen Stimme nicht zum Bundesrat und im Berichtjahr mit einem glänzenden Resultat zum Nationalratspräsidenten gewählt worden war, machte deutlich, dass er nur gegen den Sitz der BDP antreten würde.

Nach den Hearings gaben sowohl die Grünen als auch die SP bekannt, dass sie ihrer Fraktion die Wiederwahl von Eveline Widmer-Schlumpf empfehlen würden. Die CVP und die BDP diskutierten gleichzeitig über eine stärkere künftige Kooperation. Es zeichnete sich deshalb ab, dass die SVP höchstens auf Kosten der FDP einen zweiten Sitz erhalten würde.

1995 war der Ständerat mit seinen Bestrebungen für eine engere Fassung der gesetzlichen Bestimmungen über den Schutz von Parlamentariern und von diesen gewählten Magistratspersonen vor der Strafverfolgung am Veto des Nationalrats gescheitert. Nun unternahm seine Kommission für Rechtsfragen einen neuen Anlauf. Mit einer parlamentarischen Initiative beantragte sie eine restriktivere Bestimmung, indem festgehalten werden soll, dass diese relative Immunität (d.h. das Erfordernis einer Zustimmung des Parlaments zu einer Strafverfolgung) nur dann gewährt wird, wenn die inkriminierte Handlung in „unmittelbarem“ Zusammenhang mit der amtlichen Tätigkeit steht. Da allerdings dieser Zusammenhang nicht objektiv definiert werden kann, wird weiterhin das Parlament darüber zu entscheiden haben, ob ein solcher gegeben sei. Gemäss den Ausführungen des Kommissionspräsidenten Zimmerli (svp, BE) anlässlich der Eintretensdebatte wäre ein solcher unmittelbarer Zusammenhang gegeben, wenn die inkriminierte Person sich bei ihren Äusserungen auf Informationen stützt, die sie im Zusammenhang mit ihrer parlamentarischen Tätigkeit erworben hat. Der Ständerat stimmte dieser neuen Regelung zu. Gegen den Kommissionsantrag hatten sich zwei Opponenten mit gegensätzlicher Stossrichtung gestellt: Carlo Schmid (cvp, AI) beantragte Nichteintreten, da eine möglichst weitgefasste relative Immunität für die Meinungsfreiheit der Parlamentarier, die eine andere Rolle als die übrigen Bürger zu erfüllen hätten und deren Äusserungen auch viel kritischer wahrgenommen würden, von grosser Wichtigkeit sei. Im Gegensatz zu ihm plädierte der Freisinnige Marty (TI) für die Abschaffung der relativen Immunität, da dieses Privileg für die Ausübung des Amtes für die meisten Parlamentarier ohnehin nicht relevant sei, da gegen sie nie Strafanzeigen eingereicht würden. Der Nichteintretensantrag Schmid wurde vom Rat mit 28:15 Stimmen abgelehnt. Der Antrag der von Marty vertretenen Minderheit, die Immunität nur noch für Handlungen, die sich direkt auf die amtliche Tätigkeit von Parlamentariern beziehen (also z.B. Reden im Parlament und dessen Ausschüssen) zu gewähren, wurde relativ knapp abgelehnt.

Einem einstimmigen Antrag seiner Rechtskommission folgend, beschloss der Nationalrat diskussionslos, auf diesen Entscheid des Ständerats nicht einzutreten. Kommissionssprecher de Dardel (sp, GE) begründete diese Ablehnung einerseits damit, dass diese neuen Bestimmungen noch mehr Interpretationsprobleme schaffen würden als die bisherigen. Andererseits war aus seiner Begründung auch deutlich die Verärgerung über die Haltung der kleinen Kammer im Fall der Immunitätsgewährung für Nationalrat Keller (sd, BL) herauszuhören (siehe dazu hier).

Auf Antrag seiner Kommission lehnte der Ständerat den Entscheid des Nationalrats aus dem Vorjahr ab, die Immunität von Nationalrat Keller (sd, BL) im Fall einer Strafverfolgung wegen Verstosses gegen das Anti-Rassismusgesetz aufzuheben. Die Kommission verurteilte zwar die Äusserungen Kellers, begründete ihren ablehnenden Antrag jedoch damit, dass bei dem hier vorliegenden Fall der relativen Immunität (Keller hatte sein Communiqué als Nationalrat und Parteipräsident gezeichnet) ein gewisser Ermessensspielraum bestehe. Insbesondere könne die Immunität gewährt bleiben, wenn ungenügende Anhaltspunkte für eine Verurteilung vorliegen. Dies war nach Ansicht der Kommission der Fall: Keller habe unmittelbar nach seiner Tat klargestellt, dass sich der Boykottaufruf nicht gegen Juden im allgemeinen richte, sondern gezielt als Gegenmassnahme gegen diejenigen amerikanischen jüdischen Firmen, welche zu einem Boykott der Schweiz aufrufen, gedacht sei. Für den Berner Zimmerli (svp) war diese Argumentation nicht stichhaltig. Da es sich nicht um einen unbedeutenden Fall von Ehrverletzung handle, sondern um die Auslegung eines neuen und unter Menschenrechtsaspekten sehr wichtigen Gesetzes, könne nicht das Parlament in einem summarischen Vorverfahren über die Strafwürdigkeit urteilen. Sein Antrag, die Immunität von Nationalrat Keller aufzuheben, unterlag mit 27:15 Stimmen. Der Nationalrat bestätigte hingegen mit dem praktisch gleichen Stimmenverhältnis wie im Dezember 1998 (96:55) seinen Aufhebungsentscheid. In der Differenzbereinigung hielt die kleine Kammer mit 25:11 Stimmen an ihrem ursprünglichen Entscheid fest, womit das Geschäft aus den Traktanden gestrichen und die Immunität von Keller nicht aufgehoben wurde.

Die im Berichtsjahr wieder etwas häufiger vorgekommenen Niederlagen der Parlamentsmehrheit in Volksabstimmungen führten zu neuen Vorschlägen, wie oppositionellen Initiativ-, Referendums- und Abstimmungskomitees das Leben schwerer gemacht werden könnte. Ökonomieprofessoren, die davon ausgehen, dass der schweizerische Staat handlungsunfähig geworden ist, schlugen eine massive Einschränkung des fakultativen Referendums vor. Dieses soll nur noch gegen Parlamentsbeschlüsse ergriffen werden können, die in den Räten keine Zweidrittelmehrheit erreicht haben. Nach der nur knapp ausgefallenen Zustimmung zu dem von fast allen Parteien unterstützten Antirassismus-Gesetz regte Ständerat Zimmerli (svp, BE) mit einer parlamentarischen Initiative an, dass ein Parlamentsbeschluss erst dann als abgelehnt gilt, wenn die ablehnende Mehrheit mindestens einen Drittel der Stimmberechtigten ausmacht; beim Beitritt zu supranationalen Organisationen oder bei Verfassungsteilrevisionen müsste dazu auch noch eine ablehnende Mehrheit der Stände kommen. Ein analoges Quorum von einem Drittel der Stimmberechtigten wäre für die Annahme einer Volksinitiative neben Stände- und Volksmehr erforderlich.

Der Ständerat befasste sich als erster mit den Vorschlägen des Bundesrats für die "Regierungsreform 93". Die vorberatende Kommission unterstützte das Projekt grundsätzlich, beantragte jedoch beim Kernpunkt der Vorlage, der Schaffung von zusätzlichen Staatssekretärposten, zwei wichtige Änderungen: Deren Zahl soll von maximal 21 auf 10 reduziert und ihre Wahl durch die Bundesversammlung bestätigt werden. Den ersten Antrag begründete sie mit dem Risiko eines Referendums infolge der entstehenden Kosten, den zweiten mit dem politischen Gewicht, das Staatssekretäre haben müssen, um den Bundesrat im Parlament und in aussenpolitischen Verhandlungen spürbar entlasten zu können. Im Plenum unterlag Zimmerli (svp, BE) mit seiner grundsätzlichen Opposition gegen die Schaffung von zusätzlichen Staatssekretärposten. Seiner Ansicht nach würde damit die Fortsetzung der Reform in Richtung eines zweistufigen Regierungskabinetts und zuungunsten der von ihm vorgezogenen Heraufsetzung der Zahl der Bundesräte präjudiziert. Die Zahl der Staatssekretäre wurde auf zehn begrenzt und mit Zweidrittelsmehrheit gegen den Widerstand des Bundesrates auch die Wahlbestätigung durch die Bundesversammlung eingeführt. Gegen den Willen des Bundesrats verbot die kleine Kammer im weiteren die Stimmenthaltung bei Abstimmungen in Bundesratssitzungen; diese Regel besteht auch in Kantonsregierungen und Richterkollegien. Die Neuerung, dass der Bundesrat über die Organisation der Departemente selbst entscheiden kann, blieb unbestritten. In der Gesamtabstimmung nahm der Rat die Reform mit 21 zu 3 Stimmen an.

Die im Vorjahr in Schwung gekommene Diskussion über die Zulässigkeit von Rückwirkungsklauseln in Volksinitiativen wurde im Berichtsjahr aus aktuellem Anlass weitergeführt. Zuerst hatte das Parlament zur Volksinitiative «40 Waffenplätze sind genug» Stellung zu nehmen. Dieses Begehren wurde primär zur Verhinderung des 1989 von der Bundesversammlung beschlossenen Waffenplatzes Neuchlen (SG) eingereicht und ist deshalb mit einer Rückwirkungsklausel ausgestattet. Noch während dieser Auseinandersetzung reichten Armeegegner eine Volksinitiative ein, welche den Parlamentsbeschluss für den Kauf von F/A-18-Kampfflugzeugen ebenfalls mit einer rückwirkenden Bestimmung zu Fall bringen'will. Einige bürgerliche Parlamentarier – unter ihnen der Berner Ständerat Zimmerli (svp) – sprachen sich ,für eine Ungültigkeitserklärung der Waffenplatzinitiative aus, da mit ihr im nachhinein ein gemäss Verfassung dem Parlament zustehender Entscheid korrigiert werden soll und damit die Volksinitiative den Charakter eines nicht vorgesehenen Referendums erhalte.

Die im Vorjahr vom Ständerat überwiesene Motion Zimmerli (svp, BE), welche verlangte, dass das Bundesgericht nicht nur formal, sondern auch materiell auf staatsrechtliche Beschwerden gegen Kantone eintreten kann, um in allen Fällen den Anforderungen der EMRK zu genügen, fand im Nationalrat keine Unterstützung. Da die wenigen Kantone, welche noch nicht über ein Verwaltungsgericht verfügen (UR, AR und AI), mit dem revidierten Gesetz über die Organisation der Bundesrechtspflege zur Einrichtung entsprechender Instanzen innerhalb von fünf Jahren verpflichtet werden, wurde der Vorstoss als überflüssig abgelehnt.

In das Sofortprogramm soll gemäss einer vom Ständerat überwiesenen Motion Zimmerli (svp, BE) auch die Bestimmung aufgenommen werden, dass das Bundesgericht nicht nur formal, sondern auch inhaltlich auf staatsrechtliche Beschwerden gegen kantonale Entscheide eintreten kann. Damit wäre Gewähr geboten, dass auch in Kantonen ohne eigenes Verwaltungsgericht die von Art. 6.1 der Europäischen Menschenrechtskonvention (EMRK) geforderte vollständige Behandlung von Rekursen gegen staatliche Entscheide durch unabhängige richterliche Instanzen erfüllt werden kann. Bundespräsident Koller hatte sich vergeblich gegen diese Motion ausgesprochen, welche seiner Ansicht nach auf unzulässige Weise in die kantonale Verfahrenshoheit eingreift.