Der Bundesrat reagierte sowohl auf die kritischen Berichte der GPK als auch auf die verschiedenen Reformvorschläge verhalten. Im Mai präsentierte er erste Eckpunkte für eine Minireform, die er im Oktober konkretisierte: Die Regierung schlägt eine zweijährige Amtszeit für ein nicht direkt wiederwählbares Präsidium vor. Damit soll die Wahrnehmung von Repräsentations- und Leitungsaufgaben erleichtert und die internationale Handlungsfähigkeit verbessert werden. Die Regierungsmitglieder sollen zudem durch vier bis zehn Staatssekretäre entlastet werden, die Vertretungsaufgaben im Parlament und im Ausland wahrnehmen sollen und mit entsprechenden Kompetenzen ausgerüstet wären. Die Regierung ist jedoch gegen eine Erhöhung der Mitgliederzahl. Gegenstand von Bundesratssitzungen sollen zudem nicht mehr Routinegeschäfte, sondern strategische Führungsfragen sein. Schliesslich soll jedes Regierungsmitglied eine Stellvertretung haben, die genügend informiert dazu fähig wäre, notfalls die Departementsführung zu übernehmen. Darüber hinaus werden Massnahmen vorgeschlagen, die das Kollegialprinzip stärken sollen. Ein Bundesrat müsste der Gesamtregierung nicht nur regelmässig Rechenschaft ablegen, sondern könnte auch zur Herausgabe von Informationen verpflichtet werden und wichtige Geschäfte sollen in Dreierausschüssen vorberaten werden. Nicht Gegenstand der Vorschläge war eine Neuordnung der Departemente. Ein Zwischenbericht dazu soll Anfang 2011 und spätestens für die neue Legislaturplanung vorliegen. Die Parteien bewerteten die Vorschläge unterschiedlich. Während die SVP die Verlängerung der Amtsdauer generell kritisierte, waren der CVP zwei Jahre zu wenig. Die SP und die FDP würdigten die Vorschläge als grundsätzlich gangbaren Weg.
Auf die Kritik am Führungsverhalten, am unzureichenden Informationsaustausch und am Mangel an Kollegialität reagierte der Bundesrat ebenfalls erst im Oktober. Doris Leuthard räumte ein, dass in der UBS-Krise das Kollegium vom zuständigen Bundesrat früher hätte informiert werden sollen, stellte aber in Abrede, dass ein gegenseitiges Misstrauen den Austausch in der Regierung erschwere. Der parlamentarische Betrieb und die direkte Demokratie liessen mehrjährige Regierungsprogramme nicht zu und politische Planung müsse eine zentrale Aufgabe der Exekutive bleiben. Mit den vorgeschlagenen Massnahmen solle die Früherkennung von Krisen gewährleistet und die kollektive Führungsverantwortung besser wahrgenommen werden. Neben einem Beschlussprotokoll soll neu auch die Diskussion zu einem Geschäft zusammengefasst werden. Auf ein Wortprotokoll soll aber verzichtet werden, da sonst der freie Austausch behindert würde. Darüber hinaus sollen die Reisetätigkeit und die Kontakte der Regierungsmitglieder mit dem Ausland besser koordiniert werden.

Viel zu reden gab die Departementsverteilung, die erstmals seit 1960 mit einer sogenannten grossen Rochade und vier neuen Departementsvorstehern endete. Die Presse mutmasste, dass die Verteilung nicht sehr konsensual vonstattengegangen war. Es wäre nur teilweise nach dem Anciennitätsprinzip vorgegangen worden: Bundesrätin Calmy-Rey wollte nicht wechseln; Doris Leuthard wünschte einen Wechsel ins Uvek und Eveline Widmer-Schlumpf wollte das Finanzdepartement übernehmen. Beide Wünsche wurden gewährt. Da weder Didier Burkhalter noch Ueli Maurer wechseln wollten, blieben das Justiz- und Polizeidepartement und das Volkswirtschaftsdepartement übrig. Obwohl Simonetta Sommaruga laut ungeschriebenem Anciennitätsprinzip zuerst ihre Wünsche hätte äussern dürfen, wurde schliesslich Johann Schneider-Ammann das Volkswirtschaftsdepartement übergeben, da die bürgerliche Regierungsmehrheit dieses Departement nicht der ehemaligen Konsumentenschützerin hätte überlassen wollen. Obwohl sie als Nichtjuristin eher nicht in das JPD passen würde, hätte die neu gewählte Magistratin dieses nun übernehmen müssen. Die SP – allen Voran ihr Präsident Christian Levrat (FR) – reagierte sehr verärgert auf die Verteilung und warf den anderen Parteien einen Coup und eine Strafaktion gegen Sommaruga vor. Auch die SVP und die Grünen äusserten Unmut über die Departementswechsel. Ein Jahr vor den nationalen Wahlen Wechsel vorzunehmen, sei eine Zwängerei und demokratisch fragwürdig. Nur die FDP, die CVP und die BDP zeigten sich zufrieden mit der neuen Verteilung.

Am 12. Dezember trat die Vereinigte Bundesversammlung zur Wahl des Bundesrates für die neue Legislaturperiode zusammen. Am zahlenmässigen Kräfteverhältnis zwischen den Blöcken hatte sich im neuen Parlament gegenüber demjenigen von 2003 wenig geändert. Trotz der Sitzgewinne der SVP im Nationalrat verfügten diejenigen Parteien, die 2003 Blocher gegen die CVP-Bundesrätin Metzler unterstützt hatten (SVP, FDP, LP und kleine Rechtsparteien), über drei Sitze weniger als 2003 und blieben mit 118 Sitzen deutlich unter dem absoluten Mehr von 123. Noch nicht klar war, wie sich die CVP verhalten würde, nachdem ihr Präsident Darbellay (VS) in den Medien mit seiner eigenen Kandidatur gegen Blocher kokettiert hatte. Am Tag vor der Wahl wurde er dann von seiner Fraktion zurückgepfiffen, welche mehrheitlich beschloss, nicht mit einem eigenen Kandidaten anzutreten, aber auch Blocher nicht zu unterstützen. Die meisten professionellen Beobachter rechneten nicht damit, dass es wie 2003 zur Nichtwiederwahl eines Amtsinhabers kommen würde, wobei allerdings für viele offen war, ob es Blocher bereits im 1. Wahlgang schaffen würde.

Obwohl alle bisherigen Bundesräte wieder kandidierten, beantragte einzig die FDP-Fraktion, sie alle in ihrem Amt zu belassen. Die SVP empfahl nur ihre beiden eigenen Vertreter Christoph Blocher und Samuel Schmid sowie die FDP-Bundesräte Pascal Couchepin und Hans-Rudolf Merz zur Wahl. Die SP und die CVP/EVP/GLP-Fraktion sprachen sich für alle Bisherigen mit Ausnahme von Blocher aus, und die Grünen unterstützten in ihrem schriftlichen Antrag nur die beiden SP-Bundesräte Micheline Calmy-Rey und Moritz Leuenberger und präsentierten den grünen Ständerat Luc Recordon (VD) als Kandidaten. Nachdem die Sprecher der SP und der CVP dargelegt hatten, dass sie der SVP ihren zweiten Sitz nicht streitig machen wollten, darauf aber nicht mehr Blocher sehen möchten, trat Zisyadis (pda, VD) ans Rednerpult und schlug die Bündner SVP-Regierungsrätin Eveline Widmer-Schlumpf zur Wahl vor. In den Medien war Widmer-Schlumpf zusammen mit Nationalrat Zuppiger (svp, ZH) als mögliche Alternative für Blocher bereits in der Berichterstattung über die CVP-Fraktionssitzung erwähnt worden. Baader (svp, BL) als Fraktionssprecher appellierte anschliessend an die CVP, Blocher zu wählen und sicherte zu, dass in diesem Fall entgegen ihrem schriftlichen Antrag die SVP auch Doris Leuthard (cvp) unterstützen würde.

Anschliessend schritt das Parlament zur Besetzung der Bundesratssitze in der Reihenfolge der Amtsdauer der bisherigen Inhaber. Zuerst wurde Leuenberger mit 157 Stimmen gewählt, dann Couchepin mit 205, Schmid mit 201 und Calmy-Rey mit 153. Vor der Besetzung des Sitzes von Blocher meldete sich Baader nochmals zu Wort und legte dar, dass Blocher in den letzten vier Jahren „einen Leistungsausweis erbracht (habe) wie kaum ein anderes Regierungsmitglied“. Frösch (BE) zog im Namen der Grünen die Kandidatur Recordons „zugunsten einer aussichtsreicheren Kandidatur“ zurück. Im ersten Wahlgang erzielte Widmer-Schlumpf mit 116 Stimmen das bessere Resultat als Blocher mit 111. Das absolute Mehr von 120 verfehlte sie aber; sechs Stimmzettel waren leer, zwei ungültig und elf entfielen auf andere Namen. Im zweiten Wahlgang entfielen nur noch zwei Stimmen auf Diverse, vier blieben leer und keiner war ungültig. Das absolute Mehr stieg damit auf 122. Widmer-Schlumpf übertraf es mit 125, Blocher kam nur auf 115 und verlor damit seinen Sitz. Nachdem ein Ordnungsantrag der SVP auf Verschiebung der weiteren Wahlen abgelehnt worden war, bestätigte die Bundesversammlung Merz und Leuthard mit 213 resp. 160 Stimmen in ihren Ämtern.