Bereits in der Herbstsession wählte die vereinigte Bundesversammlung zum ersten Mal die besagte Aufsichtsbehörde über die Bundesanwaltschaft (AB-BA). Sechs der sieben Kandidaten waren unbestritten. Die Wahl von Hansjörg Seiler, Giorgio Bomio, Thomas Fingerhuth, Carla Wassmer, Thierry Béguin und Niklaus Oberholzer wurde von allen Fraktionen unterstützt. Die Ratslinke, unterstützt von Dick Marty (fdp, TI), wehrte sich erfolglos gegen den SVP-Kandidaten David Zollinger, der als Geschäftsleitungsmitglied einer Bank nicht in einem Gremium Einsitz nehmen solle, das auch über Banken urteilen müsse. Dieses Argument wurde jedoch von der Mehrheit der Bundesversammlung nicht geteilt und der von der grünen Fraktion vorgeschlagene Pascal Mahon hatte keine Chance gegen Zollinger.

Am 16. September wählte die Vereinigte Bundesversammlung den Nachfolger von Pascal Couchepin. Es standen sich die beiden Kandidaten der FDP-Fraktion, Didier Burkhalter und Christian Lüscher und der Kandidat der CVP, Urs Schwaller, gegenüber. Die SP und die GP unterstützten Schwaller, wobei eine Minderheit der SP erklärte, aus gesellschafts- und aussenpolitischen Gründen Burkhalter zu bevorzugen. Die SVP sprach sich für Lüscher aus und die BDP für beide Freisinnige. Im ersten Wahlgang lag Schwaller mit 79 Stimmen vor Lüscher mit 73 und Burkhalter mit 58; der Tessiner freisinnige Ständerat Dick Marty erhielt 34 Stimmen. Für den linksliberalen Marty hatten sich unter anderem Repräsentanten der SP und die Tessiner Grünen ausgesprochen. Im zweiten Wahlgang konnte Schwaller auf Kosten von Marty auf 89 Stimmen zulegen, Lüscher und Burkhalter kamen auf je 72. In der dritten Runde kam Schwaller auf 95 Stimmen und Burkhalter überholte mit 80 Stimmen Lüscher (63), worauf sich letzterer zugunsten von Burkhalter zurückzog. Im vierten Wahlgang fiel die Entscheidung: Bei einem absoluten Mehr von 120 wählte das Parlament mit 129 Stimmen Didier Burkhalter zum neuen Bundesrat; Schwaller hatte 106 und Lüscher 4 Stimmen erhalten. Da kein anderes Regierungsmitglied Wechselgelüste hatte, übernahm der 49jährige Burkhalter von Couchepin das EDI.

Die Untersuchung der GPK und einer ihrer Subkommissionen über die Hintergründe der Entlassung von Bundesanwalt Roschacher beschäftigte das Parlament weiterhin. Konkret ging es um die Aufhebung der strafrechtlichen Immunität von Parlamentsmitgliedern. Auf Antrag seiner Rechtskommission hielt der Nationalrat mit 96 zu 75 Stimmen daran fest, die Immunität des SVP-Nationalrats Brunner (SG) aufzuheben. Gemäss der Kommissionsmehrheit handelte es sich bei der Tat Brunners um einen derart schweren Fall der Verletzung der Kommissionsvertraulichkeit, dass sie nicht nur disziplinarisch, sondern auch strafrechtlich geahndet werden soll. Die kleine Kammer bestätigte aber ihren Entscheid aus dem Vorjahr, Brunners Immunität nicht aufzuheben und legte damit das Geschäft ad acta. Alt-Bundesrat Blocher (svp, ZH) und Nationalrat Mörgeli (svp, ZH) ihrerseits hatten Strafanzeige gegen die damaligen Sprecher der Subkommission der GPK, die Nationalräte Lucrezia Meier-Schatz (cvp, SG) und Glasson (fdp, FR) und Angestellte der Bundesanwaltschaft eingereicht (09.010). Die Mehrheit der Rechtskommission des Nationalrats gelangte zum Schluss, dass kein Fall von Amtsgeheimnisverletzung vorliege und die Immunität nicht aufzuheben sei. Nach einer sehr animierten Diskussion, in welcher die SVP ihre Vorwürfe wiederholte, GPK-Mitglieder hätten zusammen mit Angestellten der Bundesanwaltschaft gegen Blocher komplottiert, trat das Plenum auf das Gesuch um Immunitätsaufhebung nicht ein; nach der Abstimmung verliess die SVP-Fraktion unter Protest den Saal. Im Ständerat hatte die Mehrheit der Rechtskommission beantragt, auf das Gesuch einzutreten und die Immunität nicht aufzuheben. Der Rat selbst folgte aber einem Minderheitsantrag Marty (fdp, TI), auf das Gesuch gar nicht einzutreten, weil auch eine an einer Medienorientierung im Auftrag einer Parlamentskommission gemachte Äusserung unter die absolute Immunität fallen müsse. Die im Parlamentsgesetz in diesem Zusammenhang enthaltene Bezeichnung „in den Räten und deren Organen“ gemachte Aussagen, sei deshalb sinngemäss und nicht wortwörtlich auszulegen. Die Klagen gegen die Mitarbeiter der Bundesanwaltschaft wurden vom zuständigen Staatsanwalt nicht weiter verfolgt und eine Beschwerde Blochers gegen diesen Einstellungsentscheid vom Bundesstrafgericht abgelehnt.

Zu einem grossen Schlagabtausch regionaler Interessen kam es im Ständerat bei der Frage des Standorts der beiden neuen Gerichte. Die Kommissionsmehrheit unterstützte den Vorschlag des Bundesrates (Aarau und Freiburg); eine aus Marty (fdp, TI), Dettling (fdp, SZ), Schweiger (fdp, ZG) und Slongo (cvp, NW) gebildete Minderheit war für Bellinzona und St. Gallen. (Zu dieser Minderheit gehörten bezüglich Bellinzona auch noch Stadler (cvp, UR) und bezüglich St. Gallen Bürgi (svp, TG)). Die Befürworter dieser Standorte versuchten einerseits darzulegen, dass bezüglich der vom Bundesrat angeführten sachlichen Kriterien für die Standortwahl (vor allem Distanz zu den Bevölkerungszentren und Personalrekrutierung) auch Bellinzona und St. Gallen geeignet seien. Viel stärker berücksichtigt werden müsse aber das staatspolitische Element einer Dezentralisierung der eidgenössischen Institutionen, und dieses spreche eindeutig für Gerichtssitze in der italienischsprachigen Schweiz und der Ostschweiz. Mit jeweils 26:15 Stimmen beschloss der Ständerat, das Bundesstrafgericht in Bellinzona und das Bundesverwaltungsgericht in St. Gallen anzusiedeln. Im Nationalrat empfahl die Kommission ebenfalls, allerdings mit nur knapper Mehrheit, die Standorte Aarau und Freiburg. Nachdem sich nahezu alle Abgeordnete aus den betroffenen vier Kantonen für ihre Region eingesetzt hatten, beschloss der Rat mit 123:61 Stimmen, Bellinzona den Vorzug vor Aarau zu geben. Knapper war der Entscheid beim wesentlich personalreicheren Bundesverwaltungsgericht. Nachdem Freiburg und St. Gallen je 92 Stimmen auf sich vereinigt hatten, gab die Ratspräsidentin Maury-Pasquier (sp, GE) den Ausschlag für Freiburg. Da aber der Ständerat auf seinem Entscheid für St. Gallen beharrte, gab die grosse Kammer mit 95:84 Stimmen nach. Der Ständerat verabschiedete anschliessend eine Empfehlung Lombardi (cvp, TI) (02.3377), welche den Bundesrat auffordert, die Bundesverwaltung zu dezentralisieren und dabei vor allem Freiburg und Aarau zu berücksichtigen.

1995 war der Ständerat mit seinen Bestrebungen für eine engere Fassung der gesetzlichen Bestimmungen über den Schutz von Parlamentariern und von diesen gewählten Magistratspersonen vor der Strafverfolgung am Veto des Nationalrats gescheitert. Nun unternahm seine Kommission für Rechtsfragen einen neuen Anlauf. Mit einer parlamentarischen Initiative beantragte sie eine restriktivere Bestimmung, indem festgehalten werden soll, dass diese relative Immunität (d.h. das Erfordernis einer Zustimmung des Parlaments zu einer Strafverfolgung) nur dann gewährt wird, wenn die inkriminierte Handlung in „unmittelbarem“ Zusammenhang mit der amtlichen Tätigkeit steht. Da allerdings dieser Zusammenhang nicht objektiv definiert werden kann, wird weiterhin das Parlament darüber zu entscheiden haben, ob ein solcher gegeben sei. Gemäss den Ausführungen des Kommissionspräsidenten Zimmerli (svp, BE) anlässlich der Eintretensdebatte wäre ein solcher unmittelbarer Zusammenhang gegeben, wenn die inkriminierte Person sich bei ihren Äusserungen auf Informationen stützt, die sie im Zusammenhang mit ihrer parlamentarischen Tätigkeit erworben hat. Der Ständerat stimmte dieser neuen Regelung zu. Gegen den Kommissionsantrag hatten sich zwei Opponenten mit gegensätzlicher Stossrichtung gestellt: Carlo Schmid (cvp, AI) beantragte Nichteintreten, da eine möglichst weitgefasste relative Immunität für die Meinungsfreiheit der Parlamentarier, die eine andere Rolle als die übrigen Bürger zu erfüllen hätten und deren Äusserungen auch viel kritischer wahrgenommen würden, von grosser Wichtigkeit sei. Im Gegensatz zu ihm plädierte der Freisinnige Marty (TI) für die Abschaffung der relativen Immunität, da dieses Privileg für die Ausübung des Amtes für die meisten Parlamentarier ohnehin nicht relevant sei, da gegen sie nie Strafanzeigen eingereicht würden. Der Nichteintretensantrag Schmid wurde vom Rat mit 28:15 Stimmen abgelehnt. Der Antrag der von Marty vertretenen Minderheit, die Immunität nur noch für Handlungen, die sich direkt auf die amtliche Tätigkeit von Parlamentariern beziehen (also z.B. Reden im Parlament und dessen Ausschüssen) zu gewähren, wurde relativ knapp abgelehnt.

Einem einstimmigen Antrag seiner Rechtskommission folgend, beschloss der Nationalrat diskussionslos, auf diesen Entscheid des Ständerats nicht einzutreten. Kommissionssprecher de Dardel (sp, GE) begründete diese Ablehnung einerseits damit, dass diese neuen Bestimmungen noch mehr Interpretationsprobleme schaffen würden als die bisherigen. Andererseits war aus seiner Begründung auch deutlich die Verärgerung über die Haltung der kleinen Kammer im Fall der Immunitätsgewährung für Nationalrat Keller (sd, BL) herauszuhören (siehe dazu hier).