Während der Sondersession im Mai 2019 stand auch eine Mutation an. Neu im Nationalrat willkommen geheissen wurde Nicolas Rochat Fernandez (sp, VD), der für Rebecca Ruiz (sp, VD) nachrückte. Der 37-jährige Waadtländer Grossrat und Unia-Gewerkschafter kam zum Handkuss, weil Ruiz bei Ersatzwahlen im März in die Regierung des Kantons Waadt gewählt worden war.

Auch 2017 trafen sich die Präsidentinnen und Präsidenten der Bundesratsparteien und deren Fraktionen viermal im Rahmen der von-Wattenwyl-Gespräche mit den Bundesrätinnen und Bundesräten, um strategische Gespräche zu führen.
Die Einschätzung der aktuellen aussen- und sicherheitspolitischen Lage war Hauptdiskussionspunkt Anfang Februar. Übereinstimmung bestand bei allen Akteurinnen und Akteuren darin, dass die Schweiz ihre Interessen auch zu Zeiten von Cyberkriminalität, Terrorismus und Falschinformationen wahren müsse. Über die Bedeutung der anstehenden Abstimmung zur Unternehmenssteuerreform III herrschte jedoch keine Einigkeit.
Mitte Mai stand der Brexit im Fokus der Gespräche, wobei auch die Fortschritte beim Rahmenabkommen mit der EU diskutiert wurden. Hierbei betonten die Parteien, dass nicht nur die Aussen-, sondern auch die Innenpolitik beachtet werden müsse.
Die Gesundheits- und erneut die Europapolitik waren die Traktanden für die Gespräche Anfang September. Ein gut zugängliches und tragbares Gesundheitswesen stelle innerhalb der Legislaturziele 2015-2019 ein Hauptziel des Bundesrates dar, wie dies in der Strategie Gesundheit 2020 dargelegt werde. Betreffend Informationen zu den Verhandlungen mit der EU über die institutionellen Fragen vertröstete der Bundesrat die Parteien auf den Herbst; geplant sei aber ein Treffen von Doris Leuthard mit EU-Kommissionspräsident Jean-Claude Juncker.
Nicht wie im Vorjahr festgelegt an der dritten Sitzung, dafür bei den Gesprächen Mitte November, die als Klausur organisiert wurden, nahm der Bundesrat in corpore teil. Hauptgegenstand war freilich, wie im Vorjahr vereinbart, die Präsentation der Jahresziele 2018. Darüber hinaus äusserte die Regierung ihre Sorge zur Gewaltenteilung zwischen Exekutive und Legislative, die sie momentan durch das diskutierte Verordnungsveto in Gefahr sehe. Bezüglich der EU erklärte Neo-Aussenminister Ignazio Cassis, dass man im Rahmen eines weiteren Treffens mit Juncker im November die nächsten Schritte in den verschiedenen Bereichen der Zusammenarbeit zwischen der Schweiz und der EU definieren wolle.

Nachdem die Mitglieder des Bundesrates vereidigt worden waren – mit Ausnahme von Simonetta Sommaruga (sp), die das Gelübde ablegte –, wurden die Wahlen des Bundespräsidenten und der Vizepräsidentin für 2016 durchgeführt. Die turnusgemässen Wahlen von Johann Schneider-Ammann (fdp) zum Präsidenten und von Doris Leuthard (cvp) zur Vizepräsidentin waren unbestritten. Schneider-Ammann erhielt 196 Stimmen. Von den 241 eingelangten Stimmzetteln waren 27 leer, sechs waren ungültig und zwölf enthielten andere Namen. In der Presse wurde dieses Resultat als breite Akzeptanz in der Bundesversammlung interpretiert. Auf Doris Leuthard entfielen 180 Stimmen. Lediglich 218 Wahlzettel wurden an die noch anwesenden Parlamentsmitglieder verteilt. Davon blieben acht leer, sieben waren ungültig und auf 23 stand ein anderer Name als jener der CVP-Magistratin.
In seiner Ansprache machte Johann Schneider-Ammann die Verunsicherung im vergangenen Jahr zum Thema, die durch die Aufwertung des Frankens, Terroranschläge und Flüchtlingsströme genährt worden sei und aufgezeigt hätte, wie verletzlich die freien Gesellschaften seien. Auch wenn die Wurzeln dieser Krisen nicht in der Schweiz selber lägen, müsse man in der Schweiz die Reihen schliessen und sich dagegen wehren. Die Schweiz dürfe dabei aber ihre humanitäre Tradition nicht vergessen. Wer Hilfe brauche, werde geschützt, müsse aber die vorherrschenden Regeln akzeptieren. Die anstehenden Herausforderungen – Schneider-Ammann nannte die Verteidigung von Offenheit und Souveränität, von Wohlstand und Wettbewerbsfähigkeit, aber auch die Beziehung zu Europa – müssten gemeinsam mit Reformwillen angegangen werden. Dabei könne man auf eigene Stärken, wie der Innovationskraft, der dualen Bildung oder der intakten Sozialpartnerschaft bauen. Sein Motto als Bundesrat laute "Gemeinsam für Jobs und unser Land".
Der Berner FDP-Bundesrat, der es auch nicht versäumte, der abtretenden Eveline Widmer-Schlumpf, die er als "grosse Persönlichkeit" bezeichnete, zu danken, löste als Regierungschef Simonetta Sommaruga ab, die das Amt im Jahr 2015 inne gehabt hatte. Anders als Didier Burkhalter – ihr Vorgänger in diesem Amt –, der Anfang 2015 zum Schweizer des Jahres gekürt worden war und im März gar für den Friedens-Nobelpreis vorgeschlagen wurde und als neuer UNO-Generalsekretär im Gespräch war, hatte die SP-Magistratin im Wahljahr 2015 einen sehr schweren Stand gehabt, da sie in ihrer Funktion als Justizministerin insbesondere von der Rechten immer wieder angegriffen wurde. Als Verantwortliche für das Migrationsdossier hatte sie nicht nur auf die in den Medien als "Flüchtlingskrise" bezeichnete Migrationswelle reagieren müssen, sondern sie hatte auch das Dossier zur Masseneinwanderungsinitiative und hierzu die Verhandlungen mit der EU zu betreuen. Die Bundespräsidentin war entsprechend ein äusserst beliebtes Sujet in der Weltwoche. Mit Ausnahme der SVP attestierten ihr die Parteien aber, gute Arbeit geleistet zu haben. Als Meilenstein, aus der Sicht der abtretenden Bundespräsidentin, galten ihre Gespräche mit EU-Kommissionspräsident Jean-Claude Juncker, welche die Situation mit der EU deblockiert hätten.

Die Annahme der Masseneinwanderungsinitiative und auch die Diskussionen um deren schwierige Umsetzung gestalten die Beziehungen zwischen der Schweiz und der EU sicher nicht einfacher, was nicht zuletzt der Bundesrat nun ausbaden muss. Harsche Kritik musste sich etwa Simonetta Sommaruga von der SVP anhören, weil sie eine Präsentation zu Umsetzungsvorschlägen verschoben hatte, um ihren Besuch bei EU-Kommissionspräsident Jean-Claude Juncker nicht unnötig zu belasten – so zumindest die Vermutung in den Medien. Prompt warf SVP-Fraktionschef Adrian Amstutz der Justizministerin eine „unsägliche Verzögerungstaktik“ vor. Öl ins Feuer goss dann wenige Tage später Finanzministerin Eveline Widmer-Schlumpf, die in einem Online-Interview eine rasche Abstimmung zur Klärung des Verhältnisses zwischen der Schweiz und der EU verlangte, weil die Masseneinwanderungsinitiative mit den bilateralen Verträgen nicht vereinbar sei. In den Medien wurde gemutmasst, dass dies die Mehrheitsmeinung des Bundesrats sei. Einige bürgerliche Parlamentarier forderten in der Folge lautstark, dass die Regierung in der Aussenpolitik mehr Geschlossenheit und mehr Verhandlungsgeschick an den Tag legen müsse. Der Blick bezeichnet die Regierung als „sieben Leichtmatrosen“ ohne Kapitän. Das Gremium komme zwar sehr gut miteinander aus, jede und jeder einzelne arbeite sehr dossiersicher, aber es fehle an einer „zupackenden Steuerfrau oder einem seefesten Kapitän“. In der Weltwoche wurde beanstandet, dass das Kollegialsystem heute nicht mehr funktioniere; man müsse ungeeignete Regierungsmitglieder auch entlassen können. Diese „Diskreditierung“ des Bundesrates (AZ) wurde freilich auch kritisiert: Dass es der Bundesrat niemandem recht machen könne, gehöre zum System.

Auch 2014 kam es im Parlament zu einigen Mutationen. Insgesamt wurden im Berichtsjahr elf neue Parlamentsmitglieder vereidigt. Tragisch war dies im Falle beider Ständeräte aus dem Kanton Glarus. Für den 2013 überraschend verstorbenen Pankraz Freitag (fdp, GL) und den 2014 zurückgetretenen und kurz darauf aufgrund seines Krebsleidens aus dem Leben geschiedenen This Jenny (svp, GL) wurden in Ersatzwahlen Thomas Hefti (fdp, GL) und Werner Hösli (svp, GL) als Nachfolger bestimmt (vgl. Kapitel 1e, Wahlen). Gleich vier Nationalräte rutschten aus dem Kanton Zürich nach: Christoph Blocher (svp, ZH) und Hans Kaufmann (svp, ZH) wollten eigentlich jüngeren SVP-Mitgliedern Platz machen, aber Ernst Schibli (svp, ZH; Jahrgang 1952), der 2011 nach 10 Jahren nicht mehr in den Nationalrat gewählt worden, aber erster Ersatz auf der SVP-Liste war, entschied sich für eine Rückkehr nach Bern. Für Blocher rutschte dann freilich der 15 Jahre jüngere Thomas Matter (svp, ZH) nach. Markus Hutter (fdp, ZH) trat zurück, weil er sich seinem Unternehmen widmen wollte. Für ihn kam Beat Walti (fdp, ZH) zum Handkuss. Der zweite neue Zürcher FDP-Vertreter war Hans-Peter Portmann (fdp, ZH). Er wurde Nachfolger von Filippo Leutenegger (fdp, ZH), der in die Zürcher Stadtexekutive gewählt wurde. Auch der ehemalige Präsident der FDP, Fulvio Pelli (fdp, TI) hatte seinen Rücktritt eingereicht und machte Platz für Giovanni Merlini (fdp, TI). Der fünfte Abgeordnetenaustausch für die FDP wurde zwischen Pierre-André Monnard (fdp, NE) und Laurent Favre (fdp, NE) getätigt. Favre war bei Ersatzwahlen in die Neuenburger Regierung gewählt worden. Neben Blocher, Jenny und Kaufmann trat für die SVP mit Caspar Baader (svp, BL) ein weiteres Schwergewicht zurück. Er wurde durch Christian Miesch (svp, BL) ersetzt. Die SP – Rebecca Ruiz (sp, VD) rutschte für Josiane Aubert (sp, VD) nach – und die BDP – mit Heinz Siegenthaler (bdp, BE) für Ursula Haller (bdp, BE) – hatten je eine Mutation vorzunehmen. Die 49. Legislatur war damit bis Ende 2014 bereits von 24 Wechseln geprägt. Fast jeder zehnte Sitz im nationalen Parlament wurde damit ausserhalb der regulären Wahlen getauscht.