Die sich vor allem aus rechtsbürgerlichen Kreisen rekrutierenden Gegner der Reform machten ihre Drohung mit dem Referendum wahr. Unmittelbar nach der Schlussabstimmung formierte sich ein von Steinemann (fp, SG), Früh (fdp, AR), Seiler (svp, BE) und Schmidhalter (cvp, VS) präsidiertes "Komitee gegen eine aufgeblähte Bundesverwaltung mit überflüssigen Staatssekretären". Unterstützung fanden sie bei der AUNS; mit der Unterschriftensammlung wurde ein Berner PR-Büro betraut. Noch vor Jahresende waren die benötigten 50 000 Unterschriften beisammen.

Beim Beschluss B (Schaffung von zusätzlichen Staatssekretärsposten) blieb ein von den Fraktionen LdU/EVP, SD/Lega und einem Teil der SVP unterstützter Nichteintretensantrag Steinemann (fp, SG) mit 85:51 Stimmen in der Minderheit. In der Detailberatung schloss sich der Nationalrat weitgehend den Beschlüssen des Ständerates an. In der Frage der Zahl der Staatssekretäre bestätigte er den Entscheid für maximal zehn; ein Antrag Loeb (fdp, BE) für höchstens 15 wurde deutlich abgelehnt. Der Nationalrat strich jedoch die vom Ständerat eingeführte Wahlbestätigung durch die Bundesversammlung. Gegen eine parlamentarische Bestätigung hatte sich vehement die SP eingesetzt, die befürchtete, dass damit die bürgerliche Ratsmehrheit die Personenauswahl der sozialdemokratischen Bundesräte nach parteipolitischen Gesichtspunkten bestimmen würde. In der abschliessenden Gesamtabstimmung waren dann freilich die Gegner des Entwurfs in der Mehrheit; mit Ausnahme von LdU/EVP, SD/Lega und FP, welche die Vorlage geschlossen ablehnten, waren alle Fraktionen gespalten.

Eine Reduktion der Unterschriftenzahl für Initiativen und Referenden visierte demgegenüber eine parlamentarische Initiative Blatter (cvp, OW) an. Allerdings wollte er gleichzeitig das Sammeln von Unterschriften wesentlich erschweren, indem die Formulare nur noch auf bestimmten, von den Gemeinden bezeichneten Amtsstellen rechtsgültig hätten unterzeichnet werden können. Nach Ansicht des Initianten könnten damit nicht nur gewisse Missstände bei Unterschriftensammlungen vermieden (z.B. Direct-Mail-Kampagnen durch bezahlte Werbebüros), sondern auch die Zahl der Volksbegehren insgesamt reduziert werden. Der Nationalrat stimmte dem Anliegen gegen den Antrag seiner Staatspolitischen Kommission vorerst zu, lehnte es dann aber nach einem Rückkommensantrag Steinemann (fp, SG) ab.

Anlässlich der Beratungen der Staatspolitischen Kommission des Nationalrats drohte Steinemann (fp, SG) mit einem Referendum gegen die Einführung von zusätzlichen Staatssekretären. Um auf jeden Fall die Verlagerung der Organisationskompetenz vom Parlament auf den Bundesrat unbeschädigt über die Runden zu bringen, schlug die SP-Fraktion deshalb eine Aufteilung der Vorlage vor. Die Spitzen der drei anderen Regierungsparteien schlossen sich dieser Forderung an. Die Kommission verweigerte allerdings den Gehorsam und beschloss, das Paket dem Plenum als Ganzes vorzulegen. Sie lehnte auch den Antrag auf den Verzicht auf die zusätzlichen Staatssekretärposten deutlich ab und folgte in der Frage ihrer parlamentarischen Bestätigung dem Ständerat.