Le 28 février 2020, la «situation particulière» au sens de la loi sur les épidémies (LEp) a été promulguée après que les cantons aient été consultés. Si les manifestations de plus de 1'000 personnes ont été interdites par le Conseil fédéral, en deçà la décision revenait aux cantons (art.2 Ordonnance sur les mesures destinées à lutter contre le coronavirus (Covid-19)). Le canton du Tessin a été le premier à ordonner la fermeture des restaurants, cafés, bars et magasins non alimentaire. Pour la restauration, il a été suivi quelques jours plus tard par les cantons de Bâle-Campagne, du Jura et de Neuchâtel. Neuchâtel a même interdit toutes manifestations publiques. Alors que le Tessin et le Valais avaient demandé une fermeture beaucoup plus hermétique de la frontière avec l’Italie, le Conseil fédéral s'est contenté – le 13 mars 2020 dans l'Ordonnance 2 Covid-19 – de renforcer les contrôles Schengen au sud des Alpes. Les cantons romands – qui ont réclamé des mesures plus sévères auprès du Conseil fédéral – ont aussi pris les devants en annonçant la fermeture des écoles et des établissements publics.

Essuyant de nombreuses critiques de la part des scientifiques, du monde médical et particulièrement du Tessin, le Conseil fédéral a alors décrété – le 16 mars 2020 – la «situation extraordinaire». Aux commandes, il a, dès lors, pu ordonner les mesures nécessaires pour tout ou autre partie du pays (art. 7 LEp). Confiant l'exécution des ordonnances fédérales aux pouvoirs cantonaux, la participation des cantons restait essentielle à leur mise en œuvre. Le 21 mars 2020, après que le Tessin a notamment été dans l'illégalité en allant au-delà des exigences du Conseil fédéral s'agissant des chantiers et des industries, le Conseil fédéral a décidé de permettre – sous certaines conditions – aux cantons de restreindre ou d'arrêter les activités dans des branches entières de l'économie. Au fur et à mesure des semaines, l'Ordonnance 2 Covid-19 a été à plusieurs reprises révisées en fonction de la situation sanitaire jusqu'à la fin de la situation extraordinaire fixée au 19 juin 2020. Les cantons ont pu retrouver certaines compétences comme par exemple pour l'instruction publique dès la fin avril, s'agissant de la reprise des cours pour les degrés primaires et secondaires agendée le 11 mai 2020.

De retour en «situation particulière», les cantons ont retrouvé à nouveau une certaine autonomie. Ils ont en priorité la compétence d'agir en cas de nouvelle augmentation d'infections liées au Coronavirus. Ils devront prendre les mesures qui s'imposent, en privilégiant celles qui ont fait leurs preuves. De son côté, le Conseil fédéral a chargé les différents départements fédéraux à se préparer pour pouvoir réagir. Fin juillet, le Comité directeur de la Conférence des directrices et directeurs cantonaux de la santé (CDS) tirait un bilan plutôt positif de la reprise par les cantons de la responsabilité d'une grande partie des mesures de lutte contre la Covid-19. Bien que la responsabilité partagée entre la Confédération et les cantons puisse engendrer des réglementations cantonales divergentes, les échanges relatifs aux mesures prévues ou adoptées «fonctionnent bien» selon le comité.

En prévision de la votation sur la naturalisation facilitée des étrangers de la troisième génération qui aura lieu le 13 février 2017, la question de la centralisation des compétences entre cantons et Confédération s'est invitée dans le débat. En effet, jusqu'à présent, la naturalisation des étrangers était un domaine de compétence majoritairement réservé aux cantons – à l'exception des cas de naturalisation par filiation, par mariage et par adoption qui est du domaine de compétence de la Confédération. Avec cette nouvelle loi, qui ne concerne que les étrangers ayant – entre autres conditions – moins de 26 ans et installés en Suisse depuis trois générations, la Confédération s'octroierait cette part là des naturalisations, impliquant de facto une normalisation des pratiques au niveau cantonal. Parmi les critiques de cette centralisation des tâches, le député grison Stefan Engler (pdc, GR) estime qu'il revient aux cantons et aux communes de déterminer si une personne est assez intégrée ou non pour obtenir le passeport rouge à croix blanche. De plus, il fait remarquer que la plupart des cantons possèdent déjà des processus simplifiés pour cette catégorie-là de la population. Dans le camp des défenseurs de la nouvelle loi, le fait que de grosses différences existent entre les cantons – à l'image du canton de Lucerne, qui ne dispose d'aucune procédure simplifiée – marque une inégalité de traitement qui ne devrait plus avoir lieu d'être, d'où cette volonté de normaliser les pratiques en transférant cette compétence à l'échelon fédéral. La position des "fédéralistes" est toutefois minoritaire, comme le montre l'acceptation de la loi soumise à la votation populaire par la chambre des cantons.

Der Bundesrat nahm in seinem im November vorgestellten Entwurf für eine neue Bundesverfassung Rücksicht auf die von der Konferenz der Kantonsregierungen (KdK) formulierte Kritik. Er beantragte, die Standesinitiative zu einer gleich wie eine Volksinitiative zu behandelnden Kantonsinitiative aufzuwerten, wenn sie von mindestens acht Kantonen eingereicht wird. Zudem enthält der Entwurf einige grundsätzliche Zusicherungen an die Kantone. So soll ihre Mitwirkung in der Aussenpolitik ausdrücklich garantiert und ihnen beim Vollzug von Bundesrecht möglichst grosse Gestaltungsfreiheit überlassen werden.
(Zum neuen Entwurf der Bundesverfassung BRG 96.091 siehe hier.)

Im Rahmen der Neukonzeption des Finanzausgleichs kündigte der Bundesrat auch eine recht umfassende Neuzuordnung der Bundes- und Kantonskompetenzen an. Von den 50 Aufgabenbereichen, in welchen heute Bund und Kantone gemeinsam tätig sind, möchte er 29 entflechten. Acht Bereiche - darunter die Agrarpolitik und der Nationalstrassenbau - sollen ganz vom Bund übernommen werden, für dreizehn Bereiche - darunter die Berufsbildung, die Wohnbauförderung und die Raumplanung - wären allein die Kantone zuständig und bei acht weiteren würden sich der Bund und die Kantone in die Verantwortung teilen. In der Vernehmlassung kritisierte die SP das Projekt am heftigsten. Zum einen, weil sie angesichts der bestehenden Koordinationsprobleme die zentralstaatlichen Kompetenzen grundsätzlich stärken und nicht abbauen möchte, zum anderen, weil sie von der Kantonalisierung Einsparungen und Leistungsabbau befürchtet. (Zum Finanzausgleich und der Auflistung der von der Entflechtung betroffenen Gebiete siehe hier.)

Eine Aufwertung der Stellung der Kantone in der Bundespolitik wünscht auch die CVP. Ständerat Cottier (cvp, FR) und Nationalrat Engler (cvp, Al) (93.3169) reichten identische Motionen ein, in denen sie namentlich auch institutionelle Änderungen fordern. So soll beim Kantonsreferendum die heute erforderliche Anzahl von acht beteiligten Kantonen gesenkt werden, damit beispielsweise die sechs mehrheitlich französischsprachigen Kantone eine Volksabstimmung verlangen können, und zusätzlich soll auch ein ähnlich ausgestaltetes Initiativrecht eingeführt werden. Vorgeschlagen wird in den Motionen auch ein Bundesgesetz über die Mitwirkung der Kantone bei der Aussenpolitik und die Bildung einer nationalen Regierungskonferenz aus Vertretern des Bundesrates und der Kantonsregierungen.