Au cours des mois d'octobre et de novembre 2020, des tensions avaient vu le jour entre la Confédération et les cantons quant aux mesures sanitaires à prendre face à la nouvelle augmentation du nombre de cas de Covid-19. Si un recul du nombre de cas a pu être observé au niveau national à partir de la mi-novembre, ces tensions n'ont pas disparu pour autant. Les situations sanitaires très hétérogènes ainsi que les restrictions plus ou moins strictes selon les régions ont provoqué de nouvelles frictions, entre les cantons qui tenaient absolument à conserver le maximum d'autonomie et ceux qui militaient pour que la Confédération reprenne la main afin de resserrer la vis à l'approche des fêtes de fin d'année.
Le vendredi 4 décembre 2020, constatant que le nombre de cas stagnait à un niveau élevé, le ministre de la santé Alain Berset appelait les cantons à prendre des nouvelles mesures, sans quoi la Confédération se verrait obligée d'intervenir. Cet appel s'adressait avant tout aux cantons alémaniques, qui connaissaient une recrudescence des cas, alors que la situation s'améliorait en Suisse romande, où des mesures plus strictes avaient été prises.
Pourtant, à peine des nouvelles mesures étaient-elles annoncées par les cantons que le Conseil fédéral, trouvant que celles-ci n'allaient pas assez loin, reprenait déjà la main. En effet, le mardi 8 décembre, le gouvernement annonçait une uniformisation des restrictions au niveau national: fermeture des magasins, restaurants et marchés à 19h, limitation des réunions privées à cinq personnes, etc. Alors que le canton de Zürich avait annoncé de nouvelles règles dans l'après-midi lors d'une conférence de presse, celles-ci furent rendues caduques quelques heures plus tard. Cette communication fut critiquée dans les médias zurichois, qui se demandaient comment leur gouvernement pouvait encore être pris au sérieux en étant pris à contre-pied de la sorte par le Conseil fédéral.
Cette annonce du Conseil fédéral provoqua également de vives réactions en Suisse romande. Après avoir pris des mesures très strictes durant les semaines précédentes, la plupart des cantons romands étaient sur le point de rouvrir leurs restaurants et avaient communiqué quelques jours auparavant un assouplissement des restrictions suite à la diminution du nombre d'infections. Le conseiller d'État neuchâtelois Laurent Kurth, président de la Conférence latine des affaires sanitaires et sociales, considérait ces décisions comme «du mépris envers les cantons» de la part des autorités fédérales. Son homologue jurassien Jacques Gerber déplorait que le Conseil fédéral ait exposé ses décisions «de manière abrupte, faisant fi du fédéralisme».
Suite à une consultation des cantons, le Conseil fédéral a alors opté le vendredi 11 décembre pour un compromis. Une exception permettait aux cantons dont le taux de reproduction de la maladie était inférieur à 1 durant sept jours d’affilés et dont le nombre de nouveaux cas était inférieur à la moyenne suisse d'ouvrir les restaurants jusqu'à 23h. L'éclaircie fut néanmoins de courte durée pour les restaurants, puisque le Conseil fédéral annonçait leur fermeture complète le 18 décembre. Les cantons qui bénéficiaient encore du régime d'exception s'y soumirent également les jours suivants – les cantons du Valais, de Neuchâtel, de Fribourg et de Vaud étant les derniers avec des restaurants ouverts jusqu'au 26 décembre.

Les événements évoqués ci-dessus ont provoqué de nombreuses discussions quant à l'efficacité du fédéralisme en temps de crise. C'est particulièrement le manque de coopération entre les cantons qui fut sous le feu des critiques. Il leur a été reproché de vouloir chacun régler leurs problèmes de leur côté. D'autres voix se sont cependant élevées pour saluer la volonté de prendre des mesures différenciées et adaptées à chaque situation, ce qui a suscité de longs et intenses débats, autant dans la sphère politique que dans les médias et la société en général.
Un rapport du KOF s'est intéressé à la question. Il en a conclu que les régimes fédéralistes, comme l'Allemagne, l'Autriche ou la Suisse, affichent de meilleurs résultats en gestion de crise que les systèmes centralisés. Cependant, les auteurs et les autrices de l'étude relèvent une différence entre les systèmes allemand et autrichien, où le fédéralisme repose sur la coopération entre les gouvernements, les Länder et les communes, et le système suisse, considéré comme concurrentiel. Selon Jan-Egbert Sturm, directeur du KOF, «dans ce système, les incitations sont fortes pour les cantons d’adopter une attitude passive, dans l’espoir peut-être que les régions voisines réagissent plus rapidement et que cela avantage son propre canton. Ou alors, à l’inverse, par manque de récompense, les cantons pourraient renoncer à prendre des mesures qui ont un coût financier car elles risqueraient de profiter aux voisins.» Le rapport conclut néanmoins que malgré la crise, ce système a fait ses preuves en de nombreuses situations et ne doit pas être remis en question. De nouveaux outils devraient cependant être mis au point, notamment pour déterminer à quel moment l'état doit reprendre la main.

Ab anfangs Oktober 2020 stiegen die Coronavirus-Fallzahlen in der Schweiz wieder drastisch an und erreichten ihren Höhepunkt anfangs November mit über 10'000 neu gemeldeten Fällen an einem Tag. Viele Kantone verschärften deshalb ihre Coronamassnahmen ab Mitte Oktober, beispielsweise durch die Einführung einer Maskenpflicht in allen Läden. Doch die Massnahmen in der Schweiz glichen weiterhin einem Flickenteppich, denn die Kantone vermochten sich nicht auf ein einheitliches Vorgehen zu einigen. Die GDK appellierte deshalb Mitte Oktober an den Bundesrat, flächendeckende Massnahmen zu ergreifen, wie etwa eine Maskenpflicht in allen öffentlichen Innenräumen oder Obergrenzen für private Feste. Dieser hatte zwar die Kantone nur zwei Tage zuvor noch explizit in die Pflicht genommen, reagierte dann aber schnell: Am Sonntag, dem 18. Oktober, traf er sich zu einer Notfallsitzung und entschied nach einer «Blitzkonsultation» über das Wochenende, schweizweit eine Maskenpflicht in öffentlichen Innenräumen und bei privaten Treffen ab 16 Personen einzuführen. Neu galt zudem Sitzpflicht in allen Gastrobetrieben. Ganz strikt griff der Bundesrat allerdings nicht durch: So verzichtete er bewusst darauf, erneut die ausserordentliche Lage auszurufen – die neusten Massnahmen konnte der Bundesrat gemäss Epidemiengesetz auch in der besonderen Lage aussprechen. Folglich blieben die Kantone weiterhin in vielen Bereichen in der Verantwortung, etwa bei den Massnahmen in Schulen oder bei den Öffnungszeiten von Clubs und Bars. Bundespräsidentin Simonetta Sommaruga betonte jedoch, Bundesrat und Kantone müssten jetzt zusammenspannen, «damit das ‘Gstürm’ endlich aufhöre».
Da die Fallzahlen weiter stark anstiegen, schickte der Bundesrat bereits am Freitag der darauffolgenden Woche erneut strengere Massnahmen in die Konsultation bei den Kantonen. Diese beinhalteten unter anderem eine Limite von 10 respektive 50 Personen bei privaten und öffentlichen Veranstaltungen, Fernunterricht für Hochschulen, eine ausgedehnte Maskenpflicht und eine Sperrstunde von 23 bis 6 Uhr. Auch diesmal hielt der Bundesrat aber am Verbleib in der besonderen Lage fest.
Da eine Mehrheit der Kantone in der Zwischenzeit bereits ihre eigenen Massnahmen verschärft hatten und viele den Bundesrat aufgefordert hatten, strengere Massnahmen auf nationaler Ebene zu beschliessen, hielt sich ihr Widerstand gegen die neuen Massnahmen in Grenzen. Trotzdem gab es auch Kritik, wie etwa von der St. Galler Regierung, welche monierte, dass eine erneute Verschärfung der Massnahmen verfrüht sei, da ihre Spitalkapazitäten nicht ausgeschöpft seien und die Massnahmen deshalb «unnötigen Schaden» anrichteten. Die St. Galler Kantonsregierung ging gar noch weiter und stellte das gemeinsame Corona-Regime von Bund und Kantonen grundlegend infrage. Dass die Kantone selbst für die «Folgekosten» der Massnahmen aufkommen müssten, ohne diesen zugestimmt zu haben, verletze das Prinzip der fiskalischen Äquivalenz, wonach diejenigen das Sagen haben sollten, welche die Kosten tragen. Der Bundesrat solle stattdessen wieder die ausserordentliche Lage ausrufen, woraufhin der Bund erneut für die gesellschaftlichen und gesamtwirtschaftlichen Folgen der Pandemiebekämpfung verantwortlich wäre und sich folglich an den entstandenen Kosten beteiligen müsste. Der Kanton Zürich kritisierte derweil, dass der Bundesrat beim Verbot von Grossanlässen eine Ausnahme für Demonstrationen beschlossen hatte. Seiner Meinung nach sollten für alle Grossanlässe die gleichen Regeln gelten. Auch in den folgenden Wochen gingen die Diskussionen zwischen Bund und Kantonen weiter. So rügte beispielsweise Gesundheitsminister Alain Berset am 4. November diejenigen Kantone, welche weiterhin nicht dringende Eingriffe und Operationen an Spitälern erlaubten und damit Ressourcen für mögliche Corona-Patientinnen und -Patienten besetzten.

Nachdem der Bundesrat die Rückkehr von der ausserordentlichen Lage in die besondere Lage auf den 19. Juni 2020 festlegte, übernahmen die Kantone – und damit auch die GDK – wieder grösstenteils die Verantwortung für die Bekämpfung der Covid-19-Pandemie. Der Bundesrat, das BAG und die aus Vertreterinnen und Vertretern der Wissenschaft bestehende Coronavirus-Task Force überwachten die Kantone jedoch laufend und gaben Empfehlungen ab. In den darauffolgenden Monaten wurde dieses föderalistische Corona-Regime immer wieder gefordert und kam teilweise auch an seine Grenzen, wie verschiedenste Medien berichteten.

Keine zwei Wochen nach der Aufhebung der ausserordentlichen Lage wurden erstmals seit Ende April wieder mehr als 100 Neuinfektionen an einem Tag gemeldet. Schon bald informierten einzelne Kantone, beispielsweise Zürich, dass sie beim Nachverfolgen der Infektionsketten (Contact Tracing) an ihre Grenzen stiessen. Die Kantone arbeiteten in der Folge daran, ihre Contact Tracing-Kapazitäten laufend auszubauen. Da aber auch die Fallzahlen über den Sommer stetig zunahmen, nahm der Druck auf das Contact Tracing nicht ab. Mitte August kritisierte Andy Fischer, der CEO des vom Bundesrat mit dem Betrieb der Infoline zur SwissCovid-App beauftragten Unternehmens Medgate, die Kantone und ihr Contact-Tracing scharf. Demnach würden sich die Kantone weigern, die SwissCovid-App mit einer wirksamen Rückverfolgung zu unterstützen – aus Angst vor einer Überbelastung des «klassischen» Contact Tracings. Die App sei damit praktisch nutzlos, monierte Fischer weiter. Verschiedene Kantonsärzte wehrten sich gegen diese Vorwürfe. Laut ihnen sei eine einzig auf Daten einer App beruhenden Quarantäneanordnung juristisch heikel, erklärten sie gegenüber den Medien.

Bei der Kontrolle der Einhaltung der Coronamassnahmen in Betrieben zeigte sich das BAG Ende Juli unzufrieden und forderte die Kantone auf, ihr Monitoring zu verstärken. Laut Auswertungen des SonntagsBlicks gebe es von Kanton zu Kanton riesige Unterschiede bei den Kontrollregimen und die Zahlen lägen sowohl bei der Anzahl Kontrollen als auch beim Anteil an Beanstandungen weit auseinander.

Für weitere Unstimmigkeiten zwischen den Kantonen und dem Bund sorgten die Daten zu Rückkehrern aus Risikoländern. Die Kantone waren auf die Passagierlisten von Einreisenden angewiesen, damit sie stichprobenartig die Einhaltung der Quarantänepflicht von aus Risikogebieten zurückgereisten Personen überprüfen konnten. Die GDK beschwerte sich beim Bund für dessen ungenügende Bereitstellung von Daten, womit eine seriöse Überprüfung kaum möglich sei. Die Zürcher Sicherheitsdirektion kündigte anfangs August an, Zürich werde sich die Flugpassagierdaten künftig selbst bei der Flughafenpolizei besorgen, und bot gleichzeitig anderen Kantonen an, die Daten an sie weiterzuleiten, wovon auch sechs Kantone Gebrauch machten (BE, AG, SH, TI, TG, GL). Der Bundesrat reagierte zuerst kritisch – als Grund gab er Datenschutzbedenken an –, schloss danach aber sogar eine Vereinbarung mit der Zürcher Regierung über eine Kooperation bei den Daten ab und wurde somit zum Leistungsbezüger.

Spätestens ab Ende Juli berichteten verschiedene Zeitungen, die Coronamassnahmen in den Kantonen ähnelten einem «Flickenteppich» – etwa bezüglich einer Maskenpflicht in Einkaufsläden und bei der Obergrenze an Personen oder einer Registrierungspflicht in Clubs und Bars. Das BAG forderte die Kantone deshalb auf, die Massnahmen zu vereinheitlichen und eine Maskenpflicht in allen öffentlichen Innenräumen einzuführen. Anders als bei der Maskenpflicht im öffentlichen Verkehr, die der Bundesrat am 6. Juli schweizweit verfügt hatte, wollte die Regierung aber in diesen Bereichen vorerst keine nationalen Vorschriften beschliessen. Die GDK betonte entsprechend auch, dass die unterschiedlichen Massnahmen in den Kantonen bisher noch problemlos funktionierten. Auch rund drei Wochen später beschränkte sich die GDK auf eine Empfehlung an ihre Mitglieder, gewisse Mindestmassnahmen zu treffen, wie etwa die obligatorische Registrierung in Clubs und eine Maskenpflicht in Einkaufsläden. Doch mehrere Kantone, vor allem in der Ost- und Innerschweiz, ignorierten diese Empfehlung weitgehend.

Obwohl hauptsächlich die Lockerung der Massnahmen auf Bundesebene zu diesem Flickenteppich geführt hatte, preschte der Bundesrat Mitte August vor und beschloss auf Anfang Oktober die Aufhebung der Obergrenze von 1000 Personen bei Grossveranstaltungen. Dies, obschon sich die GDK im Vorfeld gegen die Aufhebung gewehrt hatte, weil sie den Zeitpunkt für verfrüht hielt. Die Kantone konnten sich in der Folge denn auch nicht auf einheitliche Kriterien und Verfahren bei der Bewilligung von Grossanlässen einigen.

Pour endiguer la crise du Covid-19, le canton du Tessin a été au-delà des exigences du Conseil fédéral. Il a décidé de suspendre les chantiers, de fermer toutes les industries n'exerçant pas leurs activités dans des domaines essentiels comme l'alimentation ou la santé, et d'appliquer une nouvelle réglementation aux hôtels. Pour Berne, le régime tessinois était illégal car c'est à la Confédération de manœuvrer en cas de «situation extraordinaire». Les mesures n'étaient pas conformes au droit fédéral – comme l'a indiqué le directeur de l'Office fédéral de la justice (OFJ) Martin Dumermuth – puisque seuls les chantiers et les exploitations ne respectant pas les recommandations en matière d'hygiène et de distance devaient fermer; les autres entreprises ne devaient pas cesser leurs activités. Le président du Conseil d'Etat tessinois, Christian Vitta (TI, plr), a rétorqué qu'une gestion uniforme sur tout le territoire ne faisait pas de sens car la propagation du virus était différente entre les cantons. Cette situation, qui a duré plusieurs jours, n'a pas été sans conséquence pour l'économie régionale. En effet, une cessation d'activités en raison d'une injonction cantonale illégale, ne permettait pas aux entreprises d'être indemnisées pour le chômage partiel. Pour les entreprises de constructions tessinoises, il semblait peu probable qu'elles recourent à la justice pour être indemnisé, puisqu'une demande d'arrêt des chantiers avait été adressée aux autorités de la part d'acteurs du secteur.

Le 21 mars 2020, le Conseil fédéral a fait un pas en direction d'un compromis :«Si la situation épidémiologique d'un canton implique un risque pour la santé publique, le Conseil fédéral peut autoriser ce canton à ordonner, pour une durée limitée, la restriction ou l'arrêt des activités dans des branches entières de l'économie. Les entreprises qui respectent de manière crédible les mesures d'éloignement social et d'hygiène peuvent poursuivre leurs activités» (art. 7e Ordonnance 2 Covid-19). Afin d'éviter un patchwork fédéraliste et préserver une gestion unifiée de la crise, le Conseil fédéral a alors posé quelques conditions – un système de santé arrivant à saturation même après le soutien d'autres cantons, difficulté à respecter les mesures de prévention pour le secteur économique et fonctionnement entravé par le manque de main-d'œuvre transfrontalière, et approbation des restrictions par les partenaires sociaux. En contrepartie, les cantons bénéficiant de la clause d'exemption devaient autoriser la reprise des activités si une entreprise prouvait le respect de la réglementation de l'OFSP. Le canton du Tessin remplissait tous les critères, comme l'a évoqué Alain Berset, pour formuler une demande au Conseil fédéral.

Als Folge der abgelehnten Kantonsfusion der beiden Basel gewann die Idee eines Vollkantons oder zumindest einer je doppelten Ständeratsvertretung für Basel-Stadt und Basel-Landschaft wieder an Fahrt. Bereits 1995 hatte Hans Rudolf Gysin – damals noch Nationalrat für Basel-Landschaft – eine entsprechende parlamentarische Initiative eingereicht, die allerdings auch aufgrund des Widerstands der Regierung von Basel-Stadt gescheitert war. Derselbe Gysin hatte 2014 eine kantonale Initiative eingereicht, die den Baselbieter Regierungsrat auffordert, eine eidgenössische Volksinitiative zu lancieren, mit der ein Vollkanton Basel-Landschaft umgesetzt werden soll. Das in der BaZ als "Schnapsidee" bezeichnete Vorhaben stiess laut einer von derselben Zeitung bei nationalen Parlamentarierinnen und Parlamentariern durchgeführten Umfrage auf wenig Wohlwollen. Zwar sei die Wirtschaftskraft der Nordwestschweiz so gross, dass lediglich zwei Ständeräte die Bedeutung derer nicht widerspiegelten; mit diesem Argument müssten aber auch andere Kantone eine Auf- oder gar Abwertung bei der Zahl der Standesvertreter erhalten, was der Idee des Föderalismus widerspreche. Neben der parlamentarischen Unterstützung auf Bundesebene müsste aber auch der Nachbarkanton einverstanden sein. Einige Ereignisse im Laufe des Jahres 2015 zeigten jedoch auf, dass die beiden gewesenen Fusionspartner nicht (mehr) sehr gut aufeinander zu sprechen sind. So brachten etwa die Sparbeschlüsse der Baselbieter Regierung zu Lasten der Universität Basel und anderer gemeinsamer Institutionen den Stadtkanton in Rage. Die Hoffnung, dass die Ablehnung der Fusionsinitiative die Partnerschaft der beiden Nachbarn voranbringen soll, hatte sich bisher nicht bewährt – im Gegenteil: Die Fronten zwischen den beiden Basel schienen sich eher noch zu verhärten. Bereits Ende Mai hatte die Stadtregierung entsprechend signalisiert, dass sie von der Idee eines Vollkantons Basel-Landschaft nicht viel halte. Die Baselbieter Regierung, gezwungen durch die gültig eingereichte Initiative von Gysin, sondierte auch bei den anderen Nachbarkantonen und erhielt von Solothurn, Aargau und Jura durchgängig abschlägige Antworten. Wann die Initiative der Bevölkerung vorgelegt wird, war Ende 2015 noch nicht klar.

Nachdem 2012 bereits die Kantone Genf, Jura, Wallis, Tessin, Bern und Basel-Stadt eine Stelle für ein Kantonslobbying geschaffen hatten, richtete im Berichtsjahr auch der Kanton Luzern einen entsprechenden, der kantonalen Verwaltung unterstellten Posten ein. Durch systematische Informationsbeschaffung, Identifikation von Schlüsselgeschäften für den Kanton, Aufbereitung dieser Informationen für die kantonalen Behörden sowie dem Aufbau und der Pflege von Netzwerken in Bundesbern erhoffte sich der Innerschweizer Kanton zusätzliche Kompetenzen und Einflussnahme.

Die Kantone versuchten vermehrt, Einfluss auf die nationale Politik zu nehmen. Auf der einen Seite wurden im Berichtjahr 26 Standesinitiativen eingereicht, auf der anderen Seite hatte das Parlament noch Ende 2011 beschlossen, jedem Kanton einen Lobbyistenpass für einen Interessenvertreter zuzusprechen. Die Kantone Genf, Jura, Wallis, Tessin und Basel-Stadt machten rasch davon Gebrauch und schufen eine entsprechende Stelle. Verschiedene Kantone überdachten in der Folge ihre Strategie der Einflussnahme auf Bundesebene. Die Beantwortung von Vernehmlassungen oder die mehr oder weniger regelmässigen und institutionalisierten Austauschgespräche mit den Kantonsvertretern im nationalen Parlament wurden vielerorts als zu wenig effizient betrachtet. Kritiker bezeichneten die Idee eines Kantonslobbying als unsinnig und systemwidrig.

Da sich der Kanton Tessin in verschiedenen Fragen unzulänglich behandelt fühlte, schickte der Regierungsrat des Südkantons 2010 einen Gesandten nach Bern um damit die Stellung nördlich des Gotthards zu stärken. Anfang März 2011 trat der erste Gesandte, Jörg De Bernardi sein vorerst auf zwei Jahre befristetes Amt an.

Da sich der Kanton Tessin in verschiedenen Fragen (Bahn 2030, Gotthardsanierung) stiefmütterlich behandelt fühlt, hat sich der Regierungsrat des Südkantons entschieden, einen Gesandten nach Bern zu schicken, der direkt dem Regierungspräsidenten unterstellt sein und dort die Interessen des Tessins einbringen soll.

Es ist nichts Neues, dass sich die Nordostschweizer Kantone (ohne Zürich) in der Bundespolitik oft benachteiligt vorkommen. Dies war zuletzt beispielsweise der Fall beim NEAT-Entscheid (Eisenbahntunnels durch die Alpen) und beim Vollzug des Krankenversicherungsgesetzes (Berechnungsformel für die Bundesbeiträge an die Prämienverbilligung). Die St. Galler Regierung schlug deshalb ihrem Parlament vor, eine ständige Vertretung in Bern zu schaffen, um die Interessen des Kantons besser zur Geltung zu bringen. Der Grosse Rat lehnte es aber ab, den dafür beantragten Kredit von CHF 320'000 zu bewilligen. Die Regierung schlug danach vor, dass einer aus ihrem Kreis von Amtes wegen im Ständerat sitzen sollte. Dieser würde einem neu zu schaffenden Departement für kantonsüberschreitende Zusammenarbeit vorstehen.

Ebenfalls nicht fachspezifisch ausgerichtet ist die im Juni gegründete Konferenz der Westschweizer Kantone, in der die Regierungspräsidenten sowie ein weiteres Exekutivmitglied aus den vier französischsprachigen Kantonen Genf, Jura, Neuenburg und Waadt sowie den drei sprachlich gemischten Kantonen Bern, Freiburg und, Wallis vertreten sind. In der Deutschschweiz bestehen derartige regionale Regierungspräsidentenkonferenzen schon seit längerer Zeit.

In Baselland stimmte der Souverän im Verhältnis von 3:2 einer 1985 eingereichten und von Regierung und Parlament unterstützten Volksinitiative zu, welche verlangte, dass sich die kantonalen Behörden für eine Aufwertung von einem Halb- zu einem Vollkanton einsetzen. Der mit 40% überraschend hohe Anteil der Neinstimmen erklärt sich damit, dass die Befürworter einer Wiedervereinigung mit Baselstadt die Initiative bekämpft hatten.