Nachdem sich 2013 lediglich Moutier und mit einem Patt aus 110 zu 110 Stimmen auch die Gemeinde Belprahon für einen möglichen Fusionsprozess mit dem Kanton Jura ausgesprochen hatten, war die Jurafrage noch nicht ganz vom Tisch. Das Abkommen zwischen den Kantonen Bern und Jura sah die Möglichkeit von kommunalen Abstimmungen nach der Kantonal- bzw. Regionalabstimmung vom 24. November 2013 vor. Gesuche für eine kommunale Abstimmung können bis zwei Jahre nach dem Urnengang eingereicht werden. Allerdings mussten die Rechtsgrundlagen für den eigentlichen Abstimmungsprozess noch geschaffen werden – den kommunalen Urnengängen haben auch noch jeweils kantonale zu folgen. Umstritten war dabei insbesondere die Reihenfolge, ob es also zuerst eine kommunale Konsultativabstimmung geben sollte und erst anschliessend eine Verhandlung zwischen den Kantonen Bern und Jura. Letztlich akzeptierte die Berner Regierung den Vorschlag von Moutier, dass ein allfälliges Ja bei einer Abstimmung nicht einfach eine konsultative Absichtserklärung, sondern ein Bekenntnis für eine Fusion darstelle. Dies bedingte allerdings, dass vor einer Abstimmung die Modalitäten in einem Staatsvertrag ausgehandelt werden müssen. Eine kommunale Abstimmung kann so frühestens Ende 2016 stattfinden.
Die Gemeinde Moutier deponierte ihr Gesuch für eine solche kommunale Abstimmung Mitte April 2014 beim Berner Regierungsrat. Bei der Abstimmung 2013 hatte sich die Bevölkerung von Moutier knapp, mit 55%, für einen Prozess ausgesprochen, mit dem eine mögliche Fusion geplant werden sollte, nicht aber für eine definitive Fusion. Darüber hinaus hatte sich Moutier bereits 1998 in einer Konsultativabstimmung knapp gegen eine Fusion mit dem Kanton Jura ausgesprochen. Der Ausgang einer möglichen Abstimmung blieb also offen. Anfang September wurde bekannt, dass auch die Gemeinden Belprahon und Grandval einen Antrag auf eine kommunale Abstimmung gestellt hatten. Im Fall von Grandval hatte im November 2013 noch eine Mehrheit der Stimmenden für den Verbleib im Kanton Bern gestimmt. Beide Kleinstgemeinden machten deutlich, dass sie erst über eine mögliche Fusion mit dem Kanton Jura abstimmen wollten, wenn klar sei, wie Moutier entscheide. Dagegen regte sich allerdings rasch Widerstand von Pro-Berner-Seite: Eine Abstimmungskaskade müsse verhindert werden. Befürchtet wurde ein eigentlicher Dominoeffekt nach einem allfälligen Ja von Moutier. Deshalb müssten alle kommunalen Abstimmungen gleichzeitig stattfinden. Die Entscheidung darüber war 2014 noch offen.
Dass die Jurafrage auch mit der deutlichen Abstimmung von 2013 noch nicht vom Tisch ist, wurde auch in kleinen politischen Scharmützeln sichtbar. So wies etwa der scheidende, langjährige PSA-Grossrat Jean-Pierre Aellen darauf hin, dass der Dialog für eine Vereinigung immer weiter gehen müsse, was bei einigen SVP-Grossräten auf grossen Widerwillen stiess. Aber auch die Berner SVP, die sich zu den Siegerinnen der Jura-Abstimmung zählte, hielt die Jurafrage weiterhin am Köcheln. Insbesondere ihr aus dem Berner Jura stammende Regierungsratskandidat und Grossrat Manfred Bühler (BE, svp) versuchte aus der klaren Ablehnung, welche die französischsprechenden Berner einem Fusionsprozess mit dem Kanton Jura entgegenbrachten, Profit zu schlagen. So wollte er etwa von der Berner Regierung in einer Interpellation wissen, wie viel die Lösung des Konflikts den Kanton Bern bisher gekostet habe. Der Urnengang und die Finanzierung der Interjurassischen Versammlung, der tripartiten Organisation, die ab 1994 für den Prozess hin zur Abstimmung 2013 verantwortlich war und die per Ende 2015 aufgelöst wird, wurden insgesamt auf rund CHF 3.7 Mio. veranschlagt. Während die Regierung dieses Geld als gute Investition für eine befriedete Zukunft bezeichnete, hegte Bühler Zweifel. Insbesondere der Zusatz in der jurassischen Verfassung, der nach wie vor die Möglichkeit einer künftigen Fusion vorsah, war ihm ein Dorn im Auge. Die jurassische Regierung beschloss Anfang Juni, diesen Passus zu streichen und die bisherige Zusammenarbeit mit dem Berner Jura zu überdenken. Die Bemühungen Bühlers fruchteten jedoch auch hinsichtlich seiner Regierungskandidatur letztlich nicht. Er erhielt zwar bei den Regierungswahlen im ganzen Kanton mehr Stimmen als Philippe Perrenoud (BE, sp), konnte aber im Berner Jura zu wenig stark überzeugen. Dort holte der amtierende Perrenoud entscheidend mehr Stimmen. Die anschliessende Diskussion um den Jurasitz, der demjenigen Kandidierenden aus dem Berner Jura zufällt, der das grösste geometrische Mittel aus Stimmenzahl aus dem ganzen Kanton und aus dem bernjurassischen Wahlbezirk erhält, hielt in der Folge nicht lange an. Die SVP, die diese Regel Ende der 1980er Jahre mit eingeführt hatte, wehrte sich trotz Niederlage nicht dagegen. Es sei nicht der richtige Moment, darüber zu diskutieren, so SVP-Fraktionschef Peter Brand (BE, svp). Man wolle nicht als schlechter Verlierer dastehen, obwohl man sich gut vorstellen könne, die für den Wähler zu komplizierte Formel in Zukunft einmal abzuändern, so Anne-Caroline Graber (BE, svp). Mitte September heizten auch die Autonomisten aus dem Kanton Jura die Stimmung ein wenig an, indem sie ihre Solidarität mit Moutier bekundeten. Mit ihrer Liebeserklärung kreierten die Autonomisten quasi eine neue, kleine Jurafrage.

Votation populaire du Jura bernois du 24 novembre 2013 pour un processus de création d'un nouveau canton (avec le canton du Jura)
Dossier: Moutier und der Jurakonflikt
Dossier: Assemblée interjurassienne AIJ