In seiner Antwort auf eine Interpellation Graber (svp, BE) mischte sich auch der Bundesrat in die Frage ein, ob die kommunalen Abstimmungen zu einem allfälligen Kantonswechsel zeitgleich oder gestaffelt stattfinden sollen. Die Nachbargemeinden von Moutier wollten eigentlich nur abstimmen, wenn Moutier sich für einen Kantonswechsel ausspräche. Der Berner Grosse Rat hatte jedoch eine Motion überwiesen, mit der eine zeitlich gestaffelte Abstimmung verhindert werden soll. Graber wollte von der Landesregierung wissen, ob dieses Verbot gegen die Gemeindeautonomie verstosse und ob eine Eventualabstimmung – die kleineren Gemeinden sollten auch darüber befinden, ob sie einen Kantonswechsel wollten, falls Moutier nein stimmen würde – rechtskonform sei. In seiner Antwort Ende August wies der Bundesrat ausdrücklich darauf hin, dass das Verfahren noch nicht abgeschlossen sei und diese Frage noch vom Berner Grossrat im Rahmen der Debatte um die entsprechende Gesetzesänderung gelöst werden müsse. Im Prinzip sehe der Bundesrat aber die Gemeindeautonomie auch mit einer gleichzeitigen Abstimmung nicht verletzt. Zudem könne eine Eventualabstimmung durchgeführt werden, wenn die entsprechende Frage präzis gestellt werde. In ihrer Antwort machte die Landesregierung gar einen entsprechenden Vorschlag: "Wollen Sie, dass Ihre Gemeinde sich der Republik und dem Kanton Jura anschliesst, wenn die Bürgerinnen und Bürger der Gemeinde Moutier sich für den Übertritt ihrer Gemeinde in die Republik und den Kanton Jura entscheiden?" Wenig erfreut über die "Einmischung des Bundesrates" zeigte sich der Bürgermeister von Moutier, Maxime Zuber (BE, psa).

Von Nationalrat Rennwald (sp, JU) in einer Einfachen Anfrage (97.1065) um seine Meinung zu einer allfälligen Sezession der Stadt Moutier gefragt, antwortete der Bundesrat, dass dies eine interne Angelegenheit des Kantons Bern sei. Er habe aber den Regierungen der Kantone Bern und Jura mitgeteilt, dass er bereit sei, sie zu einem Gespräch in dieser Sache zu empfangen. In Bezug auf Rennwalds Gesuch, der Bundesrat solle die Sache selbst in die Hand nehmen und die rechtlichen Voraussetzungen für einen Kantonswechsel von Gemeinden schaffen, verwies er auf die laufenden Parlamentsdebatten. Da beide Ratskammern im Vorjahr einer 1995 vom Kanton Jura eingereichten Standesinitiative, welche eine eidgenössische Regelung verlangt hatte, Folge gegeben hatten, sei es nun an ihnen, einen entsprechenden Artikel in die neue Bundesverfassung aufzunehmen. Er selbst habe im Rahmen der Nachführung der Verfassung darauf verzichtet, um diese nicht mit materiellen Neuerungen zu belasten. Die Kommissionen beider Räte zur Totalrevision der Bundesverfassung (96.091) kamen dieser Aufforderung nach. Sie beschlossen, dass bei Gebietsveränderungen zwischen Kantonen in Zukunft nur noch die Zustimmung der betroffenen Bevölkerung und der beteiligten Kantone sowie die Genehmigung durch die Bundesversammlung in Form eines Bundesbeschlusses erforderlich ist. Eine obligatorische eidgenössische Volksabstimmung, wie dies noch im Fall von Vellerat vorgeschrieben war, müsste hingegen nicht mehr durchgeführt werden.