Der Bundesrat beantragte dem Parlament einen Rahmenkredit von CHF 39 Mio. für den Zeitraum 2000-2006, um eine Beteiligung der Schweiz an der Initiative INTERREG III der Europäischen Union (EU) zu gewährleisten. Die von der Europäischen Kommission zum Zeitpunkt der Publikation der Botschaft noch nicht definitiv verabschiedete Initiative stellt eine Fortsetzung der 1999 auslaufenden INTERREG II dar. Die grenzüberscheitende Zusammenarbeit im regionalen Rahmen hat sich nach Ansicht des Bundesrates sowohl aus raumordnungs- als auch als integrationspolitischen Gründen derart gut bewährt, dass sich die Schweiz unbedingt weiterhin daran beteiligen sollte. Der Nationalrat stimmte dem Antrag bei einer Gegenstimme (Steinemann, fp, SG) zu; in der Schlussabstimmung sprachen sich auch noch einige Vertreter der Zürcher SVP dagegen aus. Im Ständerat erfolgte die Zustimmung einhellig.

Beide Parlamentskammern hiessen das Zusatzprotokoll vom 9. November 1995 zum Europäischen Rahmenabkommen über die grenzüberschreitende Zusammenarbeit von regionalen und lokalen Gebietskörperschaften ohne Gegenstimme gut.

Im Rahmen der Beratung der Totalrevision der Bundesverfassung (BRG: 96:091) beantragte Vallender (fdp, AR), dass kantonale Verträge mit dem Ausland nicht mehr der Genehmigungspflicht durch den Bund unterstellt sind. Dieser Vorschlag konnte sich im Nationalrat und anschliessend auch im Ständerat durchsetzen. In Zukunft müssen derartige Abkommen – welche den Interessen des Bundes sowie der anderen Kantone freilich nicht widersprechen dürfen – dem Bund nur noch zur Kenntnis gebracht werden.

Im August legte der Bundesrat dem Parlament das Zusatzprotokoll vom 9. November 1995 zum Europäischen Rahmenabkommen über die grenzüberschreitende Zusammenarbeit von regionalen und lokalen Gebietskörperschaften zur Genehmigung vor. Dieses Zusatzprotokoll des Europarates stellt eine Konkretisierung des Rahmenabkommens von 1980 dar, das in der Schweiz 1982 in Kraft getreten ist. Es soll namentlich mit einheitlichen Regeln die mit dem Rahmenabkommen geförderte Zusammenarbeit zwischen lokalen Behörden erleichtern. In der 1996 durchgeführten Vernehmlassung hatten allerdings nicht wenige Kantone Bedenken geäussert. Sie befürchteten, dass ihre Aktivitäten von diesem Protokoll nicht gefördert, sondern gehindert würden. Hintergrund für diese Kritik war, dass die bestehenden Kompetenzen der Kantone im Bereich der grenzüberschreitenden Zusammenarbeit nach Verfassung (Art. 9 und 10 BV) und in der Praxis über das hinausgehen, was das Protokoll stipuliert. Sie verlangten deshalb, dass sich die im Protokoll vorgesehene Genehmigung von grenzüberschreitenden Abkommen durch die Landesregierung auf solche beschränken muss, welche für den Bund oder die nicht daran beteiligten Kantone von besonderer Bedeutung sind. Die Kantone verlangten insbesondere auch, dass das im Vorjahr abgeschlossene "Karlsruher Abkommen" für die grenzüberschreitende regionale Zusammenarbeit in der Rheinregion gegenüber dem Zusatzprotokoll Vorrang haben soll. Der Bundesrat sicherte dies zu und entgegnete den Bedenken der Kantone in Bezug auf eine Einschränkung ihrer Rechte, dass das Protokoll die innerstaatliche Kompetenzverteilung nicht antaste. Wichtig sei das Protokoll zudem, weil es sich nicht auf staatliche Abkommen beschränke, sondern auch einheitliche Regeln für die Zusammenarbeit zwischen Verwaltungsstellen oder - z.B. im Bereich des Regionalverkehrs - privatrechtlichen Organisationen setze.