Le Tribunal fédéral limite le droit d'expression des cantons dans les campagnes de votation. Dans le cadre de l'examen d'un recours relatif à l'initiative populaire Monnaie Pleine, l'instance judiciaire a jugé l'intervention des cantons par le biais de la Conférence des directeurs cantonaux des finances (CDF) inadmissible. La demande d'annulation du recourant a été rejetée. Le Tribunal fédéral estime que l'impact de la CDF était limité.
Les gouvernements cantonaux sont toujours autorisés, également par la voie de la Conférence des gouvernements cantonaux (CdC), à s'exprimer dans une campagne de votation s'ils sont particulièrement concernés. En revanche, ils ne pourront plus s'adresser via les différentes Conférences des directeurs cantonaux spécialisées, faute de transparence. Suite à cette décision, plusieurs ministres prévoient d'interpeller le Parlement pour fixer le droit d'expression des cantons avant une votation dans la loi.

Les citoyennes et citoyens de Peseux ont accepté la fusion avec Neuchâtel, Corcelles-Cormondrèche et Valangin, par 54.5% des voix et avec une participation de 48.8%. La nouvelle commune comptera 45'000 habitants et deviendra la troisième ville de Suisse romande. La chancellerie d'Etat a rejeté le recours et une réclamation contre le vote, jugeant la démarche irrecevable et mal fondée. Toutefois, le porte-parole des trois recourants a laissé entendre qu'ils saisiraient le tribunal cantonal, voir même le Tribunal fédéral si nécessaire. La fusion est normalement prévue pour le 1er janvier 2021.
En 2006, les communes de Corcelles-Cormondrèche et de Peseux avaient proposé un projet de fusion à leur population pour la création d'une nouvelle commune regroupant 10'000 habitants. Le projet fût refusé à Peseux par 1'100 voix contre 837. En 2015, un nouveau projet de fusion était présenté, pour rassembler les communes de Neuchâtel, de Peseux, de Corcelles-Cormondrèche et de Valangin. Le 5 juin 2016, les habitants de Peseux le refusaient par 1'143 voix contre 985. Quelques jours plus tard, un recours était déposé contre la votation. Un stand des opposants à la fusion se tenait devant le bureau électoral le jour de la votation. Les recourants ont été jusqu'au Tribunal fédéral. Le 7 mai 2018, l'instance judiciaire a annulé le scrutin du 5 juin 2016. Il admettait, que le vote des citoyens aurait pu être influencé. Les habitants des quatre communes ont donc été appelés à voter deux fois sur la fusion.

En octobre 2015, 13 des 17 communes concernées ont dit "oui" lors du vote consultatif du projet de fusion pour une nouvelle Bellinzone. Les communes Sant’Antonino, Arbedo-Castione, Cadenazzo et Lumino ne souhaitent pas intégrer le nouveau pôle urbain formé par la ville de Bellinzone et ses communes avoisinantes. L'idée de cette fusion est apparue en 2012, provenant de la capitale tessinoise et des autorités communales de Sementina et Giubiasco. Les principaux objectifs sont la relance économique et sociale de cette région, ainsi que devenir un contrepoids face au Grand Lugano. L'ouverture du tunnel de base du Gothard devrait favoriser leurs attentes. En mars 2016, le Grand Conseil tessinois a donné son feu vert à la fusion et a alloué un crédit de 50 millions de francs. Soutenus par l'Association tessinoise pour l'autonomie des communes, 81 recours ont été déposés contre la décision du parlement cantonal. Ils ont été déboutés par le Tribunal fédéral et les autorités de cette nouvelle commune ont donc pu être élues en avril 2017. Avec le regroupement des populations de Claro, Moleno, Preonzo, Gnosca, Gorduno, Monte Carasso, Bellinzone, Sementina, Gudo, Giubiasco, Camorino, Pianezzo et Sant'Antonio, la nouvelle localité compte 42'000 âmes et est la douzième ville de Suisse la plus peuplée. Cette fusion va dans le sens voulu par le plan cantonal "Piano cantonale delle aggregazioni", encore en phase de consultation, visant à réduire le nombre de communes tessinoises à 23 d'ici 2020 au plus tôt.

A l'origine d'une motion de la Commission de l'économie et des redevances du Conseil National (CER-NR), qui vise à demander au Conseil fédéral d'élaborer un projet de loi donnant aux cantons l'autonomie de procéder à une régularisation fiscale unique du passé, se trouve le retrait des initiatives parlementaires Regazzi(15.435) et Barazzone (15.469), traitant toutes deux de la même thématique. Malgré l'existence d'outils permettant de régulariser les situations fiscales, la majorité de la commission défend ce projet pour les raisons suivantes: en élargissant les incitatifs à la régularisation fiscale, les députés en faveur de cette motion veulent permettre aux cantons de procéder à une amnistie fiscale si ceux-ci l'estiment nécessaire - les amnisties fiscales pouvant être, selon leurs défenseurs, une source de revenus non-négligeable pour les cantons. La fiscalité étant en grande partie du domaine de compétence des cantons, ils estiment que ces derniers ne devraient pas être empêchés par la Confédération de procéder à une telle amnistie. Actuellement, cette possibilité est bloquée, suite à une décision du Tribunal fédéral ayant statué négativement sur une amnistie fiscale du canton du Tessin, car contraire au droit fédéral. Finalement, la majorité de sa Commission rappelle que cette motion ne fait pas force de loi et que les députés votent sur un mandat à donner au Conseil fédéral. Le député Guillaume Barazzone (cvp/pdc GE) souligne, en outre, qu'avec l'entrée en vigueur en 2018 de l'échange automatique de renseignements en matière fiscale internationale entre la Suisse et des pays tiers, les cantons ont à souhait d'encourager leurs contribuables à se régulariser rapidement.
Du côté des opposants à cette motion, l'amnistie fiscale est vue comme moralement discutable: ce qui prévaut pour les citoyens payant honnêtement leurs impôts ne s'applique pas aux personnes ayant triché. En effet, le principe d'amnistie fiscale consiste à ce que les personnes n'ayant pas déclaré la totalité de leurs impôts puissent les déclarer rétroactivement, sans pour autant être punies. De plus, comme argumenté par la députée Birrer-Heimo, une concurrence entre cantons pourrait apparaître sur l'application de cette amnistie, créant une course vers le bas concernant les conditions pour les fraudeurs. Ueli Maurer, au nom du Conseil fédéral, explique, en outre, que la possibilité d'une dénonciation spontanée non punissable (aussi appelée "petite amnistie") existe depuis 2010, ce qui remet en question l'utilité d'une amnistie fiscale générale. En effet, depuis cette date, 22'000 personnes se sont dénoncées volontairement, pour une somme totale déclarée de 24,7 milliards de francs. De plus, la différence entre la motion et la possibilité déjà existante est que cette première propose l'instauration d'un rabais. Suivant l'avis de la majorité de la Commission, la motion est acceptée par le Conseil national par 105 voix contre 79 et deux abstentions.
La motion étant passée dans la seconde chambre, la Commission compétente (CER-CE) du Conseil des États propose quant à elle de la rejeter. Les débats entre les deux parties sont similaires à ceux ayant eu lieu dans la chambre basse (à savoir, principalement, l'existence de cette "petite amnistie" et la question morale d'un côté et de l'autre, le respect du fédéralisme et les bénéfices pour les caisses publiques). Suivant l'avis de la majorité de sa Commission, le Conseil des États rejette la motion demandant au Conseil fédéral d'élaborer un projet de loi visant à donner aux cantons l'autonomie de procéder à une régularisation fiscale unique du passé, signant ainsi l'arrêt du processus.

Mitte Mai legte der Bundesrat den Bericht zur Erfüllung der beiden gleichlautenden Postulate Germann (svp, SH) und Fluri (fdp, SO) (Po. 13.3820) vor. Beide Vorstösse verlangten eine Evaluation der Wirkung des Städte- und Gemeindeartikels (Artikel 50 BV). Die beiden Parlamentarier vertraten dabei auch die Interessen des Schweizerischen Städteverbandes bzw. des Schweizerischen Gemeindeverbandes, die Kurt Fluri bzw. Hannes Germann präsidierten. Insgesamt beurteilte die Regierung den Artikel 50 BV, der die Gemeindeautonomie sichert und den Bund zu Rücksichtnahme auf die unterste föderale Ebene verpflichtet, als behutsame und erfolgreiche Neuerung. Gemeinden seien gestärkt und Städte vermehrt in den Fokus der Bundespolitik gerückt worden, ohne dass dies auf Kosten der ländlichen Gemeinden gegangen wäre. Der Bericht machte allerdings auch Mängel und Verbesserungspotenzial aus. Die spezifischen Anliegen aller Gemeinden, und insbesondere der Städte, der Agglomerationen und der Berggebiete müssten bei Rechtsetzung und Vollzug noch stärker berücksichtigt werden. Dies solle in Zukunft bei der Vorbereitung von Erlassen (via Vernehmlassungsverfahren), bei der Koordination in der Raumordnungspolitik aber auch bei den statistischen Grundlagen geschehen. Zu beschliessende Massnahmen sollen künftig auch auf ihre Miliztauglichkeit sowie auf für Gemeinden unterschiedliche raumrelevante Auswirkungen überprüft werden.
In einem Beitrag in der NZZ kommentierte Kurt Fluri den Bericht des Bundesrates. Er ging mit der Regierung zwar einig, dass der Artikel wichtige Neuerung gebracht habe. Allerdings seien die vorgeschlagenen Verbesserungen nur sehr bescheiden. Insbesondere in der Finanz- und Steuerpolitik, die sehr starke und unmittelbare Auswirkungen auf die Gemeinden entfalte, blieben die Anliegen der Gemeinden unberücksichtigt. Fluri verwies auf die Unternehmenssteuerreform III – ein Geschäft, das 2014 bereits die neu geschaffene Konferenz der städtischen Finanzdirektoren und den Schweizer Städteverband umgetrieben hatte. Wenige Wochen nach dem NZZ-Beitrag forderte der Städte- zusammen mit dem Gemeindeverband in einem an alle Parlamentarierinnen und Parlamentarier gerichteten Brief Entschädigungen für die drohenden Einnahmeeinbussen durch ebendiese Steuerreform. Entweder seien die Kantone zu verpflichten, die Ausgleichszahlungen, die sie vom Bund erhalten, zumindest teilweise an die Gemeinden weiterzuleiten, oder aber Kantonen und Gemeinden sei die Mehrwertsteuer zu erlassen. Es sei nicht länger zulässig, dass Bund und Kantone immer mehr Kosten auf die Gemeinden abwälzten, ohne entsprechende Entschädigungen bereitzustellen. Die Forderung nach mehr Einfluss der Gemeinden auf die nationale Politik wird also zunehmend lauter.

Auf einstimmigen Antrag seiner Kommission für Umwelt, Raumplanung und Energie stimmte auch der Ständerat der vom Nationalrat im Vorjahr überwiesenen Motion für eine urbane Regionalpolitik zu. Bundesrat Leuenberger begrüsste den Vorstoss und betonte, dass vor allem die Zusammenarbeit der Gemeinden in den Agglomerationen beispielsweise bei der Planung von Verkehrsinfrastrukturen vorgeschrieben und gefördert werden soll.

Der Nationalrat forderte den Bundesrat mit einer Motion seiner WAK auf, im Rahmen der laufenden Teilrevision des Raumplanungsgesetzes die Grundlagen für eine urbane Regionalpolitik zu schaffen. Dabei soll insbesondere auch die Förderung von Zusammenarbeitsmodellen in den Agglomerationen gesetzlich abgesichert werden. Der Bundesrat war mit der Überweisung der Motion einverstanden, da sie sich mit seinen Absichten decke.

Das im Vorjahr eingereichte Kantonsreferendum gegen das Steuerentlastungsprogramm des Bundes war erfolgreich. Das Volk lehnte am 16. Mai das Steuerpaket deutlich ab, in keinem einzigen Kanton ergab sich eine Ja-Mehrheit. (Zum Abstimmungsresultat siehe hier.)

Als Novum in der Geschichte des Bundesstaates machten zum ersten Mal Kantone Gebrauch von ihrem Recht, gegen einen Parlamentsbeschluss das Referendum einzureichen. Elf Kantone (notwendig für ein Kantonsreferendum wären acht gewesen) beantragten eine Volksabstimmung über das Steuerentlastungsprogramm, welches ihrer Meinung nach für die Kantone nicht verkraftbare Steuerausfälle bringen würde. Die Initiative dazu war von den Kantonsregierungen ausgegangen. Koordiniert durch die Konferenz der Kantonsregierungen (KdK) hatten achtzehn Regierungen in den kantonalen Parlamenten entsprechende Vorlagen eingebracht.

Die jurassische Regierung beschloss, den zu einer Freiheitsstrafe von 22 Monaten verurteilten Pascal Hêche nicht an den Kanton Bern auszuliefern und ihn seine Strafe unter Aufsicht der jurassischen Vollzugsbehörden absitzen zu lassen. Dieser Entscheid, der dem Bundesgerichtsurteil vom Vorjahr entsprach, trug ihr heftige Kritik des Bélier und des RJ (Rassemblement jurassien) ein, welche einen neuen Prozess forderten. Das jurassische Kantonsparlament beschloss kurz nach dem Strafantritt, auf ein Gnadengesuch Hêches einzutreten und ihm mit dem Argument, dass seine Tat politisch motiviert gewesen sei, die Hälfte der Strafe zu erlassen. Die Berner Regierung bestritt die Kompetenz des jurassischen Parlaments zu dieser Begnadigung; sie verzichtete aber auf eine Beschwerde beim Bundesgericht, da die Erfahrung mit der Initiative "Unir" gezeigt habe, dass sich dieses Parlament ohnehin nicht an Urteile dieser Instanz halten würde.

Der Wechsel des Laufentals von Bern zu Basel-Land kam weiterhin planmässig voran. Die Kantonsbehörden der beiden betroffenen Kantone einigten sich auf das Vorgehen und den Zeitplan bei der Obernahme der Verwaltung und bei der Vermögensausscheidung.
Mit der neuen Kantonszugehörigkeit haben sich allerdings noch nicht alle Gemeinden des Laufentals abgefunden. Die Gemeinde Roggenburg hatte sich in den Plebisziten der siebziger Jahre für einen Wechsel vom Bezirk Delémont (JU) zu Laufen entschieden, um im Kanton Bern zu bleiben. In den Volksabstimmungen für den Anschluss des Laufentals an Basel-Land hatten sich die Roggenburger jeweils mit klaren Mehrheiten gegen einen Kantonswechsel ausgesprochen. Nun verlangten sie in einer von der Gemeinde durchgeführten Konsultativabstimmung mit 78:22 Stimmen, dass ihr historisch nicht zum Bezirk Laufen gehörendes Dorf beim Kanton Bern bleiben darf. Das RJ (Rassemblement jurassien) seinerseits forderte den Anschluss der deutschsprachigen Gemeinde Roggenburg an den Kanton Jura. Das RJ hielt auch fest, dass es einen Kantonswechsel von Ederswiler, der einzigen deutschsprachigen Gemeinde des Kantons Jura, nicht akzeptieren wird. In den Dörfern Brislach und Wahlen dauerte die Opposition gegen den Anschluss an Basel-Land ebenfalls noch an; beide würden einen Wechsel in den angrenzenden Kanton Solothurn vorziehen. Der bernische Regierungsrat verbot allerdings die Durchführung einer Volksabstimmung, da das Gesetz für den Entscheid über die Kantonszugehörigkeit des Laufentals keine "opting-out-Klauseln" für dissidente Gemeinden vorsehe. Die Initianten zogen diesen Entscheid an das Bundesgericht weiter, erlitten aber auch dort eine Niederlage.

Das Bundesgericht hatte Ende 1991 die Strafe von 22 Monaten Zuchthaus gegen ein wegen der Zerstörung eines mittelalterlichen Brunnens in der Berner Altstadt verurteiltes Mitglied der Gruppe Bélier bestätigt. Der Verurteilte, Pascal Hêche, reichte daraufhin bei den jurassischen Behörden ein Asylgesuch ein. Er brachte damit die Kantonsregierung in eine schwierige Lage. Diese ist einerseits gegenüber dem Kanton Bern, der ein Auslieferungsgesuch gestellt hatte, gemäss dem Gesetz über die Bundesrechtspflege zu Rechtshilfe verpflichtet. Andererseits würde sie bei einer Auslieferung eines militanten Kämpfers für die jurassische Einheit an Bern unter massiven Beschuss aus den eigenen Reihen geraten. Ein Ausweg aus diesem Dilemma tat sich auf, als nachträglich von Juristen eine seit Jahrzehnten nicht mehr angewendete Verfassungsbestimmung (Art. 67 BV) entdeckt wurde, die es den Kantonen ermöglicht, bei politischen Delikten auf eine Auslieferung zu verzichten. Das letzte Mal war diese Bestimmung vor 70 Jahren angewendet worden, als der Kanton Schaffhausen die Auslieferung eines im Aargau wegen "landesverräterischer" Publikationen verurteilten Politikers verweigerte. Die jurassischen Behörden kündigten an, mit dem Entscheid über die Auslieferung zu warten, bis das Bundesgericht entschieden hat, ob es sich bei der Tat um, wie von den bernischen Gerichten behauptet, einen Vandalenakt oder um ein politisches Delikt gehandelt hat. Die Berner Regierung ersuchte in der Folge das Bundesgericht um ein diesbezügliches Urteil. Im Dezember entschied dieses, dass es sich bei der Tat im weitesten Sinne um ein politisches Delikt gehandelt hat. Dies habe zwar keine Strafmilderung zur Folge, erlaube aber dem Kanton Jura, auf die Auslieferung an Bern zu verzichten und die Strafe selbst zu vollziehen. Eine Neubeurteilung des Falls durch ein jurassisches Gericht kommt gemäss dem Urteil des Bundesgerichts nicht in Frage, da damit die Grundregel verletzt würde, dass jemand für eine Tat nicht zweimal strafrechtlich verfolgt werden darf. (Zur Zerstörung des Berner Gerechtigkeitsbrunnens siehe auch hier.)

Die 1990 vom jurassischen Parlament für gültig erklärte Volksinitiative "Unir" des RJ, welche von den Kantonsbehörden eine aktive Politik für eine Eingliederung der beim Kanton Bern verbliebenen südjurassischen Bezirke fordert, war von der bernisehen Regierung mit einer staatsrechtlichen Klage beim Bundesgericht angefochten worden. Dieses erklärte am 17. Juni die Initiative "Unir" für ungültig, weil sie gegen die in der Bundesverfassung verankerte Bestandesgarantie für die Kantone verstosse, und forderte die jurassischen Behörden auf, ihr keine Folge zu geben. In der schriftlichen Begründung führten die Richter aus, unzulässig sei nicht der Wunsch nach einer Vereinigung an sich, sondern dass dieses Ziel nicht in einem einvernehmlichen Verfahren mit Bern und dem Bund angestrebt werden soll, sondern mit Propagandaaktionen auf dem Gebiet des Kantons Bern.
Bereits vor diesem Entscheid hatte die jurassische Regierung dem Parlamentsauftrag von 1990 entsprochen und ein Ausführungsgesetz zur Initiative "Unir" vorgelegt. Dieses proklamiert, dass das Erreichen der "institutionellen Einheit" des Juras (d.h. des Zusammenschlusses aller sechs Bezirke) eines der wichtigsten Ziele des Kantons sein soll. Für die Koordination der diesbezüglichen kantonalen Aktivitäten ist die Einsetzung eines Delegierten für die Wiedervereinigung vorgesehen. Nicht allein diese Aktivitäten, sondern auch private Organisationen, welche sich für diese Ziele einsetzen, will die Regierung über einen speziellen Budgetposten finanzieren. Zudem soll ein aus Vertretern des Kantons Jura und Bewohnern der drei bernjurassischen Bezirke gebildeter Rat Vorschläge für die Organisation eines gemeinsamen Kantons erarbeiten.
Das Parlament des Kantons Jura hiess dieses Gesetz in erster Lesung bei Stimmenthaltung der Freisinnigen gut. Nach dem Bundesgerichtsurteil über die Initiative "Unir" drängte das RJ auf eine unveränderte Verabschiedung in zweiter Lesung. Die Regierung und die vorberatende Kommission schlugen hingegen vor, das Gesetz etwas zu entschärfen, indem die gemeinsame Kommission nicht vom Kanton Jura sondern von der vom Bundesrat eingesetzten Konsultativkommission ernannt werden soll; überdies wurde jede Erwähnung der Initiative selbst vermieden. Das Parlament hiess in zweiter Lesung das so überarbeitete Gesetz mit 40 zu 12 Stimmen bei drei Enthaltungen gut. Der Widerstand kam von der FDP, welche nicht gegen das Gesetz an sich opponierte, sondern vor allem gegen die finanzielle Unterstützung von privaten Organisationen, welche für eine Vereinigung kämpfen. Die Aktivitäten dieser Organisationen (RJ, Bélier, Unité jurassienne) hätten sich nach Ansicht der FDP bisher nur kontraproduktiv auf das auch vom jurassischen Freisinn befürwortete Ziel einer Wiedervereinigung ausgewirkt. Die bernische Regierung reichte unverzüglich eine Beschwerde beim Bundesrat ein, worin sie von ihm Massnahmen zur Durchsetzung des Bundesgerichtsentscheides forderte.

Am 13. März beurteilte das Bundesgericht die Beschwerde gegen die Nichtvalidierung der Volksabstimmung vom 12. November 1989, welche eine knappe Mehrheit zugunsten eines Wechsels zu Baselland ergeben hatte, durch den bernischen Grossen Rat. Mit 4:1 Stimmen hiess es die Beschwerde gut und entschied sich damit gegen eine Wiederholung des Urnengangs. Die vom bernischen Parlament beanstandeten Unstimmigkeiten wurden zwar nicht bestritten, aber als nicht entscheidend für den Ausgang der Abstimmung erachtet. Das Bundesgericht lehnte danach auch ein Revisionsbegehren von berntreuen Laufentalern ab.

Nach dem Bekanntwerden der verdeckten Zahlungen der Berner Regierung an die berntreuen Organisationen hatte die jurassische Regierung beim Bundesgericht Beschwerde gegen die Plebiszite von 1974 und 1975, welche zum Verbleiben der drei südlichen jurassischen Bezirke bei Bern geführt hatten, erhoben. Am 13. März beschloss das Bundesgericht einstimmig, aus formalen Gründen auf diese Beschwerde nicht einzutreten. Da der Kanton Jura zur Zeit der Plebiszite noch nicht existiert hat, kommt ihm gemäss dem Urteil keine Klagelegitimation zu; eine Beschwerde hätte demnach zeitgerecht, d.h. nach der Aufdeckung der verdeckten Zahlungen, von einer 1974 stimmberechtigten Person eingereicht werden müssen. Das Bundesgericht wies gleichzeitig auch die jurassische Klage auf Rückerstattung eines Teils der Schwarzgelder ab.

Die bernische Regierung reichte beim Bundesgericht staatsrechtliche Klage gegen die Gutheissung der Volksinitiative "Unir" durch das jurassische Parlament und gegen die staatlichen Beiträge an den "Wiedervereinigungsfonds" ein. Sie sieht darin einen Verstoss gegen die in der Bundesverfassung verankerte Garantie des kantonalen Territoriums, welcher noch gravierender sei, als der 1977 von der Bundesversammlung gestrichene Wiedervereinigungsartikel der jurassischen Kantonsverfassung. Bereits vorher war die bernische Exekutive vom Grossen Rat mit einer von SVP, SP und FDP unterstützten Motion Houriet (fdp) aufgefordert worden, sich mit konkreten Massnahmen gegen die Gebietsansprüche des Kantons Jura zu widersetzen. Ebenfalls mit einer Motion hatte ein anderer Berner Jurassier (Benoit, svp) verlangt, dass als Gegengewicht zum jurassischen Wiedervereinigungsfonds ein bernischer Fonds zur Verteidigung der territorialen Integrität zu gründen sei. Auf Antrag der Regierung, welche auf die schlechten Erfahrungen mit staatlichen Propagandafonds hinwies, lehnte der Grosse Rat diesen Vorstoss ab.

Entgegen dem Antrag der Regierung und seiner vorberatenden Kommission hiess der bernische Grosse Rat die Beschwerden gegen die Abstimmung über die Kantonszugehörigkeit des Laufentals vom November des Vorjahres mit 102:78 Stimmen gut und annullierte damit den beschlossenen Kantonswechsel. Beobachter waren sich einig, dass sich dabei die Parlamentsmehrheit eher von politischen als von juristischen Motiven leiten liess. Die Befürworter eines Anschlusses an Baselland rekurrierten gegen diesen Entscheid mit einer staatsrechtlichen Beschwerde beim Bundesgericht.