Les professionnels actifs dans les programmes européens Interreg, visant à renforcer et à développer les régions de montagne, les espaces ruraux et les régions frontalières par une approche transfrontalière, se sont réunis pour dresser le bilan de la période de programmation 2014-2020 (Interreg V) et pour préparer la prochaine période 2021-2027 (Interreg VI). La Suisse prend part aux programmes transnationaux Espace alpin et Europe du Nord-Ouest, au programme d'échange d'expériences entre les villes URBACT et au réseau d'observation du territoire ESPON. Durant la période en cours, 300 projets auxquels la Suisse participe, ont été mis en œuvre. Elle y a contribué à hauteur de 55 millions de francs, au titre de sa Nouvelle politique régionale (NPR). La collaboration est jugée satisfaisante, elle influence positivement le développement économique, social et territorial des régions concernées. Pour la période à venir, les modalités juridiques et financières retenues par l'UE n'ont pas encore été précisées. La Suisse entend maintenir son soutien financier.

A l'origine d'une motion de la Commission de l'économie et des redevances du Conseil National (CER-NR), qui vise à demander au Conseil fédéral d'élaborer un projet de loi donnant aux cantons l'autonomie de procéder à une régularisation fiscale unique du passé, se trouve le retrait des initiatives parlementaires Regazzi(15.435) et Barazzone (15.469), traitant toutes deux de la même thématique. Malgré l'existence d'outils permettant de régulariser les situations fiscales, la majorité de la commission défend ce projet pour les raisons suivantes: en élargissant les incitatifs à la régularisation fiscale, les députés en faveur de cette motion veulent permettre aux cantons de procéder à une amnistie fiscale si ceux-ci l'estiment nécessaire - les amnisties fiscales pouvant être, selon leurs défenseurs, une source de revenus non-négligeable pour les cantons. La fiscalité étant en grande partie du domaine de compétence des cantons, ils estiment que ces derniers ne devraient pas être empêchés par la Confédération de procéder à une telle amnistie. Actuellement, cette possibilité est bloquée, suite à une décision du Tribunal fédéral ayant statué négativement sur une amnistie fiscale du canton du Tessin, car contraire au droit fédéral. Finalement, la majorité de sa Commission rappelle que cette motion ne fait pas force de loi et que les députés votent sur un mandat à donner au Conseil fédéral. Le député Guillaume Barazzone (cvp/pdc GE) souligne, en outre, qu'avec l'entrée en vigueur en 2018 de l'échange automatique de renseignements en matière fiscale internationale entre la Suisse et des pays tiers, les cantons ont à souhait d'encourager leurs contribuables à se régulariser rapidement.
Du côté des opposants à cette motion, l'amnistie fiscale est vue comme moralement discutable: ce qui prévaut pour les citoyens payant honnêtement leurs impôts ne s'applique pas aux personnes ayant triché. En effet, le principe d'amnistie fiscale consiste à ce que les personnes n'ayant pas déclaré la totalité de leurs impôts puissent les déclarer rétroactivement, sans pour autant être punies. De plus, comme argumenté par la députée Birrer-Heimo, une concurrence entre cantons pourrait apparaître sur l'application de cette amnistie, créant une course vers le bas concernant les conditions pour les fraudeurs. Ueli Maurer, au nom du Conseil fédéral, explique, en outre, que la possibilité d'une dénonciation spontanée non punissable (aussi appelée "petite amnistie") existe depuis 2010, ce qui remet en question l'utilité d'une amnistie fiscale générale. En effet, depuis cette date, 22'000 personnes se sont dénoncées volontairement, pour une somme totale déclarée de 24,7 milliards de francs. De plus, la différence entre la motion et la possibilité déjà existante est que cette première propose l'instauration d'un rabais. Suivant l'avis de la majorité de la Commission, la motion est acceptée par le Conseil national par 105 voix contre 79 et deux abstentions.
La motion étant passée dans la seconde chambre, la Commission compétente (CER-CE) du Conseil des États propose quant à elle de la rejeter. Les débats entre les deux parties sont similaires à ceux ayant eu lieu dans la chambre basse (à savoir, principalement, l'existence de cette "petite amnistie" et la question morale d'un côté et de l'autre, le respect du fédéralisme et les bénéfices pour les caisses publiques). Suivant l'avis de la majorité de sa Commission, le Conseil des États rejette la motion demandant au Conseil fédéral d'élaborer un projet de loi visant à donner aux cantons l'autonomie de procéder à une régularisation fiscale unique du passé, signant ainsi l'arrêt du processus.

Le Conseil des Etats s'est penché sur l'invitation faite par le Conseil fédéral d'approuver le Protocole additionnel à la Charte européenne de l'autonomie locale. Celui-ci propose, selon les propos de la députée Maury Pasquier (ps, GE), d'ajouter "la protection des droits de participation des citoyennes et citoyens aux affaires publiques locales" à la Charte susmentionnée, ratifiée en 2005 par la Suisse. Ce protocole a principalement une portée symbolique, car les communes Suisses remplissent déjà les exigences de celui-ci, et ne vise pas l'introduction de nouveaux devoirs pour la Suisse. La signature ainsi que la ratification de ce protocole additionnel permettraient à la Suisse, selon l'avis de la majorité de la Commission de politique extérieure du Conseil des Etats (CPE), de consolider sa réputation en matière de démocratie locale tout en incitant d'autres Etats à suivre son exemple. Comme souligné par le député Minder (indépendant, SH), le protocole n'inclut pas le droit de vote des étrangers, contrairement à ce que craignaient certains de ses opposants. Thomas Minder relève également l'importance de protéger la démocratie au niveau local, à l'heure où de plus en plus de fusions ont lieu entre communes. D'autres, comme le député Germann (udc, SH) ne voient pas l'intérêt de signer un texte n'apportant visiblement pas de plus-value. Malgré tout, et suivant l'avis de la commission en charge du dossier, le Conseil des Etats approuve le protocole additionnel à la Charte européenne de l'autonomie locale par 33 voix contre 6 et 2 abstentions. Le dossier passe désormais aux mains de la chambre basse.

Mitte Mai legte der Bundesrat den Bericht zur Erfüllung der beiden gleichlautenden Postulate Germann (svp, SH) und Fluri (fdp, SO) (Po. 13.3820) vor. Beide Vorstösse verlangten eine Evaluation der Wirkung des Städte- und Gemeindeartikels (Artikel 50 BV). Die beiden Parlamentarier vertraten dabei auch die Interessen des Schweizerischen Städteverbandes bzw. des Schweizerischen Gemeindeverbandes, die Kurt Fluri bzw. Hannes Germann präsidierten. Insgesamt beurteilte die Regierung den Artikel 50 BV, der die Gemeindeautonomie sichert und den Bund zu Rücksichtnahme auf die unterste föderale Ebene verpflichtet, als behutsame und erfolgreiche Neuerung. Gemeinden seien gestärkt und Städte vermehrt in den Fokus der Bundespolitik gerückt worden, ohne dass dies auf Kosten der ländlichen Gemeinden gegangen wäre. Der Bericht machte allerdings auch Mängel und Verbesserungspotenzial aus. Die spezifischen Anliegen aller Gemeinden, und insbesondere der Städte, der Agglomerationen und der Berggebiete müssten bei Rechtsetzung und Vollzug noch stärker berücksichtigt werden. Dies solle in Zukunft bei der Vorbereitung von Erlassen (via Vernehmlassungsverfahren), bei der Koordination in der Raumordnungspolitik aber auch bei den statistischen Grundlagen geschehen. Zu beschliessende Massnahmen sollen künftig auch auf ihre Miliztauglichkeit sowie auf für Gemeinden unterschiedliche raumrelevante Auswirkungen überprüft werden.
In einem Beitrag in der NZZ kommentierte Kurt Fluri den Bericht des Bundesrates. Er ging mit der Regierung zwar einig, dass der Artikel wichtige Neuerung gebracht habe. Allerdings seien die vorgeschlagenen Verbesserungen nur sehr bescheiden. Insbesondere in der Finanz- und Steuerpolitik, die sehr starke und unmittelbare Auswirkungen auf die Gemeinden entfalte, blieben die Anliegen der Gemeinden unberücksichtigt. Fluri verwies auf die Unternehmenssteuerreform III – ein Geschäft, das 2014 bereits die neu geschaffene Konferenz der städtischen Finanzdirektoren und den Schweizer Städteverband umgetrieben hatte. Wenige Wochen nach dem NZZ-Beitrag forderte der Städte- zusammen mit dem Gemeindeverband in einem an alle Parlamentarierinnen und Parlamentarier gerichteten Brief Entschädigungen für die drohenden Einnahmeeinbussen durch ebendiese Steuerreform. Entweder seien die Kantone zu verpflichten, die Ausgleichszahlungen, die sie vom Bund erhalten, zumindest teilweise an die Gemeinden weiterzuleiten, oder aber Kantonen und Gemeinden sei die Mehrwertsteuer zu erlassen. Es sei nicht länger zulässig, dass Bund und Kantone immer mehr Kosten auf die Gemeinden abwälzten, ohne entsprechende Entschädigungen bereitzustellen. Die Forderung nach mehr Einfluss der Gemeinden auf die nationale Politik wird also zunehmend lauter.

Mitte Juni 2016 eröffnete der Bundesrat das Vernehmlassungsverfahren für die Ratifizierung des Zusatzprotokolls zur Europäischen Charta der kommunalen Selbstverwaltung über das Recht auf Mitwirkung an den Angelegenheiten der kommunalen Gebietskörperschaften. Der Europarat hatte das Protokoll im Juni 2012 in Kraft gesetzt mit dem Ziel einer Stärkung der partizipativen Demokratie. Jeder Person soll – im Rahmen der Gesetzgebung der unterzeichnenden Länder – die Möglichkeit gegeben werden, die Ausübung der Kompetenzen einer kommunalen Gebietskörperschaft mitzubestimmen oder zu beeinflussen. Das Mitspracherecht auf kommunaler Ebene, das laut dem Bundesrat in der Schweiz bereits stark ausgebaut ist, soll durch die Ratifizierung des Protokolls weiter gestärkt werden, indem die Gemeinden verpflichtet werden, bestimmte Mitwirkungsrechte reglementarisch festzuschreiben. Eine 2014 eingereichte und damals auch wieder zurückgezogene Motion (14.3674) von Thomas Minder (parteilos, SH), die eine Unterzeichnung des Protokolls gefordert hatte, hatte die Regierung ursprünglich abgelehnt. Sie wolle vorgängig abklären, ob seitens der Kantone der politische Wille für diese Idee bestehe. Mit dem Start der Vernehmlassung kam der Bundesrat diesem Ansinnen nun nach.

Auf Antrag des Bundesrates verlängerte das Parlament die Rechtsgrundlage für die Förderung der Beteiligung der Schweiz an der EU-Initiative für die grenzüberschreitende, transnationale und interregionale Zusammenarbeit (INTERREG III) um weitere zwei Jahre bis Ende 2008.

Das im Vorjahr eingereichte Kantonsreferendum gegen das Steuerentlastungsprogramm des Bundes war erfolgreich. Das Volk lehnte am 16. Mai das Steuerpaket deutlich ab, in keinem einzigen Kanton ergab sich eine Ja-Mehrheit. (Zum Abstimmungsresultat siehe hier.)

Als Novum in der Geschichte des Bundesstaates machten zum ersten Mal Kantone Gebrauch von ihrem Recht, gegen einen Parlamentsbeschluss das Referendum einzureichen. Elf Kantone (notwendig für ein Kantonsreferendum wären acht gewesen) beantragten eine Volksabstimmung über das Steuerentlastungsprogramm, welches ihrer Meinung nach für die Kantone nicht verkraftbare Steuerausfälle bringen würde. Die Initiative dazu war von den Kantonsregierungen ausgegangen. Koordiniert durch die Konferenz der Kantonsregierungen (KdK) hatten achtzehn Regierungen in den kantonalen Parlamenten entsprechende Vorlagen eingebracht.

Der Bundesrat beantragte dem Parlament die Ratifizierung des 2. Protokolls zum europäischen Rahmenabkommen über die grenzüberschreitende Zusammenarbeit zwischen Gebietskörperschaften. Dieses stellt eine Ergänzung des bestehenden Abkommens dar, indem es die entsprechenden Regeln der regionalen Zusammenarbeit auf Gebietskörperschaften (Gemeinden, Kantone) ausweitet, welche nicht an den Staatsgrenzen liegen. Das Parlament hiess den Beschluss diskussionslos und ohne Gegenstimme gut.

Der Bundesrat beantragte dem Parlament einen Rahmenkredit von CHF 39 Mio. für den Zeitraum 2000-2006, um eine Beteiligung der Schweiz an der Initiative INTERREG III der Europäischen Union (EU) zu gewährleisten. Die von der Europäischen Kommission zum Zeitpunkt der Publikation der Botschaft noch nicht definitiv verabschiedete Initiative stellt eine Fortsetzung der 1999 auslaufenden INTERREG II dar. Die grenzüberscheitende Zusammenarbeit im regionalen Rahmen hat sich nach Ansicht des Bundesrates sowohl aus raumordnungs- als auch als integrationspolitischen Gründen derart gut bewährt, dass sich die Schweiz unbedingt weiterhin daran beteiligen sollte. Der Nationalrat stimmte dem Antrag bei einer Gegenstimme (Steinemann, fp, SG) zu; in der Schlussabstimmung sprachen sich auch noch einige Vertreter der Zürcher SVP dagegen aus. Im Ständerat erfolgte die Zustimmung einhellig.

Beide Parlamentskammern hiessen das Zusatzprotokoll vom 9. November 1995 zum Europäischen Rahmenabkommen über die grenzüberschreitende Zusammenarbeit von regionalen und lokalen Gebietskörperschaften ohne Gegenstimme gut.

Im August legte der Bundesrat dem Parlament das Zusatzprotokoll vom 9. November 1995 zum Europäischen Rahmenabkommen über die grenzüberschreitende Zusammenarbeit von regionalen und lokalen Gebietskörperschaften zur Genehmigung vor. Dieses Zusatzprotokoll des Europarates stellt eine Konkretisierung des Rahmenabkommens von 1980 dar, das in der Schweiz 1982 in Kraft getreten ist. Es soll namentlich mit einheitlichen Regeln die mit dem Rahmenabkommen geförderte Zusammenarbeit zwischen lokalen Behörden erleichtern. In der 1996 durchgeführten Vernehmlassung hatten allerdings nicht wenige Kantone Bedenken geäussert. Sie befürchteten, dass ihre Aktivitäten von diesem Protokoll nicht gefördert, sondern gehindert würden. Hintergrund für diese Kritik war, dass die bestehenden Kompetenzen der Kantone im Bereich der grenzüberschreitenden Zusammenarbeit nach Verfassung (Art. 9 und 10 BV) und in der Praxis über das hinausgehen, was das Protokoll stipuliert. Sie verlangten deshalb, dass sich die im Protokoll vorgesehene Genehmigung von grenzüberschreitenden Abkommen durch die Landesregierung auf solche beschränken muss, welche für den Bund oder die nicht daran beteiligten Kantone von besonderer Bedeutung sind. Die Kantone verlangten insbesondere auch, dass das im Vorjahr abgeschlossene "Karlsruher Abkommen" für die grenzüberschreitende regionale Zusammenarbeit in der Rheinregion gegenüber dem Zusatzprotokoll Vorrang haben soll. Der Bundesrat sicherte dies zu und entgegnete den Bedenken der Kantone in Bezug auf eine Einschränkung ihrer Rechte, dass das Protokoll die innerstaatliche Kompetenzverteilung nicht antaste. Wichtig sei das Protokoll zudem, weil es sich nicht auf staatliche Abkommen beschränke, sondern auch einheitliche Regeln für die Zusammenarbeit zwischen Verwaltungsstellen oder - z.B. im Bereich des Regionalverkehrs - privatrechtlichen Organisationen setze.

Die vier Staaten Deutschland, Frankreich, Luxemburg und Schweiz schlossen am 23. Januar einen "Karlsruher Abkommen" genannten Staatsvertrag ab, welcher die Zusammenarbeit zwischen kommunalen und regionalen Gebietskörperschaften in den Grenzregionen erleichtern soll. Das Vertragsgebiet umfasst Luxemburg, die französischen Regionen Lothringen und Elsass, die deutschen Bundesländer Saarland, Rheinland-Pfalz und Baden-Württemberg sowie die Kantone Aargau, Basel-Land, Basel-Stadt, Jura und Solothurn. Als wichtigste Neuerung erhalten die Gemeinden dieser Regionen die Kompetenz, ohne vorherige Bewilligung durch übergeordnete Instanzen grenzüberschreitende Zusammenarbeitsverträge abzuschliessen und bereits bestehenden Zweckverbänden beizutreten.

Das Parlament stimmte der Beteiligung der Schweiz an INTERREG II, der Fortsetzung eines Gemeinschaftsprogramms der EU zur Förderung der grenzüberschreitenden Zusammenarbeit, zu. Der Beschluss war jedoch umstritten. Einzelne Ständeräte kritisierten nicht die Zusammenarbeit an sich, sondern die Absicht, den Kantonen für Organisation, Vorbereitung und Planung von regionalen Projekten Subventionen auszurichten (die Bundesbeiträge an die Realisierung der konkreten Projekte sind von der Vorlage nicht betroffen). Ein Rückweisungsantrag Schiesser (fdp, GL), mit dem Auftrag an den Bundesrat, lediglich eine Vorlage für die bundesstaatliche Finanzierung von flankierenden Massnahmen (Koordination, Kontaktvermittlung zur EU) auszuarbeiten, blieb mit 23:12 Stimmen in der Minderheit. In der Gesamtabstimmung sprach sich der Ständerat mit 23:4 Stimmen für das Projekt aus. Zugunsten des Beschlusses hatten sich in der Debatte vor allem die Vertreter der französischsprachigen Kantone eingesetzt. Auch wenn es sich bei den knapp CHF 5 Mio. pro Jahr für die 16 betroffenen Kantone um eine Bagatellsubvention handle, sei ihrer Meinung nach die Zustimmung wichtig, weil sie auch ein Zeichen gegenüber der EU für die Kooperationsbereitschaft der Schweiz darstelle.
Im Nationalrat gesellten sich zu den in der kleinen Kammer geäusserten föderalistischen und finanzpolitischen Bedenken auch noch europapolitische Einwände. Ein von Steffen (sd, ZH) eingebrachter Nichteintretensantrag scheiterte aber deutlich mit 130 zu 23 Stimmen. (Zu den Massnahmen zur Stärkung der regionalen Wirtschaftsstrukturen siehe hier.)