Plusieurs mesures de sécurité encadreront le vote sur l'appartenance cantonale de la ville de Moutier, afin d'assurer un scrutin sans controverses. Des observateurs de la Confédération seront sur place, à Moutier, lors du scrutin du 18 juin 2017. Une conférence tripartie composée des exécutifs des cantons du Jura et de Berne, ainsi que de la conseillère fédérale Simonetta Sommaruga, en a décidé ainsi, afin d'assurer d'un commun accord la fin du processus permettant de régler d'un point de vue politique cette partie-là de la question jurassienne. Les observateurs seront des juristes de l'Office fédéral de la justice n'habitant aucun des deux cantons. Ils seront, entre autre, chargés de faire un travail de sensibilisation dans les bureaux de poste, ou encore dans les établissements médico-sociaux (EMS), où, lors du plébiscite de 1975, un bulletin de vote pouvait, semble-t-il, se monnayer 100 francs. De plus, les votes par correspondance seront adressés à l'Office fédéral de la justice à Berne et non, comme il est de tradition, à l'hôtel de ville de Moutier. Le transport des bulletins sera, quant à lui, soumis à des mesures de sécurité supplémentaires. Finalement, toute personne déposant ses papiers à Moutier après le 18 mars, c'est-à-dire trois mois avant le scrutin, ne pourra y prendre part. Cette mesure permet d'éviter le tourisme électoral redouté par les deux camps. Pour autant, rien ne semble, jusqu'à présent, attester d'un tel phénomène.

Der Walliser Regierungsrat Jean-Michel Cina (VS, cvp) wurde an der Plenumsveranstaltung der Konferenz der Kantonsregierungen (KdK) zu deren Präsident gewählt. Das Amt wird jeweils für vier Jahre vergeben. Cina löst per 1. Januar 2014 Pascal Broulis (VD, fdp) ab. Am 8. Oktober feierte die 1993 gegründete KdK ihr 20-jähriges Bestehen. Sie dient als wichtiges Koordinationsgremium der Kantone, mit dem kantonale Interessen auf Bundesebene vereint vertreten werden sollen. Einer der Hauptgründe ihrer Schaffung war das EWR-Nein, das auch deutlich machte, wie stark die nationale Europa-Politik die Kompetenz der Kantone beeinflusst. Die KdK dient seither den kantonalen Regierungen als Plattform für Meinungsaustausch und Interessenbündelung, um in Verhandlungen mit dem Bund mit einer Stimme sprechen zu können. Die Konferenz gilt mittlerweile als wichtige Akteurin, wobei umstritten ist, wie stark der Einfluss der Kantone auf Bundesebene tatsächlich ist. Die kontinuierlich zunehmende Zahl an interkantonalen Konkordaten könne zwar Doppelspurigkeiten verhindern und sei ein Zeichen von Professionalisierung der kantonalen Politik. Gleichzeitig werden dieser zusätzlichen Staatssphäre allerdings auch mangelnde Transparenz und fehlende demokratische Legitimation vorgeworfen. Die drohende Nationalisierung der kantonalen Gesetzgebung bedrohe zudem letztlich auch den Föderalismus in Form von kantonaler Autonomie und lebendiger Differenz.

In Bern eröffneten die 26 Kantone am 18. August ihr neues Haus der Kantone. Dieses beherbergt neben der Konferenz der Kantonsregierungen (KdK) auch alle grösseren Fachministerkonferenzen wie die EdK oder die Gesundheitsdirektorenkonferenz sowie weitere interkantonale Institutionen. Einige davon, zum Beispiel die KdK, waren bereits bisher in der Bundesstadt angesiedelt gewesen. Andere zogen neu zu und werden in Zukunft nicht nur von den Synergieeffekten gemeinsamer Infrastrukturen, sondern auch von den besseren Kontakten untereinander und von der Nähe zu den Entscheidungsträgern des Bundes und der nationalen Interessenorganisationen und Parteien profitieren. Der Einzug in das renovierte repräsentative Bürogebäude in der Berner Innenstadt wurde auch als Ausdruck des gewachsenen Selbstbewusstseins der Kantone gegenüber dem Bund gewertet.

In Ausführung eines Beschlusses aus dem Jahre 2002 bezog die Konferenz der Kantone (KdK) ihre neuen Räume in Bern in unmittelbarer Nähe des Bundeshauses. Einige der insgesamt siebzehn interkantonalen Konferenzen mit ihren Sekretariaten sind ebenfalls in das neue Domizil eingezogen, andere sollen in den kommenden Jahren nachfolgen. Davon erhoffen sich die Kantone nicht nur interne Effizienzgewinne dank gemeinsamer Nutzung von Infrastrukturen wie Übersetzungs- und Postdienste, sondern auch eine bessere Sicht- und Wirksamkeit ihrer Akteure in der Bundespolitik.

Das im Vorjahr eingereichte Kantonsreferendum gegen das Steuerentlastungsprogramm des Bundes war erfolgreich. Das Volk lehnte am 16. Mai das Steuerpaket deutlich ab, in keinem einzigen Kanton ergab sich eine Ja-Mehrheit. (Zum Abstimmungsresultat siehe hier.)

Als Novum in der Geschichte des Bundesstaates machten zum ersten Mal Kantone Gebrauch von ihrem Recht, gegen einen Parlamentsbeschluss das Referendum einzureichen. Elf Kantone (notwendig für ein Kantonsreferendum wären acht gewesen) beantragten eine Volksabstimmung über das Steuerentlastungsprogramm, welches ihrer Meinung nach für die Kantone nicht verkraftbare Steuerausfälle bringen würde. Die Initiative dazu war von den Kantonsregierungen ausgegangen. Koordiniert durch die Konferenz der Kantonsregierungen (KdK) hatten achtzehn Regierungen in den kantonalen Parlamenten entsprechende Vorlagen eingebracht.

Die Kantone messen der Zusammenarbeit mit den anderen Kantonen, aber auch mit Nachbarregionen im Ausland wachsende Bedeutung zu. Dies zeigt sich daran, dass immer mehr Kantone über spezielle Institutionen (Sekretariate, Koordinationsstellen) für die Pflege dieser Beziehungen verfügen. Nicht zuletzt die Ausmarchungen über den Sitz der beiden neuen Bundesgerichte verstärkte im Berichtsjahr zudem bei den meisten Kantonen den Wunsch, die Nähe zu den Entscheidungszentren der Bundespolitik in Bern zu suchen. In diesem Sinne beschloss die Konferenz der Kantonsregierungen (KdK), den Sitz ihres Sekretariats von Solothurn in die Bundesstadt zu verlegen.

Die vier Staaten Deutschland, Frankreich, Luxemburg und Schweiz schlossen am 23. Januar einen "Karlsruher Abkommen" genannten Staatsvertrag ab, welcher die Zusammenarbeit zwischen kommunalen und regionalen Gebietskörperschaften in den Grenzregionen erleichtern soll. Das Vertragsgebiet umfasst Luxemburg, die französischen Regionen Lothringen und Elsass, die deutschen Bundesländer Saarland, Rheinland-Pfalz und Baden-Württemberg sowie die Kantone Aargau, Basel-Land, Basel-Stadt, Jura und Solothurn. Als wichtigste Neuerung erhalten die Gemeinden dieser Regionen die Kompetenz, ohne vorherige Bewilligung durch übergeordnete Instanzen grenzüberschreitende Zusammenarbeitsverträge abzuschliessen und bereits bestehenden Zweckverbänden beizutreten.

Die Kantone Bern, Freiburg, Neuenburg und Solothurn, zu denen sich später auch noch der Jura gesellte, beschlossen, einen "Wirtschaftsraum Mittelland" zu gründen. In diesem Rahmen soll die Zusammenarbeit v.a. im Bildungs-, Wirtschaftsförderungs- und Verkehrsbereich verbessert und administrative Hindernisse zwischen den beteiligten Kantonen abgebaut werden. Davon erhoffen sich die Initianten eine strukturelle und wirtschaftliche Stärkung ihrer Region, welche ihre Chancen im Konkurrenzkampf mit den besser gestellten Wirtschaftszentren Genf/Lausanne und Zürich vergrössern würde. Das Projekt "Wirtschaftsraum Mittelland" fand nicht uneingeschränkte Zustimmung. Regierungsvertreter aus dem Kanton Waadt meldeten ihre Befürchtungen an, dass mit dieser, die Sprachgrenzen überschreitenden Zusammenarbeit die Solidarität der Romandie geschwächt würde. Eine Beitrittseinladung beantworteten sie ablehnend; immerhin bekundeten sie Interesse, sich an speziellen Projekten zu beteiligen. Einen ähnlich ausgerichteten Zusammenarbeitsvertrag schlossen gegen Jahresende die sechs Innerschweizer Kantone Luzern, Nid- und Obwalden, Schwyz, Uri und Zug ab. (Zur Regionalpolitik siehe hier.)

Die Botschaft zum Bundesbeschluss über INTERREG II wurde im Oktober vorgestellt. INTERREG ist eine 1991 und 1992 beschlossene Gemeinschaftsinitiative der EU zum Ausbau der Infrastrukturen in den Grenzregionen und zur Förderung der regionalen grenzüberschreitenden Zusammenarbeit. Die EU stellt in diesem Rahmen Geldmittel für Projekte auf EU-Gebiet zur Verfügung, wenn regionale Körperschaften oder Private mindestens 50% zur Finanzierung beitragen. 14 der 16 schweizerischen Grenzkantone haben sich bisher an derartigen Projekten beteiligt und dabei auch finanzielle Beiträge an Vorhaben im Ausland geleistet. Der Bundesrat schlug in seiner Botschaft zum Nachfolgeprogramm INTERREG II einen Rahmenkredit von CHF 24 Mio. für die Jahre 1995-99 vor, um für die schweizerischen Partner die Voraussetzungen für eine Mitarbeit bei den gemeinsamen grenzüberschreitenden Programmen zu verbessern. Für eine Bundesbeteiligung sprechen nach Ansicht des Bundesrates nicht nur regionalpolitische, sondern - gerade nach der Ablehnung des EWR-Vertrags - auch integrationspolitische Gründe. Subventionieren will der Bund freilich nur die Beteiligung an der Erarbeitung und Umsetzung der gemeinsamen Programme und die Bildung von gemeinsamen administrativen und institutionellen Strukturen, nicht aber die einzelnen Infrastrukturprojekte. Deren Finanzierung ist wie bisher auf der Grundlage der Kompetenzverteilung zwischen Bund, Kantonen und Gemeinden sicherzustellen.

Trotz verschiedentlichem Drängen autonomistischer Organisationen nahm der Bundesrat noch nicht Stellung zum Bericht. Im Dezember kündigte er an, dass er auch zu Beginn des Jahres 1994 seine Konsultationen mit den beiden betroffenen Kantonsregierungen fortsetzen wolle. Einig sei man sich in den bisherigen Treffen über die Notwendigkeit eines Dialog geworden, noch nicht aber über Form und Inhalt dieser Gespräche.

Der beschleunigte Gang der Gesetzgebungstätigkeit im Zusammenhang mit Eurolex und Swisslex und die daraus entstehenden Vollzugsprobleme hatten bei verschiedenen Kantonsregierungen den Wunsch nach einer effizienteren Interessenvertretung gegenüber dem Bundesrat und der Bundesverwaltung hervorgerufen. Zusätzlich zu dem von der Landesregierung im Rahmen der EWR-Vorbereitung geschaffenen Kontaktgremium gründeten sie am 8. Oktober in Bern eine Konferenz der Kantonsregierungen (KdK). Die neue Organisation besteht aus einer Plenarkonferenz, in welche jeder der 26 Kantone und Halbkantone ein Regierungsmitglied abordnen darf, und die mit einem qualifizierten Mehr von 18 Stimmen Beschlüsse fassen und Stellungnahmen abgeben kann. Daneben wird ein "leitender Ausschuss" aus sieben bis neun Regierungsräten gebildet. Im Unterschied zum Kontaktgremium gehört der Bundesrat dieser Organisation nicht an. Er kann jedoch eingeladen werden und die Konferenz um die Traktandierung von Geschäften ersuchen. Die Gründung dieser neue Institution löste nicht nur Freude aus. Der Bundesrat akzeptierte zwar den Beschluss der Kantonsregierungen, sah aber keinen Anlass, sein Kontaktgremium wieder abzuschaffen. Expliziter fiel die Kritik von einigen Ständeräten aus, welche die neue Institution als einen Angriff auf ihre eigene Ratskammer interpretierten.

Die Reaktionen auf den Bericht Widmer fielen sehr unterschiedlich aus. Die Berner Regierung bekundete ihre Enttäuschung, die berntreuen Organisationen des Berner Juras waren empört. Ihre Hauptkritik richtete sich an die Vorgabe, dass der aufzunehmende Dialog, der an sich begrüssenswert sei, einzig auf das Ziel einer Vereinigung ausgerichtet sein soll. Die Force Démocratique (FD) als wichtigste antiseparatistische Organisation machte die Aufnahme eines Dialogs abhängig vom Verzicht des Kantons Jura auf seine "Annexionsgelüste", wie sie insbesondere im Ausführungsgesetz zur Unir-Initiative zum Ausdruck kämen. Unzufrieden mit dem Bericht waren auch die Behörden der Stadt Biel. Sie kritisierten, dass die Konsequenzen der von der Kommission postulierten Abtrennung des mit der Stadt eng verbundenen Berner Juras für die Zukunft ihrer zweisprachigen Stadt nicht analysiert worden seien. Innert weniger Wochen sammelten die Kritiker des Berichts im Berner Jura und in Biel 20'000 Unterschriften für eine Petition an den Bundesrat mit der Aufforderung, den Empfehlungen des Berichts keine Folge zu leisten.
Positiv nahmen die jurassische Regierung, die Behörden der Stadt Moutier und die autonomistischen Organisationen – diese sahen im Bericht den wichtigsten "moralischen Sieg" des Juras seit 1815 – die Ausführungen der Kommission auf und beurteilten sie als realistische Konfliktlösungsvorschläge. Das RJ betonte aber, dass dieser vorgeschlagene Dialog keinesfalls die Begründung einer Kooperation über die bestehenden Kantonsgrenzen zum Ziel haben dürfe, sondern einzig der Vereinigung gewidmet sein müsse. Von den nationalen Parteien kritisierte die FDP den Bericht, während er von der CVP gelobt wurde. Auf lokaler Ebene veröffentlichte die jurassische SP gemeinsam mit der SP und der autonomistischen PSA des Berner Juras eine Stellungnahme, welche die Aufnahme eines Dialogs begrüsst, dabei aber dem von der Kommission Widmer postulierten Ziel einer Vereinigung nicht erste Priorität einräumt.

Der Bundesrat konkretisierte seine Ankündigung, im Jurakonflikt vermehrt vermittelnd auftreten zu wollen. Er ernannte eine Konsultativkommission, welcher er die Aufgabe übertrug, die zwischen den Kantonen Jura und Bern hängigen Probleme zu prüfen und Lösungsvorschläge auszuarbeiten. Dem vom ehemaligen Zürcher Stadtpräsidenten Widmer (Idu) präsidierten Organ gehören die ehemaligen Regierungsräte Bonnard (lp, VD), Blanc (svp, VD), Fontanet (cvp, GE) und Comby (fdp, VS) an. Die beiden ersteren waren vom Kanton Bern, die beiden letzteren vom Kanton Jura vorgeschlagen worden. Von allen wurde diese Kommission freilich nicht akzeptiert. Die probernische Jugendorganisation Sanglier lehnte zuerst ein Treffen mit ihr ab; ihr Vertreter im bernischen Grossen Rat, der Freisinnige Houriet, forderte die Regierung später erfolglos auf, die Zusammenarbeit mit der Kommission abzubrechen. Das Rassemblement jurassien (RJ), der Bélier und die separatistischen Organisationen des Berner Juras machten die Inkraftsetzung des Gesetzes zur Initiative "Unir" zur Vorbedingung für ein Treffen mit der Konsultativkommission.