Afin d'aider les habitants de la commune de Moutier à décider de leur appartenance cantonale, deux expertises mandatées par les cantons de Berne et du Jura, ainsi que par la ville de Moutier, ont été rendues publiques. Elles ont pour but de présenter aux habitants de Moutier l'impact supposé qu'aurait un changement de canton. L'une concerne les prestations fournies par les deux cantons et répond à 18 questions sélectionnées par les trois mandataires (promotion économique, taux d'imposition, aide sociale, culture, etc), tandis que l'autre s'intéresse à l'avenir du site hospitalier de Moutier – un point qui est source de tensions entre les deux camps. L'une des conclusions du premier rapport est que les Prévôtois – tels que sont appelés les habitants de Moutier – paieraient légèrement moins d'impôts s'ils décidaient d'appartenir au canton du Jura. Par contre, Moutier – et l'ensemble du Jura bernois – profite sous certains aspects du statut spécial conféré à cette région au sein du canton de Berne, par exemple en ce qui concerne les subventions culturelles.
Les scénarios concernant l'hôpital sont nombreux et dépendent de la bonne volonté politique, ainsi que de la bonne collaboration entre les deux cantons. En cas de non-entente, l'établissement hospitalier risquerait une éventuelle fermeture par les autorités bernoises.
Dans l'ensemble, ces deux études semblent suggérer que Moutier aurait avantage à passer du côté jurassien. Le canton de Berne a, par ailleurs, refusé de présenter tels quels les résultats de ces rapports, préférant sa propre version. Le canton du Jura en sortirait également financièrement gagnant au vue de la péréquation intercantonale qui lui octroierait 26 millions; le canton de Berne, quant à lui, perdrait 29 millions si Moutier décidait de changer de canton. Les Prévôtois représenteraient également près de 10% de la population au sein du canton du Jura, significativement plus que leur poids démographique actuel dans le canton de Berne. Malgré tout - comme le note un analyse du journal "Le Temps" - cette votation, au delà des chiffres et des faits, sera plus une affaire de cœur.

Ende Januar 2016 folgte der Grosse Rat des Kantons Bern dem Antrag seiner Regierung und beschloss ein zweiteiliges Abstimmungsprozedere. Wie sich dies auch die kleinen, eng mit Moutier verknüpften Gemeinden Grandval, Belprahon, Sorvillier und Crémines gewünscht hatten, soll zuerst Moutier darüber abstimmen, ob die Gemeinde im Kanton Bern bleiben oder zum Kanton Jura wechseln will. Erst in einem zweiten Schritt und im Wissen über den Abstimmungsausgang im Nachbarstädtchen, soll anschliessend die Bevölkerung der vier wesentlich kleineren Gemeinden abstimmen. Im Falle eines Neins von Moutier dürften drei der vier umliegenden Gemeinden wohl ganz auf eine Abstimmung verzichten – nur Sorvillier hat sich für diesen Fall noch nicht festgelegt. Neben der Regierung hatten sich auch die vorberatende Kommission und die Deputation der französischsprachigen Grossräte für diese Lösung ausgesprochen. Die SVP wehrte sich vergeblich, indem sie daran erinnerte, dass das Berner Parlament im Juni 2015 eine Motion überwiesen habe, die Abstimmungen an nur einem Termin gefordert hatte. Zahlreiche Grossräte, die noch im Juni zu den Befürwortern jener Motion gehört hatten, begründeten ihren Meinungswechsel mit dem beschlossenen Zusatz, dass die beiden Abstimmungstermine maximal drei Monate auseinander liegen dürfen. Damit werde der befürchtete Abstimmungstourismus verhindert, also die Möglichkeit, dass jemand in eine Gemeinde umziehe, nur um dort erneut abstimmen zu können. Das Stimmrecht ist nämlich an eine Mindestwohndauer von eben drei Monaten geknüpft. Bei der Schlussabstimmung fanden sich 108 Stimmen für und 42 Stimmen gegen dieses zweiteilige Verfahren. Die SVP hatte auch vergeblich dagegen protestiert, dass der Kanton Jura im Abstimmungsbüchlein bei den kommunalen Abstimmungen seine Position vertreten darf. Der chancenlose Antrag wurde zurückgezogen. Moutier entschied sich Ende Februar definitiv für den 18. Juni 2017 als Abstimmungsdatum.

Die Kampagne für einen Kantonswechsel von Moutier begann bereits 2015, also rund zwei Jahre vor dem geplanten Abstimmungstermin. Bereits Anfang September 2015 hatte ein Komitee "Moutier, ville jurassienne" mit der Kampagne für einen Kantonswechsel begonnen. Rund 150 Personen begannen in ihren jeweiligen Quartieren Nachbarn zu besuchen, um den Puls zu fühlen. Im Kanton Jura wurde am "Fête du peuple jurassien" eine Petition lanciert, die die jurassische Regierung auffordert, alles zu tun, um Moutier zu zeigen, dass das Städtchen im Nordkanton willkommen sei. Alle Parteien mit Ausnahme der SVP und der FDP unterstützten das Sammeln der Unterschriften. Das traditionelle Fest im Kanton Jura stand ganz im Zeichen von Moutier.
Um dem Ja von Moutier am 24. November 2013 zu gedenken und dem Städtchen zu zeigen, wie stark das Herz des Kantons Jura für Moutier schlage, wurden am 24. November 2015 auf allen Jurassischen Gemeindehäusern die Flagge von Moutier gehisst. Die Petition "Bienvenue à Moutier" wurde am 17. Dezember 2015 mit 7474 Unterschriften der Kantonskanzlei überwiesen.

Bis zum 24. November 2015 hatten die bernjurassischen Gemeinden Zeit, ein Gesuch für eine kommunale Abstimmung über den Verbleib im Kanton Bern oder einen Wechsel zum Kanton Jura einzureichen. Nachdem sich im November 2013 ausser den Gemeinden Moutier und Belprahon (mit einem Patt) alle Gemeinden teilweise deutlich gegen einen Fusionsprozess ausgesprochen hatten, war die Ermöglichung kommunaler Abstimmungen der letzte Schritt zur Lösung der sogenannten Jurafrage. Neben Moutier und Belprahon hatte sich auch die Gemeinde Grandval um eine Abstimmung bemüht. Allerdings wollten die beiden kleineren Nachbargemeinden des Städtchens Moutier erst nach dem Entscheid des grossen Nachbarn abstimmen.
Ende Juni reichte mit Crémines eine weitere Nachbargemeinde ein Gesuch ein. Eine Petition mit 25 Unterschriften war vom Gemeinderat mit 3:2 Stimmen gutgeheissen worden. Auch Crémines gab bekannt, nur dann abstimmen zu wollen, falls Moutier sich für einen Kantonswechsel ausspricht. Anfang November entschied sich schliesslich auch Sorvillier, ein Gesuch für eine kommunale Abstimmung zu stellen. Auch hier wollte man zeitlich nach der Entscheidung in Moutier abstimmen können. In der Zwischenzeit hatte der Berner Regierungsrat den Gesetzesvorschlag mit zwei Varianten vorgelegt, wobei eine Variante die gestaffelte Abstimmung vorsah.
Gegen eine Abstimmung entschieden sich Mitte November die Gemeinderegierungen von Eschert und Court, den beiden südlichen Nachbarn von Moutier. So blieb es am 25. November bei den fünf Gemeinden Moutier, Belprahon, Grandval, Crémines und Sorvillier, die bei der Abstimmung von 2013 mit die höchsten Ja-Stimmenanteile aufgewiesen hatten: Moutier hatte als einzige Gemeinde eine Ja-Mehrheit (55.4%) und Belprahon ein Patt (50%) aufgewiesen. Sorvillier folgte damals mit 45.9% auf dem dritten Rang gefolgt von Monible (44%), Pontenet (43.4%) und Perefitte (41.2%). Auch in Grandval (37.1%) und Crémines (35.0%) hatte sich damals mehr als ein Drittel der Bevölkerung für einen Fusionsprozess ausgesprochen. Die einzige Gemeinde im Berner Jura, in der der Ja-Stimmenanteil bei der Abstimmung von 2013 mit 35.8% ebenfalls über einem Drittel gelegen hatte, war Court.

Mitte Oktober verabschiedete der Berner Regierungsrat zuhanden des Grossrates seinen Gesetzesentwurf zur Regelung der kommunalen Abstimmungen über einen Wechsel zum Kanton Jura. Die Vorlage enthielt zwei Varianten. Variante 1 sah vor, dass die Gemeinden, die um eine Abstimmung ersuchten, das Plebiszit an zwei unterschiedlichen Daten durchführten. Der Regierungsrat sprach sich für diese Variante aus, die er bereits im Frühjahr 2015 propagiert hatte und die dem Wunsch der involvierten Gemeinden entsprach. Variante 1 widersprach aber einer kantonalen Motion, die im Sommer überwiesen worden war und verlangte, dass die kommunalen Abstimmungen alle gleichzeitig durchgeführt werden sollen. Diesem Umstand trug der Regierungsrat in Vorlage 2 Rechnung: Wenn alle Gemeinden gleichzeitig abstimmen sollen, dann aber über unterschiedliche Fragestellungen. Die Nachbargemeinden von Moutier sollten in diesem Fall eine Eventualfrage beantworten.
Die Empfehlung der Regierung stiess der SVP sauer auf, fand bei den Autonomisten hingegen viel Lob. Die vorberatende Kommission sprach sich Anfang November mit 13 zu 2 Stimmen ebenfalls für die von der Regierung präferierte zweistufige Abstimmungsvariante aus.

Mitte März legte die Berner Regierung einen ersten Entwurf für eine Gesetzesänderung vor, die den anstehenden kommunalen Abstimmungen einzelner bernjurassischer Gemeinden über einen möglichen Wechsel zum Kanton Jura als Grundlage dienen sollte. In der umstrittenen Frage der Terminierung schlug der Berner Regierungsrat eine Kompromisslösung vor. Um eine ganze Kaskade von Abstimmungen zu verhindern, waren maximal zwei Termine für die kommunalen Urnengänge vorgesehen. Damit trug die Regierung dem Umstand Rechnung, dass sich die Gemeinden Belprahon und Grandval, die neben Moutier bisher eine kommunale Abstimmung verlangt hatten, wohl nur dann zu einem möglichen Kantonswechsel äussern wollen, wenn Moutier diesen Beschluss zuvor fassen würde. Als Bedingung sah die Regierung allerdings vor, dass der zweite Termin innerhalb von sechs Monaten nach dem ersten Termin festgesetzt werden soll. Der Regierungsrat begründete den Vorschlag mit der Gemeindeautonomie, die nicht eingehalten würde, wenn man die Gemeinden zwingen würde, am gleichen Tag abzustimmen. Dieser Gesetzesentwurf soll voraussichtlich Anfang 2016 im Parlament beraten werden.
Die berntreuen Grossräte um Manfred Bühler (BE, svp) zogen ihre bereits früher eingereichte Forderung, dass die kommunalen Abstimmungen am gleichen Tag stattfinden sollen, nach dem Bekanntwerden des regierungsrätlichen Kompromissvorschlages allerdings nicht zurück. Man wolle den Forderungen der Separatisten nicht einfach diskussionslos nachkommen. Die Verhandlungen über diesen Vorstoss wurden Anfang Juni im Berner Grossrat geführt. Mit einer satten bürgerlichen Mehrheit von 88 zu 56 Stimmen wurde die Motion Bühler überwiesen. Es wurde argumentiert, dass nach dem deutlichen Abstimmungsresultat von 2013 schon genügend Rücksicht auf die Minderheiten genommen worden sei. Zudem wurde die Befürchtung laut, dass Moutier im Falle eines Ja bei einer nachgelagerten Abstimmung Druck auf die beiden kleinen Nachbargemeinden ausüben könnte. Die mahnenden Stimmen, den laufenden Prozess nicht zu stören, verhallten ungehört. Auch der Hinweis von Regierungsrat Philippe Perrenoud (BE, sp), dass es keinen Grund gebe, überstürzt etwas zu entscheiden, bevor die entsprechende, bereits vorliegende Gesetzesvorlage beraten werde, fruchtete nicht. Mit einem Vorschlag für eine Eventualabstimmung versuchte die kantonale EVP die Diskussion zu erweitern: Grandval und Belprahon sollten gleichzeitig mit Moutier abstimmen, aber in einer Eventualfrage auch dazu Stellung nehmen, ob ein Kantonswechsel auch dann bejaht würde, wenn Moutier Nein sagen würde.
Derweil kündigten die Verantwortlichen von Moutier an, die Abstimmung am 18. Juni 2017 durchführen zu wollen. In den Kommentarspalten wurde dies entweder als Provokation oder als geschickter Schachzug bezeichnet – am 18. Juni 1940 hatte Charles de Gaulle von London aus zur Résistance gegen das Naziregime aufgerufen. Moutier wolle seine Autonomie wahrnehmen und selber bestimmen, wann die Abstimmung durchzuführen sei.

Après une pause consécutive à la mise en place de l'Etat jurassien, les milieux autonomistes ont relancé l'offensive politique sur la question de la réunification du Jura. En l'absence de bases légales, la procédure des années 1970 étant épuisée, plusieurs propositions ont été faites pour combler ce vide juridique. C'est ainsi que le groupe Bélier a déposé une initiative relative aux modifications territoriales dans laquelle il demande au canton du Jura d'intervenir à ce sujet sur le plan fédéral. L'opportunité de lancer une initiative populaire en la matière, mais au niveau fédéral cette fois, est actuellement étudiée par l'Association des Jurassiens de l'extérieur (AJE). Pourtant, cette initiative pourrait bien être déclarée irrecevable pour vice de forme. Pour sa part, le Comité directeur du RJ a libellé un projet de nouvel article constitutionnel cantonal sur la réunification. Cette proposition fait suite au refus des Chambres fédérales d'accorder leur garantie à l'actuel article 138 de la Constitution jurassienne sur les modifications de territoires. Non seulement le RJ entend faire de la réunification une des tâches du nouvel Etat, mais il ouvre la porte à la création, dans une phase intermédiaire il est vrai, de deux demi-cantons. Les partis politiques de la coalition autonomiste ont réservé un accueil plus que mitigé à ce projet, dans la mesure où il pourrait réveiller bien des susceptibilités dans le Jura Sud. Enfin, mais dans une toute autre région, les autorités valaisannes et tessinoises ont réglé le différend qui les opposait depuis plus de dix ans sur la délimitation de la frontière séparant les deux cantons à la hauteur du col du Nufenen.

In der Jurafrage wurde zunächst der von den bernischen Behörden vorbereitete entscheidende Schritt zum Selbstbestimmungsrecht durch das Volk sanktioniert. Mit einer Mehrheit von 86 Prozent nahmen die Stimmbürger am 1. März den Verfassungszusatz an (Annahme mit 73'441 zu 29'527 Stimmen), der ein Verfahren für die Kantonstrennung festsetzte. Das Fehlen jeder organisierten Opposition ermöglichte eine gleichmässige Zustimmung in allen Amtsbezirken. Unterschiedlich war allerdings die Stimmbeteiligung; sie hielt sich im alten Kantonsteil trotz dem persönlichen Einsatz der Regierungsräte Jaberg und Bauder unter 35 Prozent, im Jura dagegen über 60 Prozent und liess auf eine gewisse Resignation Deutsch-Berns schliessen. Einen Test für die Stärke der verschiedenen Tendenzen im Jura bildete die besondere Abstimmung über die Möglichkeit einer Einführung der brieflichen Stimmabgabe. Diese war als Mittel zur Wahrung der Abstimmungsfreiheit gedacht, wurde aber vom Rassemblement jurassien (RJ) als Werkzeug für den Stimmenfang gedeutet und abgelehnt, wobei ihm die Christlichsozialen und ein Teil der Sozialisten Gefolgschaft leisteten; das Mouvement pour l'unité du Jura (MUJ) gab die Stimme frei. Mit Ausnahme von Courtelary verwarfen alle französischsprachigen Amtsbezirke diese zweite Vorlage, während sie im alten Kantonsteil mit starken Mehrheiten angenommen wurde (Annahme mit 90'396 zu 14'086 Stimmen).

Die jahrzehntelangen Bemühungen um eine Wiedervereinigung der beiden Basel fanden praktisch ihr Ende in einem eindeutigen Nein der basellandschaftlichen Stimmbürger zu den vom gemeinsamen Verfassungsrat ausgearbeiteten Vorlagen. Nachdem das Bundesgericht auf eine Beschwerde aus dem Baselbiet verfügt hatte, dass auf Grund des basellandschaftlichen Wiedervereinigungsartikels die Verfassung für den neuen Kanton nicht ohne die ihr beigefügten Hauptgrundzüge der Gesetzgebung in Kraft treten könne, entschloss sich der Verfassungsrat im Juni, die beiden Rechtsgrundlagen zwar getrennt zur Abstimmung zu bringen, die beiden Entscheidungen aber in ihrer Wirkung miteinander zu verkoppeln. Darauf setzten beide Halbkantone den Volksentscheid auf den 7. Dezember an. Im lebhaften Abstimmungskampf hoben die Gegner namentlich die wirtschaftliche Erstarkung des Kantons Baselland seit den 30er-Jahren und die Erfolge der Zusammenarbeit mit Baselstadt hervor, zudem warnten sie vor den Komplikationen einer langen Übergangszeit, in welcher die neue Gesetzgebung zu schaffen wäre, die alten Kantone aber noch weiterzufunktionieren hätten; die Befürworter betonten die Rationalisierungsmöglichkeiten und das grössere politische Gewicht eines vereinigten Kantons und machten die Beschwerlichkeit und Ungewissheit der interkantonalen Kooperation geltend. Während in Baselstadt alle Parteien die Japarole ausgaben, reihten sich in Baselland im Unterschied zu früheren Abstimmungen auch die Freisinnigen und die Christlichsozialen in eine bürgerliche Gegnerfront ein.

Dass der Urnengang allgemein als ein Entscheid für oder gegen die Wiedervereinigung verstanden wurde, zeigte sich darin, dass sich die Stimmenzahlen in den vier Sachfragen (Verfassung, Hauptgrundzüge, Wahlgesetz und Geschäftsordnung des Kantonsrates) nur ganz geringfügig voneinander unterschieden. Baselstadt brachte eine gegenüber den 30er-Jahren nur um weniges schwächere annehmende Mehrheit auf, dagegen schlug in Baselland das Verhältnis um: Bei ähnlich hoher Stimmbeteiligung wie 1958 und 1960, als es um die Aufnahme eines Wiedervereinigungsartikels in die Verfassung gegangen war, verstärkten sich die Gegenstimmen sowohl in den ablehnenden oberen Bezirken wie vor allem auch im stadtnahen Bezirk Arlesheim, der in den früheren Entscheiden den Ausschlag gegeben hatte; wenn sich die Baselbieter Stimmbürger damals mit Dreifünftelmehrheit wiedervereinigungsfreundlich geäussert hatten, so stimmte nunmehr die durch Zuwanderung und Frauenstimmrecht auf das Zweieinhalbfache angewachsene Aktivbürgerschaft mit ebensolcher Mehrheit wiedervereinigungsfeindlich. In Baselstadt wurde die Verfassung bei 44 Prozent Stimmbeteiligung mit 43'786 zu 22'024 Stimmen angenommen, in Baselland bei 76 Prozent Stimmbeteiligung mit 48'183 zu 33'222 Stimmen verworfen. Die Eindeutigkeit des Verdikts gab in beiden Halbkantonen Anlass zu Vorstössen für eine Aufhebung der Wiedervereinigungsbestimmungen in den Kantonsverfassungen, um die darin vorgesehene Wahl eines zweiten Verfassungsrates, die man als sinnlos betrachtete, zu vermeiden. Als Ersatz für die Vereinigung wurde eine engere Partnerschaft vorgeschlagen, ja deren Institutionalisierung durch ein die Kantonsverwaltungen kontrollierendes Regionalparlament angeregt. Aus Baselstadt ertönte der Ruf nach Erhebung der beiden Basel zu Ganzkantonen, die durch die Motion Dürrenmatt (lib., BS, Mo. 10439) im Nationalrat eingereicht wurde.