En première ligne, les communes ont géré la crise du Covid-19 au plus près de la population en assurant notamment les services publics et la sécurité. Pour assumer leurs tâches, nombre d'entre elles ont pu compter sur le soutien de bénévoles. Toutefois, l'Association suisse des communes (ACS) s'inquiète pour la situation financière des communes. D'une part, le Conseil fédéral a décidé de refuser aux crèches publiques le droit à l'aide d'urgence – de CHF 65 millions imposée par le Parlement contre sa volonté –, privant les communes d'un soutien alors même qu'elles doivent couvrir les coûts fixes liés à l'ouverture des crèches pour l'accueil des enfants du personnel soignant. D'autre part, le scénario moyen établit par la Conférence des institutions d'action sociale (CSIAS) prévoit une hausse des dépenses liées à l'aide sociale d'un milliard de francs pour 2022 pour les cantons et les communes. Le nombre potentiel de personnes au chômage en fin de droit, les faillites d'indépendants et de petits commerçants auraient pour effet de diminuer les rentrées fiscales et d'augmenter le recours à l'aide sociale. Avec un déficit de recettes fiscales et une hausse des dépenses sociales à venir, l'ACS souhaite éviter un tel scénario grâce au dialogue avec les cantons et la Confédération. Elle demande à la Confédération de financer des mesures supplémentaires pour permettre aux personnes au bénéfice de l’aide sociale de retrouver plus rapidement un emploi. En outre, elle demande à la Confédération de supporter les coûts de l'aide sociale en faveur des réfugié.e.s et des étrangers.ères admis en Suisse provisoirement au-delà de 5 ans, respectivement 7 ans; sans pour autant qu'elle ne participe directement aux coûts de l'aide sociale.

Pour endiguer la crise du Covid-19, le canton du Tessin a été au-delà des exigences du Conseil fédéral. Il a décidé de suspendre les chantiers, de fermer toutes les industries n'exerçant pas leurs activités dans des domaines essentiels comme l'alimentation ou la santé, et d'appliquer une nouvelle réglementation aux hôtels. Pour Berne, le régime tessinois était illégal car c'est à la Confédération de manœuvrer en cas de «situation extraordinaire». Les mesures n'étaient pas conformes au droit fédéral – comme l'a indiqué le directeur de l'Office fédéral de la justice (OFJ) Martin Dumermuth – puisque seuls les chantiers et les exploitations ne respectant pas les recommandations en matière d'hygiène et de distance devaient fermer; les autres entreprises ne devaient pas cesser leurs activités. Le président du Conseil d'Etat tessinois, Christian Vitta (TI, plr), a rétorqué qu'une gestion uniforme sur tout le territoire ne faisait pas de sens car la propagation du virus était différente entre les cantons. Cette situation, qui a duré plusieurs jours, n'a pas été sans conséquence pour l'économie régionale. En effet, une cessation d'activités en raison d'une injonction cantonale illégale, ne permettait pas aux entreprises d'être indemnisées pour le chômage partiel. Pour les entreprises de constructions tessinoises, il semblait peu probable qu'elles recourent à la justice pour être indemnisé, puisqu'une demande d'arrêt des chantiers avait été adressée aux autorités de la part d'acteurs du secteur.

Le 21 mars 2020, le Conseil fédéral a fait un pas en direction d'un compromis :«Si la situation épidémiologique d'un canton implique un risque pour la santé publique, le Conseil fédéral peut autoriser ce canton à ordonner, pour une durée limitée, la restriction ou l'arrêt des activités dans des branches entières de l'économie. Les entreprises qui respectent de manière crédible les mesures d'éloignement social et d'hygiène peuvent poursuivre leurs activités» (art. 7e Ordonnance 2 Covid-19). Afin d'éviter un patchwork fédéraliste et préserver une gestion unifiée de la crise, le Conseil fédéral a alors posé quelques conditions – un système de santé arrivant à saturation même après le soutien d'autres cantons, difficulté à respecter les mesures de prévention pour le secteur économique et fonctionnement entravé par le manque de main-d'œuvre transfrontalière, et approbation des restrictions par les partenaires sociaux. En contrepartie, les cantons bénéficiant de la clause d'exemption devaient autoriser la reprise des activités si une entreprise prouvait le respect de la réglementation de l'OFSP. Le canton du Tessin remplissait tous les critères, comme l'a évoqué Alain Berset, pour formuler une demande au Conseil fédéral.