Le 28 mars 2021 a lieu le scrutin sur l'appartenance cantonale de la commune de Moutier, qui – après que le vote de 2017 a été annulé – décide à nouveau si elle veut rejoindre le canton du Jura ou rester dans le canton de Berne. La campagne précédant la votation s'est déroulée de manière plutôt paisible, ceci notamment en raison du contexte sanitaire. Néanmoins, plusieurs thèmes ont animé les débats et provoqué quelques tensions.

La campagne a été lancée à la fin du mois d'octobre 2020 par le mouvement autonomiste «Moutier, ville jurassienne», imité quelques jours plus tard par son adversaire «MoutierPlus». Contraints de renoncer aux rassemblements en raison de la pandémie, la campagne s'est avant tout jouée dans la presse, à travers les tous-ménages et sur les réseaux sociaux.

Les autorités communales et cantonales se sont engagées à faire preuve de retenue, afin d'éviter des recours similaires à ceux de 2017. En janvier 2021, le conseil municipal de Moutier et les gouvernements bernois et jurassien se sont alors mis d'accord sur l'avenant ajouté au message de la votation. S'il n'était pas question de revoir les expertises réalisées en 2017, il s'agissait de corriger certaines informations du message remis à la population. Trois points principaux étaient mis en avant dans ce document: tout d'abord, seule Moutier devait encore se prononcer sur son appartenance cantonale, les communes de Belprahon et Sorvilier ayant décidé de rester bernoises en septembre 2017. En cas de transfert, la commune de Moutier formerait donc un district et une circonscription à elle seule durant la première législature. Ensuite, un scénario a été élaboré pour pérenniser l'hôpital de Moutier indépendamment de l'appartenance cantonale. Cependant, la liste hospitalière, qui détermine quelles prestations sont offertes par un hôpital, a continué de susciter de nombreuses inquiétudes. Le gouvernement jurassien a alors confirmé début mars que «les prestations offertes sur le site de Moutier seront reconnues sur la liste hospitalière jurassienne au même titre qu'elles le sont aujourd'hui sur la liste hospitalière du canton de Berne». Parallèlement, le président du conseil d'administration de l'hôpital Anthony Picard précisa dans la presse que «même si elle est établie par une autorité politique, la liste hospitalière répond à des critères de pratique médicale, de statistique et de viabilité économique», soulignant le fait que les prestations offertes par un hôpital ne dépendent pas uniquement de la volonté du canton dans lequel il se trouve. L'hôpital de Moutier réaffirma par ailleurs son impartialité début mars, quelques jours après la distribution d'un tous-ménage appelant à voter non pour préserver l'hôpital. Ce tous-ménage, signé par 112 personnes, a suscité une vive controverse car certains signataires n'auraient pas été au courant du caractère politique de celui-ci. À noter qu'aucun mouvement officiel n'a indiqué être à son origine.
Le dernier point de l'avenant abordait la question des emplois cantonaux à Moutier. Alors qu'en 2017, le gouvernement bernois faisait état de 170 emplois à plein temps (EPT) liés aux unités administratives du canton dans la cité prévôtoise, ce chiffre est tombé à 144 en 2021. Selon le président du conseil-exécutif bernois Pierre-Alain Schnegg (BE, udc), il y a eu une externalisation des tâches diminuant par conséquent le nombre d'emplois directement liés au canton. Ces postes n'ont pas pour autant disparu et dépendent maintenant d'entreprises privées. Côté jurassien, grâce à l'augmentation des effectifs au sein des services de l'informatique et des contributions, qui migreraient en Prévôté, 180 EPT seraient prévus au lieu des 170 EPT communiqués en 2017. Pour des raisons d'efficacité, le tribunal des mineurs ne devrait pas être, quant à lui, implanté à Moutier. Quelques jours après la publication de ces chiffres, la délégation du conseil-exécutif bernois pour les affaires jurassiennes a présenté de nouvelles données. En tenant compte des emplois dans l'enseignement, les églises nationales et les services psychiatriques, le nombre d'EPT «liés au canton» à Moutier se monterait selon ce calcul à 274.4 EPT, contre 267.8 en 2017. Ce message a provoqué de vives réactions dans le camp autonomiste, qui dénonça des erreurs de comparaison et décria le caractère contradictoire de la communication bernoise, quelques jours après la publication commune de l'avenant. Il a finalement été décidé au cours de la conférence tripartite Jura que l'Office fédéral de la justice (OFJ) rédigerait un document en collaboration avec les autorités cantonales pour clarifier ces chiffres. Les conclusions de ce document ont indiqué que «compte tenu des chiffres indiqués et des difficultés méthodologiques, une variation de quelques EPT est admissible. Néanmoins, les données disponibles ne permettent pas de conclure à une augmentation du nombre des emplois bernois à Moutier». Un «euphémisme» selon les séparatistes, qui ont reproché au canton de Berne de se retirer progressivement de Moutier.

D'autres acteurs ont fait connaître leur position et leurs arguments au cours de la campagne. Le conseil du Jura bernois (CJB) a annoncé fin février qu'il souhaitait voir Moutier rester bernoise, soulignant par la voix de sa présidente Virginie Heyer (BE, plr) les avantages dont profite la région au sein du canton de Berne – à savoir un siège réservé au conseil-exécutif, douze sièges réservés au Grand conseil, un statut particulier et des enveloppes financières spécialement dédiées au CJB. La minorité pro-jurassienne du CJB a dénoncé à travers cette prise de position une ingérence dans l'autonomie communale prévôtoise.
De son côté, le gouvernement jurassien a confirmé début mars ses engagements déjà pris avant le vote de 2017. Il a mis en avant le poids politique qu'aurait Moutier dans le Jura, devenant la deuxième plus grande commune du canton, ce qui lui assurerait sept des soixante sièges au Parlement et une influence significative sur les orientations cantonales. Le Parlement jurassien s'est par la suite prononcé à l'unanimité pour ces engagements et a ainsi envoyé un signal fort sur sa volonté de voir la cité prévôtoise rejoindre le dernier-né des cantons helvétiques.
Le conseil municipal de Moutier a lui réitéré début mars son vœu de voir un «oui» sortir des urnes, restant néanmoins sur la réserve afin d'éviter les reproches qui lui ont été faits par le passé. Dans le même temps, les partis de l'Entente jurassienne – qui regroupe le Rassemblement des prévôtois jurassiens (RPJ), le Rauraque, le parti socialiste autonomiste (PSA), le PCSI et le PDC – tenaient tour à tour des conférences de presse pour présenter leurs arguments en faveur d'un rattachement au canton du Jura.
Le Grand conseil bernois faisait lui un appel du pied à Moutier en acceptant à la quasi unanimité (une abstention) une révision de la loi sur le statut particulier du Jura bernois et de la minorité francophone du district bilingue de Bienne. Selon le député Philippe Messerli (BE, pev), «cette révision rend le statut de la minorité francophone plus attrayant», ajoutant qu'il espérait que Moutier puisse en profiter.

À l'approche de l'échéance, la campagne a gagné en intensité. Le comité non séparatiste «MoutierPlus» a notamment mené une action symbolique en accrochant une grande bâche arborant un émoticône jaune avec des lunettes de soleil sur une paroi rocheuse à l'entrée de la ville. Muriel Käslin, porte-parole du mouvement, souhaitait par ce geste «redonner le sourire aux prévôtois et envoyer une image positive de Moutier au reste de la Suisse», ajoutant que «le séparatisme a divisé la ville, détériorant l'image de la cité loin à la ronde.» La bâche, situé face à une autre paroi rocheuse arborant, elle, un drapeau jurassien, a fait l'objet de déprédations quelques jours plus tard, ce qui a poussé le mouvement non séparatiste à déposer une plainte contre inconnu.
Dans les deux camps, la capacité à mobiliser un maximum d'électrices et électeurs a clairement été l'une des pierres angulaires de la campagne, notamment pour ramener de leur côté les personnes indécises, dont la part est estimée à 25 pour cent par les différentes parties. Entre 2017 et 2021, 18 pour cent du corps électoral prévôtois a changé. Cela correspond à environ 800 personnes, un nombre susceptible de faire basculer le vote. Le Quotidien Jurassien précisait que près de 300 nouveaux votants étaient des jeunes citoyennes et citoyens ayant obtenu leur majorité. Ayant pour la plupart grandi à Moutier, ils étaient déjà dans le bain de la Question jurassienne. Ce ne serait donc pas là qu'il y aurait le plus de voix à gagner. Parmi les 500 personnes restantes, la moitié sont arrivées de communes bernoises, notamment voisines de Moutier, et un quart de communes jurassiennes. Encore une fois des citoyennes et citoyens a priori au courant du sujet. Restent une centaine de personnes qui ont donc fait l'objet de toutes les convoitises, les chances qu'elles soient indécises étant plus grandes. Le Quotidien Jurassien soulignait néanmoins que, de par leurs relations et les raisons qui les ont poussées à s'établir à Moutier, ces personnes avaient déjà eu l'occasion de se faire un avis. Cela n'a pas découragé les mouvements des deux bords d'aller à la pêche aux nouveaux ayants-droit, en adoptant cependant des tactiques différentes. Les non séparatistes se sont contentés d'un courrier pour présenter leurs arguments, ne voulant pas se montrer «intrusifs». Les autonomistes ont rencontré les nouveaux venus, convaincus de l'efficacité du contact humain pour faire passer leur message.

La campagne a bénéficié d'une grande attention médiatique au niveau local. Les courriers des lecteurs se sont multipliés à l'approche du vote dans le Quotidien Jurassien. Au cours des derniers mois, il a été rare de voir un exemplaire du journal régional vierge de tout article traitant du sujet. Au niveau national, le scrutin n'a en revanche pas fait l'objet d'une grande couverture médiatique. C'est seulement durant la semaine précédant la votation que les reportages ont commencé à fleurir dans les principaux médias. Dans la partie germanophone du canton de Berne, le journaliste de la Berner Zeitung Stefan von Bergen a indiqué que beaucoup de citoyennes et citoyens «ne savent sans doute même pas qu'il y a un vote». Sollicités par le Quotidien Jurassien, plusieurs membres du Grand conseil bernois ont également fait part d'un intérêt relativement limité pour la question, espérant avant tout que ce vote permettrait de tourner définitivement la page de la Question jurassienne. Là se situe également l'enjeu principal de ce scrutin pour de nombreuses citoyennes et de nombreux citoyens de Moutier fatigué.e.s par des années de tensions entre autonomistes et non séparatistes.

Dans le cadre de la votation sur le changement d'appartenance cantonale de la ville bernoise de Moutier, l'hôpital prévôtois est source de conflits. En effet, en tant qu'employeur de première importance dans cette région-ci du Jura bernois – 330 personnes y sont employées – toute décision quant à son avenir pourrait avoir une influence significative sur le vote du 18 juin 2017. En cas de changement cantonal, le gouvernement bernois exclut toute possibilité de planification hospitalière commune, ainsi que toute ouverture de l'actionnariat de l'Hôpital du Jura bernois (HJB) – le canton de Berne étant actionnaire à 100%.
De plus, le canton du Jura s'est plaint, auprès de la conseillère fédérale en charge du bon déroulement du scrutin, Simonetta Sommaruga, ainsi qu'auprès du canton de Berne, des agissements des responsables de l'hôpital. Le conseiller d'Etat jurassien Charles Juillard (JU, cvp/pdc) remet en question l'engagement de ces derniers, qui ont fait part – par l'envoi de lettres et de publication d'annonces – de leurs inquiétudes quant aux incertitudes qu'un changement de canton pouvaient impliquer. Ces propos ont poussé le conseiller d'Etat jurassien à dire qu'il s'agissait d'une prise de position claire en faveur du maintien de la cité prévôtoise au sein du canton de Berne. Anthony Picard, le Président du Conseil d'administration de l'hôpital en question, justifie ses craintes par la proximité de l'hôpital de Delémont – 15 kilomètres séparent les deux sites – qui est également actif dans les soins aigus. Il redoute qu'en cas de changement cantonal, l'hôpital de Moutier ne soit amputé d'une partie de ses services. En réponse à ces propos et actions, le ministre jurassien de l'économie et de la santé, Jacques Gerber (JU, fdp/plr), a tenu à préciser que la feuille de route pour cette votation n'incluait pas la négociation des futures prestations de cet hôpital en cas de changement cantonal et qu'aucune modification des services n'était à prévoir avant 2021.
En février déjà, l'hôpital prévôtois était au centre de tensions quant à d'éventuelles pressions et menaces d'intimidation dénoncées par des membres du personnel ainsi que par des patients, poussant le maire de la ville de Moutier, Marcel Winistoerfer (BE, pdc/cvp) à remettre une lettre à Pierre-Alain Schnegg (BE, svp/udc) – le conseiller d'Etat bernois garant officiel de la régularité du scrutin – pour que cela ne se reproduise pas.