Dans le cadre de la votation sur le changement d'appartenance cantonale de la ville bernoise de Moutier, l'hôpital prévôtois est source de conflits. En effet, en tant qu'employeur de première importance dans cette région-ci du Jura bernois – 330 personnes y sont employées – toute décision quant à son avenir pourrait avoir une influence significative sur le vote du 18 juin 2017. En cas de changement cantonal, le gouvernement bernois exclut toute possibilité de planification hospitalière commune, ainsi que toute ouverture de l'actionnariat de l'Hôpital du Jura bernois (HJB) – le canton de Berne étant actionnaire à 100%.
De plus, le canton du Jura s'est plaint, auprès de la conseillère fédérale en charge du bon déroulement du scrutin, Simonetta Sommaruga, ainsi qu'auprès du canton de Berne, des agissements des responsables de l'hôpital. Le conseiller d'Etat jurassien Charles Juillard (JU, cvp/pdc) remet en question l'engagement de ces derniers, qui ont fait part – par l'envoi de lettres et de publication d'annonces – de leurs inquiétudes quant aux incertitudes qu'un changement de canton pouvaient impliquer. Ces propos ont poussé le conseiller d'Etat jurassien à dire qu'il s'agissait d'une prise de position claire en faveur du maintien de la cité prévôtoise au sein du canton de Berne. Anthony Picard, le Président du Conseil d'administration de l'hôpital en question, justifie ses craintes par la proximité de l'hôpital de Delémont – 15 kilomètres séparent les deux sites – qui est également actif dans les soins aigus. Il redoute qu'en cas de changement cantonal, l'hôpital de Moutier ne soit amputé d'une partie de ses services. En réponse à ces propos et actions, le ministre jurassien de l'économie et de la santé, Jacques Gerber (JU, fdp/plr), a tenu à préciser que la feuille de route pour cette votation n'incluait pas la négociation des futures prestations de cet hôpital en cas de changement cantonal et qu'aucune modification des services n'était à prévoir avant 2021.
En février déjà, l'hôpital prévôtois était au centre de tensions quant à d'éventuelles pressions et menaces d'intimidation dénoncées par des membres du personnel ainsi que par des patients, poussant le maire de la ville de Moutier, Marcel Winistoerfer (BE, pdc/cvp) à remettre une lettre à Pierre-Alain Schnegg (BE, svp/udc) – le conseiller d'Etat bernois garant officiel de la régularité du scrutin – pour que cela ne se reproduise pas.

Votation communale du 18 juin 2017 à Moutier sur l'appartenance cantonale et répétition du 28 mars 2021
Dossier: Moutier und der Jurakonflikt