Mittels einer Motion beantragte Ständerat Beat Vonlanthen (cvp, FR), dass der Bundesrat dem an der Universität Freiburg angegliederten Institut für Föderalismus mit einer Grundfinanzierung unter die Arme greift. Damit soll der Bundesrat die qualitativ hochstehenden Dienstleistungen im Themenbereich «Föderalismus», welche das Institut anbiete und von denen sowohl die Schweiz als auch weitere Staaten profitierten, langfristig sicherstellen. Seit dem Wegfall des langjährigen Vertragsverhältnisses mit der DEZA im Jahre 2017 wurde das Institut im Wesentlichen durch die Universität Freiburg finanziert. Der Bund hatte mit dem Institut 2017 zwar eine Absichtserklärung zur Zusammenarbeit ausgearbeitet, doch laut dem Motionär würden die nötige personelle Ausstattung und Infrastruktur darin nur ungenügend berücksichtigt. In seiner kurzen Stellungnahme anerkannte der Bundesrat zwar die Bedeutung des Instituts und versprach, die Frage hinsichtlich einer jährlichen Grundfinanzierung mit den Kantonen zu diskutieren. Die Motion empfahl er allerdings zur Ablehnung.
Der Ständerat beschäftigte sich während der Herbstsession 2018 mit der Vorlage. Wie schon die vorberatende SPK zeigten sich die Standesvertreterinnen und -vertreter mehrheitlich unbeeindruckt von der Empfehlung des Bundesrates und gaben der Motion mit 24 zu 11 Stimmen bei 1 Enthaltung Folge. Bundesrätin Sommaruga argumentierte vergeblich, dass der Bundesrat das Thema zuerst mit den Kantonen besprechen wolle und abklären müsse, ob für die geforderte Grundfinanzierung überhaupt eine gesetzliche Grundlage bestehe.

Plus de 400 acteurs politiques, académiques et économiques ont été conviés à la 5e Conférence nationale sur le fédéralisme, suite à l'initiative du Conseil des Etats, de la Conférence des gouvernements cantonaux (CdC) et du (DFJP). La question "la Suisse sera-t-elle encore fédéraliste dans 50 ans?" a aiguillé les nombreux débats et discussions lors des deux jours de rassemblement. Un sondage commandé pour l'occasion a pointé du doigt la méconnaissance par la population de la notion du fédéralisme. Toutefois, la moitié des personnes interrogées ont déclaré leur attachement à ce système et 72% ne veulent pas de changement. L'Assemblée interjurassienne (AIJ) a reçu le Prix du fédéralisme. Point fort de la conférence, des jeunes ont pu dialoguer avec la conseillère fédérale Simonetta Sommaruga. La conférence s'est conclue par la signature de la Déclaration de Montreux, intitulée "Le fédéralisme, la force de la Suisse". Les signataires s'engagent à nourrir le débat public pour la promotion du fédéralisme.

Par 51 voix et 7 abstentions, le Parlement jurassien accepte, en octobre, l'abrogation de l'arrêté du 25 mars 1994 relatif à l'institutionnalisation du dialogue jurassien et à la création de l'Assemblée interjurassienne (AIJ). Comme convenu par les cantons du Jura et de Berne, l'accord devait être dénoncé à la suite des votes de Moutier, Belprahon et Sorvilier. Les membres du Parti chrétien-social indépendant, jugent l'abrogation prématurée en raison des recours encore pendants relatifs au vote communaliste de Moutier.
Lors de la cérémonie officielle – en présence de la conseillère fédérale Simonetta Sommaruga et des présidents des délégations aux affaires jurassiennes des gouvernements bernois et jurassiens – Dick Marty (TI, plr), le président de l'AIJ, a présenté le bilan de cette entité. Celui-ci relate le contexte historique, l'institutionnalisation du dialogue interjurassien au sein de l'AIJ et la collaboration interjurassienne notamment. Le message formulé par l'organe est de "maintenir le dialogue et pérenniser l'esprit qui a prévalu durant 23 ans". La signature de l'acte de dénonciation par Simonetta Sommaruga, Nathalie Barthoulot (JU, ps), Bernhard Pulver (BE,verts) et les deux chanceliers cantonaux, règle la question jurassienne sur le plan institutionnel.

Dans le cadre de la votation sur le changement d'appartenance cantonale de la ville bernoise de Moutier, l'hôpital prévôtois est source de conflits. En effet, en tant qu'employeur de première importance dans cette région-ci du Jura bernois – 330 personnes y sont employées – toute décision quant à son avenir pourrait avoir une influence significative sur le vote du 18 juin 2017. En cas de changement cantonal, le gouvernement bernois exclut toute possibilité de planification hospitalière commune, ainsi que toute ouverture de l'actionnariat de l'Hôpital du Jura bernois (HJB) – le canton de Berne étant actionnaire à 100%.
De plus, le canton du Jura s'est plaint, auprès de la conseillère fédérale en charge du bon déroulement du scrutin, Simonetta Sommaruga, ainsi qu'auprès du canton de Berne, des agissements des responsables de l'hôpital. Le conseiller d'Etat jurassien Charles Juillard (JU, cvp/pdc) remet en question l'engagement de ces derniers, qui ont fait part – par l'envoi de lettres et de publication d'annonces – de leurs inquiétudes quant aux incertitudes qu'un changement de canton pouvaient impliquer. Ces propos ont poussé le conseiller d'Etat jurassien à dire qu'il s'agissait d'une prise de position claire en faveur du maintien de la cité prévôtoise au sein du canton de Berne. Anthony Picard, le Président du Conseil d'administration de l'hôpital en question, justifie ses craintes par la proximité de l'hôpital de Delémont – 15 kilomètres séparent les deux sites – qui est également actif dans les soins aigus. Il redoute qu'en cas de changement cantonal, l'hôpital de Moutier ne soit amputé d'une partie de ses services. En réponse à ces propos et actions, le ministre jurassien de l'économie et de la santé, Jacques Gerber (JU, fdp/plr), a tenu à préciser que la feuille de route pour cette votation n'incluait pas la négociation des futures prestations de cet hôpital en cas de changement cantonal et qu'aucune modification des services n'était à prévoir avant 2021.
En février déjà, l'hôpital prévôtois était au centre de tensions quant à d'éventuelles pressions et menaces d'intimidation dénoncées par des membres du personnel ainsi que par des patients, poussant le maire de la ville de Moutier, Marcel Winistoerfer (BE, pdc/cvp) à remettre une lettre à Pierre-Alain Schnegg (BE, svp/udc) – le conseiller d'Etat bernois garant officiel de la régularité du scrutin – pour que cela ne se reproduise pas.

Dans une motion déposée en 2014, la députée Bulliard-Marbach (pdc, FR) souhaite renforcer le système de milice au niveau communal. Pour cela, elle demande au Conseil fédéral de soutenir l'offre mise à disposition des miliciens en terme de formations et d'informations. Elle fait remarquer que, depuis le dépôt de la motion, l'Association des Communes Suisses a collaboré avec Economiesuisse – l'organisation se montrant intéressée par ces questions – en organisant, entre autres, en 2016, une conférence sur la thématique des jeunes dans la fonction exécutive communale, ainsi qu'une page web commune à but informatif. Christine Bulliard-Marbach souligne toutefois qu'un soutien de la part de la Confédération est nécessaire afin d'assurer et de solidifier le principe de milice.
Simonetta Sommaruga, au nom du Conseil fédéral, admet qu'il est difficile de trouver des personnes motivées pour exercer les fonctions communales, alors même qu'il s'agit – selon celle qui a été à l'exécutif de la commune de Köniz – de la plus belle fonction politique qu'offre le pays. Malgré tout, elle estime que la tâche consistant à mettre en place des stratégies permettant d'assurer le maintien du système de milice dans les fonctions communales est dévolue aux communes. La conseillère fédérale tient également à préciser que le Conseil fédéral se réjouit de la collaboration entre l'Association des Communes Suisses et Economiesuisse – une collaboration qui est justement un signe que les communes peuvent trouver des solutions par elles-mêmes.
La chambre basse, suivant l'avis du Conseil fédéral, rejette donc cette motion par 115 voix contre 67 et 12 abstentions, les voix pour provenant essentiellement des rangs du Parti démocrate chrétien et du Parti socialiste.

Plusieurs mesures de sécurité encadreront le vote sur l'appartenance cantonale de la ville de Moutier, afin d'assurer un scrutin sans controverses. Des observateurs de la Confédération seront sur place, à Moutier, lors du scrutin du 18 juin 2017. Une conférence tripartie composée des exécutifs des cantons du Jura et de Berne, ainsi que de la conseillère fédérale Simonetta Sommaruga, en a décidé ainsi, afin d'assurer d'un commun accord la fin du processus permettant de régler d'un point de vue politique cette partie-là de la question jurassienne. Les observateurs seront des juristes de l'Office fédéral de la justice n'habitant aucun des deux cantons. Ils seront, entre autre, chargés de faire un travail de sensibilisation dans les bureaux de poste, ou encore dans les établissements médico-sociaux (EMS), où, lors du plébiscite de 1975, un bulletin de vote pouvait, semble-t-il, se monnayer 100 francs. De plus, les votes par correspondance seront adressés à l'Office fédéral de la justice à Berne et non, comme il est de tradition, à l'hôtel de ville de Moutier. Le transport des bulletins sera, quant à lui, soumis à des mesures de sécurité supplémentaires. Finalement, toute personne déposant ses papiers à Moutier après le 18 mars, c'est-à-dire trois mois avant le scrutin, ne pourra y prendre part. Cette mesure permet d'éviter le tourisme électoral redouté par les deux camps. Pour autant, rien ne semble, jusqu'à présent, attester d'un tel phénomène.

Nach dem Ausschied von Markus Lehmann (cvp, BS) aus dem Nationalrat wurde dessen Postulat Ende 2015 von Elisabeth Schneider-Schneiter (cvp, BL) übernommen. Im Nationalrat wurde das Anliegen in der Sommersession mit 140 zu 20 Stimmen bei 26 Enthaltungen abgelehnt. Schneider-Schneiter argumentierte vergeblich, dass es einfachere Verfahren brauche für Gemeinden, die über Kantonsgrenzen hinweg fusionieren möchten. Die Schweiz brauche Gebietsstrukturen, die es erlaubten, dass Gemeinden ihre Aufgaben autonom wahrnehmen können. Fusionen seien eine Möglichkeit, dass die föderalen Strukturen erhalten blieben und müssten deshalb wenn nicht gefördert, dann doch zumindest nicht künstlich verhindert werden. Bundesrätin Simonetta Sommaruga erörterte noch einmal die Antwort des Bundesrates: Fusionen könne man nicht erzwingen – die Überzeugungen für ein Zusammengehen zwischen zwei Gemeinden müssten von unten wachsen und könnten nicht von oben vorgegeben werden. Gebietsveränderungen zwischen den Kantonen seien zudem bereits mit der neuen Bundesverfassung wesentlich vereinfacht worden. Die Magistratin konnte sich zum Schluss ihres Votums einen Seitenhieb bezüglich der wachsenden Zahl an Vorstössen nicht verkneifen – das Postulat Lehmann war ja das zweite dieser Art, nachdem das erste bereits abgeschrieben worden war. Sommaruga wies darauf hin, dass es gut wäre, wenn man sich bei Vorstössen, die ja in der Verwaltung immer auch Kosten auslösten, auch überlegen würde, ob ähnliche Anliegen vielleicht früher schon abgelehnt worden waren. Es wäre zudem gut, sich zu überlegen, ob immer alles wirklich so wichtig sei.

In aller Regel wirft die Gewährleistung der kantonalen Verfassungsänderungen nach Abstimmungen durch das nationale Parlament keine hohen Wellen. Aufgrund umstrittener Volksentscheide in den Kantonen Bern und Tessin herrschte aber in der Frühlingsession insbesondere im Nationalrat grosser Diskussionsbedarf. Im Kanton Bern hatte im November 2013 eine Initiative der jungen SVP, die ein Verbot von Einbürgerungen für Kriminelle, Sozialhilfeempfänger und Personen ohne Aufenthaltsbewilligung forderte, überraschend eine Mehrheit erhalten.
Im Kanton Tessin war im September 2013 ein kantonales Vermummungsverbot gutgeheissen worden, das Burka- und Niqabträgerinnen als Zielgruppe anvisierte. Der Bundesrat hatte in seiner Botschaft in beiden Fällen eine Gewährleistung empfohlen. Eine links-grüne Minderheit der SPK-NR argumentierte jedoch, dass die Verweigerung der Einbürgerung von Sozialhilfeempfängern eine Diskriminierung darstelle und ein generelles Verhüllungsverbot der Religionsfreiheit widerspreche und unverhältnismässig sei. In der Debatte erinnerte Bundesrätin Simonetta Sommaruga daran, dass die Aufgabe des eidgenössischen Parlaments lediglich sei, zu beruteilen, ob eine kantonale Verfassung bundesrechtskonform umgesetzt werden könne – und nicht, ob man mit der Änderung einverstanden sei oder diese gut finde. Der Bundesrat sei sowohl im Falle des Kantons Tessin als auch des Kantons Bern zum Schluss gekommen, dass eine sorgfältige Umsetzung der von der Mehrheit der kantonalen Bevölkerung angenommenen Verfassungsänderungen durchaus im Sinne des Bundesrechts möglich sei. Aus diesem Grund seien die kantonalen Verfassungen zu gewährleisten. Die beiden Minderheitenanträge wurden in der Folge mit 131 zu 42 Stimmen (bei 13 Enthaltungen) im Falle des Kantons Bern bzw. mit 117 zu 56 Stimmen (bei 12 Enthaltungen) im Falle des Kantons Tessin abgelehnt und alle Verfassungen gewährleistet.

Im Ständerat stand – neben den Verfassungsänderungen in den Kantonen Bern und Tessin – noch eine weitere kantonale Änderung im Fokus. Bei der Abstimmung vom November 2013 über die Aufnahme eines Verfahrens für eine Zusammenarbeit zwischen dem Kanton Jura und Gemeinden aus dem Berner Jura wurde im Kanton Jura ein neuer Verfassungsartikel angenommen, mit dem die Aufnahme eines Fusionsprozesses angestossen werden soll. Weil aber die Stimmbevölkerung im Berner Jura zeitgleich ein solches Verfahren ablehnte, wäre der Artikel in der jurassischen Verfassung eigentlich hinfällig. Die Frage war nun, ob ein solcher hinfälliger Artikel gewährleistet werden soll. Bundesrätin Simonetta Sommaruga legte in der ständerätlichen Beratung dar, dass die Gewährleistung formaljuristisch nicht daran gebunden sei, ob ein Artikel umgesetzt werde oder nicht, sondern lediglich bedeute, dass eine Änderung mit der Bundesverfassung konform sei. Die Tatsache, dass die Regierung des Kantons Jura in einem Schreiben signalisiert habe, dass dieser Artikel nicht zur Anwendung kommen werde, stehe einer Gewährleistung nicht im Wege. Anders als im Jahr 1977, als ein ähnlicher Artikel nicht gewährleistet worden war, gehe es im zur Diskussion stehenden Artikel ja nicht um die Idee, Berner Gebiete in das Gebiet des Kantons Jura einzubinden, sondern eben lediglich um den Anstoss eines Prozesses. Die Regierung des Kantons Jura habe deutlich signalisiert – unter anderem auch mit der Sistierung des jährlichen Berichts über die Wiederherstellung des Juras an das jurassische Parlament –, dass es den neuen Artikel als gegenstandslos betrachte und keine Ansprüche daraus ableite. Eine Nicht-Gewährleistung dieses Artikels, so Sommaruga weiter, käme einer Negierung des jurassischen Volkswillens gleich, für die es keine rechtliche Begründung gäbe. Auch im Ständerat wurden in der Folge alle Kantonsverfassungen gewährleistet. Keinen Anlass zu Diskussionen hatten die Verfassungsänderungen in den Kantonen Uri, Solothurn, Basel-Stadt, Basel-Landschaft, Appenzell Ausserrhoden, Appenzell Innerrhoden und Waadt gegeben.

Mit 68,2% war die Zustimmung zur Masseneinwanderungsinitiative im Kanton Tessin mit Abstand am höchsten. Das Resultat wurde mit der negativen Stimmung erklärt, die in der Südschweiz aufgrund des Grenzgängerphänomens herrschte. Lange Zeit hatte einzig die Lega mit dem Thema zu punkten versucht. Mittlerweile bezeichnete aber auch die Tessiner Regierung die Effekte der Personenfreizügigkeit für den Grenzkanton offen als vorwiegend negativ. Immer heftiger wurden die Themen Lohndumping, Arbeitsplatzverdrängung durch billige Grenzgänger oder Verkehrskollaps verursacht durch pendelnde Arbeitnehmer diskutiert. Bereits unmittelbar vor der Abstimmung über die Masseneinwanderungsinitiative hatte der Kanton Tessin eine Standesinitiative eingereicht, mit der er eine Kündigung des Grenzgängerabkommens mit Italien und eine Neuverhandlung des Doppelbesteuerungsabkommens mit dem Nachbarn im Süden gefordert hatte (Kt.Iv. 14.302). Mit zwei weiteren Standesinitiativen wollte der Südkanton den Druck nach der Annahme der Masseneinwanderungsinitiative aufrechterhalten. Erstens sollen Gebiete, die von der Personenfreizügigkeit besonders betroffen sind, einen Sonderstatus erhalten und die negativen Auswirkungen sollen im Finanzausgleich adäquat berücksichtigt werden (Kt.Iv. 14.303). Zweitens wurde gefordert, dass im Rahmen des Ausführungsgesetzes zur Masseneinwanderungsinitiative den Kantonen Autonomie zur Festlegung der Grenzgänger-Kontingente überlassen wird (Kt.Iv. 14.304). Im Ständerat, dem die drei Begehren als Erstrat zugeteilt wurden, stand deren Beratung 2014 noch aus. Die WAK des Ständerates anerkannte zwar die schwierige Situation im Tessin, die durch die Aufhebung des Franken-Mindestkurses hinsichtlich Arbeitsmarkt, Einkaufsverhalten, Tourismus und Exportindustrie noch einmal verschärft worden sei. Weil die Beratungen über die Umsetzung der Masseneinwanderungsinitiative aber im Gange seien, müsse der Kanton seine Position via die herkömmlichen Vernehmlassungsprozesse deutlich machen. Es sei nicht angebracht, hier einen parallelen Gesetzgebungsprozess anzustossen.
Ein Blitzbesuch von Bundesrätin Eveline Widmer-Schlumpf im Südkanton, die mit der Tessiner Regierung über die Probleme und das wuchtige Ja zur SVP-Initiative diskutierte, vermochte die Gemüter nur bedingt zu beruhigen. Lega-Anhänger pfiffen die Finanzministerin bei ihrer Ankunft aus. Bis im Juni hatten alle Bundesrätinnen und Bundesräte dem Kanton Tessin mindestens einmal mit einem Besuch die Referenz erwiesen und zu signalisieren versucht, dass die Regierung die Sorgen des südlichen Grenzkantons sehr ernst nehme. Die Phase der Unsicherheit bei der Umsetzung der Masseneinwanderungsinitiative bedinge einen engen Kontakt zwischen Bern und Bellinzona, gab Justizministerin Simonetta Sommaruga bei ihrem Besuch im Juni bekannt. Auch die im August im Kanton Tessin durchgeführte Botschafterkonferenz extra muros, bei der die Regierung jeweils in corpore anwesend ist, wurde als positive Geste gewertet.

Nach jahrelangen und zahlreichen, zähen Diskussionen und Verhandlungen über die nach wie vor nicht gelöste Jurafrage, legte die 1994 gegründete Assemblé Interjurassienne (AIJ) – die Tripartite Konferenz bestehend aus den beiden Kantonen Jura und Bern und einer Vertretung des Bundes – eine Absichtserklärung vor. Das in Anwesenheit von Bundesrätin Sommaruga und dem Präsidenten der AIJ, Dick Marty, verabschiedete Dokument sieht rund 40 Jahre nach der ersten Jura-Abstimmung ein neues Referendumsprozedere vor. Zwei Volksabstimmungen sollen gleichzeitig im Kanton Jura und im Berner Jura durchgeführt werden. Die Abstimmungsfrage lautet dabei, ob ein Verfahren für die Gründung eines neuen Kantons eingeleitet werden solle, der den jetzigen Kanton Jura und den französischsprachigen Teil des Kantons Bern umfassen soll. Im Kanton Jura soll diese Frage im Rahmen einer Verfassungsänderung beantwortet werden, während es sich im Berner Jura um eine Konsultativabstimmung handeln wird. Die Vereinbarung wurde möglich, nachdem die Berner Regierung in der von der Presse so betitelten „Moutierfrage“ eingelenkt hatte: Nach der ersten Abstimmungsrunde können die bernjurassischen Gemeinden innert zwei Jahren einzeln eine kommunale Abstimmung durchführen mit der sie – je nach Ausgang der ersten Abstimmung – einen Verbleib beim Kanton Bern oder aber einen Wechsel zum Kanton Jura beantragen können. Erwartet wird, dass der Berner Jura sich für den Verbleib im Kanton Bern aussprechen wird, die ziemlich separatistische Berner Gemeinde Moutier dann aber eine zweite kommunale Abstimmung einfordern könnte.