Insgesamt ergaben sich bei den Wahlen für kantonale Regierungen keine Veränderungen der parteipolitischen Zusammensetzung. Die Frauen befanden sich im Vormarsch und konnten erstmals in den Kantonen Basel-Stadt, Aargau und Obwalden in die Regierung einziehen. Damit besetzen in neun Kantonen (AG, BE, BS, FR, LU, OW, SO, SZ, ZH) Frauen je einen Regierungssitz.

Bei der Gesamterneuerungswahl der fünfköpfigen Aargauer Regierung, welche seit 1988 nicht mehr im selben Jahr wie die Parlamentswahlen stattfindet, kämpften sieben Kandidaten und eine Kandidatin um die Wählergunst. Die frei werdenden Sitze der zwei zurücktretenden Regierungsräte, Rickenbach (fdp) und Schmid (sp), liessen eine Konkurrenzsituation innerhalb der bürgerlichen Parteien entstehen, da die SVP einen zweiten Sitz forderte. Ausserdem stellte die Auto-Partei, welche über 13,2% Wähleranteil verfügt, National- und Grossrat Moser als Kampfkandidat gegen den sozialdemokratischen Bewerber auf, der den seit 1985 einzig verbliebenenen Sitz seiner Partei verteidigte. Im ersten Wahlgang schafften die drei Bisherigen Wertli (cvp), Siegrist (svp), Pfisterer (fdp) sowie Nationalrat Silvio Bircher (sp), Nachfolger für den bisherigen Erziehungsdirektor Schmid, das absolute Mehr. (Für Bircher rückte der 1991 abgewählte Zbinden in den Nationalrat nach.) Die hohe Stimmbeteiligung von 59,9% war unter anderem darauf zurückzuführen, dass die Wahlen gleichzeitig mit der Abstimmung über den Beitritt zum EWR stattfanden. Im zweiten Wahlgang gelang es der freisinnigen Kandidatin Stéphanie Mörikofer, den zweiten Sitz der FDP gegen die Bewerber der SVP und EVP sowie gegen den wild kandididierenden und von der Auto-Partei unterstützten Luzi Stamm (fdp) zu verteidigen. Die als erste Frau in die Aargauer Regierung gewählte Kandidatin distanzierte ihren Herausforderer aus der SVP mit über 14'000 Stimmen klar. Wie üblich in zweiten Wahlgängen fiel die Stimmbeteiligung mit 22% sehr gering aus.

Spannungslos und ohne Überraschungen verlief die Bestätigung der fünf bisherigen Regierungsräte im Kanton Schaffhausen, da weder Demissionen noch Kampfkandidaten angesagt waren. Ein besonderes Merkmal dieser Wahlen bestand in der Tatsache, dass die Mehrheit der Stimmzettel (über 58%) leer oder ungültig eingegeben wurde. Das beste Resultat erzielte Ernst Neukomm (sp). Die Beteiligung sank von 68,2% bei den letzten Wahlen auf 60,2%.

Von den zwölf Kandidaten für die siebenköpfige Schwyzer Regierung erreichten nur zwei im ersten Wahlgang bei einer Beteiligung von 38,4% das absolute Mehr: Landammann und Finanzdirektor Marty (cvp) und seine Parteikollegin Margrit Weber-Röllin. Der zweite Wahlgang brachte keine Änderung der seit 1944 geltenden "Zauberformel" für die parteipolitische Zusammensetzung (4 CVP, 2 FDP, 1 SP). Überraschend war aber, dass die beiden bisherigen Regierungsräte Bruhin (fdp) und Wyrsch (sp) hinter die drei Neuen, Kälin (cvp), Camenzind (fdp) und Inderbitzin (cvp) zu stehen kamen. Die Beteiligung betrug im zweiten Wahlgang lediglich 14,4%, was die niedrige Motivation der Bevölkerung angesichts der drei sich gegenseitig unterstützenden Regierungsparteien widerspiegelte. Die zwei grünen Kandidaten sowie jener der Demokratischen Autopartei stellten keine ernstzunehmende Konkurrenz dar.

An der Ausserrhoder Landsgemeinde wurde Ueli Widmer (fdp) als Ersatz für den altershalber zurücktretenden Hansjakob Niederer gewählt; der Gewählte ist mit 31 Jahren das jüngste Mitglied einer kantonalen Regierung.

Im Kanton Uri war die parteipolitische Zusammensetzung der Regierung (4 CVP, 2 FDP, 1 SP) auch nicht bestritten. Als Nachfolger für den zurücktretenden Land- und Forstwirtschaftsdirektor Zurfluh (cvp) wurde Martin Furrer gewählt. Die sechs bisherigen Regierungsräte wurden alle bestätigt. Das beste Resultat erreichte der neue Landammann Stadler. Zum ersten Mal gelang es der SP, den Landesstatthalter (Stellvertreter des Landammanns) in der Person von Alberik Ziegler zu stellen. Die Wahlbeteiligung lag bei 44,6%.

Für die siebenköpfige Regierung des Kantons Basel-Stadt, für die zwei Bisherige nicht mehr kandidierten, stellten sich insgesamt sechzehn Kandidaten und Kandidatinnen zur Verfügung. Im ersten Wahlgang wurden überraschend die beiden Neuen, Christoph Stutz (cvp), der Eugen Keller ersetzte, sowie Jörg Schild (fdp), Nachfolger von Kurt Jenny, gewählt. Im Amt bestätigt wurden Polizeidirektor Karl Schnyder (dsp) und Erziehungsdirektor Striebel (fdp). Die Tatsache, dass von fünf Bisherigen drei Regierungsräte in den zweiten Wahlgang steigen mussten, zeigte, wie umstritten die Politik der Basler Regierung in der letzten Legislaturperiode war. Der liberale Justizdirektor Facklam verzichtete in der Folge auf eine Teilnahme am zweiten Wahlgang und machte den Weg frei für seinen parteiinternen Herausforderer Ueli Vischer. Im zweiten Wahlgang (52,8% Beteiligung) schied der sozialdemokratische Sanitätsdirektor Gysin, welcher schon im ersten Durchgang erst an achter Stelle plaziert war, als überzählig aus und musste sein Mandat der Parteikollegin, VPOD-Sekretärin Veronica Schaller, überlassen, womit erstmals eine Frau in der Basler Regierung vertreten ist. Hinter Vischer und Schaller kam der bisherige Volkswirtschaftsdirektor Feldges (sp) an letzter Stelle zu stehen. Die parteipolitische Zusammensetzung blieb gleich wie in der letzten Legislaturperiode.

Alle sieben von den Sankt Galler Regierungsparteien CVP, FDP und SP in einem gemeinsamen Vorschlag portierten Kandidaten sind im ersten Wahlgang gewählt worden. Damit hat die seit über 60 Jahren geltende Zauberformel (drei CVP, drei FDP und ein SP) weitere vier Jahre Bestand. Die beiden Neugewählten, Walter Kägi (fdp) – Nachfolger von Willi Geiger – sowie der bisherige Grossratspräsident Peter Schönenberger (cvp), als Ersatz für Paul Gemperli gewählt, erreichten die Plätze drei und fünf. Obwohl die Auto-Partei bei den Parlamentswahlen sehr erfolgreich gewesen war, verzichtete sie darauf, einen eigenen Kandidaten aufzustellen. Die Wahlbeteiligung betrug nur 34,3%.

Die vor den Thurgauer Grossratswahlen stattfindende Wahl der Regierung brachte keine Anderung in der parteipolitischen Zusammensetzung. Für den altershalber zurücktretenden Erziehungs- und Gesundheitsdirektor Haffter (fdp) wurde der FDP-Fraktionspräsident im Grossen Rat, Hermann Lei, der als einziger kandidierte, gewählt. Damit übernahm zum dritten aufeinanderfolgenden Mal ein freisinniger Gemeindeammann von Weinfelden einen Regierungssitz. Die vier übrigen Räte, Bürgi und Fischer von der SVP, Schmidli (sp) sowie Stähelin (cvp) wurden alle bestätigt.

Bei den Freiburger Staatsratswahlen — welche infolge von vier Rücktritten besonders umstritten waren — erreichte von 21 Kandidatinnen und Kandidaten im ersten Wahlgang niemand das absolute Mehr. Am besten schnitten die Kandidaten der CVP ab, wobei aber die einzige Frau in einer Westschweizer Regierung, Baudirektorin Roselyne Crausaz (cvp), innerhalb ihrer Partei nur den fünften Platz belegte. In der Gesamtauswertung folgten auf die drei erstplazierten CVP-Vertreter der bisherige Justiz- und Polizeidirektor Raphael Rimaz (svp), der Neue Pierre Ecoffey (cvp) und erst auf dem sechsten Rang Crausaz. Der bisherige Finanzdirektor und Begründer der freiburgischen demokratisch-sozialen Partei, Félicien Morel, erreichte nur den siebten Rang, gefolgt von den Sozialdemokraten Pierre Aeby und Ruth Lüthi. Die Delegiertenversammlung der CVP entschied, dass nur die drei erstplazierten Kandidaten ihrer Partei zum zweiten Wahlgang antreten durften, womit die Bisherige Roselyne Crausaz ausschied.

Im zweiten Wahlgang musste die drittstärkste Partei im Kantonsparlament, die FDP, ihren einzigen Regierungssitz an die SP abtreten. Das beste Resultat erreichte der Vorsteher des Amtes für Wirtschaftsförderung, Michel Pittet (cvp); seine Parteikollegen Urs Schwaller und Augustin Macheret erreichten die Plätze vier und sechs. Auf dem zweiten und dritten Rang folgten Raphael Rimaz (svp) und Félicien Morel (dsp). Den Sozialdemokraten gelang es nach 1971 zum zweiten Mal, die FDP aus der Regierung zu verdrängen; die Kantonalparteipräsidentin Ruth Lüthi eroberte den siebten Platz in der Regierungssitzvergabe, während sich ihr Parteikollege Pierre Aeby als fünfter klassierte.

Als Nachfolger des auf Ende Jahr zurücktretenden Waadtländer Baudirektors Marcel Blanc (svp), der während dreizehn Jahren der Exekutive angehört hatte, wählten die Waadtländer Stimmberechtigten bei einer Beteiligung von 25,1 % den von der bürgerlichen Entente vaudoise vorgeschlagenen Pierre-François Veillon (svp) in die Regierung. Dieser distanzierte seine Konkurrentin, Nationalrätin Irène Gardiol Vodoz (gp), ganz klar; noch deutlicher abgeschlagen war der ohne die Unterstützung seiner eigenen Partei kandidierende Robert Rittener (sp).

Im Kanton Luzern kandidierten sämtliche bisherigen Regierungsräte erneut; ausser dem sozialdemokratischen Vertreter wurden alle im ersten Wahlgang wiedergewählt. Justizdirektor Paul Huber (sp) wurde in stiller Wahl bestätigt, nachdem die Sprengkandidaten Thomas Röösli (gb) und Laura Gallati (Unabhängige Frauenliste) für den zweiten Wahlgang nicht mehr kandidierten.

Bei der Wahl in die Tessiner Kantonsregierung, welche nach dem Proporzsystem durchgeführt wird, fand zwar keine erdrutschartige Verschiebung wie bei den Grossratswahlen statt, aber die Sozialdemokraten mussten ihren seit 69 Jahren gehaltenen Sitz an die CVP abtreten, welche ihrerseits durch den bisherigen Renzo Respini und den neuen Alex Pedrazzini wieder mit zwei Räten vertreten ist. Die parteipolitische Konstellation der seit 1922 geltenden Zauberformel (2 FDP, 2 CVP, 1 SP), welche 1987 durch den PSU durchbrochen wurde, ist damit wiederhergestellt, mit dem Unterschied, dass die sozialdemokratische Abspaltung mit dem 1987 gewählten Pietro Martinelli und nicht die SP selbst den Regierungssitz inne hat. Im Gegensatz zu den letzten Wahlen erhielt die SP mit ihrem bisherigen Regierungsrat Rossano Bervini diesmal keine Unterstützung von den bürgerlichen Parteien.

Bei den letzten Regierungswahlen hatte unter anderem auch das Wahlgesetz den Christlichdemokraten ein Bein gestellt: Um den ersten Sitz zu bekommen, mussten damals 20% der Stimmen erreicht werden, für den zweiten wurden die besten Restresultate gezählt; mit dem Restresultat von 10% blieb die CVP damals für die Zuteilung ihres zweiten Sitzes knapp hinter PST und PSU zurück. In der vergangenen Legislaturperiode war dann auf Initiative der CVP das Wahlgesetz zugunsten der grossen Parteien geändert worden.

Die Rückeroberung des vor 28 Jahren an die CVP verlorenen zweiten sozialdemokratischen Sitzes auf Kosten der SVP war das zentrale Ereignis der Zürcher Regierungsratswahlen. Anstelle des zurückgetretenen Jakob Stucki (svp) schaffte Moritz Leuenberger (sp) den Ratseintritt an fünfter Stelle. Ein spannendes Kopf-an-Kopf-Rennen entwickelte sich zwischen dem neuen Kandidaten der SVP, Grossratspräsident Ueli Maurer, und dem vom LdU abgesprungenen Erziehungsdirektor Alfred Gilgen, der schliesslich mit über 1500 Stimmen Vorsprung das Rennen gewann. Als Ersatz für den abgetretenen Hans Künzi (fdp) trat der Unternehmer Ernst Homberger (fdp) in die Regierung ein. Am meisten Stimmen erzielte Baudirektor Eric Honegger (fdp), der damit die Spitzenreiterin der letzten Wahlen, Justizdirektorin Hedi Lang (sp), überholte. Der Kandidat des LdU, Roland Wiederkehr, plazierte sich an letzter Stelle, ohne das absolute Mehr zu erreichen. Verena Diener (gp) erreichte zwar das absolute Mehr, schied aber als überzählig aus.

Bei den Baselbieter Regierungsratswahlen hat die CVP, welche seit 55 Jahren in der Regierung vertreten war, eine Allianz mit der FDP und der SVP ausgeschlagen, und büsste ihren Sitz zugunsten der FDP ein. Letztere ist somit wieder mit zwei Sitzen vertreten, nachdem sie in einer Ersatzwahl vor zwei Jahren ein Mandat an die SP verloren hatte. Der freisinnige Herausforderer Andreas Koellreuter übertraf sogar den bisherigen Sanitätsdirektor Werner Spitteler (svp) um 6'000 Stimmen. Dieser konnte sich mit ca. 2'000 Stimmen Vorsprung vor dem Christlichdemokraten Max Kamber, welcher als überzählig ausschied, plazieren. Die einzige Regierungsratskandidatin, Dorothee Widmer von der GP – drei Parteigruppierungen traten vereint als "Grünes Baselbiet" an – und Peter Brunner von den SD blieben chancenlos. Baudirektor Edi Belser (sp), der als Beirat der Widerstandsorganisation P-27 in die Schlagzeilen geraten war, erreichte das beste Resultat.

Die Wahlen für die Zuger Regierung lösten die seit 1982 geltende parteipolitische Zusammensetzung von je drei FDP- und CVP-Vertretern und einem Sozialdemokraten auf. Ein Vertreter der äussersten Linken, Hanspeter Uster von der Sozialistisch-Grünen Alternative (SGA), welche mit vier Sitzen im 80köpfigen Parlament vertreten ist, konnte dank der Listenverbindung mit der SP und dem in Zug für die Wahl des Regierungsrats angewendeten Proporzsystem einen Regierungssitz auf Kosten der FDP erobern. Zug ist damit der einzige Deutschschweizer Kanton mit einer grünen Regierungsbeteiligung.

Die jurassischen Regierungsratswahlen brachten mit der Kandidatur von Odile Montavon des "Combat socialiste" sehr viel Spannung auf die politische Bühne. Montavon kam im ersten Wahlgang für den fünfköpfigen Regierungsrat an vierter Stelle zu stehen. Damit konnte sie sich mit einem Vorsprung von über 1200 Stimmen vor den bisherigen Ministern François Mertenat (sp) und Pierre Beuret (csp) plazieren. Im Kantonshauptort Delémont figurierte sie gar an der Spitze aller Kandidatinnen und Kandidaten. Als einziger erreichte François Lachat (cvp) das absolute Mehr und war somit im ersten Wahlgang gewählt. Vor dem zweiten Wahlgang entzog dann allerdings die SP Montavon die Unterstützung, um allein auf den eigenen Kandidaten Mertenat zu setzen. Auf der anderen Seite unterstützten sich die beiden christlichen Parteien gegenseitig und riefen zu Wahldisziplin zugunsten der eigenen Kandidaten auf. Die Aussenseiterin Montavon blieb ohne sozialdemokratische Unterstützung hinter den vier Bisherigen zurück. Die Regierungszusammensetzung blieb damit personell und parteipolitisch unverändert; ausser Gaston Brahier (fdp, seit 1986) sind alle Minister seit Bestehen des Kantons im Amt.

Auch an der Obwaldner Landsgemeinde konnten sich die Kampfkandidaturen der Unabhängigen und der Frauen nicht durchsetzen. Im Ausscheidungsverfahren gewann Josef Nigg (cvp) in einem ersten Durchgang die Wahl gegen sämtliche Gegenkandidaten von CSP, den Unabhängigen und die einzige Frau, Trudy Abächerli (fdp). Im zweiten Durchgang setzte sich Hans Hofer (csp) gegen die verbliebenen Kandidaten durch, wobei die Endausmarchung gegen den Unabhängigen Bruno Santini relativ knapp ausfiel. Zwei Tage nach der Landsgemeinde wurde allerdings ein Formfehler in Bezug auf das Ausscheidungsverfahren im zweiten Durchgang entdeckt. Deshalb musste die Wahl Hans Hofers an einer zweiten Landsgemeinde wiederholt werden, obwohl sich die übrigen Kandidaten und die einzige Kandidatin nicht mehr zur Wahl stellten. Insgesamt hat die CVP die absolute Mehrheit zurückgewonnen, die Schwesterpartei CSP konnte ihren Regierungssitz halten, die FDP hielt ihre zwei Sitze (der 1989 zurückgetretene Hans Hess war parteilos).

Die SVP und die FDP hatten in Bern die Lehren aus der Niederlage von 1986, als die Freisinnigen von den Grünen aus der Regierung verdrängt wurden, gezogen und traten wieder mit einer gemeinsamen Liste an. Dank dieser Blockbildung eroberten sie die Mehrheit in der Regierung zurück. Die vor vier Jahren überraschend gewählten Leni Robert und Benjamin Hofstetter von der zur Grünen Partei gehörenden Freien Liste blieben in der Wahl zu der von neun auf sieben Mitglieder verkleinerten Regierung auf der Strecke. Klar wiedergewählt wurden die drei bisherigen SVP-Vertreter, Peter Schmid, Peter Siegenthaler und Ueli Augsburger, ebenso René Bärtschi (sp). Es folgten die Neuen Peter Widmer (fdp), Hermann Fehr (sp) und Mario Annoni (fdp, Berner Jura). Damit entsprechen sich im Kanton Bern die politischen Mehrheitsverhältnisse in Regierung und Parlament wieder. Eine unmittelbar nach der Wahl durchgeführte Umfrage zeigte, dass vornehmlich über 40jährige und überdurchschnittlich viele Männer aus ländlichen Gebieten die bürgerliche Fünferliste unterstützt haben. Die Jüngeren, die Frauen und die Stadtbevölkerung haben gemäss Umfrage hingegen mehrheitlich den rot-grünen Block gewählt. Aus dieser Studie ging im weitern deutlich hervor, dass die Regierungsratswahlen trotz des Majorzsystems nicht primär Persönlichkeitswahlen waren, sondern dass sich die meisten Wählenden für einen der beiden Blöcke entschieden. Der Stimmenaustausch über die Blockgrenzen hinweg blieb gemäss der Umfrage relativ gering, aber nicht unbedeutend: Von den Bürgerlichen erhielt Widmer, vom links-grünen Block Bärtschi am meisten Unterstützung aus dem gegnerischen Lager. Auch der knapp vor der Bisherigen Leni Robert liegende Fehr (sp) profitierte von Zusatzstimmen der FDP-Sympathisanten.

An der Nidwaldner Landsgemeinde in Wil bei Stans wurde der Regierungsrat in derselben parteipolitischen Zusammensetzung gewählt wie bisher: Er bleibt ein rein bürgerliches Organ bestehend aus fünf CVP- und vier FDP-Mitgliedern. Neu wurden die beiden Christlichdemokraten Viktor Furrer und Ferdinand Keiser sowie der Freisinnige Werner Keller in die Regierung gewählt. Die beiden Kampfkandidaten des "Demokratischen Nidwalden" blieben erfolglos. Im übrigen lehnten die rund 7000 Teilnehmer an der Landsgemeinde die Vorlage des Landrates zur Reduktion der Zahl der Regierungsmitglieder von neun auf sieben ab. Die Vorlage war nur von der FDP unterstützt, aber auch vom Gesamtregierungsrat zur Annahme empfohlen worden.

Die Ausserrhoder Landsgemeinde in Trogen, erstmals mit Frauenbeteiligung, wählte in einem spannenden Ausscheidungskampf Ernst Graf (fdp) als Nachfolger für Hans Mettler (fdp) in die Regierung. Er hatte überraschend starke Konkurrenz von der parteilosen Elisabeth Eschler erhalten. Als neuer Landammann wurde Hans Höhener (fdp) gewählt.

An der Innerrhoder Landsgemeinde wurden Walter Bischofberger und Alfred Wild als Ersatz für die zurücktretenden Paul Zeller und Hans Breu gewählt. Die Frage der Reduktion der Standeskommission (Exekutive) von neun auf sieben Mitglieder wurde an der Landsgemeinde nicht vorgebracht, nachdem der Grosse Rat sich gegen die Vorlage ausgesprochen hatte.

Bei den Glarner Regierungsratswahlen, welche immer vor den Landratswahlen und vor der Landsgemeinde stattfinden, wurden bei einer Stimmbeteiligung von 51% für die zurückgetretenen Emil Fischli (cvp) und Martin Brunner (sp) die Kandidaten Rudolf Gisler (cvp) und Werner Marti (sp) gewählt. Ein zweiter sozialdemokratischer Kandidat erreichte zwar ebenfalls das absolute Mehr, schied aber als überzählig aus der Wahl. Zwei parteilose Kandidaten erlangten das absolute Mehr nicht. Die bisherigen Regierungsräte wurden alle bestätigt.

Die im Gegensatz zum Parlament alle vier Jahre stattfindenden Wahlen für die Regierung des Kantons Graubünden endeten mit einem bürgerlichen Wahlsieg: Die SP, welche seit 1971 keinen Regierungsrat mehr stellen konnte, schaffte den Einzug — als Ersatz für den aufgrund der Amtszeitbeschränkung auf zwölf Jahre zurücktretenden freisinnigen Reto Mengiardi — nicht. Im ersten Wahlgang erreichten nur drei der vier bisherigen Regierungsräte das absolute Mehr. Am besten schnitt der Vorsteher des Erziehungs-, Kultur- und Umweltschutzdepartementes, Joachim Caluori (cvp), ab; ihm folgten die beiden SVP-Vertreter Christoffel Brändli und Luzi Bärtsch. Im zweiten Wahlgang wurden der Bisherige Aluis Maissen (cvp) sowie der neu antretende Kandidat der FDP, Peter Aliesch, gewählt. Für seinen sozialdemokratischen Herausforderer, Martin Jäger, wurde die erst für den zweiten Wahlgang eingereichte Kandidatur des Vertreters der Demokratisch-sozialen Partei, Schimun Vonmoos, zu einem zusätzlichen Hindernis: Jäger musste sich mit nur knapp 500 Stimmen mehr als im ersten Wahlgang begnügen, womit er über 4500 Stimmen weniger als Aliesch erhielt.

Die bürgerliche "Entente" hat im Kanton Waadt die Regierungsratswahlen zu ihren Gunsten entschieden. Die parteipolitische Zusammensetzung der Exekutive blieb genau gleich wie in der letzten Legislaturperiode; für den zurückgetretenen Jean-François Leuba (lp) wurde Claude Ruey gewählt. Die Hoffnung der Sozialdemokraten, einen zweiten Wahlgang erzwingen zu können, blieb unerfüllt. Alle fünf bürgerlichen Kandidaten der Entente vaudoise erreichten dank der Blockbildung schon im ersten Wahlgang das absolute Mehr. Hingegen schafften die beiden sozialdemokratischen Regierungsräte Daniel Schmutz und Pierre Duvoisin im ersten Wahlgang das absolute Mehr nicht. Da die restlichen Kandidatinnen und Kandidaten, welche im ersten Wahlgang deutlich weniger Stimmen als die beiden Sozialdemokraten erzielt hatten, auf eine Stichwahl verzichteten, wurden diese in stiller Wahl als bestätigt erklärt.