En mars 2020 lors de l'élection complémentaire, la socialiste Rosalie Beuret Siess privait le PDC de son second siège à l'exécutif jurassien. Pour le reconquérir à l'élection générale à l'automne, le parti a présenté Stéphane Babey aux côtés du ministre sortant Martial Courtet. Les autres conseillers d'Etat – David Eray (pcsi) et Jacques Gerber (plr) – ont fait cavaliers seuls. Le PS a présenté Nathalie Barthoulot et Rosalie Beuret Siess. D'autres partis convoitaient l'un des cinq sièges au gouvernement cantonal: l'UDC avec Brigitte Favre et Didier Spies, les Verts avec Céline Robert-Charrue Linder et Vincent Schmitt, les Vert'libéraux avec Emilie Moreau et Alain Beuret, le CS-POP et Gauche en mouvement avec Francisco Pires. Sur les 13 candidat.e.s, quatre provenaient du district de Porrentruy, quatre des Franches-Montagnes et cinq du district de Delémont. En pleine crise sanitaire liée au Covid-19, les candidat.e.s ont dû trouver des alternatives aux traditionnelles manifestations pour rencontrer et convaincre l'électorat. Le PS comptait profiter de la mise en évidence par la crise de plusieurs de ses thèmes centraux (assurances sociales, solidarité, etc.) pour assurer ses deux sièges au gouvernement. Tant la récente section cantonale des Vert'libéraux, que les Verts espéraient percer dans le Jura après la vague verte lors des dernières élections fédérales.
Avec une participation de 47.5 pourcent au premier tour, personne n'a atteint la majorité absolue. Martial Courtet est arrivé en tête avec 11'416 voix, suivi par par Nathalie Barthoulot (11'401 voix), Rosalie Beuret Siess (11'135), Jacques Gerber (11'008), Stéphane Babey (7'721), David Eray (6'987), Céline Robert-Charrue Linder (3'662), Vincent Schmitt (3'152), Didier Spies (2'898), Brigitte Favre (2'711), Emilie Moreau (2'705), Francisco Pires (2'232) et Alain Beuret (1'977).

Critiqué pour sa gestion de dossiers et devancé par le PDC Stéphane Babey, David Eray a insisté, entre les deux tours, sur l'appartenance régionale pour essayer de sauver son siège – comme le district des Franches-Montagnes risquait de ne plus être représenté au gouvernement. Le PS et les Verts ont mutuellement soutenu leurs candidates pour le second tour – les deux conseillères d'Etat socialistes et la verte Céline Robert-Charrue Linder. Au vu du score de Stéphane Babey au premier tour et du nombre de sièges obtenus au Parlement cantonal, le PDC a maintenu le double ticket; pour le PLR, Jacques Gerber restait en course. Lors du deuxième tour, c'est l'ensemble du collège sortant qui a été réélu avec une participation de 45.7%. Jacques Gerber a devancé de 10 voix Martial Courtet qui a récolté 12'805 suffrages, viennent-ensuite les socialistes Nathalie Barthoulot (11'851voix) et Rosalie Beuret Siess (11'647). David Eray pourra briguer un mandat supplémentaire avec ses 10'413 suffrages. Le PDC n'a donc pas réussi à récupérer le siège autrefois occupé par Charles Juillard, les 9'584 voix de Stéphane Babey n'ayant pas suffi. Céline Robert-Charrue Linder a, quant à elle, enregistré un score de 6'076 voix.

En octobre dernier, Charles Juillard (pdc, JU) a été élu au Conseil des Etats. Pour le remplacer, une élection complémentaire a été organisée, six mois avant le renouvellement complet du gouvernement jurassien. Afin de conserver son siège, le PDC a présenté l'ancienne sénatrice Anne Seydoux-Christe. Le Parti socialiste a, quant à lui, lancé Rosalie Beuret Siess dans la course. Etant devenu la première force politique du canton au détriment du PDC lors des élections fédérales, il réclamait un second siège au gouvernement. L'UDC – qui ne souhaitait pas que le siège revienne à une «femme de gauche» comme l'a indiqué le président de l'UDC jurassienne – a proposé Romain Schaer. Conscient de ses faibles chances face à une double candidature féminine issue des partis les plus importants dan le canton, l'UDC a toutefois saisi l'opportunité de se profiler en vue des prochaines élections cantonales.
Durant la campagne, les événements se sont faits rares, mais les prétendantes et prétendants ont toutefois eu l'occasion de débattre sur le climat, la dotation de conseillers personnels pour les ministres, le programme d'économies et répondre aux questions des étudiantes et étudiants de l'école de commerce. Le Parti chrétien-social indépendant du Jura (PCSI Jura) s'est exprimé en faveur de la candidate PDC, pour un maintien de l'équilibre actuel des forces, dans la perspective d'une future réélection de son ministre à l'automne, David Eray. Le PLR a aussi recommandé Anne Seydoux-Christe, mais également Romain Schaer. L'ajoulote Rosalie Beuret Siess a pu compter sur le soutien des Verts, du CS-POP et de syndicats. Concitoyenne de Charles Juillard, le doute planait quant aux votes des PDC de l'Ajoie. Les partisanes et partisans du principal fief du PDC allaient-ils soutenir leur parti ou leur région?

Au premier tour, le 9 février 2020, la socialiste est arrivée en tête avec 9'367 voix (41.5% des suffrages), suivie par Anne Seydoux-Christe avec 8'547 voix (37.9%) et Romain Schaer avec 4'657 voix (20.6%). Avec un retard de 820 voix, Anne Seydoux-Christe ne récoltera pas autant de voix qu'espérées dans le district de Porrentruy.
Au second tour, la participation est passée de 40.3% à 38.9%. Rosalie Beuret Siess remportera finalement le siège vacant avec 10'486 voix (46.9%). Anne Seydoux-Christe totalisera 8'491 voix (37.9%) et Romain Schaer 3'379 (15.1%). La socialiste est notamment arrivée en tête dans sa région de l'Ajoie. Avec un second siège socialiste, l'exécutif bascule ainsi à gauche. Pour la première fois, il se compose de deux femmes et ne compte plus qu'un seul représentant du PDC. Reste à savoir si la formule 2 PS, 1 PLR, 1 PDC et 1 PCSI sera confirmée dans les urnes le 18 octobre 2020, lors des élections cantonales.