Les cinq membres du gouvernement cantonal de Schaffhouse devaient être, tout comme le parlement cantonal, réélus cette année. Deux des anciens conseillers d'Etat ne se sont pas représentés, à savoir Reto Dubach (plr) et la socialiste Ursula Hafner-Wipf. Christian Amsler (plr), Ernst Landolt (udc) et Rosmarie Widmer Gysel (udc), quant à eux, étaient en course pour un mandat supplémentaire. A côté de ces candidatures, six autres personnes se sont portées candidates. Martin Kessler (plr), les socialistes Walter Vogelsanger et Kurt Zubler, les candidates de la liste alternative Linda De Ventura et Susi Stühlinger, ainsi que Jürg Biedermann (mouvement éco-libéral).
La liste alternative souhaitait affaiblir la majorité bourgeoise présente au gouvernement cantonal, bien qu'elle n'avait peu de chance d'obtenir un siège, sachant que le PS souhaitait maintenir son siège laissé vacant. Le mouvement éco-libéral voulait faire un retour au gouvernement après avoir été évincé en 2004 au profit de l'UDC. Cependant, Jürg Biedermann est très peu connu. Concernant les partis déjà membres du gouvernement, le PLR et le PS voulaient chacun maintenir leur siège laissé vacant. Le PS visait même un second siège, qui a été perdu en 2000 au profit du PLR. Ses candidats, Walter Vogelsanger et Kurt Zubler s'étaient présentés aux élections fédérales, le premier pour le Conseil des états, le second pour le Conseil national. L'obtention d’un deuxième siège au gouvernement pour le PS n’était pas certaine. En effet, si nous regardons la composition du parlement, les 3/5 sont issus du camps bourgeois; le reste représente le camps rouge-vert. Quant au PLR, aux côtés de son conseiller d'Etat Christian Amsler, il proposait Martin Kessler pour remplacer Reto Dubach. Pour l'UDC, il ne présenta finalement que deux candidats au lieu de trois. Il souhaitait avoir trois candidats pour assurer la majorité bourgeoise au sein du gouvernement cantonal. Lors d'une soirée organisée avec tous les candidats, plusieurs thèmes liés à l'actualité du canton ont été discutés, comme par exemples la fusion des communes ou le développement des énergies renouvelables. Au niveau des recommandations, le PDC Schaffhouse soutenait les candidats du PLR. Le Parti évangélique était lui en faveur du Parti socialiste, afin de faire bloc contre les bourgeois. L’Union démocratique fédérale recommandait d’élire les candidats UDC et PLR au gouvernement.
Avec une participation de 59.1% et une majorité absolue de 9'412 voix, les trois anciens membres du gouvernement ont été élus avec le plus de voix, Ernst Landolt avec 15'451 voix, Christian Amsler avec 14'858 voix et Rosmarie Widmer Gysel avec 13'915 voix. Suivent deux nouveaux, Martin Kessler avec 12'106 voix et le socialiste Walter Vogelsanger avec 11'373 voix. Le candidat Kurt Zubler a également obtenu la majorité absolue, plus aucun siège n’était cependant disponible. Linda De Ventura a eu 4'731 voix, suivi par Susi Stühlinger avec 3'960 voix. Jürg Bierdemann est arrivé en dernière position avec 3'884 voix. Le gouvernement garde la même composition qu’auparavant et se trouve donc toujours en main bourgeoise. Fait exceptionnel et non souhaité, les villes de Schaffhouse et Neuhausen ne sont plus représentées à l’exécutif, alors qu'elles comptabilisent à elles seules la moitié de la population. Les trois candidats sortants viennent de communes rurales, les deux nouveaux sont issus de la campagne. Le candidat Kurt Zubler, aurait, s'il avait été élu, représenté la ville de Schaffhouse.

Bereits Anfang Jahr war klar, dass alle fünf aktiven Schaffhauser Regierungsratsmitglieder wieder zur Wahl antreten würden. Einzig Ursula Hafner-Wipf (sp) bedingte sich längere Bedenkzeit aus, da sie während der nächsten, also ihrer dritten Legislatur das Pensionsalter erreichen werde. Letztlich entschied sich die Sozialdemokraten aber genau wie ihre langjährige Amtskollegin Rosmarie Widmer Gysel (svp, gewählt 2004) und ihre Amtskollegen Christian Amsler (fdp, gewählt 2009), Reto Dubach (fdp, gewählt 2007) und Ernst Landolt (svp, gewählt 2010) für eine erneute Kandidatur. Trotzdem war die Konstellation eine andere als vor vier Jahren, als ebenfalls alle amtierenden Regierungsrätinnen und -räte erneut kandidierten und ohne Gegenkandidaturen bestätigt wurden. Für den Unterschied sorgte erstens die SP, die neben Hafner-Wipf eine Kampfkandidatur ins Rennen schickte. Die SP habe mit einem Wähleranteil von fast 40 Prozent einen berechtigten Anspruch auf einen zweiten Sitz in der bürgerlich dominierten Regierung, wurde argumentiert. Die Sozialdemokraten hatten bei den Wahlen 2000 ihren zweiten Sitz in der Exekutive verloren und schickten mit Kantonsrat Werner Bächtold just jenen Kandidaten ins Rennen, der bei Ersatzwahlen 2009 Christian Amsler (fdp) unterlegen war. Der zweite Grund für Spannungen im Vorfeld der Gesamterneuerungswahl von 2013 war die letzte Ersatzwahl 2010. Damals hatte zwar die Alternative Liste keine Chance gegen Ernst Landolt (svp), die zahlreichen Leerstimmen, die für das absolute Mehr im Kanton Schaffhausen nicht berücksichtigt werden, wurden aber als grosses Misstrauensvotum gegen die politische Elite interpretiert. Drittens sorgte das Entlastungspaket, das aufgrund von roten Zahlen hatte geschnürt werden müssen sowie die trotzdem geplanten Investitionen in den Nahverkehr, ein Polizei- und Sicherheitszentrum und ein neues Spital für Unmut und Diskussionen. Zudem stand Bildungsdirektor Amsler in der Kritik, die sich in einem Streik durch die Lehrerschaft und durch eine Niederlage bei der Abstimmung um Schulleiterinnen manifestierte. Die Frage war also, ob die Wahlbürgerschaft die bürgerliche Dominanz (2 FDP, 2 SVP, 1 SP) aufweichen würden. Die SP machte keinen Hehl daraus, dass sie einen der beiden FDP-Sitze angreifen wollte und begründete dies auch mit den Resultaten der Nationalratswahlen 2011: während sie – wie die SVP auch – an Wähleranteilen zulegen konnte (34,6%), habe die FDP, die mehr als die Hälfte ihrer Wählerinnen verloren hatte (12,3%), auch rechnerisch keinen Anspruch mehr auf zwei Regierungsratssitze. Die SVP und die FDP verzichteten auf gemeinsame Aktionen.

Bei den Wahlen übersprangen alle sechs Kandidierenden die Hürde des absoluten Mehrs (8'026 Stimmen). Als überzählig ausscheiden musste aber der Herausforderer: Bächtold hatte mit 8'989 Stimmen deutlich weniger Unterstützung erhalten, als die amtierenden Rätinnen und Räte Christian Amsler (14'870 Stimmen), Ernst Landolt (14'525 Stimmen), Reto Dubach (13'745 Stimmen), Ursula Hafner-Wipf (12'149 Stimmen) und Rosmarie Widmer-Gysel (12'001 Stimmen). Das Wahlresultat wurde als Auftrag an die bestehende Regierung in einer schwierigen Phase gedeutet. Allerdings wurde aufgrund des Altersschnitts in der Regierung – vier der fünf Räte werden per Ende der Legislatur älter als 60 sein – Veränderungen bereits vor der nächsten Gesamterneuerungswahl vermutet. Die SP wertete die Niederlage nicht als negatives Vorzeichen für die vier Wochen später anstehenden Kantonsratswahlen. Die Abwahl von Bisherigen sei immer ein sehr schwieriges Unterfangen. Die Stimmbeteiligung lag bei 55,8%.

Bei den Regierungsratswahlen im Kanton Schaffhausen traten alle bisherigen Mitglieder der Exekutive erneut an: Rosmarie Widmer Gysel (svp), Erhard Meister (svp), Heinz Albicker (fdp), Reto Dubach (fdp) und Ursula Hafner-Wipf (sp). Die SP entschied sich gegen eine Zweierkandidatur, weil sie die Chancen für die Eroberung eines zweiten Sitzes als zu gering einschätzte. Da nur die fünf Bisherigen zur Wahl antraten, war deren *Wiederwahl unumstritten. Die Regierung wurde bei einer Stimmbeteiligung von 56,6% im Amt bestätigt. Die Stimmenzahlen der Regierungsmitglieder lagen sehr nahe beieinander: Zwischen dem Erstplatzierten Erhard Meister (svp) und der Letztplatzierten Rosmarie Widmer Gysel (svp) lagen weniger als 100 Stimmen.

Bei den Gesamterneuerungswahlen in sechs Kantonen (AR, BL, LU, TI, VD und ZH) kam es zu keinen wesentlichen Verschiebungen der Machtverhältnisse zwischen den Parteien. Die Linke scheiterte im Kanton Waadt mit ihrem Versuch, die Mehrheit im Staatsrat zu erringen, die Parteizusammensetzung der Regierung blieb gleich wie vorher (2 FDP, 2 SP, 1 LP, 1 SVP, 1 GP). Im Kanton Basel-Landschaft hatten die linken Parteien ebenfalls auf einen Sitzgewinn gehofft, erreichten dieses Ziel aber trotz einer guten Ausgangslage mit zwei bürgerlichen Vakanzen nicht, es blieb bei der bisherigen Zusammensetzung der Regierung (2 FDP, 1 SP, 1 CVP, 1 SVP). Im Kanton Zürich gab es einen Erfolg für FDP und SVP mit der Rückeroberung des zweiten SVP-Regierungsratssitzes, die Grünliberalen verloren ihren Sitz. Damit setzt sich die Regierung neu nach der Formel 2 SVP, 2 FDP, 2 SP, 1 CVP zusammen. Im Tessin blieb die Vertretung der Parteien im Staatsrat gleich, die Ambitionen von SP und CVP, den Lega-Sitz zu erringen, erfüllten sich nicht. Eine leichte Änderung in der politischen Ausrichtung der Tessiner Regierung gab es aber dadurch, dass die rechtsfreisinnige Marina Masoni durch die an der Mitte orientierte Laura Sadis (fdp) ersetzt wurde. In Appenzell Ausserrhoden kam es zu keiner Änderung der parteipolitischen Zusammensetzung der Regierung. In Luzern dagegen wurde Daniel Bühlmann, der Vertreter der SVP, durch den Parteilosen Marcel Schwerzmann ersetzt. Bei den Ersatzwahlen im Kanton Schaffhausen wurde mit der Wahl von Reto Dubach (fdp) der Status quo erhalten.

Die SVP holte im Kanton Zürich einen zusätzlichen Regierungssitz, die Grünliberalen mussten ihren Sitz abgeben. Der Sitzgewinn für die SVP in Zürich steht jedoch einem Sitzverlust in Luzern gegenüber, womit die Gesamtzahl der SVP-Regierungsmitglieder gleich blieb. Die FDP konnte dort, wo sie unter Druck war, vor allem im Kanton Waadt, ihre Regierungssitze erfolgreich gegen die Angriffe der Linken verteidigen. Ähnlich die CVP: Ihr Sitz schien in Baselland gefährdet, wurde jedoch letztlich ohne grössere Schwierigkeiten gerettet. Die SP konnte ihren Besitzstand wahren, scheiterte jedoch mit ihren Versuchen, zusätzliche Sitze von den bürgerlichen Parteien zu erobern. Die Grünen konnten ihre Vertretung in kantonalen Regierungen ebenfalls nicht ausbauen.

Geprägt waren die Wahlen in kantonale Regierungen durch diverse Affären, die für Spannung sorgten. Die ‚Fälle’ Masoni (fdp, TI), Bühlmann (svp, LU) und Pegoraro (fdp, BL) beeinflussten die Wahlkämpfe im Tessin, in Luzern und in Baselland. Die Tessiner Finanzdirektorin und der Luzerner Finanzdirektor strauchelten als Folge der Affären, in die sie verwickelt waren, bei den Wahlen. Hingegen schaffte Sabine Pegoraro (fdp), deren Mann wegen Urkundenfälschung und ungetreuer Geschäftsbesorgung verurteilt worden war, im Kanton Basel-Landschaft die Wiederwahl in die Regierung.

Die Frauen konnten ihren Anteil in den kantonalen Regierungen nicht ganz halten. Insgesamt waren Ende 2007 zwei Frauen weniger in kantonalen Regierungen vertreten als ein Jahr zuvor. Dies, weil im Kanton Zürich die Frauenmehrheit in der Regierung endete, da Verena Diener (glp) nicht durch eine Frau ersetzt wurde, und in Baselland die zurücktretende Elsbeth Schneider-Kenel (cvp) in Peter Zwick (cvp) ebenfalls einen männlichen Nachfolger fand. Ende 2007 hatten die Frauen damit 30 von 156 Sitzen in kantonalen Regierungen inne.