L'élection du gouvernement fribourgeois s’est déroulée en parallèle de celle du Grand Conseil. Sur le sept membres sortants, Erwin Jutzet (FR, ps) et Beat Vonlanthen (FR, pdc) ne se sont pas représentés. Comme raison, le candidat PDC a évoqué son mandat au Conseil des Etats et Erwin Jutzet son âge avancé ainsi que le besoin de «passer le témoin aux plus jeunes». Pour la première fois, et uniquement pour le premier tour, s'est constituée une liste bourgeoise regroupant six candidats de l'UDC, du PDC et du PLR en vue d'obtenir un cinquième siège au gouvernement. Olivier Curty (FR, pdc), les candidats PDC sortants Georges Godel (FR, pdc) et Jean-Pierre Siggen (FR, pdc), Peter Wüthrich (FR, plr) et Maurice Ropraz (FR, plr), également membres du gouvernement précédent, ainsi que Stéphane Peiry (FR, udc) figuraient sur cette liste. L’UDC espérait revenir au gouvernement après avoir été évincée en 1996. Bien que son candidat était très estimé et respecté par les deux autres partis, le principal problème de l'UDC demeurait sa difficulté à rassembler des voix hors de son électorat, voix nécessaires afin de pouvoir siéger dans un gouvernement élu selon le mode de scrutin majoritaire. En faisant alliance avec les autres partis bourgeois, l'UDC tentait ainsi de maximiser ses chances. Les engagements présentés par la liste bourgeoise s’orientaient en faveur de l’économie et de l’emploi. La volonté était de favoriser la création d'emplois par les entreprises, afin que le canton puisse profiter des retours sur investissement et non plus se limiter à son statut de canton pendulaire. Le programme de l'alliance bourgeoise dévoilait six engagements: l’introduction de la RIE III, la poursuite du développement des infrastructures, la lutte contre le mitage du territoire, le renforcement du bilinguisme, la sécurité et, finalement, la mise en place de mesures pour une meilleure conciliation entre vie professionnelle et familiale. Le budget de campagne était de 200'000 de francs suisses. La gauche proposa également une liste, incluant les candidats PS, Verts et PCS. Le PS, dont un siège était laissé vacant par Erwin Jutzet, décida finalement de ne proposer que deux autres candidatures en plus de celle de l'ancienne membre du gouvernement Anne-Claude Demierre (FR, ps). Ainsi, Ursula Schneider Schüttel (FR, ps) et Jean-François Steiert (ps, FR), Conseiller national, se sont-ils portés candidat(e)s aux côtés de l'élue sortante. En 2013, Jean-François Steiert avait manqué son entrée au gouvernement face au candidat Jean-Pierre Siggen. Le socialiste reprochait notamment le manque d’audace du canton en matière d’investissement dans les domaines de la recherche, de la formation et des transports publics. Concernant les Verts, l'objectif était de maintenir le siège de la candidate sortante Marie Garnier (FR, verts). Finalement, figurait également sur la même liste la candidate Bernadette Mäder Brülhart (FR, pcs) du Parti chrétien-social. L'alliance de gauche espérait ainsi conserver ses trois sièges au gouvernement, voire décrocher un quatrième siège. Son programme s'articulait autour de onze points, dont notamment une meilleure politique familiale, la création d’emplois dans les secteurs agroalimentaires et touristiques et l’accès à la formation pour les adultes. Outre les deux listes évoquées, trois autres candidatures étaient à signaler: Irène Bernhard (FR, pvl) et pour le Parti des artistes Claudio Rugo (FR, pa) et Jessica Goodwin Chescoe (FR, pa).
Lors du premier tour, avec une participation de 39,1% et une majorité absolue fixée à 38'221 voix, sont arrivés en tête les trois anciens membres du gouvernement se trouvant sur la liste bourgeoise, à savoir Jean-Pierre Siggen avec 42'361 voix, Maurice Ropraz avec 42'076 voix et Georges Godel avec 41'881 voix. Olivier Curty a également atteint la majorité absolue avec un score de 40'190 voix et a donc accédé pour la première fois au pouvoir exécutif. Concernant le résultat des deux autres candidates sortantes, elles sont arrivées en huitième et neuvième place, Marie Garnier avec 30'683 voix et Anne-Claude Demierre avec 29'534 voix. Toutes deux ont été devancées par Peter Wüthrich (35'801 voix), Jean-François Steiert (34'222 voix) et Stéphane Peiry (33'847 voix). Pour les autres candidatures, Ursula Schneider Schüttel a obtenu 27'659 voix, suivie par Bernadette Mäder-Brülhart avec 25'548 voix et Irène Bernhard avec 6'419 voix. Claudio Rugo (2'941 voix) et Jessica Goodwin Chescoe (2'478 voix) figuraient en dernières positions. Au premier tour, la liste de gauche n'a donc obtenu aucun siège, alors que la liste bourgeoise a placé quatre candidats.
Pour le deuxième tour, le 27 novembre 2016, trois sièges restaient à répartir. Au vue des premières tendances, les états-majors du PDC, de l'UDC et du PLR s'étaient réunis à huis-clos dans l'après-midi du 6 novembre 2016, pour déterminer la stratégie à adopter pour le deuxième tour. Deux scénarios ont été envisagés. Si l'alliance bourgeoise proposait seulement Stéphane Peiry, il y avait le risque que les bases de l'électorat du PDC et du PLR déserteraient les bureaux de vote étant donné qu'ils avaient déjà leurs candidats élus. Malgré l'assurance donnée par les chefs de ces partis quand à la loyauté de leur électorat, sans leurs voix, le candidat UDC n'avait aucune chance d'être élu. Le deuxième scénario soutenu par le PLR, souhaitait proposer un double ticket, Stéphane Peiry et Peter Wüthrich. Ce dernier ayant fait un meilleur score, il offrait plus de chances d'un cinquième siège au gouvernement fribourgeois pour l'alliance bourgeoise, car l'électorat aurait été plus largement mobilisé. Cependant, le risque était de diviser les voix entre les candidats. La stratégie retenue a été donc celle de l'unique candidature, en vue de respecter les conditions de l'alliance, à savoir avoir une représentation des différentes parties contractantes. L'UDC s'est vue rassurée, un duel avec Peter Wüthrich aurait certainement rendu le candidat UDC perdant. Peter Wüthrich, déçu pour son électorat, déplora de contrer la volonté du peuple en évinçant sa candidature au deuxième tour afin de contenter la présence des partis au gouvernement cantonal. L'Alliance de gauche proposait trois noms pour confirmer ses trois sièges à l'exécutif. Il s'agissait de Marie Garnier, Jean-François Steiert et Anne-Claude Demierre. Ursula Schneider Schüttel, arrivant en quatrième position de la liste, ne concourra pas pour ne pas disperser les voix. La campagne du deuxième tour était calme, un seul événement vint la bouleverser: la réticence de plusieurs membres de PDC de voter pour un candidat UDC. Lors d'un reportage de la Radio télévision suisse romande (RTS), un conseiller communal PDC de la ville de Fribourg, Laurent Dietrich, déclarait qu'il faudrait faire un choix entre Stéphane Peiry et Marie Garnier. Interprété comme un manque loyauté à l'alliance bourgeoise, le président du PDC cantonal André Schoenenweid souhaita sanctionner Laurent Dietrich soit par un blâme pour avoir manquer à son devoir de réserve, jusqu'à une exclusion du parti pour ses nombreux manquements. D'autres figures politiques interrogées ont relativisé la maladresse de conseiller communal, il conviendrait même de s'interroger si ce n'était pas un règlement de compte personnel suite à la défaite du président cantonal du parti pour les élections communales de la ville de Fribourg face à Laurent Dietrich. Avec un score de 45'176 voix, Jean-François Steiert est parvenu une nouvelle fois à devancer Marie Garnier (41'600 voix) et Anne-Claude Demierre (40'783 voix). Arrivé juste derrière Jean-François Steiert au premier tour, Stéphane Peiry a pris la dernière position du second tour, perdant ainsi sa chance d'accéder au gouvernement. Par conséquent, les candidats sortants ont tous été réélus. Le PDC maintient son siège, laissé vacant, grâce à l’élection d’Oliver Curty au premier tour. Le PS maintient également ses deux sièges lors du deuxième tour avec l'élection de Jean-François Steiert. Le soutien PLR et PDC n’aura pas suffit à l’UDC pour entrer au gouvernement. Le peuple a préféré conserver un certain équilibre des forces et privilégier la constance. Jean-François Steiert ne siégera dès à présent plus au Conseil national, afin d'exercer son mandat au gouvernement fribourgeois. Il sera remplacé par Ursula Schneider Schüttel, la première des viennent-ensuite de la liste socialiste lors des élections fédérales d’octobre 2015. L'Entente bourgeoise, face à l'échec de l'UDC, ne se renouvellera pas. Elle n'a pas rempli le contrat, avoir cinq membres dont un UDC au gouvernement. L'UDC accusa la base des autres parties contractantes pour son échec et mit en doute la surreprésentation de trois PDC au gouvernement. Au regard des analyses des votes, le PDC a donné plus de voix au candidat UDC lors du deuxième tour, son électorat a donc plutôt joué le jeu.

L'élection du gouvernement fribourgeois 2016
Dossier: Kantonale Wahlen - Freiburg
Dossier: Kantonale Regierungswahlen 2016