Les cinq membres du gouvernement cantonal de Schaffhouse devaient être, tout comme le parlement cantonal, réélus cette année. Deux des anciens conseillers d'Etat ne se sont pas représentés, à savoir Reto Dubach (plr) et la socialiste Ursula Hafner-Wipf. Christian Amsler (plr), Ernst Landolt (udc) et Rosmarie Widmer Gysel (udc), quant à eux, étaient en course pour un mandat supplémentaire. A côté de ces candidatures, six autres personnes se sont portées candidates. Martin Kessler (plr), les socialistes Walter Vogelsanger et Kurt Zubler, les candidates de la liste alternative Linda De Ventura et Susi Stühlinger, ainsi que Jürg Biedermann (mouvement éco-libéral).
La liste alternative souhaitait affaiblir la majorité bourgeoise présente au gouvernement cantonal, bien qu'elle n'avait peu de chance d'obtenir un siège, sachant que le PS souhaitait maintenir son siège laissé vacant. Le mouvement éco-libéral voulait faire un retour au gouvernement après avoir été évincé en 2004 au profit de l'UDC. Cependant, Jürg Biedermann est très peu connu. Concernant les partis déjà membres du gouvernement, le PLR et le PS voulaient chacun maintenir leur siège laissé vacant. Le PS visait même un second siège, qui a été perdu en 2000 au profit du PLR. Ses candidats, Walter Vogelsanger et Kurt Zubler s'étaient présentés aux élections fédérales, le premier pour le Conseil des états, le second pour le Conseil national. L'obtention d’un deuxième siège au gouvernement pour le PS n’était pas certaine. En effet, si nous regardons la composition du parlement, les 3/5 sont issus du camps bourgeois; le reste représente le camps rouge-vert. Quant au PLR, aux côtés de son conseiller d'Etat Christian Amsler, il proposait Martin Kessler pour remplacer Reto Dubach. Pour l'UDC, il ne présenta finalement que deux candidats au lieu de trois. Il souhaitait avoir trois candidats pour assurer la majorité bourgeoise au sein du gouvernement cantonal. Lors d'une soirée organisée avec tous les candidats, plusieurs thèmes liés à l'actualité du canton ont été discutés, comme par exemples la fusion des communes ou le développement des énergies renouvelables. Au niveau des recommandations, le PDC Schaffhouse soutenait les candidats du PLR. Le Parti évangélique était lui en faveur du Parti socialiste, afin de faire bloc contre les bourgeois. L’Union démocratique fédérale recommandait d’élire les candidats UDC et PLR au gouvernement.
Avec une participation de 59.1% et une majorité absolue de 9'412 voix, les trois anciens membres du gouvernement ont été élus avec le plus de voix, Ernst Landolt avec 15'451 voix, Christian Amsler avec 14'858 voix et Rosmarie Widmer Gysel avec 13'915 voix. Suivent deux nouveaux, Martin Kessler avec 12'106 voix et le socialiste Walter Vogelsanger avec 11'373 voix. Le candidat Kurt Zubler a également obtenu la majorité absolue, plus aucun siège n’était cependant disponible. Linda De Ventura a eu 4'731 voix, suivi par Susi Stühlinger avec 3'960 voix. Jürg Bierdemann est arrivé en dernière position avec 3'884 voix. Le gouvernement garde la même composition qu’auparavant et se trouve donc toujours en main bourgeoise. Fait exceptionnel et non souhaité, les villes de Schaffhouse et Neuhausen ne sont plus représentées à l’exécutif, alors qu'elles comptabilisent à elles seules la moitié de la population. Les trois candidats sortants viennent de communes rurales, les deux nouveaux sont issus de la campagne. Le candidat Kurt Zubler, aurait, s'il avait été élu, représenté la ville de Schaffhouse.

Election du gouvernement du canton de Schaffhouse 2016
Dossier: Kantonale Wahlen - Schaffhausen
Dossier: Kantonale Regierungswahlen 2016