En mars 2020 lors de l'élection complémentaire, la socialiste Rosalie Beuret Siess privait le PDC de son second siège à l'exécutif jurassien. Pour le reconquérir à l'élection générale à l'automne, le parti a présenté Stéphane Babey aux côtés du ministre sortant Martial Courtet. Les autres conseillers d'Etat – David Eray (pcsi) et Jacques Gerber (plr) – ont fait cavaliers seuls. Le PS a présenté Nathalie Barthoulot et Rosalie Beuret Siess. D'autres partis convoitaient l'un des cinq sièges au gouvernement cantonal: l'UDC avec Brigitte Favre et Didier Spies, les Verts avec Céline Robert-Charrue Linder et Vincent Schmitt, les Vert'libéraux avec Emilie Moreau et Alain Beuret, le CS-POP et Gauche en mouvement avec Francisco Pires. Sur les 13 candidat.e.s, quatre provenaient du district de Porrentruy, quatre des Franches-Montagnes et cinq du district de Delémont. En pleine crise sanitaire liée au Covid-19, les candidat.e.s ont dû trouver des alternatives aux traditionnelles manifestations pour rencontrer et convaincre l'électorat. Le PS comptait profiter de la mise en évidence par la crise de plusieurs de ses thèmes centraux (assurances sociales, solidarité, etc.) pour assurer ses deux sièges au gouvernement. Tant la récente section cantonale des Vert'libéraux, que les Verts espéraient percer dans le Jura après la vague verte lors des dernières élections fédérales.
Avec une participation de 47.5 pourcent au premier tour, personne n'a atteint la majorité absolue. Martial Courtet est arrivé en tête avec 11'416 voix, suivi par par Nathalie Barthoulot (11'401 voix), Rosalie Beuret Siess (11'135), Jacques Gerber (11'008), Stéphane Babey (7'721), David Eray (6'987), Céline Robert-Charrue Linder (3'662), Vincent Schmitt (3'152), Didier Spies (2'898), Brigitte Favre (2'711), Emilie Moreau (2'705), Francisco Pires (2'232) et Alain Beuret (1'977).

Critiqué pour sa gestion de dossiers et devancé par le PDC Stéphane Babey, David Eray a insisté, entre les deux tours, sur l'appartenance régionale pour essayer de sauver son siège – comme le district des Franches-Montagnes risquait de ne plus être représenté au gouvernement. Le PS et les Verts ont mutuellement soutenu leurs candidates pour le second tour – les deux conseillères d'Etat socialistes et la verte Céline Robert-Charrue Linder. Au vu du score de Stéphane Babey au premier tour et du nombre de sièges obtenus au Parlement cantonal, le PDC a maintenu le double ticket; pour le PLR, Jacques Gerber restait en course. Lors du deuxième tour, c'est l'ensemble du collège sortant qui a été réélu avec une participation de 45.7%. Jacques Gerber a devancé de 10 voix Martial Courtet qui a récolté 12'805 suffrages, viennent-ensuite les socialistes Nathalie Barthoulot (11'851voix) et Rosalie Beuret Siess (11'647). David Eray pourra briguer un mandat supplémentaire avec ses 10'413 suffrages. Le PDC n'a donc pas réussi à récupérer le siège autrefois occupé par Charles Juillard, les 9'584 voix de Stéphane Babey n'ayant pas suffi. Céline Robert-Charrue Linder a, quant à elle, enregistré un score de 6'076 voix.

En parallèle du premier tour de l'élection au Conseil d'Etat, la population jurassienne renouvelait son Parlement. Les 462 candidatures étaient réparties sur dix listes – PLR, PS-JS, PDC, CS-POP et Gauche en mouvement, PEV, UDC, Vert.e.s et Jeunes Vert.e.s, PCSI, «Avenir de Bonheur» et les Vert'libéraux (PVL). Trois nouvelles formations se sont lancées – le PVL, le PEV et «Avenir de Bonheur». Pour la première fois, le CS-POP et Gauche en mouvement ont proposé des candidatures dans le district des Franches-Montagnes. Figuraient sur ces listes, 43 député.e.s sortant.e.s et 166 femmes.
S'agissant des budgets de campagne, le PCSI et le PLR prévoyaient d'être les plus dépensiers avec un budget de CHF 100'000, suivis par le PDC (CHF 65'000), le PS (CHF 62'000), l'UDC et le PVL (CHF 30'000), le CS-POP (CHF 18'000 à 20'000), les Verts (CHF 15'000), le PEV (CHF 4'000) et la formation «Avenir de Bonheur» avec moins de CHF 1'000. En pleine crise du Covid-19, les candidat.e.s n'ont pas pu rencontrer la population lors des habituels rendez-vous populaires. Dans la presse locale, les formations ont pu toutefois exprimer leurs positions sur différents thèmes tels que l'investissement du canton pour le climat et l'environnement, la création d'un cercle électoral unique, la dette cantonale, l'attractivité pour les habitants et les entreprises. Les Verts ont pris particulièrement de court leurs concurrent.e.s en remettant à l'agenda politique le projet clivant de géothermie profonde à Haute-Sorne. En écho à l'actualité, les conséquences sociales et économiques liées à la crise sanitaire ont également été abordées durant la campagne.

Avec un gain de 3 sièges, les Verts ont été les gagnants de l'élection, tout comme les Vert'libéraux (+ 2 sièges par rapport à 2015) et le PS (+1). Avec 7 sièges, les Verts pourront, dès lors, former un groupe parlementaire. Grâce à leurs 2 sièges, les Vert'libéraux ont fait leur entrée au Parlement. Le PS est passé de 12 à 13 sièges. Le CS-POP a, quant à lui, maintenu ses 2 sièges. Du côté des perdants, le PDC et le PCSI ont perdu chacun 2 fauteuils; l'UDC et le PLR chacun 1 siège. Avec la nouvelle répartition, le Parlement se compose ainsi de 15 PDC, 13 PS, 8 PLR, 7 UDC, 7 Verts, 6 PCSI, 2 CS-POP et 2 Vert'libéraux. Demeurant la première force politique du Parlement, le PDC trouverait légitime d'avoir deux représentants au Conseil d'Etat.

Sur les cinq membres du Conseil administratif de la ville de Genève, seul le socialiste Sami Kanaan se représentait pour un mandat supplémentaire lors de l'élection communale. Outre sa candidature, 7 intéressées et 8 intéressés étaient en lice, répartis sur dix listes – «Verts-socialistes», PLR Ville de Genève, Ensemble à gauche, PDC, Parti du travail, UDC Genève, MCG, Vert’libéraux, PPGE et «Egalité et Equité». Pour la succession de Sandrine Salerno, le PS a présenté Christina Kitsos. Les Verts n'entendaient pas seulement défendre le siège d'Esther Alder, mais aussi renforcer leur présence dans l'exécutif. Espérant profiter de la poussée écologiste lors des élections fédérales, ils ont nommé Frédérique Perler et Alfonso Gomez. Les deux partis de gauche ont conjointement milité notamment pour «une transition écologique forte en ville et le maintien de prestations de qualité pour la population». Les Vert'libéraux misaient également sur leur succès au niveau national pour faire leur entrée au Conseil administratif, avec Susanne Amsler. Tout à gauche, Maria Perez (pdt) et Pierre Bayenet (EàG) convoitaient la place de Rémy Pagani (EàG). En conflit, les anciens alliés d'Ensemble à gauche ont fait listes distinctes. Au centre, le PDC a lancé Marie Barbey-Chappuis et Alia Chaker Mangeat. L’ancien conseiller d’Etat PDC Luc Barthassat concourait pour le MCG, aux côté de Daniel Sormanni. Le fauteuil de Guillaume Barazzone (pdc) suscitait aussi l'intérêt de Simon Brandt (plr). Contrairement à l’élection de 2015, le PDC et le PLR n’ont pas fait liste commune. Souhaité par le PLR, le PDC a refusé, faute de programme commun, de s’allier au MCG et à l’UDC pour contrer la gauche. L’UDC a proposé un double ticket porté par Christo Ivanov et Pascal Altenbach. Le fondateur du Parti populaire genevois (PPGE), Pascal Spuhler briguait aussi un fauteuil; tout comme Sanja Duvnjak (sans parti), dont le nom paraissait sur la liste «Egalité et Equité».
Durant la campagne, différents sujets ont été abordés comme par exemple l'armement de la police municipale et les mesures pour lutter contre le réchauffement climatique. Deux candidats ont particulièrement fait parler d’eux dans la presse: Simon Brandt avec sa mise en prévention pour double violation du secret de fonction et Pierre Bayenet concernant son lieu de domicile et ses contrats de bail en ville de Genève.

Lors du premier tour, avec une participation de 32.4%, personne n'a atteint la majorité absolue fixée à 19'736 voix. Est arrivé en tête le sortant Sami Kanaan (18'238 suffrages), suivi par ses colistières et colistiers Christina Kitsos (16'798), Frédérique Perler (15'140) et Alfonso Gomez (14'304). Simon Brandt (10'932) s'est placé en cinquième position. Viennent ensuite Marie Barbey-Chappuis (10'407), Susanne Amsler (9'746), Maria Perez (9'492), Pierre Bayenet (9'328), Alia Chaker Mangeat (7'546), Luc Barthassat (7'317), Daniel Sormanni (6'915), Christo Ivanov (6’565), Pascal Altenbach (5'927), Sanja Duvnjak (2'387) et enfin Pascal Spuhler (2'150).

Le second tour a été maintenu, malgré la crise sanitaire due au Covid-19 et les restrictions de rassemblement. La campagne s'est alors déroulée principalement sur internet et via les médias traditionnels. Les Vert’libéraux ont décidé d’abandonner la course. Alia Chaker Mangeat, Pascal Altenbach, Pascal Spuhler n’étaient également plus en lice. Avec une participation de 27.9%, l’ensemble des membres de la liste Verts-socialistes ont été élus. Sami Kanaan a récolté 18'054 suffrages, Christina Kitsos 17'438, Frédérique Perler 15'872 et Alfonso Gomez 14'694. Le fauteuil de Rémy Pagani passe donc en mains vertes et Marie Barbey-Chappuis assure le siège PDC. S'agissant des autres, Simon Brandt a obtenu un score de 11'725 voix, Maria Perez 10'397, Pierre Bayenet 8'802, Luc Barthassat 7'723, Christo Ivanov 7'335, Daniel Sormanni 7'121 et Sanja Duvnjak 2'827.

Le Conseil municipal a également été renouvelé lors du premier tour. 279 personnes briguaient l'un des 80 sièges. Dix listes ont été déposées: Socialistes, PLR Ville de Genève, Ensemble à gauche, PDC, Les Vert.e.s, UDC, Parti du Travail, Vert’libéraux-alliés, MCG et PPGE. Les Verts, avec un gain de 10 sièges par rapport à 2015, deviennent la seconde force au législatif communal (18 sièges; 19.8% des suffrages), derrière les socialistes (19; 21.3%). L'UDC figure aussi parmi les gagnants, avec un septième représentant (8.7%). Le MCG perd 4 sièges (7 ;7.7%); le PDC 3 sièges (8 ; 8.7%) comme Ensemble à gauche (7; 7.8%); et le PLR son quinzième fauteuil (16%).