Thomas Rechsteiner (pdc) ne siégera pas une année supplémentaire au gouvernement d'Appenzell Rhodes Intérieures. Après avoir essuyé deux défaites, en 2008 et 2015, l'UDC Ruedi Eberle se lance à nouveau dans la course. L'association des employés appenzelloise (AVA) et le PDC soutiennent la candidature de Matthias Rhiner (sans parti). Reto Inauen (sans parti), après avoir décliné sa candidature pour remplacer Thomas Rechsteiner, est revenu sur sa décision. Il a pu trouver un arrangement avec son employeur pour pouvoir conjuguer vie professionnelle et politique. L'association professionnelle cantonale, l'AVA, l'association des agriculteurs, l'UDC et le PS lui ont reproché de ne pas leur avoir présenté ses idées.
Lors de la Landsgemeinde, Reto Inauen a reçu moins de voix que le candidat UDC. Lors du second tour, Ruedi Eberle l'emporte clairement face à Matthias Rhiner. Ainsi, l'UDC accède pour la première fois au gouvernement cantonal. Le PDC perd donc un siège, sur les quatre. Il est encore représenté par Daniel Fässler, Antonia Fässler et Ruedi Ulmann. Les trois autres fauteuils sont occupés par des ministres sans couleur politique, à savoir Martin Bürki, Stefan Müller et Roland Inauen.

Pour le renouvellement de l’exécutif du canton d’Appenzell Rhodes-Intérieures, tous les membres en place se représentent pour un mandat supplémentaire, sauf Stefan Sutter (pdc). Il souhaite retourner sur le marché du travail après douze ans passés au gouvernement cantonal. Deux candidats officiels PDC sont en course pour reprendre la direction du département de la construction et de l’environnement, à savoir Ruedi Ulmann et Fefi Sutter. Tous les deux siègent au parlement cantonal et proviennent du monde de l’industrie. Le Parti socialiste, non convaincu par les deux profils, ne fait aucune recommandation. Il y a deux autres concurrents, non officiels, Ruedi Eberle (udc) et Bruno Huber (sans parti).
Lors de la Landsgemeinde, au premier tour, les candidats non officiels sont évincés. Au second tour, comptabilisant le plus de voix, est élu Ruedi Ulmann. Ainsi, la composition de la Commission d’Etat reste inchangée, avec quatre représentants PDC, Antonia Fässler, Thomas Rechsteiner, Daniel Fässler et Ruedi Ulmann, et trois membres sans parti, Martin Bürki, Stefan Müller et Roland Inauen. Daniel Fässler acquière la présidence du gouvernement et Roland Inauen la vice-présidence.

Comme chaque année a lieu la Landsgemeinde à Appenzell Rhodes-Interieures pour l’élection des 7 membres de la Commission d’Etat. L’année 2016 est marquée par l’anniversaire des 25 ans de la participation des femmes à la Landsgemeinde. Alors qu’en 2015, le membre de l’exécutif Lorenz Koller (pdc) avait démissionné pour des motifs de fatigue, et été remplacé lors de la Landsgemeinde par Stefan Müller (sans parti) cette année tous les membres du gouvernement en place ont été réélus. Ainsi, les membres sont Roland Inauen (sans parti) (président du gouvernement-département de l’éducation), Daniel Fässler (pdc) (présidence du gouvernement inactif-département de l’économie), Antonia Fässler (pdc)(département de la santé et des affaires sociales), Thomas Rechsteiner (pdc) (département des finances), Stefan Müller (département de l’agriculture et de l’exploitation forestière), Stefan Sutter (pdc) (département de la construction et de l’environnement) et Martin Bürki (sans parti) (département de la justice, de la police et des affaires militaires). Suite à l’élection de Stefan Müller, il y a non plus cinq membres du PDC, mais plus que 4. Pour les trois autres sièges, aucun parti n’est représenté.

Regelmässig an der Landsgemeinde werden im Kanton Appenzell Innerrhoden auch die Mitglieder der Regierung – die Standeskommission – bestätigt oder neu gewählt. Dies war auch Ende April 2015 der Fall. Von den sieben bisherigen Mitgliedern stellten sich sechs der Wiederwahl. Einzig Lorenz Koller (cvp), der das Amt als Landeshauptmann (Land- und Forstwirtschaftsdepartement) innehatte, stellte sein Mandat aus gesundheitlichen Gründen zur Verfügung.

Die Landsgemeinde bestätigte die sechs Bisherigen. Das alle zwei Jahre rotierende Amt des regierenden Landammanns kam dabei neu Roland Inauen (parteilos) zu, der Daniel Fässler (cvp) ablöste, der seinerseits zum stillstehenden Landammann gewählt wurde. Frau Statthalter (Gesundheits- und Sozialdepartement) blieb Antonia Fässler (cvp), Thomas Rechsteiner (cvp) wurde als Säckelmeister (Finanzdepartement) bestätigt, Stefan Sutter (cvp) als Bauherr (Bau- und Umweltdepartement) und Martin Bürki (parteilos) als Landesfähnrich (Justiz-, Polizei- und Militärdepartement). Die Besetzung aller sechs Ämter wurde ohne Gegenvorschlag bestätigt.
Für die Nachfolge von Lorenz Koller wurden im Ring drei Namen gerufen. Neben Stefan Müller (parteilos) und Ruedi Eberle (svp), der bereits 2014 für die SVP erfolglos in die Kantonsregierung einziehen wollte, fiel auch der Name des Grossrats Josef Schmid (parteilos), der allerdings erklärte, aus beruflichen Gründen nicht für das Amt zur Verfügung zu stehen. Im zweiten Wahlgang – im ersten schied Schmid mit wenigen Stimmen aus – erhielt Stefan Müller deutlich mehr Stimmen als Ruedi Eberle und wurde damit zum neuen Landeshauptmann gewählt.
Mit der Wahl des Parteilosen Müller verlor die CVP also einen Sitz zu Gunsten der Parteilosen. Der SVP war es erneut nicht gelungen, in die Standeskommission einzuziehen. Parteien spielen in der Politik des Kleinstkantons allerdings offiziell keine Rolle. Wahlen sind in der Regel Personenwahlen. Müller war vom Bauernverband portiert worden, während Eberle das Gewerbe hinter sich hatte. Die dritte politische Kraft, die Arbeitnehmerinnen und Arbeitnehmer, hatte keine Empfehlung abgegeben.

Nach 29 Jahren im Amt trat Carlo Schmid (cvp) als Landammann zurück. Schmid war bereits 1980 in den Ständerat gewählt worden und hatte von 1984 bis 2007 das Doppelmandat aus kantonalem Regierungspräsident und Kantonsvertreter inne gehabt. Von 1992 bis 1994 präsidierte er zudem die CVP Schweiz. Die Landsgemeinde hatte Ende April die Aufgabe, einen neuen regierenden Landammann zu bestimmen und einen Nachfolger für Carlo Schmid als Erziehungsdirektor zu wählen. Üblicherweise wechseln sich im Kanton Appenzell Innerrhoden die Vorsteher des Erziehungsdepartements und des Volkswirtschaftsdepartements als regierender und stillstehender Landammann ab. Allerdings war offen, ob der aktuell stillstehende Landammann Daniel Fässler, momentan Innerrhoder Ständerat, regierender Landammann werden sollte. Möglich wäre auch, dass der neu gewählte Kandidat gleich als regierender Landammann eingesetzt wird. Zwei Kandidaten stellten sich der Wahl in die Exekutivbehörde: Der amtierende Grossratspräsident Josef Schmid wurde von der CVP und dem kantonalen Bauernverband portiert. Auch die SVP unterstützte Schmid. Roland Inauen, Kurator des Museums Appenzell, Leiter des kantonalen Kulturamtes und Kantonsgerichtspräsident wurde von der Arbeitnehmervereinigung Appenzell vorgeschlagen und von der Gruppe für Innerrhoden (GFI) unterstützt. Der Abgang des politischen Urgesteins Schmid wurde von einigem, für Innerrhoder Verhältnisse eher seltenen politischen Wirbel überschattet, der unter anderem die Machtfülle in der politischen Elite des Kantons zum Inhalt hatte. Die Standeskommission – die Regierung des Kantons Appenzell Innerrhoden – und allen voran der regierende Landammann Schmid sowie sein Stellvertreter, der Stillstehende Landammann Daniel Fässler, wurden vom ehemaligen, 2010 zurückgetretene Säckelmeister (Finanzminister) Sepp Moser hart angegriffen. Moser warf dem Gremium Günstlingswirtschaft, Kompetenzüberschreitung, Intransparenz und Geheimnistuerei vor. Wichtige Entscheide würden vom Landammann im Alleingang ohne Kontrolle von aussen gefällt. Der Landammann habe eine fast absolutistische Machtfülle. Moser forderte eine Erneuerung der Strukturen und schlug als möglichen Schritt in einer Einzelinitiative eine Amtszeitbeschränkung auf zwölf Jahre vor. Innerhalb des Kantons schien die Aufregung allerdings bedeutend kleiner, als dies in den ausserkantonalen Medien dargestellt wurde. Einzig die im Kanton Appenzell Innerrhoden schwache SP forderte eine Abwahl Fässlers und forderte in einer Resolution eine Aufarbeitung der Vorwürfe von Moser. In allen anderen Gruppierungen und Parteien war Fässler jedoch unbestritten. Die Initiative von alt-Säckelmeister Moser für eine Amtszeitbeschränkung fand neben der SP nur noch bei der GFI Gehör, fand im Berichtsjahr aber keine Mehrheit.

Die Landsgemeinde am 28. April hatte keine Lust auf Veränderungen. Trotz angekratztem Image wurde als regierender Landammann Daniel Fässler gewählt. Die beiden neuen Kandidaten konnten lediglich vereinzelte Stimmen auf sich vereinen, was nicht überraschend war, wurde doch an einer Landsgemeinde noch nie ein amtierender Regierungsrat abgewählt. Auch die weiteren fünf Mitglieder der Standeskommission wurden bestätigt. Wesentlich knapper war das Resultat für den freien Regierungssitz. Das Kopf-an-Kopf-Rennen zwischen Schmid und Inauen musste schliesslich ausgezählt werden. Das rund dreiviertelstündige Prozedere, bei dem alle Stimmberechtigten den Ring über einen von zwei Ausgängen verlassen müssen, brachte schliesslich einen hauchdünnen Vorsprung von 33 Stimmen (bei total 3919 Stimmen) für Roland Inauen, der damit stillstehender Landammann wurde, sein Amt als Gerichtspräsident jedoch abgeben musste. Keine Chance hatte die Initiative Moser, die mit grosser Mehrheit abgelehnt wurde. In einem Ende Juni veröffentlichten Untersuchungsbericht des Grossen Rates wurde ein eigentlicher Schlussstrich unter die Affäre Moser gezogen. Die mit den Vorfällen betraute Kommission konnte keine erheblichen Mängel am politischen System Innerrhodens feststellen. Man müsse nun wieder Vertrauen und allenfalls eine verbesserte Gesprächskultur schaffen.