Der Bundesrat unterbreitete dem Parlament im August 2021 den Entwurf des Bundesbeschlusses zur Änderung des Abkommens mit der Europäischen Gemeinschaft über Zollerleichterungen und Zollsicherheit (ZESA). In seiner Botschaft erklärte der Bundesrat, dass gewisse Neuerungen der EU-Zollsicherheitsmassnahmen eine Aktualisierung des Abkommens mit der EU, das aus dem Jahr 2009 datiert, nötig machen würden. Im Rahmen des Zollsicherheitsraums mit der EU, zu dem die Schweiz gehört, wenden alle Parteien gleichwertige Zollsicherheitsvorschriften an und verzichten untereinander auf Zollsicherheitsmassnahmen. Gegenüber Drittstaaten würden jedoch im Import- und Exportverkehr Vorabanmeldungen von Sicherheitsdaten verlangt, die für die Erstellung von Risikoanalysen genutzt werden, führte die Botschaft aus. Da in der EU 2013 der neue Unionszollkodex in Kraft trat, müsse die Schweiz das ZESA anpassen, um die Gleichwertigkeit mit dem EU-Recht zu gewährleisten. Dadurch werde auch die Zollsicherheit im internationalen Warenverkehr erhöht, die Zoll-Kooperation mit der EU verbessert und die Digitalisierung der Zollprozesse fortgesetzt. Eine Übernahme sei auch notwendig, weil sonst eine Sicherheitslücke entstehen könne, auf die eine andere Vertragspartei mit Ausgleichsmassnahmen reagieren dürfte; beispielsweise könnte die EU die Schweiz wie einen Drittstaat behandeln und Vorabanmeldungen für den ganzen Schweizer Warenverkehr mit der EU voraussetzen. Konkret umfasste die Anpassung die Beteiligung der Schweiz am Import Control System 2 der EU, das in drei Etappen implementiert werden soll und den Zielen des Transformationsprogramms DaziT der EZV entspreche, teilte der Bundesrat mit. Da aufgrund einer Neuerung der EU im Bereich des Flugverkehrs bereits im März 2021 eine angepasste Rechtsgrundlage für das bilaterale Verhältnis habe vorliegen müssen, wende man den vorliegenden Beschluss des gemischten Ausschusses bereits seit dem 15. März 2021 vorläufig an. Der Bundesrat hatte auf eine Vernehmlassung der Änderung des ZESA verzichtet, weil die Position der interessierten Kreise bereits 2009 im Rahmen der Einführung des ZESA erfasst worden waren und es sich beim neuen Beschluss nur um eine Aktualisierung desselben handle.
Der Nationalrat nahm sich in der Wintersession 2021 des Beschlusses an, der von der APK-NR einstimmig zur Annahme empfohlen worden war. Kommissionssprecher Regazzi (mitte, TI) nannte drei Gründe für den einstimmigen Entscheid der Kommission: Erstens sei die Aktualisierung das Resultat einer einvernehmlichen Verhandlung des gemischten Wirtschaftsausschusses. Zweitens sende die Annahme dieser Änderung der EU ein wichtiges Zeichen, dass die Schweiz weiterhin «dabei» sei. Drittens bringe die Änderung der Schweiz Vorteile, was für die Kommission das wichtigste Argument gewesen sei. Bundesrat Maurer machte die grosse Kammer darauf aufmerksam, dass es sich eher um eine technische Formalität handle, die das Exportgeschäft für die Wirtschaft stark vereinfache – die ansonsten notwendigen Voranmeldungen seien logistisch gar nicht zu bewältigen. Der Nationalrat zeigte sich überzeugt und nahm den Bundesbeschluss einstimmig an.

Am 24. November 2021 genehmigte der Bundesrat das MoU mit der EU bezüglich des zweiten Schweizer Beitrags an ausgewählte EU-Mitgliedstaaten, nachdem beide Parlamentskammern den seit 2019 blockierten Beitrag Ende September 2021 freigegeben hatten. Schon Mitte November hatten Bundespräsident Cassis und EU-Kommissar Sefčovič bei ihrem Treffen die auf technischer Ebene erzielte Einigung begrüsst. Für den Bundesrat stelle die Freigabe ein «weiteres positives Signal» an die EU dar, wie er in seiner Medienmitteilung verlauten liess. Das Memorandum beinhalte die wichtigsten Eckwerte des zweiten Schweizer Beitrags wie dessen Höhe, die Aufteilung auf die Partnerländer, die thematischen Prioritäten und die Prinzipien für die Zusammenarbeit und die Umsetzung. Die Unterzeichnung erfolge aber erst, wenn die EU ihre internen Genehmigungsverfahren abgeschlossen habe. Dennoch beschloss der Bundesrat bereits, die Verhandlungen mit den Partnerländern aufzunehmen.
Tags zuvor hatte die APK-NR beschlossen, in der Wintersession 2021 im Rahmen der Debatte zum Voranschlag 2022 einen Antrag auf eine Erhöhung der Kohäsionsmilliarde um CHF 953 Mio. einzureichen, mit dem sie den Beitrag beinahe verdoppeln wollte. Diese Aufstockung sollte mit Konditionen verbunden sein, beispielsweise sollte die EU der Schweiz in mehreren Kooperationsabkommen wie Horizon, Digital Europe, ITER (Internationaler Thermonuklearer Experimental-Reaktor), Euratom und Erasmus+ entgegenkommen. Die NZZ schätzte die Chancen des Antrags als sehr gering ein. Schliesslich setze sich bei Differenzen zwischen den Räten bei Budgetprozessen automatisch die Version mit dem tieferen Betrag durch und bei den Aussenpolitikerinnen und Aussenpolitikern der kleinen Kammer käme die Idee eher schlecht an. Damian Müller (fdp, LU) – Präsident der APK-SR – warnte in der NZZ denn auch vor derartig unüberlegten «Ideen nach dem Prinzip Hoffnung, ohne Strategie und ohne Konzept». In der Budgetdebatte setzte sich die Kommissionsminderheit dann, zur Erleichterung von Finanzminister Maurer, mit 93 zu 84 Stimmen (bei 6 Enthaltungen) durch und versenkte die Idee einer Erhöhung.

In der Herbstsession 2021 beschäftigte sich die grosse Kammer als Zweitrat mit der Weiterentwicklung von Frontex und der Revision des AIG. Seit 2016 wurde die Grenz- und Küstenwache der EU in personeller und technischer Hinsicht systematisch aufgerüstet, um die Herausforderungen im Grenz- und Rückkehrbereich besser bewältigen zu können. Da es sich dabei um eine Schengen-Weiterentwicklung handelt, muss sich auch die Schweiz daran beteiligen, wobei die Beitragszahlungen gemäss dem geltenden Kostenschlüssel von CHF 14 Mio. pro Jahr bis 2027 auf CHF 61 Mio. pro Jahr steigen werden und sich der personelle Aufwand von 24 auf maximal 39 Personen erhöht. Während die zur Diskussion stehende Änderung des Asylgesetzes in der Kommission und im Rat nicht wirklich umstritten war, entspann sich eine grössere Debatte um die Übernahme der Frontex-Verordnung.
Dabei lagen dem Nationalrat zahlreiche Minderheitsanträge aus dem links-grünen Lager vor. So bat Alois Gmür (mitte, SZ) den Nationalrat im Namen der Mehrheit der SiK-NR, einen Minderheitsantrag Seiler Graf (sp, ZH), der die Zahl der alle zwei Jahre aufgenommenen Resettlement-Flüchtlinge in Verbindung mit der Vorlage von 1'500-2'000 auf 4'000 erhöhen wollte, abzulehnen. Eine derartige Erhöhung müsse vorgängig mit den Kantonen abgestimmt werden, argumentierte Gmür. Die Kommissionsmehrheit wehrte sich gegen eine solche Verknüpfung von Sicherheits- und Asylpolitik. Auch einen zweiten Minderheitsantrag von Fabian Molina (sp, ZH) empfahl die Kommissionsmehrheit zur Ablehnung. Fabian Molina hatte vorgeschlagen, dem Strafgesetzbuch einen Artikel hinzuzufügen, durch den Personen mit Geld- oder Freiheitsstrafen sanktioniert würden, wenn sie Asylsuchende mit Gewalt oder Gewaltandrohung daran hinderten, in einem Schengen-Staat ein Asylgesuch zu stellen. Kommissionssprecher Cattaneo (fdp, TI) argumentierte, dass das Strafgesetz diesen Tatbestand bereits regle. Nationalrätin Marti (sp, BL) forderte in einem dritten Minderheitsantrag die Sistierung des Geschäfts, zumal das EU-Parlament Frontex zahlreiche Grundrechtsverletzungen und mangelnde Transparenz vorwerfe und man erst nach Umsetzung der notwendigen Anpassungen über einen finanziellen Beitrag entscheiden solle. Eine weitere Kommissionsminderheit Fivaz (gp, NE) ging noch weiter als Marti und reichte einen Antrag auf Nichteintreten auf den Bundesbeschluss zur Weiterentwicklung des Schengen-Besitzstandes ein. Fivaz kritisierte, dass die EU mit der Ausweitung der Frontex-Mittel im Begriff sei, eine «regelrechte Armee» aufzubauen.
Nationalrätin Priska Seiler Graf äusserte sich im Namen der SP-Fraktion dezidiert zu dieser Vorlage und machte klar, dass die SP Vorlagen zum Ausbau der «Festung Europa» nicht mehr zustimmen werde, wenn keine humanitären Ausgleichsmassnahmen vorgesehen seien. Sie kündigte an, ihre Fraktion werde bei einer Ablehnung des Minderheitenantrags zur Aufstockung des Resettlement-Kontingents geschlossen gegen die Vorlage stimmen. Überraschend ambivalent zeigte sich die SVP-Fraktion, welche bis anhin sämtliche Schengen-Vorlagen konsequent abgelehnt hatte. Die Vorlage sei für seine Fraktion «nicht ganz einfach», gab Pirmin Schwander (svp, SZ) unumwunden zu. Einerseits gehe es um einen Volksentscheid von 2005, den es zu achten gelte, andererseits um die Neutralitätsfrage und die humanitäre Tradition der Schweiz. Man habe schon 2005 gewusst, dass mit Frontex und Schengen die eigenständige Asyl- und Ausländerpolitik der Schweiz verloren gingen. Er liess verlauten, dass man die Änderung des AIG ablehne, sich bei der Frontex-Vorlage aber nicht einig geworden sei.
Bundesrat Ueli Maurer entgegnete den Kritikern und Kritikerinnen der Vorlage, dass die EU mit der Einsetzung von 40 Grundrechtsbeobachterinnen und -beobachtern auf die mangelhafte Rechtssicherheit der Asylbewerbenden reagiert und damit die Anliegen der Ratslinken weitgehend erfüllt habe. Der Ausbau diene auch der Einhaltung der Grundrechte und der Transparenz und nur durch eine Teilnahme an Frontex könne die Schweiz zur Qualitätssicherung und -verbesserung beitragen, weshalb auch eine Sistierung nichts bringe. Den Minderheitsantrag Seiler Graf lehne der Bundesrat ab, da es beim vorliegenden Geschäft um Schengen und Sicherheit und nicht um Dublin und Asylpolitik gehe – man solle nicht verschiedene Vorlagen vermischen. Er argumentierte, eine Ablehnung des Minderheitsantrags sei damit auch kein Nein zur Asylpolitik, denn zum Resettlement gäbe es eine allgemeine Zustimmung.
Schliesslich lehnte der Nationalrat den Sistierungsantrag Marti mit 116 zu 64 Stimmen ab und beschloss mit 155 zu 35 Stimmen, auf das Geschäft einzutreten, womit auch Fabien Fivaz mit seinem Minderheitsantrag scheiterte. Die Anpassung des Asylgesetzes, mit der die Art und Weise der Kooperation mit Frontex in einer eigenen AIG-Bestimmung festgelegt werden soll, wurde mit 136 zu 56 Stimmen gegen den Widerstand der SVP angenommen. Bei der Abstimmung über den Minderheitsantrag Seiler Graf zur Erhöhung des Resettlement-Kontingents setzten sich die Fraktionen der SVP, FDP und Mitte mit 106 Nein-Stimmen gegenüber 86-Ja Stimmen durch. Auch der Minderheitsantrag Molina blieb chancenlos und wurde mit 124 zu 68 Stimmen versenkt. In der Gesamtabstimmung nahm der Nationalrat die Frontex-Vorlage mit 108 zu 75 Stimmen (bei 10 Enthaltungen) an. Die Gegenstimmen stammten hauptsächlich von der SP- und der Grünen-Fraktion, die Enthaltungen ausschliesslich von der SVP-Fraktion.
In der Schlussabstimmung nahm der Nationalrat die Änderung des Asylgesetzes mit 129 zu 55 Stimmen (bei 1 Enthaltung) und der Ständerat einstimmig an. Bei der Annahme der Frontex-Vorlage wurde es im Nationalrat mit 88 zu 80 Stimmen (bei 28 Enthaltungen) unerwartet knapp. Grund dafür waren die vielen Enthaltungen der SVP-Fraktion. Im Ständerat fiel das Resultat mit 30 Ja- zu 14 Nein-Stimmen deutlicher aus.

In der Sommersession 2021 befasste sich der Ständerat mit der Weiterentwicklung von Frontex und der Änderung des AIG. Im Vorfeld hatte die SiK-SR diese als für die Schweiz «unerlässlich» bezeichnet. Da die Kommission die EU-Migrationspolitik jedoch kritisch beurteilte, forderte sie dazu auf, den Bundesratsentwurf mit Ausgleichsmassnahmen im Sinne der humanitären Tradition der Schweiz zu ergänzen. Einerseits beantragte sie ergänzend zur Übernahme der Verordnung die Aufnahme von 2'800 Flüchtlingen im Rahmen des Resettlements, wobei diese Erhöhung der Resettlementquote stufenweise und in Kooperation mit den Kantonen erfolgen sollte. Andererseits beantragte sie einen Mechanismus zur Beschwerdenbearbeitung und eine Rechtsberatung, um die Rechtsmittel der Asylsuchenden zu stärken. Zudem sprach sie sich einstimmig für einen Antrag aus, demgemäss das Schweizer Kontingent für Frontex nicht zulasten des nationalen Grenzschutzes gehen dürfe. Schliesslich beantragte die SiK-SR, dass Frontex-Einsätze einem Genehmigungsverfahren unterliegen sollen. Dieser angepassten Version der Vorlage stimmte die Kommission mit 8 zu 2 Stimmen bei 1 Enthaltung zu, während eine Minderheit nicht auf die Vorlage eintreten wollte, weil die humanitären Ausgleichsmassnahmen in ihren Augen nicht ausreichend waren.
Die Ratsdebatte entwickelte sich trotz der relativ eindeutigen Position der Kommission zu einer umstrittenen Angelegenheit. Daniel Jositsch (sp, ZH) kritisierte, dass die EU über keine gesamtheitliche Migrationspolitik verfüge und das Dublin-System nur den Umgang mit Flüchtlingen an den Aussengrenzen regle. Dadurch entstünden in gewissen Staaten eine Extrembelastung und illegale Sekundärmigration, beides für Jositsch Grund genug, um diese neuen Massnahmen «nicht einfach so durchzuwinken» und stattdessen, wie von der Kommission vorgeschlagen, mit flankierenden Massnahmen zu ergänzen. Als «eine falsche Politik» bezeichnete Thomas Minder (parteilos, SH) hingegen die von der Kommission gemachten Resettlement-Anträge, weil man damit das Schengen- mit dem Dublin-System und damit Sicherheits- mit Flüchtlingspolitik vermische. Auch Finanzminister Maurer schloss sich dieser Argumentation an und betonte, dass Schengen für Grenzsicherheit stehe und nicht primär ein Projekt der Asypolitik sei. Daher lehnte er im Namen des Bundesrats die von der SiK-SR vorgeschlagenen Ausweitungen des Resettlement-Verfahrens ab, nicht zuletzt weil man in dieser Sache die Kantone einbeziehen müsse, bevor man absolut verbindliche Beschlüsse mache. Zu wenig weit ging der Kommissionsvorschlag Ständerat Zopfi (gp, GL), der im Rat einen Nichteintretensantrag einreichte, da die Anzahl der Resettlement-Flüchtlinge in seinen Augen auf 4'000 hätte erhöht werden müssen. Er begrüsste zwar den Ausbau des Grundrechtsschutzes, kritisierte aber die Methoden des europäischen Grenzschutzes und argumentierte, dass man Sicherheit und Migration in dieser Frage nicht trennen könne. Thierry Burkart (fdp, AG) erinnerte in diesem Kontext daran, dass eine Nichtübernahme der Weiterentwicklung des Schengen-Besitzstandes im Extremfall die Beendigung der Schengen-Zusammenarbeit nach sich ziehen könnte. Der Ständerat beschloss mit 33 zu 10 Stimmen (bei 1 Enthaltung), auf die Vorlage einzutreten, lehnte kurz darauf aber die von der Kommission geforderte Erhöhung der Anzahl der Resettlement-Flüchtlinge auf 2'800 mit 22 zu 21 Stimmen knapp ab. Der Rat folgte jedoch teilweise seiner Kommission, indem er sich entschied, dass Schweizer Frontex-Einsätze nicht vom Kontingent der Schweizer Grenzschützerinnen und Grenzschützer abgezogen werden dürfen und dass derartige Einsätze einem Genehmigungsverfahren unterstellt werden müssen. In der Gesamtabstimmung nahm die kleine Kammer den Frontex-Entwurf mit 30 zu 14 Stimmen schliesslich deutlich an, wobei die Nein-Stimmen vornehmlich von Mitgliedern der Grünen und der SP stammten. Die Änderungen im Asylrecht, welche die Rechtsmittel der Asylsuchenden und die Unterstützung bei Beschwerdeverfahren stärken, wurden vom Ständerat einstimmig angenommen.

Si, pour le Conseil fédéral, le projet d'accord-cadre avec l'UE est en grande partie favorable à la Suisse et conforme au mandat de négociation, il juge également prématuré de procéder à sa signature, et ce notamment en raison de questions relatives aux mesures d'accompagnement ou à la directive sur le droit des citoyens de l'UE qui demeurent sans réponse. L'exécutif national a donc annoncé, au début du mois de décembre 2018, son intention de soumettre le texte de l’accord institutionnel à consultation auprès d'acteurs politiques et économiques. Dans le contexte de la libre circulation des personnes, le Conseil fédéral estime en effet insuffisants les trois types de mesures d'accompagnement garantis par le texte de l'accord – délai d’annonce préalable fixé à quatre jours ouvrables dans les secteurs à risques, dépôt d’une garantie financière proportionnée pour les prestataires de service n’ayant pas respecté leurs obligations financières et demande de documents aux prestataires de services indépendants également basée sur les risques. Autre point de litige, la Suisse souhaite que l'accord mentionne de façon explicite l'exception à la reprise de la directive relative au droit des citoyens, alors que l'UE penche pour la reprise de ladite directive à l'échelle helvétique. Dans son communiqué de presse, la Direction des affaires européennes (DAE) précise que le champ d'application de l'accord négocié concerne les cinq accords d'accès au marché relatifs à la libre circulation des personnes, aux transports terrestres, au transport aérien, aux obstacles techniques au commerce (ARM) et à l’agriculture, ainsi que les futurs accords d’accès au marché, à l'exemple de l’accord sur l’électricité en discussion. Sous réserve de certaines exceptions, une reprise automatique du droit européen n'est pas envisagée. Tout développement du droit de l'UE fera ainsi «l’objet d’une décision indépendante de la Suisse dans le plein respect de ses procédures législatives». En ce qui concerne le règlement des différends, le texte soumis à consultation ne prévoit aucunement la mise en place d'une institution supranationale, mais envisage plutôt «un mécanisme de règlement des différends basé sur un tribunal arbitral paritaire».
«Berne joue la montre avec l'Union européenne», titre la Tribune de Genève au lendemain de l'annonce du Conseil fédéral, se demandant si la consultation en question ne s'apparente pas à un «exercice alibi», tant et si bien qu'en l'état, l'accord constitutionnel négocié avec l'UE ne recueille les faveurs ni du PS, ni de l'UDC. Selon le quotidien genevois, la décision du Conseil fédéral présente toutefois des points positifs: les nouvelles conseillères fédérales Karin Keller-Sutter et Viola Amherd prendront notamment part au verdict final, et si votation il devait y avoir, celle-ci se tiendrait après les élections fédérales d'automne 2019. La presse helvétique s'interroge également sur la réaction du voisin européen et des éventuelles représailles, à l'exemple de l'équivalence boursière que la Suisse pourrait ne pas obtenir. «Nous ne sommes pas sous pression!», a rétorqué le ministre des Finances Ueli Maurer en conférence de presse. Néanmoins, le Conseil fédéral a une fois de plus fait savoir que la Suisse remplit intégralement les conditions exigées pour la reconnaissance de l’équivalence boursière suisse selon MIFIR 23, tout en appelant à une avancée dans ce sens de la part de l'Union européenne.

Mittels Postulat forderte Giovanni Merlini (fdp, TI) den Bundesrat auf, einen Bericht zu erarbeiten, der die gegenwärtigen Beziehungen zwischen EU und OECD auf der einen Seite und der Schweiz auf der anderen Seite hinsichtlich der Besteuerung natürlicher und juristischer Personen darlegt. Besonders zu beachten sei die «aggressive Steuerpolitik» einzelner EU- und OECD-Länder sowie die von der Europäischen Kommission beabsichtigte Erstellung einer schwarzen Liste mit Steueroasen. Der Postulant kritisierte die in der Vergangenheit von EU und OECD eingenommene «feindselige Haltung» gegenüber der schweizerischen Steuerpolitik, welche vor allem durch die inkohärente Anwendung der Beurteilungskriterien bei der Erstellung von Länderlisten spürbar geworden sei. Er bemängelte unter anderem die Bevorzugung von EU-Mitgliedsstaaten respektive die strengere Behandlung von Drittstaaten sowie die fehlende Berücksichtigung sogenannter Tax Rulings.
In seiner Antwort vom Mai 2017 verwies der Bundesrat darauf, dass die Schweiz die Kriterien des Steuerscreenings für verantwortungsvolles Handeln im Steuerbereich bereits mehrheitlich erfülle und sie daher nicht auf der schwarzen Liste der EU geführt werden würde. EU-Mitgliedstaaten seien von diesem Screening ausgenommen, da sie zur Einhaltung EU-interner Regelungen verpflichtet seien und auch von mit der OECD verbundenen Gremien überprüft werden würden.

Bei der Behandlung im Nationalrat im März 2018 hob der zuständige Bundesrat Ueli Maurer zudem hervor, dass mit der Steuervorlage 17 das Schweizer Steuerregime für den internationalen Steuerwettbewerb angepasst werde und viele Bedenken des Postulanten bereits aufgenommen worden seien. Der durch das Postulat geforderte Bericht enthielte zudem Informationen, die öffentlich verfügbar seien und sich monatlich verändern könnten, und wäre also bei seiner Publikation bereits veraltet. Somit sei das Postulat nicht zielführend. Dementsprechend empfahl der Bundesrat die Ablehnung des Postulats. Der Nationalrat folgte diesem Antrag jedoch nicht und überwies das Postulat mit 168 zu 21 Stimmen (bei 0 Enthaltungen).