Da der Nationalrat die Übernahme der Rechtsgrundlagen über die Einrichtung, den Betrieb und die Nutzung des SIS in der Herbstsession 2020 abgelehnt hatte und dies einem Nichteintreten gleichkam, musste er nach den Änderungen des Ständerats in der Wintersession 2020 eine erneute Eintretensdebatte führen. Thomas Rechsteiner (cvp, AI) hielt als Sprecher der SIK-NR fest, dass die Bedenken des Nationalrats hinsichtlich des Bundesbeschluss zum SIS vom Ständerat und von der Kommission aufgenommen worden seien. Einerseits werde der Datenschutz nun durch die verstärkte Koordination zwischen EDÖB, Kantonen und Europäischem Datenschutzbeauftragten gewahrt. Andererseits habe man die Formulierung des Beschlusses geändert, sodass die Rückführungsrichtlinie keine Anwendung auf den Vollzug der Landesverweisung habe. Die Kommission beantragte dem Nationalrat daher, auf die Vorlage einzutreten und damit einen Beitrag zur Sicherheit der Schweiz zu leisten. Für die FDP sei die Sicherheit eine prioritäre Staatsaufgabe, so Doris Fiala (fdp, ZH). Das SIS sei dabei ein unverzichtbares Instrument für Sach- und Personenfahndungen, die Schweiz tätige täglich über 300'000 Abfragen. Auch die GLP setzte sich für die Erweiterung des Schengen-Beistzstands ein, unter anderem weil die neue Gesetzgebung auch Opfer von Menschenhandel und Zwangsheirat schütze. Selbst die SVP, die in der Herbstsession noch eine unheillige Allianz mit den Grünen eingegangen war und das Geschäft abgelehnt hatte, war mit den Anpassungen des Ständerats zufrieden und beantragte die Annahme des neuen Entwurfs. Und auch die SP, deren geschlossene Stimmenthaltung in der Herbstsession die Ablehnung begünstigt hatte, empfahl die Annahme, da ihre Forderungen nach einem verbesserten Datenschutz erfüllt worden seien. Damit verblieben auf der Gegenseite nur die Grünen, die durch die Minderheit Fivaz (gp, NE) einen Antrag auf Nichteintreten stellten. Fivaz argumentierte, dass sich seit der Herbstsession bezüglich des Datenschutzes und des Ausländerrechts nichts Grundlegendes geändert habe. Die verdeckte Verschärfung des Ausländer- und Integrationsrechts sei nicht nötig, um die Vorlage umzusetzen, und verstosse gegen den Grundsatz der Verhältnismässigkeit. Unterstützung erhielt er von seiner Parteikollegin Marionna Schlatter (gp, ZH), welche die repressive Politik Europas an den Aussengrenzen kritisierte. Schlatter forderte den Nationalrat auf, sich gegen Verschärfungen zu wehren, die in einer Vorlage enthalten seien, zu deren Annahme «man quasi gezwungen sei». Die anwesende Bundesrätin Keller-Sutter warnte davor, den Nichteintretensantrag anzunehmen, da dies den Austritt aus dem Schengen-Verbund zur Folge hätte. Der Nationalrat beschloss mit 149 zu 30 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) auf die Vorlage einzutreten und nahm diese mit 148 zu 32 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) an. Der Widerstand der Grünen reichte nach dem Meinungsumschwung der SP und der SVP nicht aus, um das Geschäft zu versenken.
In der Schlussabstimmung wurde die Vorlage zur Änderung des BGIAA vom Nationalrat mit 157 zu 37 Stimmen (bei 1 Enthaltung) und vom Ständerat mit 41 Stimmen (bei 1 Enthaltung) angenommen. Auch die Vorlage zum SIS fand im Nationalrat mit 157 zu 36 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) und im Ständerat mit 41 Stimmen (bei 1 Enthaltung) deutlich Zuspruch.

Die Vorlage zur Weiterentwicklung des Schengen-Besitzstands zur Errichtung eines Rahmens für die Interoperabilität zwischen den verschiedenen EU-Informationssystemen gelangte in der Herbstsession 2020 in den Nationalrat. Die Vorlage beinhaltete zwei EU-Verordnungen zur Vernetzung der europäischen Informationssysteme. Einerseits ging es um das Europäische Suchportal, welches die parallele Abfrage unterschiedlicher Informationssysteme ermöglicht. Andererseits ging es um einen gemeinsamen Dienst für den Abgleich biometrischer Daten, einen Speicher für Identitätsdaten und einen Detektor für Mehrfachidentitäten. Die vorberatende SiK-NR hatte vorgeschlagen, auch das ETIAS-System in die Vorlage aufzunehmen, da die ETIAS-Vorlage bei der Verabschiedung des vorliegenden Geschäfts durch den Bundesrat noch nicht vom Parlament beschlossen worden war und deshalb nicht hatte aufgeführt werden können. Kommissionssprecherin Doris Fiala (fdp, ZH) betonte in der Ratsdebatte die Wichtigkeit der Interoperabilität zwischen den EU-Informationssystemen für die innere Sicherheit der Schweiz. Durch die dadurch möglichen vernetzten Abfragen würden die Informationssysteme der Polizei, der Grenzkontrolle und der Migrationsbehörden verbessert. Bundesrätin Keller-Sutter habe gegenüber der Kommission überzeugend dargelegt, dass Schwerstkriminalität und Terrorismus global sind und die Schweiz daher ein Teil der europäischen Sicherheitsarchitektur sein müsse. Mauro Tuena (svp, ZH) äusserte sich zur Ambivalenz der SVP-Fraktion in ihrer Entscheidungsfindung. Einerseits befürworte die SVP Sicherheit, andererseits lehne sie die Weiterentwicklung des Schengen-Besitzstandes – also die automatische Rechtsübernahme – ab. Eine Minderheit Marti (sp, ZH) wollte den Diskriminierungsschutz in der Vorlage stärken. Zwar gebe es einen Verweis darauf, dass in der nationalen Gesetzgebung Massnahmen zur Vorbeugung von Diskriminierung beschlossen werden müssten, doch ein blosser Verweis habe nicht den gleichen Stellenwert wie eine explizite Verankerung, bemängelte Marti. Sie merkte darüber hinaus an, dass für die SP Grund- und Menschenrechte im Zentrum stünden und dass die Bekämpfung illegaler Migration gleichzeitig auch reguläre Migration ermöglichen und das Recht auf Asyl gewährleisten müsse. Zudem kritisierte sie «die Entwicklung Europas zu einer Festung», wo doch die EU «nicht als eine Festung, sondern als Friedensprojekt entstanden» sei. Die Fraktion der Grünen beschloss, den Minderheitsantrag von Nationalrätin Marti zu unterstützen, sich in der Gesamtabstimmung aber zu enthalten, insbesondere wegen Bedenken hinsichtlich des Datenschutzes und des Grundrechtschutzes. Die anwesende Bundesrätin Karin Keller-Sutter versuchte die Befürchtungen bezüglich Datenschutz zu zerstreuen und erklärte, dass durch die Vernetzung der Informationssysteme nicht mehr Daten erhoben oder gespeichert würden als bisher. Auch die Zugriffsrechte der nationalen Behörden blieben unverändert, nur die Datenverfügbarkeit werde verbessert, stellte die Bundesrätin klar. Das Anliegen der Minderheit Marti begrüsste die Bundesrätin zwar inhaltlich, doch sie argumentierte, dass es durch die EU-Verordnungen bereits erfüllt werde. Der Minderheitsantrag wurde in der Folge mit 124 zu 64 Stimmen abgelehnt. Den Entwurf nahm der Nationalrat in der Gesamtabstimmung mit 156 zu 5 Stimmen (bei 27 Enthaltungen der Grünen) an. Die ablehnenden Stimmen stammten von Mitgliedern der SVP-Fraktion. Da die grosse Kammer, wie von der SiK-NR vorgeschlagen, auch das ETIAS in die Vorlage aufnahm, wich der Beschluss geringfügig vom Entwurf des Bundesrats ab.

In der Wintersession 2020 nahm sich der Ständerat der Übernahme der Rechtsgrundlagen über die Einrichtung, den Betrieb und die Nutzung des SIS an, nachdem der Nationalrat diese abgelehnt hatte, was einem Nichteintreten gleichkam. Die Sprecherin der SIK-SR, Andrea Gmür-Schönenberger (cvp, LU), fasste zu Beginn der Diskussion die Ablehnungsgründe des Nationalrats zusammen. Dieser habe bemängelt, dass EU-Recht übernommen werden müsse und dass das Ausländerrecht verschärft würde. Ständerätin Gmür-Schönenberger machte diesbezüglich aber klar, dass die Schweiz als Schengen-Staat zur Übernahme verpflichtet sei und eine mangelhafte Umsetzung zum Ausschluss aus dem Schengen/Dublin-Verband führen könne. Die SIK-SR anerkenne die wichtige Rolle der SIS bei der Kontrolle der Schengen-Aussengrenzen und befürworte daher die verstärkte Zusammenarbeit der europäischen Sicherheits- und Migrationsbehörden. Dennoch habe die Kommission drei Änderungsanträge eingebracht: die Richtlinie soll nicht auf die Anordnung und den Vollzug der Landesverweisung angewendet werden; es sollen Ausnahmen bei der Lieferung von biometrischen Daten möglich sein und durch zusätzliche Bestimmungen soll die Aufsichtsfunktion des EDÖB und die Zusammenarbeit mit kantonalen und europäischen Stellen verbessert werden. Werner Salzmann (svp, BE) zeigte sich zufrieden damit, dass die Schweiz es sich explizit vorbehalte, kriminelle Drittstaatsangehörige in «souveräner Art und Weise auszuschaffen», unabhängig von der Entwicklung der EU-Rückführungsrichtlinie. Für Salzmann habe die Vorlage mit dieser Änderung gute Chancen im Nationalrat. Auch Daniel Jositsch (sp, ZH) war zuversichtlich, dass der Nationalrat aufgrund der Anpassungen hinsichtlich der Koordination im Bereich des Datenschutzes keinen Widerstand mehr leisten würde. Bundesrätin Karin Keller-Sutter betonte, dass das SIS an die neuen Herausforderungen in den Bereichen Migration und innere Sicherheit angepasst werden soll. Eine verstärkte europäische Zusammenarbeit sei notwendig, was nicht zuletzt die Terroranschläge in Paris 2015 gezeigt hätten. Mit der Zustimmung zu den Verpflichtungskrediten zur Weiterentwicklung des Schengen/Dublin-Besitzstandes habe das Parlament bereits die finanziellen Grundlagen für das Projekt geschaffen. Sie verdeutlichte aber auch, dass man aus dem Schengen-Verbund ausscheiden würde, wenn die gesetzlichen Anpassungen nicht vorgenommen würden. Daher bat sie die Räte darum, das Differenzbereinigungsverfahren und die Schlussabstimmung bereits in der laufenden Wintersession durchzuführen. Der Ständerat nahm die Änderung des BGIAA mit 40 Stimmen (bei 1 Enthaltung) ohne Gegenstimmen an. Auch die Übernahme der Rechtsgrundlagen für die Einrichtung, den Betrieb und die Nutzung des SIS wurde inklusive der drei genannten Änderungen mit 41 Stimmen (bei 1 Enthaltung) angenommen. Abgelehnt wurde – mit 31 zu 11 Stimmen – hingegen ein Antrag der Minderheit Vara (gp, NE), die eine Bestimmung streichen lassen wollte, wonach das SEM Einreiseverbote verfügen kann, wenn die gesuchstellende Person vorgängig Sozialkosten verursacht hat, auch wenn diese Sozialleistungen berechtigterweise beantragt worden waren. Kommissionssprecherin Gmür-Schönenberger relativierte, dass diese Kann-Bestimmung bereits bestehe und nicht durch die vorliegende Vorlage verändert werde.

In der Herbstsession 2020 befasste sich als Zweitrat auch der Nationalrat mit dem Europäischen Reiseinformations- und -genehmigungssystems (ETIAS) und der Änderung des Ausländer- und Integrationsgesetzes. Bei der ersten Vorlage (ETIAS) handelte es sich um eine Weiterentwicklung des Schengen-Besitzstands. Diese soll festlegen, wie die Reisegenehmigungsgesuche von Drittstaatsangehörigen automatisiert bearbeitet werden. Die zweite Vorlage wurde nötig, weil der NDB nur dann Daten der verschiedenen Informationssysteme des Schengen-Raums beantragen kann, wenn das Schengen-Datenschutzgesetz Anwendung findet. Dies soll durch die Änderung des AIG sichergestellt werden.
Während die zweite Vorlage unumstritten war, forderte eine Kommissionsminderheit Wermuth (sp, AG) die Rückweisung der ersten Vorlage an den Bundesrat, um gewisse Bereiche nicht durch eine Umsetzungsverordnung, sondern direkt auf Gesetzesstufe zu regeln und damit die Mitwirkungsrechte des Parlaments zu stärken. Minderheitssprecher Wermuth vermutete, dass hinter der Einführung von Reisegenehmigungen für Menschen aus bisher visumsbefreiten Drittstaaten das Motiv stehe, Migration zu verhindern. Die SP unterstütze zwar die Vorlage, jedoch fordere man im Hinblick auf den Datenschutz und den Ausbau der Grundrechte in gewissen Bereichen eine gesetzliche Grundlage. Die Fraktion der Grünen unterstützte diesen Rückweisungsantrag. Greta Gysin (gp,TI) machte deutlich, dass Sachverhalte wie Datenschutz, Datensicherheit und Datenverarbeitung nicht dem Bundesrat delegiert werden dürften. Der Kommissionssprecher der SPK-NR, Kurt Fluri (fdp, SO), widersprach hingegen den von der Minderheit angebrachten Bemängelungen. Die aufgeführten Materien würden nicht unter die Kriterien von Artikel 164 BV fallen, der regelt, wann eine rechtsetzende Bestimmung in Form eines Bundesgesetzes erlassen werden muss, weshalb man den Antrag ablehne, so Fluri. Der Antrag der Minderheit wurde dann mit 109 zu 67 Stimmen abgelehnt, wobei nur die Ratslinke dafür stimmte. Die Gesamtabstimmungen zu den beiden Vorlagen fiel mit je 108 zu 23 Stimmen (bei 49 Enthaltungen) deutlich aus. Die vielen Enthaltungen der Ratslinken dürften so zu interpretieren sein, dass diese den Schengen-Integrationsprozess trotz inhaltlicher Unstimmigkeiten nicht in Frage stellen wollten.
In den Schlussabstimmungen Ende der Herbstsession 2020 hielten die SP und die Grünen an ihrer Protesthaltung fest. So nahm der Nationalrat die Vorlage zum ETIAS mit 124 zu 28 Stimmen (bei 44 Enthaltungen) und jene zur Änderung des AIG mit 123 zu 31 Stimmen (bei 42 Enthaltungen) an. Im Ständerat wurden die ETIAS-Vorlage mit 37 Stimmen (bei 7 Enthaltungen) und die AIG-Vorlage mit 43 Stimmen (bei 1 Enthaltung) einstimmig angenommen.

In der Herbstsession 2020 befasste sich der Nationalrat mit der Übernahme der Rechtsgrundlagen über die Einrichtung, den Betrieb und die Nutzung des SIS, nachdem die SiK-NR das Geschäft mit 15 zu 3 Stimmen (bei 7 Enthaltungen) zur Annahme empfohlen hatte. Eine Minderheit Fivaz (gp, NE) wollte nicht auf das Geschäft eintreten, eine zweite Minderheit Addor (svp, VS) verlangte die Rückweisung an den Bundesrat. Kommissionssprecher Thomas Rechsteiner (cvp, AI) begründete die Ablehnung des Antrags auf Nichteintreten in der Kommission damit, dass das SIS ein sehr erfolgreiches Instrument für die Zusammenarbeit von Migrations-, Polizei-, Zoll- und Justizbehörden in der EU und den assoziierten Schengen-Staaten sei und es einen wichtigen Beitrag zur Gewährleistung eines hohen Sicherheitsniveaus in der Schweiz leiste. Auch den Rückweisungsantrag lehnte die Kommission ab, da sie die Sorge, dass die von der Verfassung und den Gesetzen vorgegebenen Grundsätze der Landesverweisung bei der Anwendung der neuen SIS-Verordnungen verletzt werden könnten, nicht teile. Fabien Fivaz kritisierte im Namen seiner Minderheit und der Grünen Partei die zunehmend striktere Migrationspolitik und die Stärkung der polizeilichen Massnahmen der EU, die mit der Angst vor Kriminalität begründet werde. Der Vorschlag der weiteren Einschränkung der Ausländerrechte verstosse aus Sicht der Grünen zudem gegen den Grundsatz der Verhältnismässigkeit. Zudem seien die Datenschutzprobleme im Zusammenhang mit der SIS-Datenbank ebenfalls inakzeptabel. Auch der zweite Minderheitenführer, Jean-Luc Addor, verteidigte seinen Antrag. Zwar hege die SVP wenig Sympathie für das Schengen-System, man wolle aber für die Sicherheit der Bürgerinnen und Bürger trotzdem auf das Geschäft eintreten. Eine Rückweisung sei gemäss Addor aber unumgänglich, da die Schweiz ihre legislative Autonomie zu verlieren drohe, weil man bei der Frage der Landesverweisungen der Praxis des EuGH unterstünde. Bundesrätin Karin Keller-Sutter beschwichtigte, dass der Datenschutz beim Erarbeitungsprozess umfassend berücksichtigt worden sei und man für die Umsetzung in Schweizer Recht auch den EDÖB involviert habe. Sie wies zudem darauf hin, dass für die Umsetzung der Schengen-Weiterentwicklung eine Frist von zwei Jahren gelte, die aufgrund der Verschiebung im parlamentarischen Prozess bereits um fünf Monate überzogen worden sei. Hinsichtlich der Minderheit Addor machte die Bundesrätin klar, dass die Vorlage keine Auswirkung auf die Anordnung einer Landesverweisung habe, die weiterhin autonom von der Schweiz ausgesprochen würde. Der Rat beschloss mit 154 zu 33 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) auf das Geschäft einzutreten und lehnte den Rückweisungsantrag mit 140 zu 51 Stimmen (bei 0 Enthaltungen) ab.
In der Folge lehnte der Rat einen weiteren Minderheitsvorschlag der SVP ab, der eine Nichtanwendung der Rückführungsrichtlinie auf die strafrechtliche Landesverweisung vorsah. Mehrere Minderheiten der SP und Grünen forderten verschiedene Änderungen, unter anderem zu Einreiseverboten, Sozialhilfe und Datenschutz. Bundesrätin Keller-Sutter versuchte die Argumente der Minderheiten mit ihren Ausführungen zu entkräften, was zumindest teilweise gelang, da sämtliche Minderheiten abgelehnt wurden. Die Fraktionen der Minderheitsführenden konnten sich jedoch in der Gesamtabstimmung durchsetzen, in welcher der Entwurf mit 79 zu 74 Stimmen (bei 38 Enthaltungen) knapp abgelehnt wurde. Die Nein-Stimmen stammten von der SVP und der Grünen Partei, während sich die SP fast gänzlich enthielt.
Damit nahm der Nationalrat eine Konfrontation mit der EU in Kauf, da die Schweiz als Schengen-Staat zur Übernahme des neuen EU-Rechts verpflichtet ist. Die FDP übte am Tag darauf lautstark Kritik an der SVP und vor allem an der SP. Beat Walti (fdp, ZH) warf der SP vor, «auf verantwortungslose Weise mit der Sicherheit der Schweiz zu taktieren», und die NZZ schrieb von einem «Coup der Sozialdemokraten». Die eigentliche Frist im November 2020 sei sowieso nicht mehr zu erreichen und mit dem taktischen Spiel der SP und dem Nein im Nationalrat werde sich die Umsetzung noch weiter verzögern, so die Zeitung weiter.

Der Bundesrat veröffentlichte im September 2020 seine Botschaft betreffend die Weiterentwicklung des Schengen-Besitzstands zur Errichtung eines Rahmens für die Interoperabilität zwischen den verschiedenen EU-Informationssystemen. Diese Verbesserung der Interoperabilität wurde als Reaktion auf die seit 2015 verübten Terroranschläge im Schengen-Raum und auf die grossen Herausforderungen im Migrationsbereich vorgenommen. Zu den betroffenen Systemen gehören das Schengener Informationssystem SIS, das Visa-Informationssystem VIS, die Eurodac-Datenbank, das Einreise-Ausreisesystem EES und das Europäische Reiseinformations- und -genehmigungssystem (ETIAS).
Laut Bundesrat könnten Grenzkontroll-, Migrations- und Strafverfolgungsbehörden bei Annahme der vorgeschlagenen Gesetzesänderungen in Zukunft mit einer einzigen Abfrage Informationen aus allen diesen Informationssystemen erhalten und damit deren Synergien nutzen. Die erforderlichen Zugriffsrechte der Behörden auf die jeweiligen Systeme sollten durch die Interoperabilität jedoch nicht verändert werden und es würden auch keine zusätzlichen Daten erhoben. Die Interoperabilität vereinfache die Identifizierung von Personen, da biometrische Daten aus unterschiedlichen Systemen verglichen werden können, erklärte der Bundesrat. Damit könne man auch Personen identifizieren, die Mehrfachidentitäten besässen oder unter falschen Identitäten verzeichnet seien. Dadurch werde die Sicherheit im Schengen-Raum verbessert und die Migrationssteuerung effizienter gemacht, was den Jahreszielen des Bundesrats im Bereich Sicherheit und Migration entspreche. Um die beiden dafür notwendigen EU-Verordnungen umsetzen zu können, müsse die Schweiz das AIG, das BGIAA, das Verantwortlichkeitsgesetz und das Bundesgesetz über die polizeilichen Informationssysteme des Bundes anpassen. Damit einher gingen auch finanzielle und personelle Zusatzaufwände für Verwaltung und Kantone, weil die Schweizer Informationssysteme und Prozesse ebenfalls abgeändert werden müssten. Aufgrund der Motion Eichenberger (fdp, AG; Mo. 18.3592) werde die Interoperabilität zwischen kantonalen und nationalen Informationssystemen aber sowieso bereits angestrebt. Die Kosten beliefen sich von 2020 bis 2025 auf rund CHF 21 Mio. und seien Bestandteil eines Verpflichtungskredits zur Weiterentwicklung des Schengen/Dublin-Besitzstands, welche die Räte bereits freigegeben hätten.

Im August 2020 verabschiedete der Bundesrat die Botschaft zur erweiterten Europäischen Grenz- und Küstenwache. Ziel der neuen EU-Verordnung sei laut Bundesrat die Verbesserung der Kontrollen an den Schengen-Aussengrenzen und der Rückführungen von rechtswidrigen Aufenthalterinnen und Aufenthaltern. Da die Schweiz sich verpflichtet hatte, jegliche Weiterentwicklung des Schengen-Besitzstands zu übernehmen, war es nun Sache der Bundesversammlung, den Notenaustausch zu genehmigen.
Die neue Verordnung war entstanden, als die EU im Rahmen der Migrationskrise 2015 beschlossen hatte, die Europäische Agentur für die Grenz- und Küstenwache Frontex zu stärken. In den folgenden Jahren sei es laut Botschaft aber immer wieder zu finanziellen und personellen Engpässen gekommen. Durch eine 2019 erlassene EU-Verordnung sollte Frontex ein stärkeres Mandat erhalten, um die europäischen Aussengrenzen effizient kontrollieren zu können, ausreisepflichtige Personen in ihr Herkunfts- oder Heimatsland rückzuführen und grenzüberschreitende Kriminalität zu bekämpfen.
Die Verordnung besagt unter anderem, dass eine ständige personelle Reserve von bis zu 10'000 Grenz- und Küstenschützerinnen und Küstenschützern aufgebaut werden soll. Auch der Grundrechtsschutz soll gestärkt werden, indem ein unabhängiger Grundrechtsbeauftragter oder eine unabhängige Grundrechtsbeauftragte und 40 Grundrechtsbeobachtende die Arbeit der Agentur überwachen. Das Mandat von Frontex im Bereich der Rückkehr und der Zusammenarbeit mit Drittstaaten soll ebenfalls ausgebaut werden, sodass Frontex die Schengen-Staaten während aller Phasen der Rückführung von ausreisepflichtigen Personen unterstützen kann und eine verstärkte Zusammenarbeit mit Drittstaaten etabliert wird. Die Entscheide über Rückführungen und Administrativhaft bleiben aber in der Verantwortung der jeweiligen Staaten, welche auch weiterhin primär für den Schutz ihrer Aussengrenzen verantwortlich sind.
Laut Bundesrat entsprechen diese Massnahmen dem Interesse der Schweiz und sind ein wichtiger Bestandteil der Schweizer Migrationspolitik. Frontex unterstütze die Schengen-Staaten an den Aussengrenzen und harmonisiere damit die Grenzkontrollen, was Rechtssicherheit schaffe. Des Weiteren erklärte der Bundesrat in seiner Botschaft, dass diese Weiterentwicklung des Schengen-Besitzstandes eine Anpassung des AIG nötig mache. Eine neue AIG-Bestimmung würde regeln, in welcher Art und Weise der Bund mit Frontex zusammenarbeite; dazu gehöre die Erarbeitung von Planungsinstrumenten (zum Beispiel nationale Lagebilder zu Grenzübertritten oder grenzüberschreitender Kriminalität) zuhanden der Agentur. Unabhängig von diesen Massnahmen wolle der Bundesrat – auf Empfehlung der Europäischen Kommission im Rahmen der 2018 vorgenommenen Schengen-Evaluierung – sowieso eine Präzisierung im AIG vornehmen, um sicherzustellen, dass ausreisepflichtige asylsuchende Personen ausdrücklich zum Verlassen des Schengen-Raums und zur Weiterreise in ihren Herkunftsstaat verpflichtet werden. Die Schweiz werde sich weiterhin gemäss Kostenschlüssel an der Finanzierung von Frontex beteiligen, so der Bundesrat. Da die EU diese jedoch mit einem höheren Budget auszustatten gedenke, dürften sich diese Beiträge etappenweise erhöhen und 2024 entweder CHF 36 Mio. oder CHF 68 Mio. betragen. Eine genauere Einschätzung sei nicht möglich, da der mehrjährige Finanzrahmen der EU noch nicht fertig verhandelt sei und auch die Ergebnisse der Überprüfung 2023 das Budget noch beeinflussen könnten.

Im Januar 2020 veröffentlichte der Bundesrat den Bericht zur Aussenwirtschaftspolitik 2019, welcher der Digitalisierung in einem Schwerpunktkapitel besondere Aufmerksamkeit schenkte. Der Bericht kam zum Schluss, dass die globale Unsicherheit hinsichtlich internationaler Ordnungen immer stärker auch die Schweiz erfasse. Die wachsende Globalisierungsskepsis zeige sich durch die Abschottung und den Protektionismus gewisser Länder und stehe in krassem Gegensatz zur verstärkten Vernetzung von Wertschöpfungsketten durch die Digitalisierung. Damit die Schweiz auch in einer digitalisierten Weltwirtschaft wettbewerbsfähig sei, müsse man die ungehinderte grenzüberschreitende Datenübermittlung sicherstellen, was noch nicht mit allen Partnerländern gelungen sei. Man engagiere sich sowohl in der OECD, wie auch in der WTO und durch bilaterale Instrumente dafür, dass globale internationale Standards und Regeln baldmöglichst eingeführt werden können. Innenpolitisch habe die Annahme der STAF dazu geführt, dass der Unternehmensstandort Schweiz an Attraktivität gewonnen habe. Die wirtschaftlichen Beziehungen zwischen der Schweiz und der EU würden nach wie vor von den seit 2014 laufenden Verhandlungen des institutionellen Rahmenabkommens, der Aberkennung der Börsenäquivalenz und der «Mind the Gap»-Strategie geprägt. Im Berichtsjahr wurden mehrere bilaterale Wirtschaftsabkommen abgeschlossen, unter anderem mit den Mercosur-Staaten und Indonesien. Auch das Thema Nachhaltigkeit habe angesichts der Klimaerwärmung und der Übernutzung natürlicher Ressourcen an Bedeutung gewonnen und wurde nicht zuletzt in den jüngsten Freihandelsabkommen berücksichtigt. Nach wie vor unklar sind die zu erwartenden Konsequenzen der Konzernverantwortungsinitiative, die sich zum Zeitpunkt der Berichtsveröffentlichung noch in der parlamentarischen Diskussion befand. Auch die wirtschaftliche Entwicklungszusammenarbeit war Thema des Berichts, wobei 2019 die Botschaft zur Strategie der internationalen Zusammenarbeit 2021-2024 in die Vernehmlassung ging. Darüber hinaus stünden Kapitalerhöhungen der Afrikanischen Entwicklungsbank und der Weltbankgruppe kurz bevor. In der Export- und Sanktionspolitik beschäftigte man sich 2019 hauptsächlich mit den Volksinitiativen «Für ein Verbot der Finanzierung von Kriegsmaterialproduzenten» und «Gegen Waffenexporte in Bürgerkriegsländer».
Neben dem eigentlichen Bericht unterbreitete der Bundesrat dem Parlament auch die folgenden Botschaften mit dem Antrag auf Zustimmung: Landwirtschaftsabkommen mit Israel, Änderung des Protokolls A über landwirtschaftliche Verarbeitungsprodukte zwischen den EFTA-Staaten und Israel, Handelsabkommen mit dem Vereinigten Königreich, Abkommen mit der Türkei im Rahmen des Allgemeinen Präferenzsystems. Hinzu kam der Bericht über zolltarifarische Massnahmen im Jahr 2019.
In der Frühjahrssession 2020 wurde der Bericht vom Nationalrat sehr wohlwollend beraten und zur Kenntnis genommen. Nur Jacqueline Badran (sp, ZH) kritisierte diesen im Namen ihrer Partei ausdrücklich wegen der fehlenden Kohärenz zwischen Aussenwirtschaftspolitik, Aussenpolitik, Entwicklungszusammenarbeit und Sicherheitspolitik. Im Anschluss nahm der Rat auch die erwähnten Abkommen mit wenigen Gegenstimmen an. Auch der Ständerat nahm den Bericht wenige Tage später zur Kenntnis und stimmte sämtlichen Abkommen einstimmig zu. Auch in der Schlussabstimmung, die aufgrund des Sessionsabbruchs erst in der Sommersession 2020 durchgeführt werden konnte, wurden alle drei Bundesbeschlüsse mit überwältigenden Mehrheiten angenommen.

Aufgrund des Corona-bedingten Sessionsabbruchs nahm der Ständerat erst in der Sommersession 2020 Kenntnis vom Aussenpolitischen Bericht 2019. Damian Müller (fdp, LU) äusserte sich im Namen der APK-SR dazu und lobte vor allem die erfolgreiche Erarbeitung der «Mind the Gap»-Strategie zur Sicherstellung der Rechte und Pflichten gegenüber dem Vereinigten Königreich nach dem Brexit, die enge Kooperation mit den Nachbarländern und die Bemühungen um den Abschluss des institutionellen Rahmenabkommens mit der EU.

Der Ständerat nahm sich in der Sommersession 2020 des Verpflichtungskredits zur Weiterentwicklung des Schengen/Dublin-Besitzstands an, wobei keine neuen Argumente eingebracht wurden. Damian Müller (fdp, LU) sprach dem Verpflichtungskredit im Namen der APK-SR seine Unterstützung aus, nicht zuletzt weil die Schweiz volkswirtschaftlich und finanziell von ihrer Assoziierung an Schengen/Dublin profitiere. Die APK-SR sehe im Bereich der inneren Sicherheit zudem einen sicherheitspolitischen Mehrwert – dank dem automatischen Datenaustausch –, der sich monetär gar nicht erfassen liesse. Da sich die Schweiz zur termingerechten Übernahme aller Weiterentwicklungen verpflichtet habe, sei der Verpflichtungskredit laut Finanzhaushaltsgesetz notwendig, führte Müller aus. Bundesrätin Keller-Sutter warnte vor einer Verzögerung der Umsetzung, da dies Mehraufwände und Mehrkosten mit sich bringen würde. Sie hob die Wichtigkeit der Neu- und Weiterentwicklungsprojekte für die Schweiz hervor, welche dem Schutz der Aussengrenzen, der Bekämpfung der illegalen Migration und der allgemeinen Kriminalitätsbekämpfung dienen würden. Die in den kommenden fünf Jahren benötigten CHF 122 Mio., von denen CHF 23 Mio. Eigenleistungen und CHF 13.7 Mio. eigene Sachmittel sind, stellten bereits den vierten Verpflichtungskredit für IT-Entwicklungen im Bereich Schengen/Dublin dar, wobei bisher noch nie Kostenüberschreitungen oder Nachtragskreditbegehren aufgetreten seien. Bundesrätin Keller-Sutter kündigte an, dass weitere Verpflichtungskredite anstehen und durch die neuen Aufgaben der Schengen-Staaten, wie beispielsweise die Einrichtung des Europäischen- Reiseinformations- und -genehmigungssystems, höhere Betriebskosten anfallen würden. Sie erwähnte dabei aber auch die Möglichkeit, derartige Projekte durch Beiträge aus dem europäischen Fonds für die innere Sicherheit im Bereich Aussengrenze und Visa mitzufinanzieren. Der Ständerat stimmte dem Kredit mit 36 zu 2 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) zu und übernahm damit auch die Ergänzung des Nationalrats, demgemäss das Geld erst freigegeben wird, wenn das Parlament die gesetzlichen Grundlagen in Sachen Datenschutz beschlossen hat.

Im März 2020 veröffentlichte der Bundesrat die Botschaft zur Genehmigung und Umsetzung des Europäischen Reiseinformations- und -genehmigungssystems (ETIAS) und zur Änderung des Ausländer- und Integrationsgesetzes (AIG). Im Herbst 2018 hatte die EU die Schweiz über die Einführung eines neuen Informationssystems im Schengen-Raum in Kenntnis gesetzt. Zukünftig benötigen nicht visumspflichtige Drittstaatenangehörige als zusätzliche Einreisevoraussetzung eine Reisegenehmigung, um die Schengen-Aussengrenzen für kurzfristige Aufenthalte zu überschreiten. Die eingereichten Daten würden mit anderen Systemen wie dem SIS, dem VIS und dem EES abgeglichen, um potenzielle Sicherheits-, Migrations- oder Gesundheitsrisiken frühzeitig erkennen zu können. Wird ein Treffer gemeldet, so müssen die nationalen ETIAS-Stellen den Fall individuell prüfen und über eine Reisegenehmigung entscheiden. Damit ETIAS auf die nationalen Daten des Zentralen Migrationsinformationssystems der Schweiz zugreifen könne, müsse das Bundesgesetz über das Informationssystem für den Ausländer- und Asylbereich ergänzt werden. Zudem sei eine Anpassung der Einreisevoraussetzungen des AIG nötig, da alle Drittstaatenangehörigen eine Reisegenehmigung besitzen müssten.
Des Weiteren schlug der Bundesrat eine vorübergehende Änderung des AIG vor, wodurch das neue Schengen-Datenschutzgesetz teilweise auf den NDB angewendet werden könne. Dies würde in denjenigen Fällen geschehen, in welchen der NDB Daten aus dem Visa-Informationssystem, dem EES und dem SIS verarbeitet. Sobald das revidierte Schweizer Datenschutzgesetz in Kraft tritt, würden diese Änderungen wieder aufgehoben, da die notwendigen Datenschutzbestimmungen dort enthalten sein werden.

In der Sommersession 2020 nahm Andrea Caroni (fdp, AR) während der Beratung in der kleinen Kammer im Namen der SPK-S Stellung zur Vorlage. Man sei innerhalb der Kommission zum Schluss gekommen, dass das neue System zwar etwas mehr Bürokratie mit sich bringe, die Prävention unerwünschter Einreisen bei gleichzeitiger «grundsätzlicher Visumsfreiheit» jedoch möglichst effizient gewährleiste. Kritischer äusserte sich Ständerätin Lisa Mazzone (gp, GE), welche den Nutzen des Systems als Solches in Frage stellte. Wie gewisse Kantone bereits in der Vernehmlassung angemerkt hätten, könnten Terroristen und Kriminelle weiterhin auch auf illegale Art und Weise einreisen. Mazzone bemängelte zudem die Gefahr eines Generalverdachts gegenüber Einreisenden, die Unklarheiten hinsichtlich des Datenschutzes und die grössere Arbeitsbelastung des Bundesverwaltungsgerichts. Der Ständerat nahm dann den Bundesbeschluss über die Genehmigung des ETIAS und die Anpassung der Einreisevoraussetzungen allerdings mit 40 Stimmen (bei 5 Enthaltungen) einstimmig an. Auch die temporäre Änderung des AIG wurde mit 41 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) einstimmig angenommen.

Der Nationalrat nahm im März 2020 den Aussenpolitischen Bericht 2019 zur Kenntnis. Der Bericht gibt einen Gesamtüberblick über die Aussenpolitik der Schweiz im Berichtsjahr. Dabei zieht er auch Bilanz über die bundesrätliche Aussenpolitische Strategie 2016-2019, wobei diese im Generellen positiv ausfiel. Einzelne Ziele, insbesondere in der Europapolitik, konnten noch nicht erreicht werden. Grund dafür war vor allem der nach wie vor ausstehende Abschluss eines institutionellen Rahmenabkommens, welches den bilateralen Weg mit der EU konsolidieren und weiterentwickeln sollte. Im Jahr 2019 beobachtete der Bundesrat gemäss Bericht fünf globale Trends, dazu gehörten die internationale Protestbewegung der Klimajugend und jene in Hongkong genauso wie die digitale Transformation und deren Risiken. Auch der zunehmende strategische Wettbewerb zwischen den Grossmächten, explizit der Handelskonflikt zwischen den USA und China, die Schwächung des Multilateralismus sowie die damit einhergehende Abnahme des Sicherheitsniveaus liessen sich im Berichtsjahr beobachten. Institutionen wie die NATO, die OSZE und die EU würden stärker in Frage gestellt und die Situation im Mittleren Osten gewinne sowohl in Syrien, im Iran, in Jemen wie auch in der Golfregion an Brisanz, erklärte der Bundesrat im Bericht.
Die letzte grosse Entwicklungstendez sei die Verlangsamung der Globalisierung, was für die Schweiz bedeute, dass der europäische Markt kurz- und mittelfristig an Bedeutung gewinnen dürfte. Daraus folge als logische Konsequenz ein Bedeutungsgewinn der bilateralen Beziehungen mit europäischen Staaten, auch ausserhalb der EU. Kommissionssprecher Molina (sp, ZH) würdigte im Namen der APK-NR die guten Dienste der Schweiz als Trägerin von Schutzmachtmandaten und die Umsetzung der UNO-Agenda 2030 trotz mangelnder Kohärenz zwischen den Politikfeldern. Kritischer äusserte er sich zur fehlenden Führung des Bundesrats in der Europapolitik, dennoch beantragte die Kommission, den Bericht zur Kenntnis zu nehmen. Roger Köppel (svp, ZH) liess hingegen kaum ein gutes Haar an der Aussenpolitik der Schweiz und bemängelte angesichts der sich anbahnenden Corona-Krise den «Irrweg», den die Schweiz mit ihrer «globalen Abhängigkeit» eingeschlagen habe. Die Fraktion der FDP fand lobende Worte für den Bericht und die gestärkte Rolle der Schweiz als mediierende Kraft im Nahen Osten. Sibel Arslan (basta, BS) bemängelte stellvertretend für die grüne Fraktion diverse inhaltliche Lücken, wie die Verfolgung von LGBTIQ-Menschen und die neue Richtlinie zur Zusammenarbeit mit Schweizer NGOs. Zum Abschluss betonte der anwesende Bundesrat Ignazio Cassis, dass die Aussenpolitik sowohl verfassungsrechtlich wie auch faktisch eine Angelegenheit des Gesamtbundesrats sei. Er zeigte sich überzeugt, dass der Problematik der fehlenden Kohärenz in der Aussenpolitischen Strategie 2020-2023 Rechnung getragen werde und sich die Schweizer Aussenpolitik dementsprechend noch kohärenter und glaubwürdiger präsentieren dürfte.
Die Kenntnisnahme durch den Ständerat erfolgte aufgrund des Sessionsabbruchs nicht mehr in der Frühlingssession 2020.

Im März 2020 publizierte der Bundesrat die Botschaft für das SIS und das Europäische Reiseinformations- und genehmigungssystem im Rahmen der Weiterentwicklung des Schengen-Besitzstandes. Mit der Botschaft beantragte der Bundesrat dem Parlament die Zustimmung bezüglich der Übernahme der Rechtsgrundlagen für die Einrichtung, den Betrieb und die Nutzung des SIS sowie zur Änderung des Bundesgesetzes über das Informationssystem für den Ausländer- und Asylbereich. Im Rahmen dieser Neuerungen stellte er zudem auch den Antrag auf Abschreibung der Motion Müri (svp, LU; Mo. 13.3455), deren Forderungen durch die vorliegenden Anpassungen des BGIAA umgesetzt würden. Da die Schweiz drei Schengen-Verordnungen im Rahmen des SIS übernehmen und umsetzen müsse, seien verschiedene Rechtsgrundlagen anzupassen. Mit der Verordnung «SIS Polizei» würde unter anderem die Fahndung nach Personen verbessert, denen Straftaten mit Terrorismusbezug vorgeworfen werden. Zukünftig könnten besonders schutzbedürftige Personen – beispielsweise Opfer von Menschenhandel, von Zwangsheiraten oder von elterlichen Entführungen – zudem präventiv zur Fahndung ausgeschrieben werden, um diese damit zu schützen. Gemäss der Verordnung «SIS Grenze» seien bei einer Gefährdung der öffentlichen Sicherheit und Ordnung von nun an zwingende Ausschreibungen zur Einreise- und Aufenthaltsverweigerung vorgesehen, was zu mehr Ausschreibungen und mehr Einreiseverboten gestützt auf das AIG führe. Zudem soll mit der Verordnung «SIS Rückkehr» auch die Zusammenarbeit hinsichtlich der Rückkehr «illegal aufhältiger Drittstaatsangehöriger» verbessert werden. Der Vollzug der Wegweisung von Drittstaatsangehörigen mit irregulärem Aufenthalt im Schengen-Raum soll erleichtert werden, indem diese im SIS ausgeschrieben und damit für alle Mitgliedstaaten sichtbar gemacht werden. Im Fall der Schweiz würden die Informationen der kantonalen Migrationsbehörden aus dem ZEMIS bei erfüllter Voraussetzung automatisch an das SIS übermittelt. Die Änderung des BGIAA rühre daher, dass man damit die Eingabe von Landesverweisungen in besagtem ZEMIS sicherstellen wolle und dabei eine vollständige Statistik zur Rückkehr von EU/EFTA-Angehörigen und Drittstaatsangehörigen gewährleiste.
Das SIS-Reformpaket und auch die Änderung des BGIAA seien im Vernehmlassungsverfahren von einer Mehrheit der Beteiligten gutgeheissen worden, insbesondere die höhere Sicherheit im Schengen-Raum sei begrüsst worden. Bemängelt worden sei indes der grosse Zusatzaufwand für die kantonalen Migrationsbehörden; der Bundesrat versprach aber zur Entlastung der Kantone gewisse Abläufe anzupassen.

Der Ständerat hatte in der Wintersession 2019 die Aufgabe, die letzte übrig gebliebene Differenz der beiden Räte zur Änderung des Asylgesetzes in Bezug auf den Rahmenkredit Migration auszumerzen. Nachdem das eigentliche Hauptgeschäft – der zweite Beitrag der Schweiz an ausgewählte EU-Staaten – angenommen worden war, konnte nun auch wieder über den damit verbundenen Rahmenkredit Migration diskutiert werden. Der Nationalrat hatte der Delegation der Vertragsabschlusskompetenz an den Bundesrat bereits zugestimmt, forderte jedoch, dass die bilateralen Verträge zur Umsetzung des Rahmenkredits Migration jeweils den zuständigen Ratskommissionen vorgelegt werden müssen.
Die SPK-SR unterstützte den Vorschlag des Nationalrats und empfahl dessen Annahme. Im Ständerat wurde die Änderung diskussionslos angenommen, womit das Geschäft bereit war für die Schlussabstimmungen. Sowohl der Ständerat – mit 37 zu 5 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) – wie auch der Nationalrat – mit 117 zu 59 Stimmen (bei 21 Enthaltungen) – nahmen die Vorlage überdeutlich an. In Übereinstimmung mit ihrem bisherigen Abstimmungsverhalten zur Vorlage sprach sich die SVP auch in den Schlussabstimmungen gegen den Entscheid aus, im Nationalrat stimmte die Fraktion gar geschlossen dagegen.

Im Oktober 2019 befasste sich die FK-NR mit dem Verpflichtungskredit zur Weiterentwicklung des Schengen/Dublin-Besitzstands. Sie sprach sich für den Verpflichtungskredit aus, sofern die APK-NR die Schweizer Teilnahme an Schengen/Dublin weiterhin für unumgänglich halte. Die APK des Nationalrats beriet im November 2019 über die Botschaft des Bundesrats. Ein Antrag auf Sistierung des Geschäfts bis zur Klärung des institutionellen Abkommens und dessen Kosten, lehnte die Kommission mit 17 zu 8 Stimmen ab und nahm stattdessen die Vorlage in der Gesamtabstimmung mit der gleichen Stimmenzahl an. Sie fügte dieser jedoch eine Klausel hinzu, gemäss welcher der Kredit erst freigegeben werden kann, wenn das Parlament die gesetzlichen Grundlagen – vor allem im Bereich des Datenschutzes – dafür beschlossen hat.

Das Geschäft gelangte in der Wintersession in den Nationalrat, wo sich eine SVP-Ratsminderheit um Nationalrat Büchel (svp, SG) für die Sistierung des Kredits einsetzte. Bis die offenen Fragen zum institutionellen Abkommen mit der EU geklärt und die hohen Kosten überdacht seien, solle man die Kreditvergabe verschieben. Diese Haltung stiess bei den Vertreterinnen und Vertretern der anderen Parteien auf wenig Resonanz. Nationalrätin Schneider-Schneiter (cvp, BL) befand es für notwendig, die Informationssysteme auszubauen, und warf den Gegnerinnen und Gegnern der Vorlage vor, nicht wirklich Interesse an einer geregelten Migration und an einem effizienten Asylverfahren zu haben. Selbst Hans-Peter Portmann (fdp, ZH) nahm sich in seiner Kritik an der SVP-Fraktion nicht zurück und zeigte sich irritiert, dass die ansonsten «befreundete» SVP-Fraktion den Nutzen von Schengen/Dublin in den Bereichen Tourismus und Migration nicht erkenne. Darüber hinaus warf er ihr vor, Falschinformationen zu verbreiten. Denn das Rahmenabkommen sei vertraglich unabhängig von Schengen/Dublin. Der fragliche Kredit stelle einen weiteren Vollzug bereits getroffener Entscheide zur Weiterentwicklung der Informationssysteme dar. Konsequenterweise müsse der Nationalrat diesen also annehmen.
Die Minderheit erhielt für ihren Sistierungsantrag über die eigene Fraktionsgrenze hinaus keine Unterstützung und blieb mit 55 zu 138 Stimmen (bei zwei Enthaltungen) chancenlos. Mit 137 zu 6 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) folgte der Nationalrat schliesslich der Empfehlung seiner aussenpolitischen Kommission und übernahm dabei auch die vorgeschlagene Änderung.

Die APK-NR hatte im August 2019 die Beschlussfassung zum zweiten Beitrag der Schweiz an ausgewählte EU-Staaten auf das vierte Quartal verschoben und gleichzeitig Bundesrat und Verwaltung damit beauftragt, zusätzliche Abklärungen zu treffen. Die Kommission wollte wissen, welche Vor- und Nachteile eine derartige Mittelverschiebung mit sich bringen würde. Des Weiteren sollte eine Einschätzung vorgenommen werden, welche Massnahmen der EU als diskriminierend aufgefasst werden könnten und somit die finanziellen Beiträge blockieren würden. Dieser Bedingung hatten sowohl Ständerat wie auch Nationalrat eindeutig zugestimmt, insbesondere in Anbetracht des drohenden Endes der Börsenäquivalenz, welches Anfang Juli auch eingetreten war. Im November 2019 entschied sich die APK-NR, hinsichtlich der Aufstockung des Rahmenkredits Migration dem Ständerat zu folgen und den Antrag abzulehnen. Die zweite Differenz zwischen den beiden Räten bestand in der Frage, ob der Bundesrat zusätzlich auch noch über die Teilnahmebedingungen an EU-Forschungs- und Bildungsprogrammen verhandeln solle. Doch auch dies lehnte die Kommission ab, da man die Kohäsionsmilliarde nicht mit thematisch unabhängigen Dossiers verknüpfen wollte. Zudem hätten diese Verhandlungen das Geschäft zeitlich noch stärker verzögert, was dem Ziel einer raschen Differenzbereinigung im Sinne des Geschäftsabschlusses widersprochen hätte.

In der Wintersession 2019 behandelte der Nationalrat das Geschäft erneut, um die Differenzen zum Ständerat zu bereinigen. Eine Minderheit – getragen durch die Grünen, die SP und die GLP – hatte die Wiederassoziierung der Schweiz an «Erasmus plus» und «Kreatives Europa» sowie die Teilnahme an «Horizon Europa» als Ergänzung zum Rahmenkredit gefordert. Der Antrag der Minderheit erhielt jedoch nur 86 Stimmen, dem Mehrheitsantrag gaben 110 Räte ihre Stimme. Somit fügte sich der Nationalrat mehr oder weniger willig den Entscheiden des Ständerats und den Vorschlägen der Kommission. Beide Räte waren sich darüber hinaus einig, dass die Zahlungen ausgesetzt werden sollten, solange diskriminierende Massnahmen vonseiten der EU bestehen. Nachdem die CVP und die FDP die Differenzbereinigung erst nach den nationalen Wahlen im Herbst durchführen wollten und sich zur Frage der Diskriminierung bedeckt hielten, vertraten nun diverse Vertreterinnen und Vertreter beider Parteien explizit die Auffassung, dass die Schweiz durch die EU diskriminiert werde. Grund dafür war vermutlich auch eine Einschätzung des Bundesrats, wonach die Aufhebung der Börsenäquivalenz unter dem WTO-Gleichbehandlungsgebot als Diskriminierung angesehen werden könne. Bundesrat Cassis erklärte daher dem Nationalrat, dass das Parlament selbst bei einer Annahme noch keine Kredite vergeben würde. Denn die Schweiz ginge erst dann rechtliche Verpflichtungen ein, wenn sie die bilateralen Abkommen unterzeichnet. Da dies erst nach Reinstallierung der Börsenäquivalenz geschehe, läge der Ball somit wieder bei der EU. Er hob auch hervor, dass das Ja zur Kohäsionsmilliarde und dem Migrationskredit ein Schritt hin zur Deeskalation in den verfahrenen Verhandlungen mit der EU sei. Dass das Parlament diese Meinung nicht unumstritten teilte, zeigte das Votum von Tiana Moser (glp, ZH), die den Entscheid als «positives Signal mit angezogener Handbremse» bezeichnete.

In der Herbstsession 2019 gelangte das Geschäft zur Genehmigung der Beteiligung an der Europäischen Agentur für das Betriebsmanagement von IT-Grosssystemen in den Nationalrat. Die EU-Lisa ist für den Betrieb und die Weiterentwicklung zahlreicher zentraler Systeme des Schengenraums verantwortlich. Dazu gehören unter anderem das SIS, das Visa-Informationssysstem, die Fingerabdruck-Datenbank Eurodac und das Ein- und Ausreisesystem (EES). Hans-Peter Portmann (fdp, ZH), der Sprecher der APK-NR, wies darauf hin, dass die Schweiz seit 2012 als Beobachterin der Agentur an sämtlichen Projekten der EU-Lisa beteiligt sei und das Parlament der EU-Verordnung zur Errichtung der Agentur bereits zugestimmt habe. Gemäss der vorliegenden Vereinbarung solle die Schweiz sich zukünftig vollständig daran beteiligen und sich mit begrenztem Stimmrecht gleichberechtigt mit den EU-Mitgliedsstaaten engagieren können. Die Beteiligungskosten würden für die Schweiz wie bis anhin CHF 7-8 Mio. betragen, so Portmann weiter. Eine Kommissionsminderheit Estermann (svp, LU) hatte einen Nichteintretensantrag gestellt, obwohl man sich, so Estermann, der Vorteile des Abkommens bewusst sei. Jedoch sei die SVP-Delegation der Meinung, dass man keine weiteren Zahlungen an die EU leisten solle, solange man von dieser in verschiedener Hinsicht diskriminiert werde. Dieses Verhalten wurde von den anderen Ratsmitgliedern nicht goutiert. Walter Müller (fdp, SG) etwa befand das Ablehnen eines nach langer Verhandlung erarbeiteten Resultats für nicht konstruktiv. Der Rat beschloss mit 132 zu 51 Stimmen (bei 2 Enthaltungen), auf das Geschäft einzutreten, wobei nur Mitglieder der SVP-Fraktion dagegen stimmten, und nahm es kurz darauf mit 133 zu 49 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) an. Auch in der Schlussabstimmung drei Tage später fiel das Ergebnis im Nationalrat mit 138 zu 52 Stimmen (bei 7 Enthaltungen) eindeutig und im Ständerat gar einstimmig aus.

Nationalrat Thomas Aeschi (svp, ZG) stellte in der Herbstsession 2019 einen Ordnungsantrag zur Behandlung des zweiten Beitrags der Schweiz an ausgewählte EU-Staaten in der Herbstsession 2019 – wegen einer Differenz zwischen Ständerat und Nationalrat war das Geschäft noch hängig. Eine in beiden Räten unumstrittene Klausel besagt, dass auf Verpflichtungen auf Grundlage des Rahmenkredits nicht eingegangen wird, wenn und solange die EU diskriminierenden Massnahmen gegen die Schweiz unternimmt. Dieses Kriterium erachtete Thomas Aeschi mit der Nichtverlängerung der Anerkennung der Schweizer Börsenäquivalenz Anfang Juli 2019 als erfüllt. Er kritisierte insbesondere die Fraktionen der CVP und der FDP dafür, dass sie in der Kommission zugestimmt hatten, die Differenzbereinigung erst nach den eidgenössischen Wahlen 2019 durchzuführen statt das Geschäft per se abzulehnen. Dies käme laut Nationalrat Aeschi einer «Irreführung der Schweizer Wähler» gleich. Der Ordnungsantrag wurde mit 119 Stimmen zu 63 Stimmen abgelehnt, wobei ihm ausschliesslich Mitglieder der SVP-Fraktion zustimmten.

Am 4. September 2019 überwies der Bundesrat eine Botschaft zum Verpflichtungskredit zur Weiterentwicklung des Schengen/Dublin-Besitzstands an das Parlament. In der dazugehörigen Medienmitteilung begründete er die Relevanz des Kredits mit dem Ziel einer verbesserten Kontrolle der Aussengrenzen und ausgeweiteter Kooperation der nationalen Sicherheits- und Migrationsbehörden. Die Schweiz hatte bis anhin vor allem im Asylbereich profitiert, wo die Teilnahme an Schengen/Dublin jährlich zu Kosteneinsparungen von CHF 270 Mio. geführt hatte. In den kommenden Jahren will die EU mehrere Milliarden Euro in den Ausbau bestehender und die Entwicklung neuer Informationssysteme investieren. Auch die Schweiz habe – gemäss Bundesrat – in diesem Kontext bereits Entwicklungen angestossen. So hatte das Parlament im Juni 2019 den Bundesbeschluss zum neuen Einreise- und Ausreisesystem EES verabschiedet, zu zwei weiteren Projekten – dem Schengener Informationssystem II und dem Europäischen Reiseinformations- und -genehmigungssystem – werden die Botschaften des Bundesrats in naher Zukunft erwartet. Die erwähnten Informationssysteme sollen zudem besser miteinander verknüpft werden (Interoperabilität), damit fortan nur noch eine einzige Abfrage zur Informationsbeschaffung aus unterschiedlichen Datenbanken nötig sein wird. Insgesamt dürften sich die Kosten gemäss EJPD auf rund CHF 122 Mio. belaufen, wovon ein Teil durch eigene Sachmittel und personelle Ressourcen des Justizdepartements gedeckt werden könne. Der effektive Kredit in Höhe von CHF 98.7 Mio. soll in zwei Tranchen freigegeben werden, wobei der Schweiz dadurch auch die Teilnahme an der Beschlussfassung der eu-LISA – der Agentur, welche Informationssysteme im Raum der Freiheit, der Sicherheit und des Rechts handhabt – ermöglicht werden dürfte.

En mai 2012 et en juillet 2016, le Conseil fédéral publiait deux messages concernant la reprise du règlement (UE) n°1077/2011 portant création de l'agence européenne «eu-LISA», pour une gestion opérationnelle des systèmes d’information à grande échelle au sein de l’espace de liberté, de sécurité et de justice (développement de l'acquis de Schengen et de l'acquis «Dublin/Eurodac»). Dans un tel contexte, la Suisse et les États associés à Schengen et Dublin – soit la Norvège, l'Islande et le Liechtenstein – ont conclu, avec l'Union européenne, un arrangement réglant les modalités de leur participation à l'eu-LISA. Soumis à l'approbation du Parlement fédéral, l'arrangement en question a été approuvé à l'unanimité (33 voix lors du vote sur l'ensemble) par le Conseil des États au mois de juin 2019.

In der Sommersession 2019 stellte Ständerat Filippo Lombardi (cvp, TI) einen Ordnungsantrag zur Änderung des Asylgesetzes in Bezug auf den Rahmenkredit Migration. Die Behandlung dieser Vorlage solle sistiert werden, bis das Differenzbereinigungsverfahren zum damit zusammenhängenden Hauptgeschäft über den «zweiten Schweizer Beitrag an ausgewählte EU-Staaten» abgeschlossen sei. «Die Umsetzungsgesetzgebung zu regeln, bevor das Hauptgeschäft fertig ist, macht wenig Sinn», argumentierte Antragsteller Lombardi. Das entsprechende Differenzbereinigungsverfahren werde frühestens in der Herbstsession abgeschlossen. Auch die SPK-SR, die sich einen früheren Abschluss des Hauptgeschäfts erhofft hatte, unterstützte den Ordnungsantrag. Entsprechend wurde dieser stillschweigend angenommen und die Vorlage bis zum Abschluss ebenjenes Hauptgeschäfts sistiert.

Au mois de juin 2019, le Conseil des États a suivi l'avis de la CPE-CE et choisi, en refusant les modifications apportées par le Conseil national aux projets d'arrêtés fédéraux relatifs à une deuxième contribution de la Suisse en faveur de certains États membres de l'UE, de revenir à la version qu'il avait adoptée en novembre 2018.

Au début du mois de juin 2019, le Conseil national s'est à son tour prononcé sur le projet d'arrêté fédéral relatif à la reprise des bases juridiques en vue de la création et de l’utilisation du système d’entrée et de sortie (EES).
La minorité Glättli (verts, ZH) optait pour une non entrée en matière, en raison d'une trop faible protection des données. «Ce système conduit au fichage de millions de personnes qui n'ont rien à se reprocher», a notamment déclaré le conseiller national vert zurichois à la tribune. L'argument n'a néanmoins pas convaincu la chambre basse, qui s'est exprimée favorablement à l'entrée en matière par 159 voix contre 17 et 0 abstention.
La conseillère fédérale en charge du dossier Karin Keller-Sutter a quant à elle une nouvelle fois plaidé en faveur d'un accroissement de la sécurité de l'espace Schengen et d'une amélioration de la qualité des contrôles aux frontières, notamment grâce à l'automatisation de nombreux processus prévue par les nouveaux développements de l'acquis de Schengen.
Le Conseil national a finalement confirmé la décision de la chambre haute et accepté le projet du Conseil fédéral sur le système EES et les modifications de la LEI s'y rapportant (respectivement 160 voix pour, 20 contre, 0 abstention et 160 voix pour, 21 contre, 0 abstention). L'arrêté fédéral a définitivement été adopté à l'occasion du vote final du 21 juin 2019.

Au mois de novembre 2018, le Conseil fédéral soumettait au Parlement le projet d'arrêté fédéral portant approbation et mise en œuvre des échanges de notes entre la Suisse et l’UE concernant la reprise des bases juridiques en vue de la création et de l’utilisation du système d’entrée et de sortie (EES), ainsi que des modifications législatives nécessaires s’y rapportant. Le Parlement européen a en effet adopté, puis notifié à la Suisse les règlements (UE) 2017/2226 et (UE) 2017/2225, afférents respectivement à la création du système d'entrée et de sortie et à son utilisation.Tel que précisé par le message de l'exécutif national, c'est dès lors aux chambres fédérales que revient «la compétence pour la reprise et l'approbation de ces développements de l'acquis de Schengen et pour leur transposition dans la LEI».
Au mois de mars 2019, le Conseil des Etats a reconnu la nécessité d'une amélioration des contrôles aux frontières extérieures de l'espace Schengen et approuvé à l'unanimité le projet du Conseil fédéral à propos du système EES ainsi que les modifications de la LEI y relatives.

Au mois de mars 2019, le Conseil national s'est à son tour penché sur le projet de modification de la loi sur l'asile, visant à octroyer au Conseil fédéral la possibilité de conclure des accords internationaux en vue de la mise en œuvre du crédit-cadre pour la migration, et ce sans que l'aval du Parlement fédéral ne soit nécessaire. Si une majorité de la chambre basse s'est accordée avec la décision du Conseil des Etats en vue de l'introduction du nouvel art. 114 LAsi, les conseillères et conseillers nationaux souhaitent également que les commissions compétentes soient préalablement consultées. Le projet repasse au Conseil des Etats.