Der Nationalrat beriet in der Frühjahrssession 2021 über den zwölften Bericht über die Schweiz und die Konventionen des Europarats. Brigitte Crottaz (sp, VD) äusserte im Namen der APK-NR eine gewisse Missbilligung gegenüber dem Entscheid des Bundesrates, den Bericht in dieser Form nicht mehr länger fortzuführen und stattdessen nur noch punktuell über substanzielle Entwicklungen zu berichten. Nationalrat Eric Nussbaumer (sp, BL) hatte aus diesem Grund in der APK-NR Sitzung vom Januar 2020 einen Antrag eingereicht, um vom Bundesrat konkret zu erfahren, wie er die aussenpolitischen Kommissionen und das Parlament zukünftig über die Tätigkeiten des Europarats informieren will. Eine Mehrheit der APK-NR hatte sich einstimmig für den Vorschlag des Bundesrats ausgesprochen, zweimal pro Jahr eine zwei- bis dreiseitige Briefing-Note vorzulegen. Auch der Antragsteller Nussbaumer zeigte sich im Plenum mit dem Halbjahresrhythmus zufrieden, forderte aber ausführlichere Informationsnotizen wenn bedeutende Gremien oder Entwicklungen betroffen seien. Der Nationalrat nahm auf Antrag seiner Kommission Kenntnis vom Bericht.

Da der Nationalrat die Übernahme der Rechtsgrundlagen über die Einrichtung, den Betrieb und die Nutzung des SIS in der Herbstsession 2020 abgelehnt hatte und dies einem Nichteintreten gleichkam, musste er nach den Änderungen des Ständerats in der Wintersession 2020 eine erneute Eintretensdebatte führen. Thomas Rechsteiner (cvp, AI) hielt als Sprecher der SIK-NR fest, dass die Bedenken des Nationalrats hinsichtlich des Bundesbeschluss zum SIS vom Ständerat und von der Kommission aufgenommen worden seien. Einerseits werde der Datenschutz nun durch die verstärkte Koordination zwischen EDÖB, Kantonen und Europäischem Datenschutzbeauftragten gewahrt. Andererseits habe man die Formulierung des Beschlusses geändert, sodass die Rückführungsrichtlinie keine Anwendung auf den Vollzug der Landesverweisung habe. Die Kommission beantragte dem Nationalrat daher, auf die Vorlage einzutreten und damit einen Beitrag zur Sicherheit der Schweiz zu leisten. Für die FDP sei die Sicherheit eine prioritäre Staatsaufgabe, so Doris Fiala (fdp, ZH). Das SIS sei dabei ein unverzichtbares Instrument für Sach- und Personenfahndungen, die Schweiz tätige täglich über 300'000 Abfragen. Auch die GLP setzte sich für die Erweiterung des Schengen-Beistzstands ein, unter anderem weil die neue Gesetzgebung auch Opfer von Menschenhandel und Zwangsheirat schütze. Selbst die SVP, die in der Herbstsession noch eine unheillige Allianz mit den Grünen eingegangen war und das Geschäft abgelehnt hatte, war mit den Anpassungen des Ständerats zufrieden und beantragte die Annahme des neuen Entwurfs. Und auch die SP, deren geschlossene Stimmenthaltung in der Herbstsession die Ablehnung begünstigt hatte, empfahl die Annahme, da ihre Forderungen nach einem verbesserten Datenschutz erfüllt worden seien. Damit verblieben auf der Gegenseite nur die Grünen, die durch die Minderheit Fivaz (gp, NE) einen Antrag auf Nichteintreten stellten. Fivaz argumentierte, dass sich seit der Herbstsession bezüglich des Datenschutzes und des Ausländerrechts nichts Grundlegendes geändert habe. Die verdeckte Verschärfung des Ausländer- und Integrationsrechts sei nicht nötig, um die Vorlage umzusetzen, und verstosse gegen den Grundsatz der Verhältnismässigkeit. Unterstützung erhielt er von seiner Parteikollegin Marionna Schlatter (gp, ZH), welche die repressive Politik Europas an den Aussengrenzen kritisierte. Schlatter forderte den Nationalrat auf, sich gegen Verschärfungen zu wehren, die in einer Vorlage enthalten seien, zu deren Annahme «man quasi gezwungen sei». Die anwesende Bundesrätin Keller-Sutter warnte davor, den Nichteintretensantrag anzunehmen, da dies den Austritt aus dem Schengen-Verbund zur Folge hätte. Der Nationalrat beschloss mit 149 zu 30 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) auf die Vorlage einzutreten und nahm diese mit 148 zu 32 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) an. Der Widerstand der Grünen reichte nach dem Meinungsumschwung der SP und der SVP nicht aus, um das Geschäft zu versenken.
In der Schlussabstimmung wurde die Vorlage zur Änderung des BGIAA vom Nationalrat mit 157 zu 37 Stimmen (bei 1 Enthaltung) und vom Ständerat mit 41 Stimmen (bei 1 Enthaltung) angenommen. Auch die Vorlage zum SIS fand im Nationalrat mit 157 zu 36 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) und im Ständerat mit 41 Stimmen (bei 1 Enthaltung) deutlich Zuspruch.

In der Wintersession 2020 nahm sich der Ständerat der Übernahme der Rechtsgrundlagen über die Einrichtung, den Betrieb und die Nutzung des SIS an, nachdem der Nationalrat diese abgelehnt hatte, was einem Nichteintreten gleichkam. Die Sprecherin der SIK-SR, Andrea Gmür-Schönenberger (cvp, LU), fasste zu Beginn der Diskussion die Ablehnungsgründe des Nationalrats zusammen. Dieser habe bemängelt, dass EU-Recht übernommen werden müsse und dass das Ausländerrecht verschärft würde. Ständerätin Gmür-Schönenberger machte diesbezüglich aber klar, dass die Schweiz als Schengen-Staat zur Übernahme verpflichtet sei und eine mangelhafte Umsetzung zum Ausschluss aus dem Schengen/Dublin-Verband führen könne. Die SIK-SR anerkenne die wichtige Rolle der SIS bei der Kontrolle der Schengen-Aussengrenzen und befürworte daher die verstärkte Zusammenarbeit der europäischen Sicherheits- und Migrationsbehörden. Dennoch habe die Kommission drei Änderungsanträge eingebracht: die Richtlinie soll nicht auf die Anordnung und den Vollzug der Landesverweisung angewendet werden; es sollen Ausnahmen bei der Lieferung von biometrischen Daten möglich sein und durch zusätzliche Bestimmungen soll die Aufsichtsfunktion des EDÖB und die Zusammenarbeit mit kantonalen und europäischen Stellen verbessert werden. Werner Salzmann (svp, BE) zeigte sich zufrieden damit, dass die Schweiz es sich explizit vorbehalte, kriminelle Drittstaatsangehörige in «souveräner Art und Weise auszuschaffen», unabhängig von der Entwicklung der EU-Rückführungsrichtlinie. Für Salzmann habe die Vorlage mit dieser Änderung gute Chancen im Nationalrat. Auch Daniel Jositsch (sp, ZH) war zuversichtlich, dass der Nationalrat aufgrund der Anpassungen hinsichtlich der Koordination im Bereich des Datenschutzes keinen Widerstand mehr leisten würde. Bundesrätin Karin Keller-Sutter betonte, dass das SIS an die neuen Herausforderungen in den Bereichen Migration und innere Sicherheit angepasst werden soll. Eine verstärkte europäische Zusammenarbeit sei notwendig, was nicht zuletzt die Terroranschläge in Paris 2015 gezeigt hätten. Mit der Zustimmung zu den Verpflichtungskrediten zur Weiterentwicklung des Schengen/Dublin-Besitzstandes habe das Parlament bereits die finanziellen Grundlagen für das Projekt geschaffen. Sie verdeutlichte aber auch, dass man aus dem Schengen-Verbund ausscheiden würde, wenn die gesetzlichen Anpassungen nicht vorgenommen würden. Daher bat sie die Räte darum, das Differenzbereinigungsverfahren und die Schlussabstimmung bereits in der laufenden Wintersession durchzuführen. Der Ständerat nahm die Änderung des BGIAA mit 40 Stimmen (bei 1 Enthaltung) ohne Gegenstimmen an. Auch die Übernahme der Rechtsgrundlagen für die Einrichtung, den Betrieb und die Nutzung des SIS wurde inklusive der drei genannten Änderungen mit 41 Stimmen (bei 1 Enthaltung) angenommen. Abgelehnt wurde – mit 31 zu 11 Stimmen – hingegen ein Antrag der Minderheit Vara (gp, NE), die eine Bestimmung streichen lassen wollte, wonach das SEM Einreiseverbote verfügen kann, wenn die gesuchstellende Person vorgängig Sozialkosten verursacht hat, auch wenn diese Sozialleistungen berechtigterweise beantragt worden waren. Kommissionssprecherin Gmür-Schönenberger relativierte, dass diese Kann-Bestimmung bereits bestehe und nicht durch die vorliegende Vorlage verändert werde.

In Erfüllung des Postulats Reiniger (sp, SH; Po. 76.454) publizierte der Bundesrat seit 1976 zu Beginn jeder Legislaturperiode einen Bericht über die von der Schweiz nicht ratifizierten Konventionen des Europarats. Die Konventionen sind für den Europarat ein essentielles Instrument zur Erarbeitung rechtlich verbindlicher Übereinkommen, dazu gehört unter anderem die EMRK. Da sich die Schweiz bei ihrem Beitritt zum Europarat (1963) verpflichtet hatte, den Konventionen des Europarats so weit wie möglich beizutreten, wirkt sie seither aktiv an der Erarbeitung und Modernisierung der Übereinkommen mit. Jedoch prüft die Schweiz von Fall zu Fall, ob eine Ratifizierung sinnvoll erscheint, oder ob eine Nicht-Ratifikation vertretbar wäre.
Der zwölfte und letzte Bericht dieser Reihe wurde im September 2020 publiziert, 43 Jahre nach Abschreibung des Postulats. Der Bundesrat erklärte, dass die vergangenen Berichte in der Regel nur wenig substanzielle Neuerungen enthalten hätten, weshalb man in Zukunft nur noch punktuell über relevante Entwicklungen hinsichtlich der Konventionen des Europarats informieren wolle. Die Berichte hatten jeweils die allgemeine Politik der Schweiz gegenüber den Konventionen des Europarats beinhaltet. Dazu gehörten Konventionen, welche der Bundesrat zu ratifizieren beabsichtigte, welche vom Europarat als zentral eingestuft worden waren sowie jene Konventionen, die seit Veröffentlichung des letzten Berichts zur Unterzeichnung aufgelegt worden waren. Die wichtigsten Konventionen wurden mit Kommentaren zum Zweck und den Aussichten auf eine Ratifizierung durch die Schweiz versehen. In der Legislaturperiode 2019-2023 lagen dem Parlament drei solcher Übereinkommen zur Genehmigung vor: die erste betraf das Übereinkommen des Europarats zur Verhütung des Terrorismus; die zweite ein Übereinkommen gegen den Handel mit menschlichen Organen; und schliesslich das Änderungsprotokoll des Übereinkommens zum Schutz des Menschen bei der automatischen Verarbeitung personenbezogener Daten.
Die kleine Kammer nahm in der Wintersession 2020 Kenntnis vom Bericht. Der Kommissionssprecher der APK-SR, Damian Müller (fdp, LU), beschränkte sich auf den Hinweis, dass mehrere Kommissionsmitglieder sich weiterhin eine proaktive und transparente Kommunikation vonseiten des Bundesrats wünschten.

In der Herbstsession 2020 befasste sich als Zweitrat auch der Nationalrat mit dem Europäischen Reiseinformations- und -genehmigungssystems (ETIAS) und der Änderung des Ausländer- und Integrationsgesetzes. Bei der ersten Vorlage (ETIAS) handelte es sich um eine Weiterentwicklung des Schengen-Besitzstands. Diese soll festlegen, wie die Reisegenehmigungsgesuche von Drittstaatsangehörigen automatisiert bearbeitet werden. Die zweite Vorlage wurde nötig, weil der NDB nur dann Daten der verschiedenen Informationssysteme des Schengen-Raums beantragen kann, wenn das Schengen-Datenschutzgesetz Anwendung findet. Dies soll durch die Änderung des AIG sichergestellt werden.
Während die zweite Vorlage unumstritten war, forderte eine Kommissionsminderheit Wermuth (sp, AG) die Rückweisung der ersten Vorlage an den Bundesrat, um gewisse Bereiche nicht durch eine Umsetzungsverordnung, sondern direkt auf Gesetzesstufe zu regeln und damit die Mitwirkungsrechte des Parlaments zu stärken. Minderheitssprecher Wermuth vermutete, dass hinter der Einführung von Reisegenehmigungen für Menschen aus bisher visumsbefreiten Drittstaaten das Motiv stehe, Migration zu verhindern. Die SP unterstütze zwar die Vorlage, jedoch fordere man im Hinblick auf den Datenschutz und den Ausbau der Grundrechte in gewissen Bereichen eine gesetzliche Grundlage. Die Fraktion der Grünen unterstützte diesen Rückweisungsantrag. Greta Gysin (gp,TI) machte deutlich, dass Sachverhalte wie Datenschutz, Datensicherheit und Datenverarbeitung nicht dem Bundesrat delegiert werden dürften. Der Kommissionssprecher der SPK-NR, Kurt Fluri (fdp, SO), widersprach hingegen den von der Minderheit angebrachten Bemängelungen. Die aufgeführten Materien würden nicht unter die Kriterien von Artikel 164 BV fallen, der regelt, wann eine rechtsetzende Bestimmung in Form eines Bundesgesetzes erlassen werden muss, weshalb man den Antrag ablehne, so Fluri. Der Antrag der Minderheit wurde dann mit 109 zu 67 Stimmen abgelehnt, wobei nur die Ratslinke dafür stimmte. Die Gesamtabstimmungen zu den beiden Vorlagen fiel mit je 108 zu 23 Stimmen (bei 49 Enthaltungen) deutlich aus. Die vielen Enthaltungen der Ratslinken dürften so zu interpretieren sein, dass diese den Schengen-Integrationsprozess trotz inhaltlicher Unstimmigkeiten nicht in Frage stellen wollten.
In den Schlussabstimmungen Ende der Herbstsession 2020 hielten die SP und die Grünen an ihrer Protesthaltung fest. So nahm der Nationalrat die Vorlage zum ETIAS mit 124 zu 28 Stimmen (bei 44 Enthaltungen) und jene zur Änderung des AIG mit 123 zu 31 Stimmen (bei 42 Enthaltungen) an. Im Ständerat wurden die ETIAS-Vorlage mit 37 Stimmen (bei 7 Enthaltungen) und die AIG-Vorlage mit 43 Stimmen (bei 1 Enthaltung) einstimmig angenommen.

In der Herbstsession 2020 befasste sich der Nationalrat mit der Übernahme der Rechtsgrundlagen über die Einrichtung, den Betrieb und die Nutzung des SIS, nachdem die SiK-NR das Geschäft mit 15 zu 3 Stimmen (bei 7 Enthaltungen) zur Annahme empfohlen hatte. Eine Minderheit Fivaz (gp, NE) wollte nicht auf das Geschäft eintreten, eine zweite Minderheit Addor (svp, VS) verlangte die Rückweisung an den Bundesrat. Kommissionssprecher Thomas Rechsteiner (cvp, AI) begründete die Ablehnung des Antrags auf Nichteintreten in der Kommission damit, dass das SIS ein sehr erfolgreiches Instrument für die Zusammenarbeit von Migrations-, Polizei-, Zoll- und Justizbehörden in der EU und den assoziierten Schengen-Staaten sei und es einen wichtigen Beitrag zur Gewährleistung eines hohen Sicherheitsniveaus in der Schweiz leiste. Auch den Rückweisungsantrag lehnte die Kommission ab, da sie die Sorge, dass die von der Verfassung und den Gesetzen vorgegebenen Grundsätze der Landesverweisung bei der Anwendung der neuen SIS-Verordnungen verletzt werden könnten, nicht teile. Fabien Fivaz kritisierte im Namen seiner Minderheit und der Grünen Partei die zunehmend striktere Migrationspolitik und die Stärkung der polizeilichen Massnahmen der EU, die mit der Angst vor Kriminalität begründet werde. Der Vorschlag der weiteren Einschränkung der Ausländerrechte verstosse aus Sicht der Grünen zudem gegen den Grundsatz der Verhältnismässigkeit. Zudem seien die Datenschutzprobleme im Zusammenhang mit der SIS-Datenbank ebenfalls inakzeptabel. Auch der zweite Minderheitenführer, Jean-Luc Addor, verteidigte seinen Antrag. Zwar hege die SVP wenig Sympathie für das Schengen-System, man wolle aber für die Sicherheit der Bürgerinnen und Bürger trotzdem auf das Geschäft eintreten. Eine Rückweisung sei gemäss Addor aber unumgänglich, da die Schweiz ihre legislative Autonomie zu verlieren drohe, weil man bei der Frage der Landesverweisungen der Praxis des EuGH unterstünde. Bundesrätin Karin Keller-Sutter beschwichtigte, dass der Datenschutz beim Erarbeitungsprozess umfassend berücksichtigt worden sei und man für die Umsetzung in Schweizer Recht auch den EDÖB involviert habe. Sie wies zudem darauf hin, dass für die Umsetzung der Schengen-Weiterentwicklung eine Frist von zwei Jahren gelte, die aufgrund der Verschiebung im parlamentarischen Prozess bereits um fünf Monate überzogen worden sei. Hinsichtlich der Minderheit Addor machte die Bundesrätin klar, dass die Vorlage keine Auswirkung auf die Anordnung einer Landesverweisung habe, die weiterhin autonom von der Schweiz ausgesprochen würde. Der Rat beschloss mit 154 zu 33 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) auf das Geschäft einzutreten und lehnte den Rückweisungsantrag mit 140 zu 51 Stimmen (bei 0 Enthaltungen) ab.
In der Folge lehnte der Rat einen weiteren Minderheitsvorschlag der SVP ab, der eine Nichtanwendung der Rückführungsrichtlinie auf die strafrechtliche Landesverweisung vorsah. Mehrere Minderheiten der SP und Grünen forderten verschiedene Änderungen, unter anderem zu Einreiseverboten, Sozialhilfe und Datenschutz. Bundesrätin Keller-Sutter versuchte die Argumente der Minderheiten mit ihren Ausführungen zu entkräften, was zumindest teilweise gelang, da sämtliche Minderheiten abgelehnt wurden. Die Fraktionen der Minderheitsführenden konnten sich jedoch in der Gesamtabstimmung durchsetzen, in welcher der Entwurf mit 79 zu 74 Stimmen (bei 38 Enthaltungen) knapp abgelehnt wurde. Die Nein-Stimmen stammten von der SVP und der Grünen Partei, während sich die SP fast gänzlich enthielt.
Damit nahm der Nationalrat eine Konfrontation mit der EU in Kauf, da die Schweiz als Schengen-Staat zur Übernahme des neuen EU-Rechts verpflichtet ist. Die FDP übte am Tag darauf lautstark Kritik an der SVP und vor allem an der SP. Beat Walti (fdp, ZH) warf der SP vor, «auf verantwortungslose Weise mit der Sicherheit der Schweiz zu taktieren», und die NZZ schrieb von einem «Coup der Sozialdemokraten». Die eigentliche Frist im November 2020 sei sowieso nicht mehr zu erreichen und mit dem taktischen Spiel der SP und dem Nein im Nationalrat werde sich die Umsetzung noch weiter verzögern, so die Zeitung weiter.

Der Ständerat nahm sich in der Sommersession 2020 des Verpflichtungskredits zur Weiterentwicklung des Schengen/Dublin-Besitzstands an, wobei keine neuen Argumente eingebracht wurden. Damian Müller (fdp, LU) sprach dem Verpflichtungskredit im Namen der APK-SR seine Unterstützung aus, nicht zuletzt weil die Schweiz volkswirtschaftlich und finanziell von ihrer Assoziierung an Schengen/Dublin profitiere. Die APK-SR sehe im Bereich der inneren Sicherheit zudem einen sicherheitspolitischen Mehrwert – dank dem automatischen Datenaustausch –, der sich monetär gar nicht erfassen liesse. Da sich die Schweiz zur termingerechten Übernahme aller Weiterentwicklungen verpflichtet habe, sei der Verpflichtungskredit laut Finanzhaushaltsgesetz notwendig, führte Müller aus. Bundesrätin Keller-Sutter warnte vor einer Verzögerung der Umsetzung, da dies Mehraufwände und Mehrkosten mit sich bringen würde. Sie hob die Wichtigkeit der Neu- und Weiterentwicklungsprojekte für die Schweiz hervor, welche dem Schutz der Aussengrenzen, der Bekämpfung der illegalen Migration und der allgemeinen Kriminalitätsbekämpfung dienen würden. Die in den kommenden fünf Jahren benötigten CHF 122 Mio., von denen CHF 23 Mio. Eigenleistungen und CHF 13.7 Mio. eigene Sachmittel sind, stellten bereits den vierten Verpflichtungskredit für IT-Entwicklungen im Bereich Schengen/Dublin dar, wobei bisher noch nie Kostenüberschreitungen oder Nachtragskreditbegehren aufgetreten seien. Bundesrätin Keller-Sutter kündigte an, dass weitere Verpflichtungskredite anstehen und durch die neuen Aufgaben der Schengen-Staaten, wie beispielsweise die Einrichtung des Europäischen- Reiseinformations- und -genehmigungssystems, höhere Betriebskosten anfallen würden. Sie erwähnte dabei aber auch die Möglichkeit, derartige Projekte durch Beiträge aus dem europäischen Fonds für die innere Sicherheit im Bereich Aussengrenze und Visa mitzufinanzieren. Der Ständerat stimmte dem Kredit mit 36 zu 2 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) zu und übernahm damit auch die Ergänzung des Nationalrats, demgemäss das Geld erst freigegeben wird, wenn das Parlament die gesetzlichen Grundlagen in Sachen Datenschutz beschlossen hat.

Le 16 avril, Didier Burkhalter a participé à la conférence mondiale sur le cyberespace à La Haye. Il a souligné, dans son discours, que la Suisse était en faveur d’un cyberespace libre, ouvert et sûr, dans lequel s’applique le droit international en vigueur. Rappelons qu'en 2012, le Conseil fédéral avait approuvé la « Stratégie nationale de protection de la Suisse contre les cyberrisques ».