Au mois de décembre 2017, le Conseil fédéral a pris position sur la décision de l'UE concernant l'équivalence boursière au terme d'une séance extraordinaire. La reconnaissance limitée de l'équivalence boursière accordée à la Suisse est ainsi jugée discriminatoire, alors que la Suisse, tout comme les États tiers au bénéfice d'une reconnaissance illimitée, remplit les conditions nécessaires à une reconnaissance pleine et entière. L'exécutif fédéral estime également «infondé et inacceptable de lier ce dossier technique à la question institutionnelle». En réponse à la décision de l'UE, le Conseil fédéral entend procéder à la mise en œuvre de mesures en vue de renforcer la place boursière et financière helvétique. Si la suppression du droit du timbre est notamment envisagée, le Conseil fédéral pourrait également revoir le projet relatif à la deuxième contribution de la Suisse en faveur de l'UE élargie. Les sourires et les belles promesses semblent avoir laissé place à l'animosité. «Après avoir surjoué l’amitié, l’UE et la Suisse vivent une lune de fiel», titre alors la Tribune de Genève, en référence à la visite officielle de Jean-Claude Juncker à Berne. A peine un mois auparavant, le Président de la Commission européenne se targuait en effet de préférer le terme d'«accord d'amitié» à celui d'«accord constitutionnel».

Au mois de novembre 2017, le Président de la Commission européenne, Jean-Claude Juncker, a été reçu à Berne par la Présidente de la Confédération Doris Leuthard, à l'occasion d'une visite officielle. Mme Leuthard et M. Juncker ont évoqué avec satisfaction les avancées constatées dans de nombreux domaines: signature d'un accord relatif à l'Emissions Trading System (ETS), paraphe à Bruxelles de l'accord permettant aux autorités de poursuite pénale suisses d’accéder aux données de la base de données EURODAC, mise à jour de l'accord sur les entraves techniques au commerce (ARM), progrès en ce qui concerne la coopération scientifique et technique entre l’Office fédéral de la santé et l’Agence européenne des produits chimiques (ECHA) ainsi que l’actualisation de l’accord sur les assurances, ouverture de négociations concernant la coopération de la Suisse avec l’Agence ferroviaire européenne (ERA) et assurance de sa participation à l’Agence du système global de navigation par satellite européen (GSA). Le Président de la Commission européenne a également pris connaissance de la volonté helvétique d'envisager le versement d'une nouvelle contribution à la réduction des disparités économiques et sociales dans certains pays membres de l’UE. Si la Suisse et l'union européenne ont toutes deux renouvelé leur soutien à la voie bilatérale et appelé à la poursuite de relations solides et stables, la Présidente de la Confédération n'en a pas moins fait part des attentes helvétiques dans certains domaines de coopération, et ce notamment en ce qui concerne l'avenir du règlement Dublin, l'accès direct des autorités suisses à la banque de donnée EUROPOL, le fonctionnement de la coopération Schengen, la participation de la Suisse au programme-cadre de l’UE «Europe Créative» et au programme Galileo, la conclusion d'un accord dans le domaine de la santé publique, les reconnaissances d'équivalence dans le domaine financier ou les obstacles au commerce entre la Suisse et l'UE.
Au lendemain de cette rencontre au sommet, une majorité des titres de presse suisse se réjouissait de l'amitié retrouvée entre Berne et Bruxelles, les deux entités étant enfin parvenues à «surmonter les difficultés du passé» et les blocages politiques engendrés, notamment, par le résultat de la votation du 9 février 2014 sur l'initiative «Contre l'immigration de masse».

Johann Schneider-Ammann a participé à la Conférence ministérielle de l’AELE qui s'est tenue le 23 novembre à Genève. Il a été question des négociations en cours concernant les accords de libre-échange avec la Géorgie, l'Inde, l'Indonésie, la Malaisie, les Philippines et le Vietnam et des accords en vue avec la Turquie, le Canada et le Mexique. Par ailleurs, les ministres de l'AELE ont rencontré l'ambassadeur américain Michael Punke, représentant adjoint au commerce, qui les a informés de l'avancement des négociations de libre-échange entre les Etats-Unis et l'UE.

Le 10 novembre, Johann Schneider-Ammann s'est déplacé à Bruxelles pour une visite de travail. Il a d'une part participé à la rencontre annuelle des ministres de l'AELE et de l'Union européenne. D'autre part, le conseiller fédéral a rencontré les commissaires européens Jyrki Katainen et Carlos Moedas avec lesquels il a discuté de la relation entre la Suisse et l'UE et de la situation des chercheurs suisses au sein du programme Horizon 2020.

Début novembre, Johann Schneider-Ammann s'est rendu à Londres pour une visite de travail. Il y a rencontré son homologue britannique Francis Maude avec qui il a entre autre évoqué la situation économique de la Suisse, du Royaume-Uni et de l'Europe. Le chef du DEFR a également participé au lancement officiel du programme "CTI Market Entry Camp UK" auquel des start-up suisses peuvent participer afin de s'implanter sur la marché britannique.

Le 22 juin, Johann Schneider-Ammann a pris part à la conférence des ministres de l’AELE à Schaan, au Liechtenstein. Les ministres se sont entretenus sur la politique de libre-échange et sur la relation entre l'AELE et l'Union européenne. Ils ont également signé une déclaration de coopération avec l’Équateur ainsi que le protocole d’adhésion du Guatemala à l’accord de libre-échange entre les pays de l’AELE et les pays d’Amérique centrale. À cette occasion, des représentants du Guatemala, du Costa Rica et du Panama s'étaient également déplacés.

Le ministre des affaires étrangères suisse, Didier Burkhalter, a effectué une visite officielle au Grand-Duché du Luxembourg où il a rencontré le premier ministre Xavier Bettel et le ministre des affaires étrangère Jean Asselborn. Les trois hommes ont évoqué les relations avec l'UE suite à la votation du 9 février 2014, ainsi que les relations bilatérales entre les deux pays.

Avant de recevoir la ministre des affaires étrangères du Ghana, le chef du DFAE a accueilli, à Berne, le ministre irlandais des affaires étrangères Charles Flanagan. Lors de cette visite officielle, Didier Burkhalter a expliqué à son homologue irlandais quelle était la situation entre la Suisse et l'UE après la votation sur l'immigration de masse. Il a souligné que la Suisse voulait sauvegarder les relations bilatérales tout en ayant une meilleure maitrise de la migration. Par ailleurs, il a aussi été question des relations bilatérales entre la Suisse et l'Irlande.

Le 19 mars, la Suisse et l'UE ont paraphé un accord sur l’échange automatique de renseignements en matière fiscale. L'accord, qui a été signé à Bruxelles par le secrétaire d’Etat Jacques de Watteville et le directeur général de la Direction Fiscalité et Union douanière Heinz Zourek, est destiné aux comptes appartenant à des non-résidents et représente la fin du secret bancaire suisse. Avant qu'il puisse entrer en vigueur en 2017, l'accord devra d'abord être accepté par les Chambres fédérales et résister à un possible référendum.

Fin janvier, Doris Leuthard s'est rendue à Bruxelles pour une visite de travail. La Cheffe du DETEC a rencontré pour la première fois Miguel Arias Cañete, commissaire européen à l'énergie et au climat, avec lequel elle s'est entretenue sur l'accord en voie de négociation entre la Suisse et l'Union européenne sur l'électricité. Une autre rencontre, celle avec Violeta Bulc , nouvelle commissaire européenne en charge des transports, a permis un échange autour de divers dossiers liés à la politique des transports.

Le chef du DFAE, Didier Burkhalter, a accueilli le ministre letton des affaires étrangères Edgars Rinkevics à Berne pour une visite de travail. Il a été question des relations bilatérales entre les deux pays, mais également de la relation entre la Suisse et l'UE. En outre, le ministre letton s'est montré très intéressé par la formation professionnelle duale et les deux hommes ont discuté d'un éventuel transfert de connaissances dans ce domaine-là.

En 2012, les différents blocages dans le dossier bilatéral avaient amené la Suisse à présenter une liste de propositions à la Commission européenne afin de régler le fameux casse-tête institutionnel. Pour rappel, la question institutionnelle fait référence aux difficultés helvético-européennes à trouver une réponse aux quatre points suivants : le mécanisme de reprise du droit européen par la Suisse, l’interprétation du droit communautaire, la surveillance des accords et les règles à définir en cas de litige. Une partie des difficultés à résoudre ces problèmes découle notamment du refus de la Suisse de se soumettre à une juridiction extérieure et d’accepter la reprise automatique du droit européen. Les propositions suisses devaient donc amener des solutions afin de régler les questions institutionnelles qui empêchent notamment le développement d’accords sectoriels, tels l’accord sur l’électricité ou l’accord sur l’énergie. La Suisse a notamment proposé de créer une autorité nationale indépendante pour contrôler l’application des règles du marché unique, mais le président de la Commission européenne, Manuel Barroso, a annoncé dans une lettre adressée à la Confédération que l’UE refuserait de suivre cette piste, un refus cependant dédramatisé par l’Union elle-même qui a réaffirmé vouloir continuer le dialogue afin de trouver une solution bénéfique pour les deux parties. La réponse de Bruxelles a été suivie d’une visite à Bruxelles du secrétaire d’Etat suisse aux affaires étrangères, Yves Rossier. Ce voyage a été l’occasion de discuter de nouvelles pistes pour sortir du casse-tête institutionnel. Au terme de cette visite, la proposition suisse d’instaurer un organe de surveillance national a semblé définitivement enterrée et l’Europe a réaffirmé que tout accès au marché unique dépendrait de la résolution des questions institutionnelles. Pour ce faire, Yves Rossier a rencontré le directeur général administratif du service européen d’action extérieure David O’Sullivan dans le courant du mois de mars. Alors que le différend institutionnel semblait insurmontable, les deux parties ont annoncé la remise à leurs autorités respectives d’un rapport commun esquissant trois solutions au terme de leur rencontre. Premièrement, les négociateurs proposent que la Suisse reconnaisse les institutions de l’Espace économique européen (EEE). La deuxième piste porte sur la création de nouvelles institutions. Cependant, ces deux premières options créeraient un déséquilibre défavorable à la Suisse, puisque l’Union ne reconnaît que les décisions de la Cour de justice de l’UE. La troisième solution propose le maintien des comités mixtes et autorise les parties à s’adresser à la Cour de justice de l’UE pour répondre aux questions d’interprétation du droit. En juin, le gouvernement a officiellement annoncé vouloir ouvrir les négociations avec l’Union Européenne pour rénover la voie bilatérale. Pour définir le mandat de négociation, il s’est basé sur le document préparé par les deux négociateurs et a annoncé vouloir suivre la voie suivante dans le domaine institutionnel: un maintien des comités mixtes, tout en permettant à la Cour de Justice de l’UE de délivrer un avis en cas de litige, mais cet avis n’aurait pas de force exécutive. Concernant la reprise automatique du droit européen, le Conseil fédéral a proposé que la reprise se fasse de manière dynamique, soit rapide, mais en permettant de respecter le principe du référendum populaire. Le Conseil fédéral a également rappelé que le mandat de négociation comprendrait des « lignes rouges », soit des limites à ne pas franchir. Parmi ces lignes rouges, on compte le refus de la reprise automatique du droit européen, de la directive sur la citoyenneté européenne ou sur les travailleurs détachés et le refus de limiter les mesures d’accompagnement ou d’élargir le champ d’application des accords. L’UDC a immédiatement qualifié ce mandat de « colonial » et a annoncé qu’elle mènerait une campagne d’information pour dénoncer cet avancement dans les relations helvético-européennes. La campagne UDC a fait couler de l’encre suite à la comparaison de la situation actuelle avec celle de la période nazie: « Durant la période nazie, nous avions un ennemi à l’extérieur, aujourd’hui il est à l’intérieur ». La proposition du Conseil fédéral a cependant trouvé un écho positif chez son principal destinataire, puisque la Commission européenne a annoncé être prête à négocier sur cette troisième option. Mais ceci était sans compter sur la polémique des « juges étrangers » qui a rapidement enflé en Suisse. Plusieurs critiques se sont élevées contre l’incursion des « juges étrangers » sur le territoire suisse: en reconnaissant l’autorité de la Cour de Justice de l’UE, le Conseil fédéral a été accusé d’abandonner la législation suisse aux mains des juges européens. Un groupe de quinze professeurs de droit a également critiqué le fait que l’option de la Cour de l’AELE n’ait pas été plus étudiée par le gouvernement. Les doutes des syndicats se sont eux portés sur la jurisprudence de la Cour de Justice. Les représentants des travailleurs se sont basés sur plusieurs arrêts rendus par ladite Cour, des arrêts tranchant en grande majorité en faveur du libre marché et au détriment de la protection des travailleurs. Au niveau des partis, le mandat n’a pas soulevé un immense enthousiasme, sans pour autant, à l’exception de l’UDC et de quelques membres du PDC, être confronté à d’amères critiques. Les critiques ont plutôt été dirigées vers Didier Burkhalter qui s’est vu traité de « ministre de l’abandon » poussant la Suisse à « se plier devant les juges étrangers » par Christophe Darbellay lors de son discours du 1er août. Ces attaques n’ont pas déstabilisé le ministre qui a reçu un soutien unanime de la CPE-CE (10 voix contre 0, moins 2 abstentions). Quelques jours plus tard, la CPE-CN a suivi cette décision par 14 voix contre 6 et 2 abstentions. Les voix dissidentes se sont retrouvées uniquement à l’UDC, ce qui a indiqué un changement de position du PDC, jusqu’alors très critique envers le projet de négociation du ministre Didier Burkhalter. Au mois de décembre, le fameux mandat de négociation a été approuvé par le gouvernement.

En vue de l’adhésion de la Croatie à l’UE, le Conseil fédéral a proposé de débloquer 45 millions de francs afin de soutenir la Croatie dans son processus d’adhésion. Les commissions de politique extérieure des deux chambres ont soutenu le gouvernement dans sa démarche.

Au mois de février, le Conseil fédéral a présenté une feuille de route concernant les prochaines étapes des négociations bilatérales avec l’UE. Les négociations actuelles portent sur l’agriculture, sur la sécurité des produits alimentaires et de la santé publique, sur le commerce des droits d’émission de CO2, sur les programmes de navigation par satellite Galileo et EGNOS, sur la collaboration en matière de concurrence et enfin sur l’électricité/énergie. Ce dernier dossier a été qualifié de prioritaire par le Conseil fédéral, puisqu’il devrait servir de modèle pour les autres négociations. Le gouvernement a également rappelé son intention de suivre une stratégie qui permette d’apporter des solutions aux questions institutionnelles, ainsi que son refus de toute reprise automatique du droit européen. L’accueil bruxellois à cette feuille de route a été plutôt réservé. En effet, les Européens ont regretté que la Suisse poursuive une stratégie qui met sur la table des questions procédurales au détriment des questions substantielles. De plus, le refus helvétique d’instaurer des mécanismes garantissant l’adaptation des accords bilatéraux aux avancées législatives et juridiques européennes, ainsi que l’opposition à l’établissement d’un organe de contrôle judiciaire efficace ont créé des tensions lors de la rencontre entre l’UE et la Suisse en mars. Afin de répondre aux exigences européennes, le Conseil fédéral a transmis des propositions pour résoudre ces questions institutionnelles dans le courant du mois de juin. A Bruxelles, l’évaluation de ces propositions par l’UE a été très critique. La Commission a jugé ces propositions insuffisantes, un avis partagé par les Vingt-Sept. Dans un rapport rendu à la fin de l’année sous revue, les Etats-membres ont exclu la conclusion de nouveaux accords bilatéraux d’accès au marché intérieur européen tant que ne seront pas réglées les fameuses questions institutionnelles, soit la reprise la plus automatique possible par la Suisse de la législation européenne pour les domaines concernés, ainsi que l’établissement d’un organe de surveillance et d’un tribunal pour régler les litiges. Les discussions reprendront l’année prochaine.

Cet anniversaire a remis l’idée d’intégrer l’EEE sur le tapis. En effet, le président du PDC, Christophe Darbellay, a suggéré qu’un nouveau vote sur l’EEE pourrait être une solution afin de sortir du modèle bilatéral qui semble enlisé depuis trop longtemps. L’idée du valaisan, qualifiée par certains de simple coup médiatique, n’a pas reçu le soutien du gouvernement.

En début d’année, le nouveau ministre des affaires étrangères, Didier Burkhalter, a présenté sa stratégie sur les relations avec l’UE. Là où son prédécesseur prônait une approche simultanée et coordonnée de tous les dossiers, Didier Burkhalter souhaite se concentrer sur un dossier, celui de l’électricité, afin de trouver une solution qui pourrait servir de modèle aux autres dossiers en suspens. L’accord sur l’électricité permettrait également de régler les questions institutionnelles, dont la discussion fait office de condition sine qua non pour Bruxelles. L’idée de régler les questions institutionnelles par un accord particulier a rencontré le scepticisme des experts, des politiciens, ainsi que de l’ambassadeur de l’UE en Suisse.

Dans le cadre de la participation helvétique à Frontex, des gardes-frontières suisses ont été mobilisés pour patrouiller à l’occasion de l’Euro 2012 sur la frontière des deux pays organisateurs, la Pologne et l’Ukraine.

La présidente de la Confédération, Eveline Widmer-Schlumpf, a accueilli le ministre-président de Bavière et président du Conseil fédéral allemand, pour une visite de courtoisie. Les discussions se sont portées sur la politique européenne, les relations bilatérales avec l’Allemagne et avec l’Etat libre de Bavière.

Suite au référendum sur l’adhésion à l’UE, le peuple croate a décidé de rejoindre l’UE en janvier 2012 par 66% des voix. Cette décision a réveillé les opposants suisses à la libre circulation des personnes. Face à la colère des zones frontalières, premières concernées par les pressions salariales, le président du PS, Christian Levrat, a également reconnu que la question de l’introduction d’un contingentement régional des travailleurs européens devait se poser.

Aufgrund des Konflikts zwischen der Schweiz und Italien über den Zugang von Schweizer Firmen zu öffentlichen Ausschreibungen in Italien schaltete sich im März die EU-Kommission ein, indem sie ein Vertragsverletzungsverfahren gegenüber Italien einleitete. Die Schweiz wirft dem südlichen Nachbarland Missachtung der Bestimmungen der bilateralen Verträge vor. Bis Ende des Berichtjahres hat das Verfahren noch zu keinem Ergebnis geführt.

Der Gemischte Ausschuss der Schweiz und der EU traf sich im Dezember in Brüssel, um die Funktionsweise des Freihandelsabkommens zwischen den beiden Parteien zu evaluieren. Beide Seiten anerkannten die Bedeutung des Abkommens; so entsprach das Handelsvolumen 2010 rund CHF 260 Mia. Während die EU für die Schweiz der wichtigste Exportmarkt darstellt, ist die Schweiz für den EU-Wirtschaftsraum immerhin der zweitwichtigste Handelspartner. Das Gremium stellte der Funktionsweise des Abkommens von 1972 ein gutes Zeugnis aus und erachtete in seiner Erklärung das Vertragswerk als essentiell in der bilateralen Handelsbeziehungen. Aktuelle Entwicklungen und Herausforderungen standen ebenfalls auf der Agenda des Treffens, so die Frankenstärke, die Schuldenkrise im Euroraum und diverse Probleme im gegenseitigen Marktzugang. Vonseiten der EU wurde zudem Kritik an den kantonalen Unternehmenssteuerpraxen geäussert. Die Schweizer Delegation vertrat dabei die Meinung, dass diese mit dem Vertragswerk vereinbar seien.

Der Bundesrat entschied Anfang Mai, den Zugang von bulgarischen und rumänischen Staatsangehörigen zum Schweizer Arbeitsmarkt weiterhin zu begrenzen. Somit bleiben die beschränkenden Richtlinien wie der Inländervorrang, die Kontingente für Aufenthaltsbewilligungen sowie die Kontrolle der Löhne und Arbeitsbedingungen bis Ende Mai 2014 in Kraft.

Der Bundesrat entschied im Juni, dass die Schweiz mit der EU über das Kabotage-Recht verhandeln soll. Dieses würde Schweizer Fluggesellschaften erlauben, im Landesinnern der einzelnen EU-Länder Linienflüge durchzuführen. Die zuständigen Minister aus den EU-Mitgliedsländern hatten bereits im April signalisiert, zu Verhandlungen über die Ausweitung des Luftverkehrsabkommens bereit zu sein. Das Verhandlungsmandat des Bundes wurde in den Kommissionen der beiden Parlamentskammern und von den Kantonen beraten und führte anschliessend zur Aufnahme der Verhandlungen per Ende November des Berichtjahres.

Der Besuch von Bundespräsidentin Calmy-Rey in Brüssel war mit Spannung erwartet worden, da auch EU-Kommissionspräsident Barroso von der Aussenministerin eine klare Stellungnahme zur weiteren Entwicklung des Verhältnisses Schweiz-EU erwartete. Das Treffen zwischen beiden Seiten verlief ohne konkrete Ergebnisse. Die EU forderte von der Schweiz die automatische Übernahme von europäischem Recht bei neuen Abkommen, ein Vorschlag, welcher bei der Schweizer Delegation auf Ablehnung stiess. Die selektive Weiterentwicklung des Bilateralismus sei für die Union kein Thema, hiess es in Brüssel. Aber auch Bundesrätin Calmy-Rey machte in ihrer Erklärung klar, dass die Beibehaltung des Status quo für die Schweiz nicht von Vorteil sei. Damit war man sich nach dem Treffen zumindest „einig über die Uneinigkeit“. Aufgrund der Kontroverse um ein mögliches drittes bilaterales Verhandlungspaket forderten die Aussenpolitischen Kommissionen beider Räte eine Klarstellung der Bundesräte Calmy-Rey und Schneider-Ammann bezüglich der Sichtweise der Schweizer Exekutive auf die Weiterentwicklung des Verhältnisses mit der EU. Nachdem sich abzeichnete, dass die Blockade der Verhandlungen zwischen der Schweiz und der EU von längerer Dauer sein würde, kritisierte die Aussenministerin in der Schweizer Presse das Verhalten der EU als zu passiv. Deren Vorgehen sei keiner Lösung förderlich. Die Aussagen der Bundesrätin wurden von Politikern sämtlicher Lager kritisiert. EU-Botschafter Reiterer konterte, dass nach Ansicht Brüssels der Ball bei der Schweiz liege. Beim Besuch des EU-Ratspräsidenten Van Rompuy in Zürich im November bekräftigen beide Parteien nochmals ihre Sicht auf die zukünftigen Verhandlungen. Während die EU nach wie vor eine institutionelle Lösung mit automatischer Rechtsübernahme durch die Schweiz forderte, sprach sich Aussenministerin Calmy-Rey für sektorielle Abkommen aus.

Im November traf sich Micheline Calmy-Rey in Zürich mit dem EU-Ratspräsidenten Herman Van Rompuy. Aktuelle Entwicklungen wie die Eurokrise und die ungelösten Steuerfragen zwischen der Schweiz und der Europäischen Union wurden bei diesem Treffen diskutiert.