Les chambres ont examiné une motion de la conseillère aux Etats Madeleine Amgwerd (pdc, JU) déposée fin 2005. Cette motion demandait au Conseil fédéral de soutenir à long terme le Fonds mondial de lutte contre le sida, la tuberculose et le paludisme en augmentant sa cotisation annuelle en fonction de la part de la Suisse dans le revenu brut mondial, à savoir 50 millions de dollars américains. La motion demandait concrètement que la cotisation suisse passe de 5 à 25 millions de francs pour 2006 et qu’elle soit encore adaptée les années suivantes. Au Conseil des Etats, cette motion a été adoptée, contre l’avis du Conseil fédéral, par 13 voix contre 10. Ce dernier estimait en effet qu'une augmentation supplémentaire de la contribution de la Suisse au Fonds mondial ne devait pas se faire au détriment d'autres dépenses au titre de la coopération internationale au développement. Il a également souligné que la Confédération soutenait d’autres institutions qui combattent également ces maladies. Au Conseil national, une minorité de la commission (CPE-CN) emmenée par des membres de l’UDC et du Parti libéral, a proposé de rejeter la motion pour deux raisons principales : elle considérait, d’une part, que le fonds mondial n’était pas efficace, et, d’autre part, que la Confédération n’avait pas les moyens d’augmenter sa contribution. Ne considérant pas ces arguments, d’ailleurs vivement combattus, le plénum a finalement suivi la majorité de la commission et adopté la motion en question par 86 voix contre 75.