In der Herbstsession 2019 gelangte das Geschäft zur Genehmigung der Beteiligung an der Europäischen Agentur für das Betriebsmanagement von IT-Grosssystemen in den Nationalrat. Die EU-Lisa ist für den Betrieb und die Weiterentwicklung zahlreicher zentraler Systeme des Schengenraums verantwortlich. Dazu gehören unter anderem das SIS, das Visa-Informationssysstem, die Fingerabdruck-Datenbank Eurodac und das Ein- und Ausreisesystem (EES). Hans-Peter Portmann (fdp, ZH), der Sprecher der APK-NR, wies darauf hin, dass die Schweiz seit 2012 als Beobachterin der Agentur an sämtlichen Projekten der EU-Lisa beteiligt sei und das Parlament der EU-Verordnung zur Errichtung der Agentur bereits zugestimmt habe. Gemäss der vorliegenden Vereinbarung solle die Schweiz sich zukünftig vollständig daran beteiligen und sich mit begrenztem Stimmrecht gleichberechtigt mit den EU-Mitgliedsstaaten engagieren können. Die Beteiligungskosten würden für die Schweiz wie bis anhin CHF 7-8 Mio. betragen, so Portmann weiter. Eine Kommissionsminderheit Estermann (svp, LU) hatte einen Nichteintretensantrag gestellt, obwohl man sich, so Estermann, der Vorteile des Abkommens bewusst sei. Jedoch sei die SVP-Delegation der Meinung, dass man keine weiteren Zahlungen an die EU leisten solle, solange man von dieser in verschiedener Hinsicht diskriminiert werde. Dieses Verhalten wurde von den anderen Ratsmitgliedern nicht goutiert. Walter Müller (fdp, SG) etwa befand das Ablehnen eines nach langer Verhandlung erarbeiteten Resultats für nicht konstruktiv. Der Rat beschloss mit 132 zu 51 Stimmen (bei 2 Enthaltungen), auf das Geschäft einzutreten, wobei nur Mitglieder der SVP-Fraktion dagegen stimmten, und nahm es kurz darauf mit 133 zu 49 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) an. Auch in der Schlussabstimmung drei Tage später fiel das Ergebnis im Nationalrat mit 138 zu 52 Stimmen (bei 7 Enthaltungen) eindeutig und im Ständerat gar einstimmig aus.

Le 17 mai 2017, le Conseil fédéral soumettait au Parlement le projet d'arrêté fédéral concernant la reprise du règlement (UE) 2016/1624, relatif au corps européen de garde-frontières et de garde-côtes. Le règlement en question s'inscrit dans la lignée de l'acquis de Schengen, dont la Suisse s'est engagée, lors de son association en 2004, à reprendre les développements successifs. Adopté en septembre 2016 par le Parlement européen et le Conseil de l'Union européenne dans le contexte d'une pression accrue aux frontières extérieures de l'Europe et de l'augmentation du flux migratoire, le règlement en question dote l'Agence européenne de garde-frontières et de garde-côtes ("Frontex") de nouvelles compétences. Tel que spécifié dans le message du Conseil fédéral du 17 mai 2017, l'objectif consiste alors, à faire coïncider au mieux sécurité et libre circulation des personnes sur le territoire de l'UE.
A l'échelon helvétique, le Conseil fédéral se prononce, dès le mois d'octobre 2016, en faveur de la reprise du règlement européen 2016/1624, dont découle une nécessaire adaptation de la Loi fédérale sur les étrangers, de la Loi fédérale sur les offices centraux de police criminelle de la Confédération et les centres communs de coopération policière et douanière avec d'autres États, ainsi que de la Loi sur les douanes.

Le Conseil national était le premier à se prononcer sur cet objet, lors de la session d'automne 2017, le mot d'ordre d'une majorité de la CPS-CN plaidant en faveur de l'entrée en matière. Opposée à l'entrée en matière, la minorité Glättli (verts, ZH) rassemblait les voix contestataires des élus UDC et Verts. Dénonçant les faiblesses démocratiques de Schengen, les élus du parti nationaliste conservateur ont tenu à rappeler que la Suisse, en tant qu’État associé, participe certes aux discussions entourant le développement de l'acquis de Schengen, mais ne dispose pas de véritable droit de co-décision. Rapportant la parole du groupe des Verts, Lisa Mazzone (verts, GE) s'est pour sa part exprimée en faveur d'une politique d'asile plus humaine: "Frontex Plus, c'est plus de compétences, plus de moyens, plus de personnel pour bafouer un droit humain, le droit qui prévoit que chacun a la possibilité de quitter le pays dans lequel il se trouve."
La minorité Arnold (udc, UR), composée d'une majorité de conseillers nationaux UDC et du libéral-radical Walter Müller (plr, SG), était quant à elle favorable à un renvoi du projet au Conseil fédéral, afin que soit inscrite noir sur blanc la priorité de "prévenir le franchissement illégal de la frontière déjà aux frontières extérieures de l'espace Schengen".
Précisons également que le groupe socialiste, invoquant une nécessaire coopération à l'échelle européenne, s'est prononcé pour l'entrée en matière et contre le renvoi de l'objet au Conseil fédéral, une position finalement acceptée par une majeure partie du Conseil national lors du vote sur l'entrée en matière.

Lors de la discussion par article, la chambre basse a une nouvelle fois suivi la majorité de sa Commission et procédé à une double modification du projet du Conseil fédéral: d’abord par la proposition d'un plafonnement de 12 millions à la participation annuelle de la Suisse au projet Frontex, ensuite par l'ajout d'un article 1a, spécifiant que: "l’association de la Suisse [au nouveau règlement] ne doit pas entraîner une dégradation de la surveillance des frontières suisses".
Lors du vote sur l'ensemble, la majorité du Conseil national s'est prononcé, en définitive, en faveur de l'adoption du projet modifiant la version du Conseil fédéral (102 voix pour, 75 contre et 10 abstentions).