Le 7 mars 2018, le Conseil national s'est également prononcé en faveur de l'accord additionnel au Fonds pour la sécurité intérieure et de la reprise du règlement (UE) n°514/2014 (107 voix pour, 74 contre et 9 abstentions lors du vote sur l'ensemble). Dans les rangs de la chambre du peuple, l'opposition au projet d'arrêté fédéral a été portée par les groupes parlementaires des Verts et de l'Union démocratique du centre. Tout comme leurs homologues européens, Lisa Mazzone (verts, GE) et Balthasar Glättli (verts, ZH) ont tour à tour dénoncé un instrument participant à la consolidation de la "forteresse Europe" et appelé à la création d'un espace européen propice au respect des droits de l'Homme. Sur la droite du spectre politique, Adrian Amstutz (udc, BE) a quant à lui souligné l'inefficacité du système Schengen dans la lutte contre l'immigration illégale.
Les chambres fédérales ont néanmoins toutes deux apporté leur soutien au projet présenté par le Conseil fédéral lors du vote final du 16 mars 2018 (109 voix pour, 74 contre et 9 abstentions au Conseil national / 36 voix pour, 6 contre et 0 abstention au Conseil des Etats).

Le 3 juin 2016, le Conseil fédéral soumet aux chambres fédérales son message relatif à l‘approbation de l‘échange de notes entre la Suisse et l‘UE concernant la reprise du règlement (UE) n° 515/2014 (Développement de l’acquis de Schengen. Création du Fonds pour la sécurité intérieure).
En avril 2014, le Parlement européen et le Conseil de l'UE ratifient ce règlement, dont résulte la constitution, pour la période 2014-2020, du Fonds pour la sécurité intérieure dans le domaine des frontières extérieures et des visas (FSI Frontières). Succédant au Fonds pour les frontières extérieures, le FSI Frontières contribue au soutien financier des Etats qui, en raison de leur position géographique, endossent des coûts élevés pour la protection des frontières extérieures de l'espace Schengen. Considéré par l'UE comme un développement de l'acquis de Schengen, le nouveau règlement est notifié à la Suisse en mai 2014.
La Suisse se prononce en faveur de la reprise de l'acte juridique et dispose pour ce faire d'un délai fixé au 3 juillet 2017. A l'échelon helvétique, la reprise du règlement (UE) n° 515/2014 ne nécessite aucune modification législative. En revanche, afin de pouvoir pleinement prendre part au Fonds pour la sécurité intérieure, les Etats associés à Schengen – soit la Norvège, l'Islande, le Liechtenstein et la Suisse – sont tenus de conclure un accord supplémentaire avec l'UE. En ce qui concerne la Suisse, l'accord additionnel en question est joint au message du Conseil fédéral du 3 juin 2016 à titre informatif et sera présenté ultérieurement au Parlement pour approbation.
Pour la période 2014-2020, le montant de la participation de la Suisse au FSI Frontières est estimé, sur la base de la clé de répartition prévue par les accords d'association de la Suisse à Schengen, à 18.43 millions de francs par année. En échange, la Suisse devrait bénéficier d'un budget annuel d'environ 20 millions de francs à allouer à la protection des frontières extérieures de l'espace Schengen sur le territoire national – matérialisées exclusivement par les frontières internationales des aéroports.
En septembre 2016, le Conseil des Etats se prononce en faveur du projet du Conseil fédéral (39 voix pour, 2 contre, 0 abstention). Au mois de décembre de la même année, le Conseil national accepte à son tour le projet d'arrêté fédéral (110 voix pour, 70 contre et 5 abstentions lors du vote sur l'ensemble), faisant fi de la proposition de non entrée en matière portée par la minorité Amstutz (udc, BE).
L'arrêté est finalement adopté par les deux chambres fédérales lors du vote du 16 décembre 2016.