Etwa anderthalb Stunden diskutierte der Nationalrat in der Herbstsession 2021 über die Freigabe des zweiten Kohäsionsbeitrags an die EU. Die APK-NR empfehle, den Vorschlag des Bundesrats anzunehmen und mit dem Entscheid einem «konstruktiven Ansatz in der Europapolitik Raum zu geben», teilte Kommissionssprecher Nussbaumer (sp, BL) zu Beginn der Debatte mit. Die Kommission wolle den Bundesbeschluss zur Freigabe der Kohäsionsmilliarde jedoch dahingehend ergänzen, dass Verpflichtungen auf Grundlage des Kohäsionskredits erst eingegangen würden, nachdem der Bundesrat die Finanzierungsbotschaft zur Schweizer Teilnahme an Erasmus plus vorgelegt hat. Um diesen Prozess zu beschleunigen, hatte die APK-NR Anfang September 2021 eine entsprechende Kommissionsmotion eingereicht.
Obwohl sich alle Fraktionen mit Ausnahme der SVP für die Annahme des Bundesbeschlusses aussprachen, benötigten die Mitglieder des Nationalrats in der Folge viel Sitzfleisch, bis sie eine Entscheidung treffen konnten. So wehrte sich die SVP-Fraktion vehement gegen das Anliegen der Kommissionsmehrheit, wobei ihre Mitglieder zahlreiche Fragen an die Rednerinnern und Redner stellten und dem Rat mehrere Minderheitsanträge vorlegten. Thomas Aeschi (svp, ZG) etwa wollte von Kommissionssprecher Nussbaumer wissen, weshalb die APK-NR trotz weiterer Diskriminierungen die Freigabe unterstütze. Er beklagte die fehlende Assoziierung an Horizon Europe und an Erasmus plus sowie die Probleme im gesamten Strombereich und beim Mutual Recognition Agreement (MRA). Nussbaumer erklärte die Entscheidung der Kommission damit, dass man mit dem Entscheid ein neues Kapitel in den bilateralen Beziehungen aufschlagen könne. Zwei Minderheitsanträge von Roger Köppel (svp, ZH) verlangten, nicht auf das Geschäft einzutreten respektive keine Verpflichtungen auf Grundlage des Rahmenkredits einzugehen, bis die Schweiz an Horizon Europe assoziiert sei oder die Börsenäquivalenz wiederhergestellt worden sei. Eine Minderheit Nidegger (svp, GE) wollte die Vorlage an den Bundesrat rücküberweisen und ihn beauftragen, die Kohäsionsmilliarde für die Sanierung der AHV zu verwenden. Franz Grüter (svp, LU) schlug mit seinem Einzelantrag vor, den Beschluss dem fakultativen Referendum zu unterstellen.
Überdies legten die Sprecherinnen und Sprecher aller Fraktionen deren Position ausführlich dar. So warf etwa Sibel Arslan (basta, NR) für die Grüne Fraktion sowohl der Schweiz wie auch der EU vor, Fehler gemacht zu haben, sah den finalen Fehltritt aber auf Schweizer Seite, und zwar im Abbruch der Verhandlungen über das Rahmenabkommen. Die Freigabe der Kohäsionsmilliarde erachtete sie als einen Schritt zur Normalisierung und als Erfüllung eines längst gemachten Versprechens. Da die Motion der APK-NR zur Finanzierungsbotschaft von Erasmus plus bereits angenommen worden war, forderte sie in einem Minderheitsantrag die Streichung der entsprechenden Bedingung. Ähnlich tönte es auch von SP-Sprecher Molina (sp, ZH), der das Ende der Verhandlungen ebenfalls als «verantwortungslos» kritisierte. Auch aus Sicht der GLP sei der Verhandlungsabbruch ein «grosser Fehler» gewesen, meinte Roland Fischer (glp, LU). Die Schweiz profitiere enorm vom europäischen Binnenmarkt und zahle im Verhältnis zu Norwegen sehr wenig für den Zugang. Die FDP setze sich für die Freigabe des Kohäsionsbeitrags ein, um die Negativspirale im Verhältnis zur EU zu durchbrechen, erklärte Christa Markwalder (fdp, BE). Auch sie sprach das überaus günstige Kosten-Nutzen-Verhältnis an, dass die Schweiz im Hinblick auf die Verflechtung mit dem Binnenmarkt aufweise. Eine Verringerung der wirtschaftlichen und sozialen Ungleichheiten wirke sich über die europaweiten Bildungs-, Forschungs- und Kulturkooperationen auch positiv auf die Schweiz aus. Mitte-Nationalrätin Elisabeth Schneider-Schneiter (mitte, BL) hob die Bedeutung der Kohäsionszahlung für das Vorankommen im Horizon-Dossier hervor. Die Nichtassoziierung der Schweiz sei zwar diskriminierend und die Verknüpfung mit der Kohäsionsmilliarde «unschön», doch rechtlich gesehen stehe die EU nicht in der Pflicht, Abkommen mit der Schweiz zu aktualisieren. Auch die Mitte-Fraktion unterstütze die Freigabe des Beitrags sowie den Minderheitsantrag Arslan, gab sie bekannt. Nationalrat Grüter vertrat schliesslich die Ansicht, dass die Schweiz der EU nichts schulde, da die EU massiv von der Schweiz als Handels- und Wirtschaftspartnerin profitiere. Er bemängelte zudem, dass der Bundesbeschluss der Schweizer Bevölkerung nicht zur Abstimmung vorgelegt worden war.
Der im Rat anwesende Aussenminister Cassis drängte die grosse Kammer zur Freigabe der Zahlung, weil man nur so eine positive Verhandlungsdynamik schaffen und Fortschritt in anderen Dossiers erzielen könne. Für die plötzliche Kehrtwende trotz andauernder Diskriminierung der EU im Rahmen der aberkannten Börsenäquivalenz habe der Bundesrat zwei Gründe, erklärte Cassis: Einerseits hätten die Schutzmassnahmen für die Schweizer Börseninfrastruktur die Situation entspannt, andererseits sei die Rechtsgrundlage für den zweiten Kohäsionsbeitrag auf Ende 2024 befristet. Den Einzelantrag von Franz Grüter empfahl er zur Ablehnung, da Finanzgeschäfte gemäss Parlamentsgesetz in Form von einfachen Bundesbeschlüssen erlassen würden – so etwa auch 2019, als das Parlament die Rahmenkredite der zweiten Kohäsionszahlung genehmigt hatte.
Die grosse Kammer lehnte in der Folge sämtliche Minderheitsanträge der SVP ab, strich aber gemäss der Forderung von Sibel Arslan die Verknüpfung mit der Finanzierungsbotschaft für Erasmus plus. Spätabends wurde der Entwurf in der Gesamtabstimmung mit 131 zu 55 Stimmen (bei 1 Enthaltung) gegen den Willen der SVP-Fraktion und einiger Fraktionsmitglieder der Mitte angenommen.

Wenige Tage nach der zweiten Sitzung des Ständerats zur Vorlage befasste sich der Nationalrat mit dessen Kompromiss zu den Kapitalerhöhungen der Weltbankgruppe und der Afrikanischen Entwicklungsbank. Die vier Verpflichtungskredite waren in beiden Räten unumstritten, jedoch hatte der Nationalrat fünf Artikel mit Handlungsrichtlinien ergänzt, die vom Ständerat zwar abgelehnt, im Sinne einer Kompromisslösung aber grösstenteils in einem neu geschaffenen Artikel 3a aufgenommen worden waren. Während dieser Artikel 3a auf Antrag der APK-NR angenommen wurde, setzte sich eine Minderheit Schneider-Schneiter (cvp, BL) dafür ein, dem Ständerat auch hinsichtlich der Streichung der Offenlegungspflicht zu folgen und Artikel 3c zu streichen. Die Minderheit aus Vertreterinnen und Vertretern der Mitte-, der FDP- und der GLP-Fraktion argumentierte, dass die Publikation im Internet nicht umsetzbar und die Unterrichtungspflicht des Parlaments bereits anderweitig geregelt sei. Roland Fischer (glp, LU) zeigte Verständnis für den Wunsch nach mehr Transparenz und stellte in Aussicht, dass die Aussenpolitischen Kommissionen in der Differenzbereinigung einen Kompromiss ausarbeiten könnten. Die Mehrheit des Nationalrates wollte jedoch an der Offenlegungspflicht festhalten. Franz Grüter (svp, LU), dessen Fraktion sich von Anfang an gegen die Verfügungskredite eingesetzt hatte, bezeichnete die Institutionen als «Dunkelkammern» und verlangte eine «Aufsicht über die Aufsicht». Auch die SP setze sich für die Einhaltung von Transparenz und Rechenschaft und daher für Artikel 3c ein, wie Claudia Friedl (sp, SG) verlauten liess. Bundesrat Parmelin freute sich zwar über den konstruktiven Kompromiss zu Artikel 3a, der keine grösseren Umsetzungsprobleme mit sich brachte. Er verwies jedoch in Bezug auf den umstrittenen Artikel 3c ebenfalls darauf, dass die Publikation der Schweizer Positionen im Internet «äusserst problematisch und sehr oft kontraproduktiv» sein könne. Um auf internationaler Ebene Kompromisse finden zu können, sei es manchmal unumgänglich, Positionen vertraulich zu behandeln. Auf Nachfrage von Fabian Molina (sp, ZH) stimmte er aber im Namen des Bundesrats zu, den zuständigen Kommissionen gegenüber Rechenschaft abzulegen. Der Nationalrat nahm den Antrag der Mehrheit in Bezug auf Artikel 3c trotz der bundesrätlichen Bedenken mit 118 zu 68 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) an, womit er erneut eine Differenz zum Ständerat schuf.

Die Kapitalerhöhungen der Weltbankgruppe und der Afrikanischen Entwicklungsbank wurden im der Herbstsession 2020 im Nationalrat ähnlich hitzig diskutiert, wie einige Monate zuvor bereits im Ständerat. Konkret handelte es sich bei vorliegendem Geschäft um drei Bundesbeschlüsse: zwei Verpflichtungskredite über CHF 217.5 Mio. respektive CHF 713.9 Mio. für die Kapitalerhöhungen und die Erhöhung des Garantiekapitals der WBG; zwei Verpflichtungskredite über CHF 109.7 Mio. respektive CHF 1.718 Mrd. für die Kapitalerhöhung und die Erhöhung des Garantiekapitals der AfDB; und schliesslich eine Änderung des Quorums für Kapitalerhöhungen im Rahmen der IFC.
Die APK-NR empfahl dem Nationalrat auf alle drei Bundesbeschlüsse einzutreten, während zwei Kommissionsminderheiten – die Minderheit Guggisberg (svp, BE) der FK-NR und die Minderheit Grüter (svp, LU) der APK-NR – einen Antrag auf Nichteintreten stellten. Claudia Friedl (sp, SG), Komissionssprecherin der FK-NR, betonte die Bedeutung der beiden Banken, die für ihre Arbeit auf Unterstützung von aussen angewiesen seien, wobei die Schweiz sich über das reine Geldgeben hinaus auch gegen Korruption und Fehlinvestitionen einsetze. Für Minderheitsführer Guggisberg waren derartige Ausgaben in der Corona-Krise schlicht nicht zu verkraften. Zudem würden die Banken immer wieder menschenrechtsverletzende Projekte finanzieren und hätten mit Korruption zu kämpfen. Schliesslich wies Guggisberg darauf hin, dass sich auch die USA nicht an der Kapitalerhöhung beteiligten. Franz Grüter argumentierte im Namen seiner APK-NR-Minderheit ebenfalls gegen das Eintreten und nahm dabei vor allem auf die Argumente seines Vorredners und Parteikollegen Bezug. Er kritisierte darüber hinaus aber auch, dass CHF 300 Mio., welche den Banken im Austausch für Aktien überwiesen werden sollten, als Investitionen und nicht als ordentliche Ausgaben klassifiziert werden sollen. Die beiden Minderheiten Guggisberg und Grüter wurden gemeinsam mit 133 zu 54 Stimmen abgelehnt, womit der Nationalrat auf das Geschäft eintrat. Darüber hinaus machte die APK-NR mehrere Änderungsvorschläge in den Bundesbeschlüssen, welche dem Bundesrat konkrete Handlungsanweisungen auferlegen würden. Unter anderem stimmte der Nationalrat dafür, dass die Schweiz ihr Abstimmungsverhalten zu den einzelnen Projekten der Banken im Internet publizieren und der Bundesrat dem Parlament alle zwei Jahre Auskunft darüber geben muss, wie sich die Schweiz für den Schutz der Menschenrechte, gute Regierungsführung und den Klimaschutz einsetzt. Ausserdem muss sich die Schweiz in der Weltbankgruppe für die Stärkung der staatlichen Bildung und der Gesundheitsversorgung einsetzen, eine Nulltoleranzpolitik gegenüber Korruption und Repression verfolgen und die Schaffung von dauerhaften Arbeitsplätzen in den Zielländern unterstützen. In der Gesamtabstimmung nahm der Nationalrat die Kredite für die Weltbankgruppe mit den vorgenommenen Ergänzungen mit 139 zu 54 Stimmen und jene für die Afrikanische Entwicklungsbank mit 140 zu 55 Stimmen an. Damit schuf er eine Differenz zum Ständerat, welcher das Geschäft erneut zur Behandlung überwiesen erhielt.

Im Vorfeld der Sommersession 2020 befassten sich sowohl die FK-NR wie auch die APK-NR ausführlich mit der Botschaft zur Strategie der IZA 2021-2024. Wie bereits in der Vernehmlassung führte die APD-Quote zu inhaltlichen Differenzen. Die FK-NR lehnte sowohl eine progressive Erhöhung der APD-Quote auf 0.7 Prozent, wie auch eine Senkung der Quote auf 0.45 Prozent ab. Auch ein weiterer Kürzungsantrag, welcher die Rahmenkredite – ausser denjenigen zur humanitären Hilfe – halbieren wollte, wurde abgelehnt. Eine Kommissionsmehrheit beantragte dem Nationalrat, den Vorschlag des Bundesrats anzunehmen. Die APK-NR kam in ihrer Beratung hingegen zum Schluss, dass in Krisenzeiten eine starke internationale Zusammenarbeit und eine effektive humanitäre Hilfe unabdingbar sei. Aus diesem Grund beschloss die Kommission von der bundesrätlichen Vorlage abzuweichen, und die Rahmenkredite um CHF 241 Mio. zu erhöhen. Diese Erhöhung entspräche einer progressiven Erhöhung der APD-Quote auf die vom Parlament 2011 festgesetzten 0.5 Prozent. Zudem reichte die APK-NR zwei Vorstösse ein, eine Motion zur Fortführung der Tätigkeiten in ausgewählten Ländern in Zentralamerika und der Karibik und ein Postulat (20.3469), welches einen Bericht zu Zoonosen und deren Eindämmung forderte.
Der Sprecher der APK-NR, Hans-Peter Portmann (fdp, ZH) empfahl dem grossen Rat in der Sommersession 2020, auf alle vier Bundesbeschlüsse einzutreten und den Gesamtbetrag des Rahmenkredits um den bereits erwähnten Betrag zu erhöhen. Daraufhin entspann sich eine langwierige Debatte entlang der Parteigrenzen für oder gegen eine Erhöhung der Rahmenkredite. Elisabeth Schneider-Schneiter (cvp, BL) brachte die Debatte mit der Feststellung: «Die Linke möchte immer mehr finanzielle Mittel und die Rechte immer weniger» konzise auf den Punkt. CVP und FDP unterstützten die bestehende Vorlage des Bundesrates während die Parteien links und rechts davon abwichen. SP, Grüne und GLP auf der einen und die SVP auf der anderen Seite argumentierten allesamt mit den Konsequenzen der Corona-Krise für ihr jeweiliges Anliegen. Die davon abgeleiteten Folgerungen standen sich aber diametral gegenüber. Sibel Arslan (gp, BS) verwies auf die «verheerende» Wirkung der Corona-Massnahmen für die Wirtschaft in den Entwicklungsländern und forderte, dass sich die Schweiz als – auch nach Corona – stabiles und reiches Land ihrer Verantwortung bewusst werden müsse. Auch Nationalrätin Tiana Angelina Moser (glp, ZH) befand es für notwendig, die Kredite bzw. die ADP-Quote zu erhöhen, da sich die Schweiz als Globalisierungsgewinnerin für die Bewältigung globaler Krisen einsetzen sollte. Die SVP-Fraktion interpretierte die Folgen der Corona-Pandemie gänzlich anders. So verlangte Nationalrat Roland Büchel (svp, SG) im Namen seiner Fraktion die Kürzung des IZA-Budgets und die Aufhebung der ADP-Quote, da qualitative Messgrössen wichtiger seien als quantitative. Auch sein Parteikollege Franz Grüter (svp, LU) stellte die Höhe des Entwicklungshilfe-Budgets angesichts der «grössten Krise seit dem Zweiten Weltkrieg» in Frage. Ein Rückweisungsantrag von Rino Büchel wurde mit 140 zu 53 Stimmen abgelehnt. Ebenfalls abgelehnt wurden die zahlreichen Minderheitsanträge, darunter auch jene von Roland Büchel und Sibel Arslan, welche die Höhe der Rahmenkredite anpassen wollten und inhaltlich teilweise identisch waren. Der Nationalrat nahm hingegen einen Minderheitsantrag Portmann (fdp, ZH) an. Dieser legte fest, dass die Beträge der Rahmenkredite mit der wirtschaftlichen Entwicklung und dem Abbaupfad der Corona-bedingten Schulden fluktuieren werden. Mit Ausnahme der SVP stimmten alle Fraktionen für die vom Bundesrat vorgebrachten Bundesbeschlüsse.

Im Dezember 2019 publizierte der Bundesrat seine Botschaft zum Abkommen mit dem Vereinigten Königreich von Grossbritannien und Nordirland, welches als Teil der «Mind the Gap-Strategie» die bestehenden Rechte der Bürgerinnen und Bürger nach dem Brexit sichern soll. Das vorliegende Abkommen solle die geltende Rechtslage im Migrationsbereich nach dem Austritt des Vereinigten Königreichs aus der EU ersetzen, so der Bericht. Es gilt nur für jene Personen, welche sich im Rahmen des bereits bestehenden FZA in Grossbritannien oder der Schweiz aufhalten. Personen, welche erst nach dem Wegfall des FZA in eines der beiden Länder einreisen, werden einem anderen, noch zu verhandelnden Abkommen, unterstellt. Das vorliegende Abkommen umfasst laut Bundesrat die erworbenen Rechte im Bereich der Freizügigkeit (Anhang I FZA), die Koordinierung der Systeme der sozialen Sicherheit (Anhang II FZA) und die gegenseitige Anerkennung von Berufsqualifikationen (Anhang III FZA). Grundsätzlich wurden die geltenden Rechte der Bürgerinnen und Bürger im neuen Abkommen übernommen, in einigen Punkte falle es jedoch etwas restriktiver aus.

Die einstimmige Annahme der Vorlage durch die APK-NR im Februar 2020 begründete Kommissionssprecher Portmann (fdp, ZH) mit dem Ausblick auf einen weiterhin «freundschaftlichen, pragmatischen und prosperierenden» Wirtschaftsaustausch. Selbst die SVP-Fraktion unterstützte das Abkommen, denn solange das FZA zwischen der Schweiz und der EU gelte, sollten auch die Rahmenbedingungen des Personenverkehrs zwischen der Schweiz und Grossbritannien gleich geregelt werden, argumentierte Franz Grüter (svp, LU). Mit 194 Stimmen nahm der Nationalrat den Entwurf in der Sommersession 2020 daher einstimmig an.

Im Rahmen der Covid-19-Pandemie verlangte die APK-NR Mitte April 2020 vom Bundesrat mittels Motion die Verabschiedung eines Nachtragskredits für die humanitäre Hilfe in Höhe von CHF 100 Mio. Damit wollte sie den Appellen der UNO, des IKRK und des IFRC nachkommen. Auch Materiallieferungen und die bilaterale Hilfe zur Bekämpfung des Virus sollen damit finanziert werden. Kredite könnten zudem an notleidende europäische Länder vergeben werden, beispielsweise zur Bekämpfung der prekären Lage in den Flüchtlingslagern. In seiner Stellungnahme verwies der Bundesrat auf bereits getroffene Massnahmen des DEZA im Rahmen des bestehenden Budgets und auf einen zusätzlichen Kredit von CHF 1.1 Mio. des EJPD. Darüber hinaus beschloss er am 29. April, dass die Schweiz sich mit bis zu CHF 400 Mio. an den verschiedenen internationalen Appellen beteiligen werde, sofern das Parlament zustimme. Diese Summe setze sich aus einem zinslosen Darlehen von maximal CHF 200 Mio. an das IKRK, weiteren Beiträgen an die genannten Institutionen und die WHO bis zu CHF 175 Mio. und einem Nachtragskredit von CHF 25 Mio. für den "Catastrophe Containment and Relief Trust" des IWF zusammen. Da der Bundesrat die Forderungen der Motion mit diesen Massnahmen bereits erfüllte, beantragte er die Annahme derselbigen.

In der Sondersession im Mai 2020 beriet der Nationalrat über die Motion. Roland Fischer (glp, LU) setzte sich als Kommissionssprecher für deren Annahme ein, da die Massnahmen zur Eindämmung des Coronavirus Entwicklungsländer vor grosse gesellschaftliche und wirtschaftliche Herausforderungen stellen würden. Eine Kommissionsminderheit Grüter (svp, LU) sprach sich gegen den Nachtragskredit aus; einerseits weil das reguläre Budget für die humanitäre Hilfe ausreiche, andererseits weil zumindest die FDP-Fraktion erreichen wolle, dass der Bundesrat selber diese Nachtragskredite beantrage. Hans-Peter Portmann (fdp, ZH) forderte zudem, dass man sich nicht noch stärker für die Finanzierung der internationalen Hilfe verschulde, sondern Restposten in den Budgets dafür verwenden solle. Bundesrat Cassis befürwortete die Finanzierung mittels Kreditresten und verwies auf einen Bundesratsentscheid, wonach sowieso die Hälfte der erwähnten CHF 175 Mio. kompensiert werden müssten, beantragte aber dennoch die Annahme der Motion. Dieser Forderung kam der Nationalrat nach, indem er die Vorlage mit 114 zu 72 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) durchwinkte.