In der Wintersession 2019 gelangte das Geschäft zur Genehmigung des Wirtschaftspartnerschaftsabkommen zwischen den EFTA-Staaten und Indonesien in den Ständerat. Nachdem sich im Nationalrat noch eine sehr ausführliche inhaltliche Debatte entsponnen hatte, hielt sich der Ständerat relativ kurz. Christian Levrat (sp, FR) empfahl im Namen der APK-SR die Genehmigung des Abkommens. Er hob die vielversprechenden Wachstumsprognosen des SECO im Hinblick auf das Handelsvolumen der beiden Länder hervor und verwies auf die Umsetzung gewisser Nachhaltigkeits-Richtlinien. Dazu gehöre unter anderem die Gewährleistung der Rückverfolgbarkeit des Palmöls und die Absicht, die Zollpräferenzen nur für nachhaltiges Palmöl anzuwenden. Für Levrat war klar, dass die Schweiz bei der Entwicklung internationaler Standards und Zertifikaten mitwirken müsse, damit der Palmölhandel den Anforderungen von Unternehmen und Umweltorganisationen entspräche. Thomas Minder (parteilos, SH) kritisierte indes die gelebte Doppelmoral des Parlaments, welches einerseits den Klimaschutz proklamiere, andererseits aber den Freihandel fördere. Damian Müller (fdp, AG) hingegen versuchte dem Abkommen auch auf der Ebene der Nachhaltigkeit etwas Positives abzugewinnen. Er unterstütze den Vertrag auch deswegen, weil damit «verpflichtende Bedingungen» eingegangen würden, die mittel- und langfristig die Situation in Indonesien verbessern sollten. Der anwesende Bundesrat Guy Parmelin verdeutlichte zum Abschluss noch einmal, dass auch den Interessen der Schweizer Landwirtschaft Rechnung getragen werde. Der Ständerat folgte der Empfehlung seiner Kommission und nahm das Geschäft mit 34 zu 6 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) deutlich an. Auch in der Schlussabstimmung am darauffolgenden Tag sprachen sich beide Räte für das Geschäft aus.

Obwohl man den Standesinitiativen aus Bern (Kt. Iv. 18.317), Genf (Kt.Iv. 18.303), Freiburg (Kt. Iv. FR 18.320), Thurgau (Kt.Iv. 17.317) und dem Jura (Kt. Iv. 18.325) Rechnung getragen hatte, regte sich im Januar 2020 erneuter Widerstand gegen das Freihandelsabkommen. Ein Komitee «Stop Palmöl aus Indonesien» fasste den Beschluss, das erste Referendum überhaupt gegen ein Freihandelsabkommen zu ergreifen. Nachhaltiges Palmöl gebe es gemäss Komitee nicht, daher würde man mit dem Abkommen der Umwelt und aufgrund der Zollerleichterungen auch den Schweizer Bauern schaden. An die Spitze des Komitees stellte sich die Biobauerngewerkschaft Uniterre gemeinsam mit Umweltorganisationen wie der Klimastreikbewegung.

In seiner Botschaft zur Änderung des Ausländergesetzes beantragte der Bundesrat die Abschreibung des Postulats Müller (fdp, AG) zum verbesserten Vollzug des bestehenden Freizügigkeitsabkommens. Er begründete den Antrag damit, dass die Änderung des Ausländergesetzes viele Anliegen des Postulats aufgenommen habe. Dabei handelte es sich unter anderem um die Bestimmungen zum Ausschluss jener Personen von der Sozialhilfe, die zur Stellensuche in die Schweiz einreisen, und jene hinsichtlich des Zeitpunkts des Verlusts des Aufenthaltsrechts. Weitere bereits zuvor implementierte Massnahmen würden überdies die restlichen Forderungen des Antragstellers erfüllen; so beispielsweise eine 2015 eingeführte Erweiterung der Verordnung über die Einführung des freien Personenverkehrs – Bürger aus EU/EFTA-Staaten, die für den Zweck der Stellensuche eine Kurzaufenthaltsbewilligung beantragten, müssten über genügend finanzielle Mittel verfügen. Im Bericht zur Erfüllung des Postulats Amarelle (sp, VD; Po. 13.3597) äusserte sich der Bundesrat zudem zu den Bedingungen für die Erteilung von Niederlassungsbewilligung nach fünf Jahren.
In der Herbstsession 2016 wurde das Postulat vom Nationalrat abgeschrieben.

Au mois de juin, le Conseiller national Müller (plr, AG), a déposé un postulat demandant que l'application de l'accord sur la libre circulation des personnes (ALCP) soit améliorée. Il s'agit d'analyser si la mise en œuvre de l'ALCP présente des lacunes en ce qui concerne les conditions de l'octroi d'une première autorisation de cinq ans. Le postulat Müller se base sur des points que le PLR met en évidence depuis 2009. Il exige qu'un examen des circonstances concrètes ait lieu avant l'octroi d'une première autorisation afin d'être sûr que les rapports de travail durent plus d'une année, que les autorisations ne soient pas automatiquement converties en autorisation d'établissement et que celles-ci ne soient pas prolongées s'il existe une dépendance à l'aide sociale.
Le Conseil fédéral a proposé d'accepter ce postulat dans son message du 20 août. Le Conseil national l'a adopté le 26 septembre sans aucune discussion.

Le Conseil des Etats a suivi le Conseil national en adoptant la motion Müller (plr, AG) par 21 voix contre 4. Cette dernière demande une meilleure répartition des requérants d’asile, dont les données sont saisies dans le système Eurodac. Il s’agit de transférer directement les requérants d’asile faisant l’objet d’une non-entrée en matière vers l’Etat Dublin compétant, au lieu de les répartir dans les cantons. La répartition selon les cantons n’interviendrait alors que dans les cas où il existe un motif d’entrée en matière.

In der Herbstsession debattierte die grosse Kammer über eine Motion Philipp Müller (fdp, AG) zur Schaffung einer gesetzlichen Grundlage, mit der Asylsuchende mit einem Vermerk im Eurodac-System direkt ab dem Empfangszentrum in den für die Durchführung des Asylgesuches zuständigen Dublin-Staat zurückgeführt werden können. Damit soll verhindert werden, dass die betreffenden Personen auf die Kantone verteilt werden, obwohl vonseiten der Schweiz keine Zuständigkeit für die Durchführung des Asylverfahrens besteht. In seiner Stellungnahme wies der Bundesrat darauf hin, dass die Kapazitäten in den vom Bund geführten Empfangs- und Verfahrenszentren dafür stark erhöht werden müssten, was die davon betroffenen Kantone so kaum hinnehmen würden. Trotz dieser Einwände wurde die Motion mit 120 zu 62 Stimmen an den Zweitrat überwiesen. Zustimmung erhielt der Motionär ausschliesslich aus dem bürgerlichen Lager, während die SP und die Grünen geschlossen dagegen votierten.